BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269P16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 42,032,898 - 42,170,740
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
Downstream geneLOC100039204, LOC100039219, LOC677788
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269P16.bB6Ng01-269P16.g
ACCGA072439GA072440
length4381,039
definitionB6Ng01-269P16.b B6Ng01-269P16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,170,297 - 42,170,740)(42,032,898 - 42,033,943)
sequence
agggtaggtctggttgattcaatatacaacttactctatatccacttcaa
ggatttatgtgttacagtttgtctccatgacctgatagaaatttccctag
aaatattttaagatatcattctttcttgtccttaaggggaaaccactgat
atttctgtagactttctcacatataaggctagcataagtcagtctatctt
gtcacaattttaaagaatatctaagatggaaaccaagttatgtattgagc
aggactacttggaagccctaatcctagactaccaattatgctgtacagca
aatgccccagtttaagtcccaccgctaaccgagaagctattagcagttga
ttcctggtgggcagggagaatcattcctcttcagtaatgtggctaagggg
tcatagaaatggggggaaagggaggaggagagagagga
gaattcaagatcaaaagggactagagaaataattgaatctgctgtgtagt
tttgcagtactccgaaccaaacacagatcctggtaaatgggaggtgatct
gtgttctcacttagagatcctgaatagctcctgtgaacaccacttcctgt
ttcttctccatgtgtgttagagtcaggtgccaaagcatgactttggctgt
cacatttgtaagtccttgaaggatgcaaaaccgctcacattagtcagttg
gttctatagcctgagatcagcatttatgaagtgttcttgactccagctag
tctaagataagcagaaaaagagtagaaaaaagaacaacaggcatgcaact
tttgttttctttttacttcttattgggattctctgagagctcccaaaatg
tgatgcatgtctacagatgccaagagacagcactgctgtggacatgattg
gatctttactctaagtaaagaccaagaaaccatggcagtggtacctcagt
tgactgtggtcggaagaatggtgactatatatgtggtcacctatatttga
atcttacacgcgttcgcgaccggccaggaaagacgcaacaaaccggaatc
ttctgtggcaaaagctttattgcttacatcttcaggagccagagagcaag
agagcaagagagagcaagaaagcaagaaaaagaacaagaacaagaaagca
agagagagaatggcaaaaccccgtcccttttaaggagaattatcctccgc
ctaggacgtattactccctgattggctgcagtccatcggcccagttgtca
tcacgagaaaggcagaacacatggcgggaaaactgcccctgcacgtgtgc
agattatgtttactacttagaacacagctgtcagcgccatcttataatgg
caaatgtgagggcggcttcccacagatcccccttttcttttataagagca
ataggccacccatattatgagagtggagatagaggtcaaatccccagtgt
gcagtaagagccatgtacagattagctcttagctcacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_42170297_42170740
seq2: B6Ng01-269P16.b_47_490 (reverse)

seq1  TCCTCTCTCTCCTCCTCCCTTTCCCCCCATTTCTATGACCCCTTAGCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTCTCCTCCTCCCTTTCCCCCCATTTCTATGACCCCTTAGCCAC  50

seq1  ATTACTGAAGAGGAATGATTCTCCCTGCCCACCAGGAATCAACTGCTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGAAGAGGAATGATTCTCCCTGCCCACCAGGAATCAACTGCTAAT  100

seq1  AGCTTCTCGGTTAGCGGTGGGACTTAAACTGGGGCATTTGCTGTACAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTCGGTTAGCGGTGGGACTTAAACTGGGGCATTTGCTGTACAGCA  150

seq1  TAATTGGTAGTCTAGGATTAGGGCTTCCAAGTAGTCCTGCTCAATACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGTAGTCTAGGATTAGGGCTTCCAAGTAGTCCTGCTCAATACATA  200

seq1  ACTTGGTTTCCATCTTAGATATTCTTTAAAATTGTGACAAGATAGACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGTTTCCATCTTAGATATTCTTTAAAATTGTGACAAGATAGACTGA  250

seq1  CTTATGCTAGCCTTATATGTGAGAAAGTCTACAGAAATATCAGTGGTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCTAGCCTTATATGTGAGAAAGTCTACAGAAATATCAGTGGTTTC  300

seq1  CCCTTAAGGACAAGAAAGAATGATATCTTAAAATATTTCTAGGGAAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAAGGACAAGAAAGAATGATATCTTAAAATATTTCTAGGGAAATTT  350

seq1  CTATCAGGTCATGGAGACAAACTGTAACACATAAATCCTTGAAGTGGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGGTCATGGAGACAAACTGTAACACATAAATCCTTGAAGTGGATA  400

seq1  TAGAGTAAGTTGTATATTGAATCAACCAGACCTACCCTGAATTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAAGTTGTATATTGAATCAACCAGACCTACCCTGAATTC  444

seq1: chr3_42032898_42033943
seq2: B6Ng01-269P16.g_64_1102

seq1  GAATTCAAGATCAAAAGGGACTAGAGAAATAATTGAATCTGCTGTGTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGATCAAAAGGGACTAGAGAAATAATTGAATCTGCTGTGTAGT  50

seq1  TTTGCAGTACTCCGAACCAAACACAGATCCTGGTAAATGGGAGGTGATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGTACTCCGAACCAAACACAGATCCTGGTAAATGGGAGGTGATCT  100

seq1  GTGTTCTCACTTAGAGATCCTGAATAGCTCCTGTGAACACCACTTCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTCACTTAGAGATCCTGAATAGCTCCTGTGAACACCACTTCCTGT  150

seq1  TTCTTCTCCATGTGTGTTAGAGTCAGGTGCCAAAGCATGACTTTGGCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTCCATGTGTGTTAGAGTCAGGTGCCAAAGCATGACTTTGGCTGT  200

seq1  CACATTTGTAAGTCCTTGAAGGATGCAAAACCGCTCACATTAGTCAGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTGTAAGTCCTTGAAGGATGCAAAACCGCTCACATTAGTCAGTTG  250

seq1  GTTCTATAGCCTGAGATCAGCATTTATGAAGTGTTCTTGACTCCAGCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTATAGCCTGAGATCAGCATTTATGAAGTGTTCTTGACTCCAGCTAG  300

seq1  TCTAAGATAAGCAGAAAAAGAGTAGAAAAAAGAACAACAGGCATGCAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGATAAGCAGAAAAAGAGTAGAAAAAAGAACAACAGGCATGCAACT  350

seq1  TTTGTTTTCTTTTTACTTCTTATTGGGATTCTCTGAGAGCTCCCAAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTCTTTTTACTTCTTATTGGGATTCTCTGAGAGCTCCCAAAATG  400

seq1  TGATGCATGTCTACAGATGCCAAGAGACAGCACTGCTGTGGACATGATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCATGTCTACAGATGCCAAGAGACAGCACTGCTGTGGACATGATTG  450

seq1  GATCTTTACTCTAAGTAAAGACCAAGAAACCATGGCAGTGGTACCTCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTTACTCTAAGTAAAGACCAAGAAACCATGGCAGTGGTACCTCAGT  500

seq1  TGACTGTGGTCGGAAGAATGGTGACTATATATGTGGTCACCTATATTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGGTCGGAAGAATGGTGACTATATATGTGGTCACCTATATTTGA  550

seq1  ATCTTACACGCGTTCGCGACCGGCCAGGAAAGACGCAACAAACCGGAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTACACGCGTTCGCGACCGGCCAGGAAAGACGCAACAAACCGGAATC  600

seq1  TTCTGTGGCAAAAGCTTTATTGCTTACATCTTCAGGAGCCAGAGAGCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGGCAAAAGCTTTATTGCTTACATCTTCAGGAGCCAGAGAGCAAG  650

seq1  AGAGCAAGAGAGAGCAAGAAAGCAAGAAAAAGAACAAGAACAAGAAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAGAGAGAGCAAGAAAGCAAGAAAAAGAACAAGAACAAGAAAGCA  700

seq1  AGAGAGAGAATGGCAAAACCCCGTCCCTTTTAAGGAGAATTATCCTCCGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAATGGCAAAACCCCGTCCCTTTTAAGGAGAATTATCCTCCGC  750

seq1  CTAGGACGTATTACTCCCTGATTGGCTGCAGTCCATCGGCCCAGTTGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACGTATTACTCCCTGATTGGCTGCAGTCCATCGGCCCAGTTGTCA  800

seq1  TCACGAGAAAGGCAGAACACATGGCGGGAAAACTGCCCCTGCACGTGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGAGAAAGGCAGAACACATGGCGGGAAAACTGCCCCTGCACGTGTGC  850

seq1  AGATTATGTTTACTACTTAGAACACAGCTGTCAGCGCCATCTTATAATGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATGTTTACTACTTAGAACACAGCTGTCAGCGCCATCTTATAATGG  900

seq1  CAAATGTGAGGGCGGCTTCCCACAGATCCCCCTTTTCTTTTAATAAGAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAATGTGAGGGCGGCTTCCCACAGATCCCCCTTTTCTTTT-ATAAGAGC  949

seq1  AATAGGCCACCCATATTAATGAGAGTGGAGATAGAGGTCAAATCCCCAGT  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGCCACCCATATT-ATGAGAGTGGAGATAGAGGTCAAATCCCCAGT  998

seq1  GTGCAGGTAAAGGAGCCATGTACAGGATTAGCTCTTAGGCTCACAG  1046
      ||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  GTGCA-GTAA--GAGCCATGTACA-GATTAGCTCTTA-GCTCACAG  1039