BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271G23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 151,807,602 - 151,905,306
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGipc2, Dnajb4, Fubp1, Nexn
Upstream geneEltd1, Ifi44, H28, Ptgfr, LOC100040741, LOC100040597, LOC676548
Downstream geneC030011O14Rik, Usp33, Zzz3, Ak5, LOC100040705, Pigk, Rpl29-ps1, St6galnac5, LOC100040750, St6galnac3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271G23.bB6Ng01-271G23.g
ACCGA073516GA073517
length1,203897
definitionB6Ng01-271G23.b B6Ng01-271G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,904,119 - 151,905,306)(151,807,602 - 151,808,495)
sequence
gaattcatattggacatagtgtacctggaggtttgcaggctaaggcattt
aagcatgaaataaataggtacagctctgtatcactgtcatagcctcctct
aatgctaccaggttaccttttgaagaaaatccttccacagtggcttgtga
tccaagccatcaatggcccaactttacttagcattctagacctttgatgc
tttgctccctaccccacgtgtcctctctacaccattccagactccatgct
ttacccaggcctttgcttctgaaatgctttctgcaggcaaggttttacct
cttacagacctgtggaaatattatttatcttttagggtccaaggctacct
tctcatttgaaaagcattctcacattaaaaaattttgcagtaagaggaac
attctagactaagtgacaatgggagctgacaaaaactactattatgaggg
attagaaaacagatctcaaggactaaagtacattgtgactgttgaaagga
tttcaccccacagaaactataatagtataatcaccataatggtgttatac
taaacattttaaggcagagaaatactgttactaaagaattttctaatcat
gatgaaggaaatggaagacaaggcaggcataactctgaaatcttgattct
cctctttccacctcctgagcactgactgggattataggcacatacatact
actatgcttggcaatacatttgttttcaagagttcttccccccctcccca
gccccctctgtgccgccctggctgttctggaatttcatctgtagagcagg
ctggcttcaaactcagagatgcacctgcccctgtgttctgagtgttggga
ataaaggcttgcaccaccaaccccatgtaagacccaatttaacaaaactg
agtaaaaattccttctagatggttgctgaggaccttactattgtcccatc
attagggcaaccagctgatgctagcttaatcaggtctggtaaatactgta
aactgttgtgcaaggcaaacaaagtctgacactggttctgaagcttcatg
agaatgtattgtccatgttgtaaaactgaagggagtaacaagcctgggaa
agcagttaaatcatcgttctagtgagggaacgttaagcttttcacttggg
tgtgcttgttacaagcctagttaattcgaagcctacacctatcatggaaa
gtg
gaattcagacatcaagctgaacacttggagaaggatacactagaaaaact
atctgaaagagagggcagagggactgggagatggatatttattctggacc
aagacatttggaagttgttaggaaaaagtccttttggaatccttaggtga
ggctaaagaatttgggagaaggagggagaccacctcaggaactttaatct
ttatttggaaactggaacatgtaagaaatgaatgatgggtaagtgggaag
ggggcggctaaacacacaggcatgatttcccttactgcagactatgtgtg
cgatctctgctaggctggggttgctcaggtttgactcttttcttgcctag
agatggagatctttaggaccagacattgggaaaaggagaaagggctgaaa
gggctctgtggaaggtaggtcacaagtctacgtaaaggtctctgtgctgg
gaattgcttaagcttgctccctaaccccttgccctctgccctctgccctc
tgccctctgccctctgccctctgccccctgctcccaccatagtttctccc
caccctctgcttgccagcatcatgtctattcagccttcaagatccctagt
actggggcaggcagagtatttggaggaggagagaggagccagcagggtca
gaagggttcccagaaggctggctggctactgctggacaccacgctcagct
cccaagaatgtgtcaccacaccagaacgcacagtacaggccctggctcca
ggctgggaactgactctgtgtctgtgctgcctgcttctatttttatgacc
acacatgctcccttcccccagcctccctcagatcctgtgatgtgtagccc
tccttcaccactctgagaaggggagatgggaaggatgggaagatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_151904119_151905306
seq2: B6Ng01-271G23.b_44_1246 (reverse)

seq1  CACTTTCCATGAT-GTTTAAAGATTCGATTTTAACTTAGCCTTGTA--CA  47
      ||||||||||||| | |  | | |||||  ||||| ||| ||||||   |
seq2  CACTTTCCATGATAGGTGTAGGCTTCGA-ATTAAC-TAGGCTTGTAACAA  48

seq1  GCACACCC-AGTGAAAA-CTT-ACGT--CCTCACTAG-ACGATGATTTTA  91
      |||||||| |||||||| ||| ||||  ||||||||| |||||||||| |
seq2  GCACACCCAAGTGAAAAGCTTAACGTTCCCTCACTAGAACGATGATTTAA  98

seq1  CTGCTT--CCAG--CTGTTACTCC--TCAGTTTTACAACATGGAC-ATAC  134
      ||||||  ||||   |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTGCTTTCCCAGGCTTGTTACTCCCTTCAGTTTTACAACATGGACAATAC  148

seq1  A-TCTCATGAAGC-TCAGAACCAGTGTCAGACTTTGTTTGCCTTGCACAA  182
      | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCATGAAGCTTCAGAACCAGTGTCAGACTTTGTTTGCCTTGCACAA  198

seq1  CAGTTTACAGTATTTTACCAGACCTGATTAAGCTAGCATCAGCTGGTTGC  232
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTACAGTA-TTTACCAGACCTGATTAAGCTAGCATCAGCTGGTTGC  247

seq1  CCTAATGATGGGACAATAGTAAGGTCCTCAGCAACCATCTAGAAGGAATT  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATGATGGGACAATAGTAAGGTCCTCAGCAACCATCTAGAAGGAATT  297

seq1  TTTACTCAGTTTTGTTAAATTGGGTCTTACATGGGGTTGGTGGTGCAAGC  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTCAGTTTTGTTAAATTGGGTCTTACATGGGGTTGGTGGTGCAAGC  347

seq1  CTTTATTCCCAACACTCAGAACACAGGGGCAGGTGCATCTCTGAGTTTGA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTCCCAACACTCAGAACACAGGGGCAGGTGCATCTCTGAGTTTGA  397

seq1  AGCCAGCCTGCTCTACAGATGAAATTCCAGAACAGCCAGGGCGGCACAGA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCCTGCTCTACAGATGAAATTCCAGAACAGCCAGGGCGGCACAGA  447

seq1  GGGGGCTGGGGAGGGGGGGAAGAACTCTTGAAAACAAATGTATTGCCAAG  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCTGGGGAGGGGGGGAAGAACTCTTGAAAACAAATGTATTGCCAAG  497

seq1  CATAGTAGTATGTATGTGCCTATAATCCCAGTCAGTGCTCAGGAGGTGGA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTAGTATGTATGTGCCTATAATCCCAGTCAGTGCTCAGGAGGTGGA  547

seq1  AAGAGGAGAATCAAGATTTCAGAGTTATGCCTGCCTTGTCTTCCATTTCC  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAGAATCAAGATTTCAGAGTTATGCCTGCCTTGTCTTCCATTTCC  597

seq1  TTCATCATGATTAGAAAATTCTTTAGTAACAGTATTTCTCTGCCTTAAAA  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCATGATTAGAAAATTCTTTAGTAACAGTATTTCTCTGCCTTAAAA  647

seq1  TGTTTAGTATAACACCATTATGGTGATTATACTATTATAGTTTCTGTGGG  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGTATAACACCATTATGGTGATTATACTATTATAGTTTCTGTGGG  697

seq1  GTGAAATCCTTTCAACAGTCACAATGTACTTTAGTCCTTGAGATCTGTTT  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATCCTTTCAACAGTCACAATGTACTTTAGTCCTTGAGATCTGTTT  747

seq1  TCTAATCCCTCATAATAGTAGTTTTTGTCAGCTCCCATTGTCACTTAGTC  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCCCTCATAATAGTAGTTTTTGTCAGCTCCCATTGTCACTTAGTC  797

seq1  TAGAATGTTCCTCTTACTGCAAAATTTTTTAATGTGAGAATGCTTTTCAA  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGTTCCTCTTACTGCAAAATTTTTTAATGTGAGAATGCTTTTCAA  847

seq1  ATGAGAAGGTAGCCTTGGACCCTAAAAGATAAATAATATTTCCACAGGTC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAGGTAGCCTTGGACCCTAAAAGATAAATAATATTTCCACAGGTC  897

seq1  TGTAAGAGGTAAAACCTTGCCTGCAGAAAGCATTTCAGAAGCAAAGGCCT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAGGTAAAACCTTGCCTGCAGAAAGCATTTCAGAAGCAAAGGCCT  947

seq1  GGGTAAAGCATGGAGTCTGGAATGGTGTAGAGAGGACACGTGGGGTAGGG  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAAGCATGGAGTCTGGAATGGTGTAGAGAGGACACGTGGGGTAGGG  997

seq1  AGCAAAGCATCAAAGGTCTAGAATGCTAAGTAAAGTTGGGCCATTGATGG  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGCATCAAAGGTCTAGAATGCTAAGTAAAGTTGGGCCATTGATGG  1047

seq1  CTTGGATCACAAGCCACTGTGGAAGGATTTTCTTCAAAAGGTAACCTGGT  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATCACAAGCCACTGTGGAAGGATTTTCTTCAAAAGGTAACCTGGT  1097

seq1  AGCATTAGAGGAGGCTATGACAGTGATACAGAGCTGTACCTATTTATTTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAGAGGAGGCTATGACAGTGATACAGAGCTGTACCTATTTATTTC  1147

seq1  ATGCTTAAATGCCTTAGCCTGCAAACCTCCAGGTACACTATGTCCAATAT  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAAATGCCTTAGCCTGCAAACCTCCAGGTACACTATGTCCAATAT  1197

seq1  GAATTC  1188
      ||||||
seq2  GAATTC  1203

seq1: chr3_151807602_151808495
seq2: B6Ng01-271G23.g_66_962

seq1  GAATTCAGACATCAAGCTGAACACTTGGAGAAGGATACACTAGAAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACATCAAGCTGAACACTTGGAGAAGGATACACTAGAAAAACT  50

seq1  ATCTGAAAGAGAGGGCAGAGGGACTGGGAGATGGATATTTATTCTGGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAAGAGAGGGCAGAGGGACTGGGAGATGGATATTTATTCTGGACC  100

seq1  AAGACATTTGGAAGTTGTTAGGAAAAAGTCCTTTTGGAATCCTTAGGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATTTGGAAGTTGTTAGGAAAAAGTCCTTTTGGAATCCTTAGGTGA  150

seq1  GGCTAAAGAATTTGGGAGAAGGAGGGAGACCACCTCAGGAACTTTAATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAAGAATTTGGGAGAAGGAGGGAGACCACCTCAGGAACTTTAATCT  200

seq1  TTATTTGGAAACTGGAACATGTAAGAAATGAATGATGGGTAAGTGGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGGAAACTGGAACATGTAAGAAATGAATGATGGGTAAGTGGGAAG  250

seq1  GGGGCGGCTAAACACACAGGCATGATTTCCCTTACTGCAGACTATGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCGGCTAAACACACAGGCATGATTTCCCTTACTGCAGACTATGTGTG  300

seq1  CGATCTCTGCTAGGCTGGGGTTGCTCAGGTTTGACTCTTTTCTTGCCTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTCTGCTAGGCTGGGGTTGCTCAGGTTTGACTCTTTTCTTGCCTAG  350

seq1  AGATGGAGATCTTTAGGACCAGACATTGGGAAAAGGAGAAAGGGCTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAGATCTTTAGGACCAGACATTGGGAAAAGGAGAAAGGGCTGAAA  400

seq1  GGGCTCTGTGGAAGGTAGGTCACAAGTCTACGTAAAGGTCTCTGTGCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTGTGGAAGGTAGGTCACAAGTCTACGTAAAGGTCTCTGTGCTGG  450

seq1  GAATTGCTTAAGCTTGCTCCCTAACCCCTTGCCCTCTGCCCTCTGCCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGCTTAAGCTTGCTCCCTAACCCCTTGCCCTCTGCCCTCTGCCCTC  500

seq1  TGCCCTCTGCCCTCTGCCCTCTGCCCCCTGCTCCCACCATAGTTTCTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCTGCCCTCTGCCCTCTGCCCCCTGCTCCCACCATAGTTTCTCCC  550

seq1  CACCCTCTGCTTGCCAGCATCATGTCTATTCAGCCTTCAAGATCCCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCTGCTTGCCAGCATCATGTCTATTCAGCCTTCAAGATCCCTAGT  600

seq1  ACTGGGGCAGGCAGAGTATTTGGAGGAGGAGAGAGGAGCCAGCAGGGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGCAGGCAGAGTATTTGGAGGAGGAGAGAGGAGCCAGCAGGGTCA  650

seq1  GAAGGGTTCCCAGAAGGCTGGCTGGCTACTGCTGGACACCACGCTCAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTTCCCAGAAGGCTGGCTGGCTACTGCTGGACACCACGCTCAGCT  700

seq1  CCCAAGAATGTGTCACCACACCAGAACGCACAGTACAGGCCCTGGCTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGAATGTGTCACCACACCAGAACGCACAGTACAGGCCCTGGCTCCA  750

seq1  GGCTGGGAACTGACTCTGTGTCTGTGCTGCCTGCTTCTATTTTTATGACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGAACTGACTCTGTGTCTGTGCTGCCTGCTTCTATTTTTATGACC  800

seq1  ACACATGCTCCCTTCCCCCAGCCTCCCTCAGATCCTGTGATGTGTAGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCTCCCTTCCCCCAGCCTCCCTCAGATCCTGTGATGTGTAGCCC  850

seq1  TCC-TCACCACTCTGAGAAGGGGAGATGGG-AGGATGGG-AGATGGA  894
      ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  TCCTTCACCACTCTGAGAAGGGGAGATGGGAAGGATGGGAAGATGGA  897