BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270N06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 56,092,944 - 56,236,319
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDclk1, Mab21l1, 4933417G07Rik
Downstream geneLOC100040139, LOC666585, Tm4sf1, LOC383862, Tm4sf4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270N06.bB6Ng01-270N06.g
ACCGA073069GA073070
length1,129993
definitionB6Ng01-270N06.b B6Ng01-270N06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,235,175 - 56,236,319)(56,092,944 - 56,093,938)
sequence
gaattctcagtctgttcaaaaatgccaaaactaaaaaggagcttccttta
gtctcccatactgtctatgtccctctctaaggagatacacttgttacaaa
tgatcaacttacacatcctaatcaaagcccaagtctgacattctagttca
tttcatttgtgttcattctgtgacttttgtgttcagtctggacaaatgtg
caatgggaggtacccaccccacaaaagtaccatgaagcagtaccattgct
ctggcatcttcaagctgccgactggtccacctgccctgcttagttttcac
tgctcttcctaattcactaattaagtgaaatgaagtattgaacaaaagta
agcttctgaggtcaagaaatacaaatatttagatacgacttcttaagatt
tattgaaattctcacttgttacgccttctcaggtatgacccaggacctct
tggcttcttctgatctgcttgattgccctgtgcagtattaaaatatttcc
aagttcttcaaattactcattttaatagcttctcatatgcactttgaatg
aatagtaacagggctttgttttccagatgtcagctcatgtgtgggaataa
ttctcccagacttttataattatgacaatttgggataggaaagaacaaac
agcacatttcattggaaacaattttcacaaagtctgtctttgcttatctt
ctgagtcctccactatttatgaacttggcacaatcaataccatggtgggc
ctttatgaaaatgacctaaaagctgaaaagactgaagcagaaaaggatgc
aatctggcaccttatgtgaaaaatagaaaccacatggcccaccatgagag
gtgagttgtaaaggtggtgatcagagaagcgggctttgctcagaatatca
gatggtgctgacaagtgaaccatactgactaagtgttttctcagaatggc
ataaagttatccagttcgaagacactgtagtgtcctaattttcctacatt
ccttggaagaaaatgtgtccgttagttagatgggctgatagtagttgcaa
aaagatggtgtttcagtggggtttctatgctgtgatgaagtaacaggatc
aagcactgaaggtctaaggtttatctcac
gaattcactgctaaagctaagaaaaaaaaacatggagagtaagaacacag
cactgcaagctgggcgtggtggcacatgcccttaatcccagcactcggga
ggcagaggcaggcagatttctgagttcaaggccagcctggtctacaaagt
gaattccaggacagccagggctatacagagagactctgtctcaaaaaaac
agaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaacacaacactgcagccttccagcc
aacctgccctgcacctgtctcaaattcctcaagcaacagatttggagact
caagaccaggaatgaaccagcctaagtagcagttgtgtggtattccccag
tagggtataggagtttagtagatttatatacacaccctaggtacaaaatc
tgactcttcccctccacatgatgagactttgaaatttttgaggaatgagt
tgaatgtgtctgtcttagtcagggtttctattcctgcacaaacatcatga
ccaagaaacaagttggggaggaaagagtttattcggcttacacttccatg
ctgctgttcatcaccaaaggaagtcaggactggaactcaaacaggtcagg
aagcaggagctgatgcagaggccatggagggatgttctttactggcttgc
ctcacctggcttgctcagcctgctctcttatagaacccaagactaccagc
ccagagatggtcccacccacaaggggactttcccccttgatcacaaattg
agaaaatgccttagagttggatctcatggaggcatttcctcaactgaagc
tcctttctctgtgataaccccagctgtgtcaagttgacacaaaactagcc
agtacagtgtctttgtatattttatgtcaagcacagtgtttaccaatcag
taagaatgtgctgacggttgatttactataagaagacagagagttacaag
agaggcaggggcttactcttcgagatgcaaagcagtcagagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_56235175_56236319
seq2: B6Ng01-270N06.b_47_1175 (reverse)

seq1  GTGAGATAAACTCTTAGACCTCTAAGGTGCTTTTGATCTTGGTACTTCAT  50
      ||||||||||| |||||||||  |  ||||  |||||| || ||||||||
seq2  GTGAGATAAAC-CTTAGACCTTCA--GTGC--TTGATCCTGTTACTTCAT  45

seq1  CACAGCAATAGAAACCCCAACTGAAACACCATCTTTTTTCCAAACTACTA  100
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||
seq2  CACAGC-ATAGAAACCCC-ACTGAAACACCATCTTTTTGC--AACTACTA  91

seq1  TCCAGCCCCTTCTAACCTAACGGACACATTTTCTTCCCAAGGAATGTAGG  150
      | ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  T-CAG-CCCATCTAA-CTAACGGACACATTTTCTT-CCAAGGAATGTAGG  137

seq1  AAAATTAGGACACTACAGTGTCCTTCGAACTGGATAACTTTTATGCCATT  200
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AAAATTAGGACACTACAGTGT-CTTCGAACTGGATAAC-TTTATGCCATT  185

seq1  CTGAGAAAACACTTTAGTCAGTATGGTTCACTTGTCAGCACCATCTGATA  250
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAAACAC-TTAGTCAGTATGGTTCACTTGTCAGCACCATCTGATA  234

seq1  TTCTGAGCAAAGCCCGCTTCTCTGATCACCACCTTTACAACTCACCTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGCAAAGCCCGCTTCTCTGATCACCACCTTTACAACTCACCTCTC  284

seq1  ATGGTGGGCCATGTGGTTTCTATTTTTCACATAAGGTGCCAGATTGCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGGCCATGTGGTTTCTATTTTTCACATAAGGTGCCAGATTGCATC  334

seq1  CTTTTCTGCTTCAGTCTTTTCAGCTTTTAGGTCATTTTCATAAAGGCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTGCTTCAGTCTTTTCAGCTTTTAGGTCATTTTCATAAAGGCCCA  384

seq1  CCATGGTATTGATTGTGCCAAGTTCATAAATAGTGGAGGACTCAGAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTATTGATTGTGCCAAGTTCATAAATAGTGGAGGACTCAGAAGAT  434

seq1  AAGCAAAGACAGACTTTGTGAAAATTGTTTCCAATGAAATGTGCTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAGACAGACTTTGTGAAAATTGTTTCCAATGAAATGTGCTGTTTG  484

seq1  TTCTTTCCTATCCCAAATTGTCATAATTATAAAAGTCTGGGAGAATTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCCTATCCCAAATTGTCATAATTATAAAAGTCTGGGAGAATTATT  534

seq1  CCCACACATGAGCTGACATCTGGAAAACAAAGCCCTGTTACTATTCATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACATGAGCTGACATCTGGAAAACAAAGCCCTGTTACTATTCATTC  584

seq1  AAAGTGCATATGAGAAGCTATTAAAATGAGTAATTTGAAGAACTTGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCATATGAGAAGCTATTAAAATGAGTAATTTGAAGAACTTGGAAA  634

seq1  TATTTTAATACTGCACAGGGCAATCAAGCAGATCAGAAGAAGCCAAGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAATACTGCACAGGGCAATCAAGCAGATCAGAAGAAGCCAAGAGG  684

seq1  TCCTGGGTCATACCTGAGAAGGCGTAACAAGTGAGAATTTCAATAAATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTCATACCTGAGAAGGCGTAACAAGTGAGAATTTCAATAAATCT  734

seq1  TAAGAAGTCGTATCTAAATATTTGTATTTCTTGACCTCAGAAGCTTACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGTCGTATCTAAATATTTGTATTTCTTGACCTCAGAAGCTTACTT  784

seq1  TTGTTCAATACTTCATTTCACTTAATTAGTGAATTAGGAAGAGCAGTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAATACTTCATTTCACTTAATTAGTGAATTAGGAAGAGCAGTGAA  834

seq1  AACTAAGCAGGGCAGGTGGACCAGTCGGCAGCTTGAAGATGCCAGAGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGCAGGGCAGGTGGACCAGTCGGCAGCTTGAAGATGCCAGAGCAA  884

seq1  TGGTACTGCTTCATGGTACTTTTGTGGGGTGGGTACCTCCCATTGCACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTGCTTCATGGTACTTTTGTGGGGTGGGTACCTCCCATTGCACAT  934

seq1  TTGTCCAGACTGAACACAAAAGTCACAGAATGAACACAAATGAAATGAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAGACTGAACACAAAAGTCACAGAATGAACACAAATGAAATGAAC  984

seq1  TAGAATGTCAGACTTGGGCTTTGATTAGGATGTGTAAGTTGATCATTTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGTCAGACTTGGGCTTTGATTAGGATGTGTAAGTTGATCATTTGT  1034

seq1  AACAAGTGTATCTCCTTAGAGAGGGACATAGACAGTATGGGAGACTAAAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTGTATCTCCTTAGAGAGGGACATAGACAGTATGGGAGACTAAAG  1084

seq1  GAAGCTCCTTTTTAGTTTTGGCATTTTTGAACAGACTGAGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCTTTTTAGTTTTGGCATTTTTGAACAGACTGAGAATTC  1129

seq1: chr3_56092944_56093938
seq2: B6Ng01-270N06.g_66_1058

seq1  GAATTCACTGCTAAAGCTAAGAAAAAAAAACATGGAGAGTAAGAACACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCTAAAGCTAAGAAAAAAAAACATGGAGAGTAAGAACACAG  50

seq1  CACTGCAAGCTGGGCGTGGTGGCACATGCCCTTAATCCCAGCACTCGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCAAGCTGGGCGTGGTGGCACATGCCCTTAATCCCAGCACTCGGGA  100

seq1  GGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGT  150

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAGACTCTGTCTCAAAAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAGACTCTGTCTCAAAAAAAC  200

seq1  AGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACACAACACTGCAGCCTTCCAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACACAACACTGCAGCCTTCCAGCC  250

seq1  AACCTGCCCTGCACCTGTCTCAAATTCCTCAAGCAACAGATTTGGAGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGCCCTGCACCTGTCTCAAATTCCTCAAGCAACAGATTTGGAGACT  300

seq1  CAAGACCAGGAATGAACCAGCCTAAGTAGCAGTTGTGTGGTATTCCCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCAGGAATGAACCAGCCTAAGTAGCAGTTGTGTGGTATTCCCCAG  350

seq1  TAGGGTATAGGAGTTTAGTAGATTTATATACACACCCTAGGTACAAAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTATAGGAGTTTAGTAGATTTATATACACACCCTAGGTACAAAATC  400

seq1  TGACTCTTCCCCTCCACATGATGAGACTTTGAAATTTTTGAGGAATGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTTCCCCTCCACATGATGAGACTTTGAAATTTTTGAGGAATGAGT  450

seq1  TGAATGTGTCTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTGTCTGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGA  500

seq1  CCAAGAAACAAGTTGGGGAGGAAAGAGTTTATTCGGCTTACACTTCCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAACAAGTTGGGGAGGAAAGAGTTTATTCGGCTTACACTTCCATG  550

seq1  CTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAACAGGTCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAACAGGTCAGG  600

seq1  AAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGC  650

seq1  CTCACCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAAGACTACCAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAAGACTACCAGC  700

seq1  CCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGACTTTCCCCCTTGATCACAAATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGACTTTCCCCCTTGATCACAAATTG  750

seq1  AGAAAATGCCTTAGAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGCCTTAGAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAGC  800

seq1  TCCTTTCTCTGTGATAACCCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCTCTGTGATAACCCCAGCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCC  850

seq1  AGTACAGTGTCTTTGTATATTTTATGTCAAGCACAGTGTTTACCAATCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGTGTCTTTGTATATTTTATGTCAAGCACAGTGTTTACCAATCAG  900

seq1  TAAGAATGTGCTGACGGTTGATTAACTATAAAGAAGACAGAAGAGTTACA  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||
seq2  TAAGAATGTGCTGACGGTTGATTTACTAT-AAGAAGACAG-AGAGTTACA  948

seq1  AGAGAGGCAGGGGCTTACTCTTCGAGATGCAAAGCAGTCAGAGTC  995
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCAGGGGCTTACTCTTCGAGATGCAAAGCAGTCAGAGTC  993