BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270L05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 115,065,154 - 115,190,367
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043220, Olfm3
Downstream geneEG546808, Edg1, Dph5, LOC626061, Slc30a7, Extl2, Vcam1, Gpr88, Cdc14a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270L05.bB6Ng01-270L05.g
ACCGA072973GA072974
length1,1081,085
definitionB6Ng01-270L05.b B6Ng01-270L05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,189,252 - 115,190,367)(115,065,154 - 115,066,248)
sequence
gaattcatgtgctttatgaaactgttttcctactgatatttgtattattt
ctaatttcacaataattctatcattagttatatggacacacttgtattag
tatttctgaagacactccagaatatgacgttggacaaataaacttaaaac
tgtggttaatattgctataatgcttttataaaaagccttactggtttatg
atcccatcaaaaccacatggatagcccatactcctattctcttgttggta
ctactcagtattattgttaataattgttctagtttgaattgaaagtatct
tataaatatttttgttcttaattagctatgaatgtatacaacataaacac
taacaaacataataatcaaggtttgtaatatatacataatcagaagaaaa
tattaatcaaattaaaccaaatgaaaggatcttaactcaataaaaaaatc
cacaaaattatatgtgggggtttaaatggtcaacattcctatagatcttc
tgggatcctttatgtcactaaaaaaattccatgaaatgagtaaaattaat
aaccatttttaaagccccaaatatgattttgcagattttttgattgagtt
aagatcttttcatttgatttaatttgagagtatttttctgaattatgtgt
aggttacaaatgttgttagtgttttcctgtttctcagcatccaactgtat
aattttcaagccttaagagtgggaaatcaatatctcaccaaatgattcaa
caaatgacctcattaaactgataaggcaatctaaacttatttgtgttgga
atgagtaccaagatgacgtttacacatacttaaacacactttttaatcaa
tatagagctgggttaataatttggatagacaattgtctatccatcttaga
agaaatgatgatctgaagtaagactattggttttctatatctgtgtaaca
atcttaccatggattccaatgccttaacaagtacttacttatattgtatt
atctttgtgtatacatgatctagaatgacttatctgggattttttttttt
ctcagtgcctcacatcatgatcaacaattttgtctgatctcaacccatta
agcttgac

gaattcagatggctgcttgctttgcaagtctcacattctgttacaagtat
gtaacagaaagccataaacctgttttgaatacatgacagttcaccttttg
ggtcagatcaaacactcatcttgggtaaaggcactgcatcgtgcctgtca
tttttcatttaccaacttgagggaattctcatatctaatatttatgaaga
aaaatttaggcactaaacaactcttttattcagcttcacataagcaggct
tgtttatgaaaaacttgggagtcctacaacaagtaaatgccacaaagaga
actacttgctggataagcaggaaggcatataggagtgtcaccaaaatatt
aagaaagtcactatcatgaccaacaaaagaaaaaacagaaaaatgaaaga
agaaagacaaaactaaattatcatgcaaaggaaattaaatgatatttgct
gacaaaatattattaattttattatgataattaaaaaatttaaaggacct
ctacatctgtttgcatcagctgctggataaagcctctgggaagagagtta
tgctaggcttctgtctgggagcatagccaagtatcagtaatagtgtcagg
ggatgcctctttcctgtggggtgggtctctagttattcccttcatctctg
ctccatctttatccctgcttcttgtaggcaggacaaattttgggttgaag
tttttgtgagtgggttggtgttctccccccatccactagaagtcctgcct
ggctacaggagatgatctcttcaaggtccatccccttataccccatatcc
cctgacacacagaccaacaataggaggagctcagggagtcttatggaagg
atggtggaagattgagggatctaaagggattaaagacaccataacagact
acagagtaaactaacctgggctcatgaggactcacagagactgaatcacc
aaccaaaaagcatgcgggactagctcagatccctacacagatgttacaga
tgtacagcatgtcatcttgtggattcctctacagtagagcaggggcttgt
ctctggacttgttgctacttgatcctttcgctagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_115189252_115190367
seq2: B6Ng01-270L05.b_44_1151 (reverse)

seq1  GTCAAGCCTTAAATGGGTTTGAAGATTCAGACAAAA-TGTTGATTCAATG  49
      |||||||  | ||||||||   ||| |||||||||| |||||||   |||
seq2  GTCAAGC--TTAATGGGTT--GAGA-TCAGACAAAATTGTTGAT--CATG  43

seq1  ATGTGAGGCACTGAAGAAAAAAAAAATCCCAGATAAGTCATTCCTAGATC  99
      ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTGAGGCACTGAGAAAAAAAAAAATCCCAGATAAGTCATT-CTAGATC  92

seq1  ATGTATACACAAAGATAATACAATAATAAGTAAGTACTTGTTAAGGCATT  149
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATACACAAAGATAATACAAT-ATAAGTAAGTACTTGTTAAGGCATT  141

seq1  GGAATCCATGGTAAGATTGTTACACAGATATAGAAAACCAATAGTCTTAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCATGGTAAGATTGTTACACAGATATAGAAAACCAATAGTCTTAC  191

seq1  TTCAGATCATCATTTCTTCTAAGATGGATAGACAATTGTCTATCCAAATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATCATCATTTCTTCTAAGATGGATAGACAATTGTCTATCCAAATT  241

seq1  ATTAACCCAGCTCTATATTGATTAAAAAGTGTGTTTAAGTATGTGTAAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACCCAGCTCTATATTGATTAAAAAGTGTGTTTAAGTATGTGTAAAC  291

seq1  GTCATCTTGGTACTCATTCCAACACAAATAAGTTTAGATTGCCTTATCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTTGGTACTCATTCCAACACAAATAAGTTTAGATTGCCTTATCAG  341

seq1  TTTAATGAGGTCATTTGTTGAATCATTTGGTGAGATATTGATTTCCCACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGAGGTCATTTGTTGAATCATTTGGTGAGATATTGATTTCCCACT  391

seq1  CTTAAGGCTTGAAAATTATACAGTTGGATGCTGAGAAACAGGAAAACACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGGCTTGAAAATTATACAGTTGGATGCTGAGAAACAGGAAAACACT  441

seq1  AACAACATTTGTAACCTACACATAATTCAGAAAAATACTCTCAAATTAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACATTTGTAACCTACACATAATTCAGAAAAATACTCTCAAATTAAA  491

seq1  TCAAATGAAAAGATCTTAACTCAATCAAAAAATCTGCAAAATCATATTTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGAAAAGATCTTAACTCAATCAAAAAATCTGCAAAATCATATTTG  541

seq1  GGGCTTTAAAAATGGTTATTAATTTTACTCATTTCATGGAATTTTTTTAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTAAAAATGGTTATTAATTTTACTCATTTCATGGAATTTTTTTAG  591

seq1  TGACATAAAGGATCCCAGAAGATCTATAGGAATGTTGACCATTTAAACCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATAAAGGATCCCAGAAGATCTATAGGAATGTTGACCATTTAAACCC  641

seq1  CCACATATAATTTTGTGGATTTTTTTATTGAGTTAAGATCCTTTCATTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATATAATTTTGTGGATTTTTTTATTGAGTTAAGATCCTTTCATTTG  691

seq1  GTTTAATTTGATTAATATTTTCTTCTGATTATGTATATATTACAAACCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATTTGATTAATATTTTCTTCTGATTATGTATATATTACAAACCTT  741

seq1  GATTATTATGTTTGTTAGTGTTTATGTTGTATACATTCATAGCTAATTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTATGTTTGTTAGTGTTTATGTTGTATACATTCATAGCTAATTAA  791

seq1  GAACAAAAATATTTATAAGATACTTTCAATTCAAACTAGAACAATTATTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAAATATTTATAAGATACTTTCAATTCAAACTAGAACAATTATTA  841

seq1  ACAATAATACTGAGTAGTACCAACAAGAGAATAGGAGTATGGGCTATCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAATACTGAGTAGTACCAACAAGAGAATAGGAGTATGGGCTATCCA  891

seq1  TGTGGTTTTGATGGGATCATAAACCAGTAAGGCTTTTTATAAAAGCATTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTTTGATGGGATCATAAACCAGTAAGGCTTTTTATAAAAGCATTA  941

seq1  TAGCAATATTAACCACAGTTTTAAGTTTATTTGTCCAACGTCATATTCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATATTAACCACAGTTTTAAGTTTATTTGTCCAACGTCATATTCTG  991

seq1  GAGTGTCTTCAGAAATACTAATACAAGTGTGTCCATATAACTAATGATAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCTTCAGAAATACTAATACAAGTGTGTCCATATAACTAATGATAG  1041

seq1  AATTATTGTGAAATTAGAAATAATACAAATATCAGTAGGAAAACAGTTTC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTGTGAAATTAGAAATAATACAAATATCAGTAGGAAAACAGTTTC  1091

seq1  ATAAAGCACATGAATTC  1116
      |||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCACATGAATTC  1108


seq1: chr3_115065154_115066248
seq2: B6Ng01-270L05.g_60_1144

seq1  GAATTCAGATGGCTGCTTGCTTTGCAAGTCTCACATTCTGTTACAAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGGCTGCTTGCTTTGCAAGTCTCACATTCTGTTACAAGTAT  50

seq1  GTAACAGAAAGCCATAAACCTGTTTTGAATACATGACAGTTCACCTTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAGAAAGCCATAAACCTGTTTTGAATACATGACAGTTCACCTTTTG  100

seq1  GGTCAGATCAAACACTCATCTTGGGTAAAGGCACTGCATCGTGCCTGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGATCAAACACTCATCTTGGGTAAAGGCACTGCATCGTGCCTGTCA  150

seq1  TTTTTCATTTACCAACTTGAGGGAATTCTCATATCTAATATTTATGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCATTTACCAACTTGAGGGAATTCTCATATCTAATATTTATGAAGA  200

seq1  AAAATTTAGGCACTAAACAACTCTTTTATTCAGCTTCACATAAGCAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTAGGCACTAAACAACTCTTTTATTCAGCTTCACATAAGCAGGCT  250

seq1  TGTTTATGAAAAACTTGGGAGTCCTACAACAAGTAAATGCCACAAAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGAAAAACTTGGGAGTCCTACAACAAGTAAATGCCACAAAGAGA  300

seq1  ACTACTTGCTGGATAAGCAGGAAGGCATATAGGAGTGTCACCAAAATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTTGCTGGATAAGCAGGAAGGCATATAGGAGTGTCACCAAAATATT  350

seq1  AAGAAAGTCACTATCATGACCAACAAAAGAAAAAACAGAAAAATGAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGTCACTATCATGACCAACAAAAGAAAAAACAGAAAAATGAAAGA  400

seq1  AGAAAGACAAAACTAAATTATCATGCAAAGGAAATTAAATGATATTTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGACAAAACTAAATTATCATGCAAAGGAAATTAAATGATATTTGCT  450

seq1  GACAAAATATTATTAATTTTATTATGATAATTAAAAAATTTAAAGGACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAATATTATTAATTTTATTATGATAATTAAAAAATTTAAAGGACCT  500

seq1  CTACATCTGTTTGCATCAGCTGCTGGATAAAGCCTCTGGGAAGAGAGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATCTGTTTGCATCAGCTGCTGGATAAAGCCTCTGGGAAGAGAGTTA  550

seq1  TGCTAGGCTTCTGTCTGGGAGCATAGCCAAGTATCAGTAATAGTGTCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGCTTCTGTCTGGGAGCATAGCCAAGTATCAGTAATAGTGTCAGG  600

seq1  GGATGCCTCTTTCCTGTGGGGTGGGTCTCTAGTTATTCCCTTCATCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCCTCTTTCCTGTGGGGTGGGTCTCTAGTTATTCCCTTCATCTCTG  650

seq1  CTCCATCTTTATCCCTGCTTCTTGTAGGCAGGACAAATTTTGGGTTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCTTTATCCCTGCTTCTTGTAGGCAGGACAAATTTTGGGTTGAAG  700

seq1  TTTTTGTGAGTGGGTTGGTGTTCTCCCCCCATCCACTAGAAGTCCTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGAGTGGGTTGGTGTTCTCCCCCCATCCACTAGAAGTCCTGCCT  750

seq1  GGCTACAGGAGATGATCTCTTCAAGGTCCATCCCCTTATACCCCATATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACAGGAGATGATCTCTTCAAGGTCCATCCCCTTATACCCCATATCC  800

seq1  CCTGACACACAGACCAACAATAGGAGGAGCTCAGGGAGTCTTATGGAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACACACAGACCAACAATAGGAGGAGCTCAGGGAGTCTTATGGAAGG  850

seq1  ATGGTGGAAGATTGAGGGATCTAAAGGGATTAAGGACACCATAACAAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATGGTGGAAGATTGAGGGATCTAAAGGGATTAAAGACACCATAAC-AGAC  899

seq1  TACAGAGTAAACTAACCTGGGCTCATGAGGACTCACAGAGACTGAATCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGTAAACTAACCTGGGCTCATGAGGACTCACAGAGACTGAATCAC  949

seq1  CAACCAAAAAGCATGCGGGGACTAGCTCCAGATCCCCTACACAGATGTTA  1000
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  CAACCAAAAAGCATGC-GGGACTAGCT-CAGAT-CCCTACACAGATGTTA  996

seq1  CAGATGTACAGCATGGTCATCTTGTGGGTT-CTCTAACAAGTAGAGCAGG  1049
      |||||||||||||| |||||||||||| || |||||   |||||||||||
seq2  CAGATGTACAGCAT-GTCATCTTGTGGATTCCTCTA--CAGTAGAGCAGG  1043

seq1  GGC-TGTCTCT-GACCTGTTGCCTACCTTTGAATCCCTTTCGCCTAGC  1095
      ||| ||||||| ||| ||||| ||||  ||||   ||||||| |||||
seq2  GGCTTGTCTCTGGACTTGTTG-CTAC--TTGA--TCCTTTCG-CTAGC  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |