BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271C17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 110,134,903 - 110,291,927
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneVav3, Ntng1, LOC100043181, LOC100043183, Prmt6
Downstream geneLOC100043190, LOC668712
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271C17.bB6Ng01-271C17.g
ACCGA073325GA073326
length1,1441,056
definitionB6Ng01-271C17.b B6Ng01-271C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,134,903 - 110,136,044)(110,290,875 - 110,291,927)
sequence
gaattcataagaatatattaatgtaaaagtatacagccacctttttcccc
cactggcatccttctctttaacagatgtaagtggtaagaataaatatatt
taaggctctataaagtttattttcaactctataaagtttaatttcaattt
aaattctaaaccctgcatgatgaacatttttaattacttgtgtatgtgtg
caagtgcatgtgtgaagtgcatatgtaccatggcacacatatgtatatgt
ggaagtctgaggttctctctttccacctgtacactgtagtgatcaaactc
aggtcactgggcttggctagaagtaccttaactcactgagccaactcact
ggcccataaacatctttaaaaaatttacttctagattgttcttcatgcaa
tcatgctagctcactactgagacagtagtgtgtgttggctgttaagccag
agtagtattccacacctgcatccctcgccctttgcagggaagatgaggca
ggggcattttatattcaaggctactcaaagctaaaatcctattttaaaat
tacacaacaaactaaccaaatcaccagttccaaggaagagtggacaatgg
ctttgagattactgtccttacttctgtcttatgttcagttcttcttttgc
tgatgtatgtcctcatgatgtaacctggatttgccttgtgaagtgcagct
cttccatctttgtctcctacctgctggagttatgggattggattagcata
agcaccaatgcttttattttgaatgataaagaaactttttattggctatt
ttacttatttacatttcaaatgttatccaccttcccagtttcccctccac
aaatcccctaactcctccccctgcctctatgagggtgctcccccacccac
ccacctacccactccagcttcagcaccctagaattcatataccctttggt
catcgagcctccacaggccaggggctccccttccattgatgccagataag
gcaatactctgttacatatccagtgtagccatggtcttcttccatggcgt
actcgttggttggtggtggccttaagtgagcctctggaaggtcctagttg
tataactgattgttctttcctggtgggatgcaaccccttcagct

gaattcaatcgtatctaaggcaggtgtcctcaaagaaccaaaactagtgg
gggggggggaacagactaaaagaaacatcttagtgtataatggctgctca
gatagccataactatatgacatagtgacattgacagaaagaaaaaagttc
agttgtgattcatggtgcaaacagtttttgtcagtatataaaaatgagca
aacaggagaggtattcactattctttgaaccttatagtttacaagaaaca
atacatttaatataaaataagttaacctttaaagggactgatatatgtaa
cataacacttctgtttgtagtcttctattccaggcagagcaatacaagtt
acaatattgcaatgagcaattttattaatgaattagaacagtaactgtat
tactgttacctagttatagtaataataataataataataataatgatgat
gatgatgatgatgatgatgatgataatgacaatgacctttgacttagtca
tttcctgatgctgtgataaaatactctgacaaaagcaacttagaggagaa
aggacttatgttagctcacagttcaaggtatgaaccatgatgttgagaaa
tttaaggcagtaggaacttgaagcaggctatctgcaggtgaaaaacagca
gtgcatgctgctgctcagattcctctcatgctatccaggactccccaccg
agcaagcctgtgacccacaatgggatactttttcttacatcataacaaaa
caagataatctctcctaggcatattcagaccctgttttccaggtgatgct
agatttctgtcaaattgacattcttcactatcacctaccctcacatttga
ctatgtgcacattttcattccagatctgtctagtaagtagctgctattct
tcatcttccagacaagaacctagaagtctagacttaaccaaaatgtgtta
agccaattcatgtttcaatgagataagaagagaacatcaacaatactaga
accttctttctcaaaaatgaaaaacacgagaaacagaaactagtttccac
cctcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_110134903_110136044
seq2: B6Ng01-271C17.b_48_1191

seq1  GAATTCATAAGAATATATTAATGTAAAAGTATACAGCCACCTTTTTCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGAATATATTAATGTAAAAGTATACAGCCACCTTTTTCCCC  50

seq1  CACTGGCATCCTTCTCTTTAACAGATGTAAGTGGTAAGAATAAATATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCATCCTTCTCTTTAACAGATGTAAGTGGTAAGAATAAATATATT  100

seq1  TAAGGCTCTATAAAGTTTATTTTCAACTCTATAAAGTTTAATTTCAATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTCTATAAAGTTTATTTTCAACTCTATAAAGTTTAATTTCAATTT  150

seq1  AAATTCTAAACCCTGCATGATGAACATTTTTAATTACTTGTGTATGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTAAACCCTGCATGATGAACATTTTTAATTACTTGTGTATGTGTG  200

seq1  CAAGTGCATGTGTGAAGTGCATATGTACCATGGCACACATATGTATATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGCATGTGTGAAGTGCATATGTACCATGGCACACATATGTATATGT  250

seq1  GGAAGTCTGAGGTTCTCTCTTTCCACCTGTACACTGTAGTGATCAAACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCTGAGGTTCTCTCTTTCCACCTGTACACTGTAGTGATCAAACTC  300

seq1  AGGTCACTGGGCTTGGCTAGAAGTACCTTAACTCACTGAGCCAACTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACTGGGCTTGGCTAGAAGTACCTTAACTCACTGAGCCAACTCACT  350

seq1  GGCCCATAAACATCTTTAAAAAATTTACTTCTAGATTGTTCTTCATGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCATAAACATCTTTAAAAAATTTACTTCTAGATTGTTCTTCATGCAA  400

seq1  TCATGCTAGCTCACTACTGAGACAGTAGTGTGTGTTGGCTGTTAAGCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTAGCTCACTACTGAGACAGTAGTGTGTGTTGGCTGTTAAGCCAG  450

seq1  AGTAGTATTCCACACCTGCATCCCTCGCCCTTTGCAGGGAAGATGAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTATTCCACACCTGCATCCCTCGCCCTTTGCAGGGAAGATGAGGCA  500

seq1  GGGGCATTTTATATTCAAGGCTACTCAAAGCTAAAATCCTATTTTAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATTTTATATTCAAGGCTACTCAAAGCTAAAATCCTATTTTAAAAT  550

seq1  TACACAACAAACTAACCAAATCACCAGTTCCAAGGAAGAGTGGACAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAACAAACTAACCAAATCACCAGTTCCAAGGAAGAGTGGACAATGG  600

seq1  CTTTGAGATTACTGTCCTTACTTCTGTCTTATGTTCAGTTCTTCTTTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGATTACTGTCCTTACTTCTGTCTTATGTTCAGTTCTTCTTTTGC  650

seq1  TGATGTATGTCCTCATGATGTAACCTGGATTTGCCTTGTGAAGTGCAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTATGTCCTCATGATGTAACCTGGATTTGCCTTGTGAAGTGCAGCT  700

seq1  CTTCCATCTTTGTCTCCTACCTGCTGGAGTTATGGGATTGGATTAGCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCTTTGTCTCCTACCTGCTGGAGTTATGGGATTGGATTAGCATA  750

seq1  AGCACCAATGCTTTTATTTTGAATGATAAAGAAACTTTTTATTGGCTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAATGCTTTTATTTTGAATGATAAAGAAACTTTTTATTGGCTATT  800

seq1  TTACTTATTTACATTTCAAATGTTATCCACCTTCCCAGTTTCCCCTCCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTATTTACATTTCAAATGTTATCCACCTTCCCAGTTTCCCCTCCAC  850

seq1  AAATCCCCTAACTCCTCCCCCTGCCTCTATGAGGGTGCTCCCCCACCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCCTAACTCCTCCCCCTGCCTCTATGAGGGTGCTCCCCCACCCAC  900

seq1  CCACCTACCCACTCCAGCTTCAGCACCCTAGAATTCATATACCCTTTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTACCCACTCCAGCTTCAGCACCCTAGAATTCATATACCCTTTGGT  950

seq1  CATCGAGCCTCCACAGGGCCAAGGGGCTCCCCTTCCATTGATGCCAGATA  1000
      |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGAGCCTCCACAGG--CCAGGGGCTCCCCTTCCATTGATGCCAGATA  998

seq1  AGGCAATACTCTGTTACATATCCAGTGGTAGCCATGGGTCTC-TCCAT-G  1048
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   || ||||| |
seq2  AGGCAATACTCTGTTACATATCCAGT-GTAGCCATGGTCTTCTTCCATGG  1047

seq1  CGTACTCGTTGGTTGGTGGTGGC--TTAGTGAG-CTCTGGAGGGT-CTAG  1094
      |||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||| ||| ||||
seq2  CGTACTCGTTGGTTGGTGGTGGCCTTAAGTGAGCCTCTGGAAGGTCCTAG  1097

seq1  TTTGTTAATACTG-TTGTTC-TTCCTGTGGGGTTGCAAACCCCTTCAGCT  1142
      ||   ||  |||| |||||| ||||||  ||| ||| |||||||||||||
seq2  TT--GTATAACTGATTGTTCTTTCCTGGTGGGATGC-AACCCCTTCAGCT  1144


seq1: chr3_110290875_110291927
seq2: B6Ng01-271C17.g_64_1119 (reverse)

seq1  TGGAGGGTGGAAACTAGTTTCTGTTTCTCGTGTTTCTCATTTTTGAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGAGGGTGGAAACTAGTTTCTGTTTCTCGTGTTTTTCATTTTTGAGAAA  50

seq1  GAA-GTCTTAGTATTGTTGATGTTCTCTTCTTATTCTCA-TGAAACATGA  98
      ||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  GAAGGTTCTAGTATTGTTGATGTTCTCTTCTTA-TCTCATTGAAACATGA  99

seq1  ATTGGCTTAACACATTTTGGTT-AGTCT-GACTTCTAGGTTCTTTGTCTG  146
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  ATTGGCTTAACACATTTTGGTTAAGTCTAGACTTCTAGGTTC-TTGTCTG  148

seq1  GAAGATGAAGAATAGCAGCTACTTACTAGACAGATCTGGAATG-AAATGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GAAGATGAAGAATAGCAGCTACTTACTAGACAGATCTGGAATGAAAATGT  198

seq1  GCACATAGTCAAATGTGAGGGTAGGTGATAGTGAAGAATGTCAATTTGAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATAGTCAAATGTGAGGGTAGGTGATAGTGAAGAATGTCAATTTGAC  248

seq1  AGAAATCTAGCATCACCTGGAAAACAGGGTCTGAATATGCCTAGGAGAGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTAGCATCACCTGGAAAACAGGGTCTGAATATGCCTAGGAGAGA  298

seq1  TTATCTTGTTTTGTTATGATGTAAGAAAAAGTATCCCATTGTGGGTCACA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTGTTTTGTTATGATGTAAGAAAAAGTATCCCATTGTGGGTCACA  348

seq1  GGCTTGCTCGGTGGGGAGTCCTGGATAGCATGAGAGGAATCTGAGCAGCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCTCGGTGGGGAGTCCTGGATAGCATGAGAGGAATCTGAGCAGCA  398

seq1  GCATGCACTGCTGTTTTTCACCTGCAGATAGCCTGCTTCAAGTTCCTACT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCACTGCTGTTTTTCACCTGCAGATAGCCTGCTTCAAGTTCCTACT  448

seq1  GCCTTAAATTTCTCAACATCATGGTTCATACCTTGAACTGTGAGCTAACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAAATTTCTCAACATCATGGTTCATACCTTGAACTGTGAGCTAACA  498

seq1  TAAGTCCTTTCTCCTCTAAGTTGCTTTTGTCAGAGTATTTTATCACAGCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCTTTCTCCTCTAAGTTGCTTTTGTCAGAGTATTTTATCACAGCA  548

seq1  TCAGGAAATGACTAAGTCAAAGGTCATTGTCATTATCATCATCATCATCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAATGACTAAGTCAAAGGTCATTGTCATTATCATCATCATCATCA  598

seq1  TCATCATCATCATCATTATTATTATTATTATTATTATTACTATAACTAGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATCATCATCATTATTATTATTATTATTATTATTACTATAACTAGG  648

seq1  TAACAGTAATACAGTTACTGTTCTAATTCATTAATAAAATTGCTCATTGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTAATACAGTTACTGTTCTAATTCATTAATAAAATTGCTCATTGC  698

seq1  AATATTGTAACTTGTATTGCTCTGCCTGGAATAGAAGACTACAAACAGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGTAACTTGTATTGCTCTGCCTGGAATAGAAGACTACAAACAGAA  748

seq1  GTGTTATGTTACATATATCAGTCCCTTTAAAGGTTAACTTATTTTATATT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATGTTACATATATCAGTCCCTTTAAAGGTTAACTTATTTTATATT  798

seq1  AAATGTATTGTTTCTTGTAAACTATAAGGTTCAAAGAATAGTGAATACCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATTGTTTCTTGTAAACTATAAGGTTCAAAGAATAGTGAATACCT  848

seq1  CTCCTGTTTGCTCATTTTTATATACTGACAAAAACTGTTTGCACCATGAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTTTGCTCATTTTTATATACTGACAAAAACTGTTTGCACCATGAA  898

seq1  TCACAACTGAACTTTTTTCTTTCTGTCAATGTCACTATGTCATATAGTTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACTGAACTTTTTTCTTTCTGTCAATGTCACTATGTCATATAGTTA  948

seq1  TGGCTATCTGAGCAGCCATTATACACTAAGATGTTTCTTTTAGTCTGTTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATCTGAGCAGCCATTATACACTAAGATGTTTCTTTTAGTCTGTTC  998

seq1  CCCCCCCCCCACTAGTTTTGGTTCTTTGAGGACACCTGCCTTAGATACGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCACTAGTTTTGGTTCTTTGAGGACACCTGCCTTAGATACGA  1048

seq1  TTGAATTC  1053
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  1056


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |