BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272C17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 80,458,928 - 80,585,004
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGria2
Upstream geneRxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik, EG626797
Downstream geneGlrb, EG626841, Pdgfc, LOC229443
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272C17.bB6Ng01-272C17.g
ACCGA074063GA074064
length1,2031,112
definitionB6Ng01-272C17.b B6Ng01-272C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,583,788 - 80,585,004)(80,458,928 - 80,460,037)
sequence
gaattctcttacctttgtgttttataagtgatatttatggttcccgagtc
ttacagtcaagcagaaggcatgtgctgaggacattacctcagggaaggta
actgctgattgcttacatttcaatgaactgacttcagtgctctctgaata
ctttgtaactaccattatgctgccacaccttacatcaaaactggtgattg
tgcattaactagactgccaagaatcattacatttcataaatcaaataaaa
tgtttctttttttgtgtggatagatatttaaagccccaagttttaagttc
aatgcacaagtttaattctcttgacactatcttccctcaggaagggtaat
gattaatagagtataaaaaatagaaacacgaaaagcatttttaactttct
gcagtattttgcttagtgacacatatctaaactcaaacatagttatctac
ttatctaaaatactctaggacttagtatagtcatagggtggatcacggct
tgaggcacaggatgattgctacatcatagtgtgctacatggagcagggca
agaattcacactgaaagaaattaagctatcacagggctgggttgtccttt
tctttctcctgagcaatgcacacattaagtaaagacacagtctctctaag
gcagtgccaatattcacagtggctctgaccccgcctcttctcaccagaca
caaaactctctagaaggcaaaggtgagatgtgtatgaaaacacaagaata
gcttcattcctacaatgaaaggcaccattaaattaagaaagccttctagt
tcttcagcaaagagaaaaggacataagcttggtattcaagaaaaatgcta
ccatgtctgcttacttagattacactcttcttaacctgcgcacaaactaa
gcatctccttacaccatttacttcatgggccctggagatacctggaaatg
atgcaaggggagagaggctggagtgaaaatacaagtagctgcagaagggg
aaatgaaatgtgagagaggagcgagggagggaaagaaagacgagagagac
tagagaagacctgcaagtctcataaagaattaaagactttatgacatgag
ttcacatgaaagaaagcaggtactggtgtctgggaaggaccgaaacgaaa
taattgaattctgagatgatcagttttaagcctgtgaaaaaatactcttc
tag
gaattcagtgcttttgcactaggctctaaccgaagggatttatcttcttc
tacctttccacatcctgccttatgaggatgcggctttcatgggaacatct
tgcaaacagataccagattgcagtgatagataccatccccattatcctct
ctagtctgccatacaaaactgtaagaaaagtgcatgtctattctttataa
attactcagttcaggcattttattatgaaagcataaagagatagggaatt
tagtaaagtgcctaaagaatactttttgagacttttagttctgtttctct
gtgaaatattttctttatattactgtaataaacagtgtttaaatcttgag
gcaataatcaggtctagataaaagatttatacgatgaagacttggttctc
agtatagctctggaaagtggtgggacctgtaaatagtagagcttattaga
aggaagttaaaaagtctaagtgtgtcttccaaggagagtatgggacttta
gatatgtctgcctcatttgttccaggcttgtgtgaagtgagtgatttcct
cctccatacactcctgccctggtaagttgccttgactcctcagagctact
cagcaatcaacggaacctctcataatatgagccaaagtaaccatttttta
aattctagagggtgcatgggaggtgctctgctcaatgcagaagtgtaacc
cacagccaagagacaccagctcatgtgcgttagtatagctatgtaaatgc
cctgaaataataagcattggggagagtgtagagaaaggtggaccatgtat
actactggctttgatgtaaattgagaacaacattacagaaaaaaagtatg
gcgagttccctcctttctacacacacacacacacacacagagagagagag
atagatagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagatca
gccatactatccagcagcccttcttttaagtatgtgtgtcaaaatgatgc
agtgatgtctgccactcctatgacacacctgccctttgatggtagcaggg
tattccagccaaatggattgagaaagtcttatgcatagcttatatgtggg
tgacacacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_80583788_80585004
seq2: B6Ng01-272C17.b_46_1248 (reverse)

seq1  CTAGA--AGTATTTTTTCACA-GCTTAAAACTAAATACTACTCAGGAATC  47
      |||||  |||||||||||||| |||||||||| |   |  |||| |||| 
seq2  CTAGAAGAGTATTTTTTCACAGGCTTAAAACTGA--TCATCTCA-GAATT  47

seq1  CATATTATTTTCGTCT-GCTCCTCCCAGGACACCAGTACCTGCCTTTCTT  96
      || |||| |||||| | | |||| ||  |||||||||||||| |||||||
seq2  CA-ATTA-TTTCGTTTCGGTCCTTCCCAGACACCAGTACCTG-CTTTCTT  94

seq1  TCATGGTGAAACTCCATGTCATAAAAGTCTTTAAATTCTTTATGAGAACT  146
      |||| ||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TCAT-GTG-AACT-CATGTCAT-AAAGTCTTT-AATTCTTTATGAG-ACT  138

seq1  TGCAGGTCTTTTCTCTATGTCTCTCTCGTTCTTTCTTTCCCTCCCTCCCG  196
      ||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  ||
seq2  TGCAGGTC--TTCTCTA-GTCTCTCTCG-TCTTTCTTTCCCTCCCT--CG  182

seq1  CTCCCTCTCTCACCCTTTCATTTCCCCTTCTGCAGCTACTTGTATTTTCA  246
      || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-CCTCTCTCA-CATTTCATTTCCCCTTCTGCAGCTACTTGTATTTTCA  230

seq1  CTCCAGCCTCTCTCCCCCTGCATCA-TTCCAGGTATCTCCAGGG-CCATG  294
      ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  CTCCAGCCTCTCTCCCCTTGCATCATTTCCAGGTATCTCCAGGGCCCATG  280

seq1  AAGTAAATGGTGTAAGGAGATGCTTAGTTTGTGCGCAGGTTAAGAAGAGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATGGTGTAAGGAGATGCTTAGTTTGTGCGCAGGTTAAGAAGAGT  330

seq1  GTAATCTAAGTAAGCAGACATGGTAGCATTTTTCTTGAATACCAAGCTTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTAAGTAAGCAGACATGGTAGCATTTTTCTTGAATACCAAGCTTA  380

seq1  TGTCCTTTTCTCTTTGCTGAAGAACTAGAAGGCTTTCTTAATTTAATGGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTTCTCTTTGCTGAAGAACTAGAAGGCTTTCTTAATTTAATGGT  430

seq1  GCCTTTCATTGTAGGAATGAAGCTATTCTTGTGTTTTCATACACATCTCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCATTGTAGGAATGAAGCTATTCTTGTGTTTTCATACACATCTCA  480

seq1  CCTTTGCCTTCTAGAGAGTTTTGTGTCTGGTGAGAAGAGGCGGGGTCAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCCTTCTAGAGAGTTTTGTGTCTGGTGAGAAGAGGCGGGGTCAGA  530

seq1  GCCACTGTGAATATTGGCACTGCCTTAGAGAGACTGTGTCTTTACTTAAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGTGAATATTGGCACTGCCTTAGAGAGACTGTGTCTTTACTTAAT  580

seq1  GTGTGCATTGCTCAGGAGAAAGAAAAGGACAACCCAGCCCTGTGATAGCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATTGCTCAGGAGAAAGAAAAGGACAACCCAGCCCTGTGATAGCT  630

seq1  TAATTTCTTTCAGTGTGAATTCTTGCCCTGCTCCATGTAGCACACTATGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCTTTCAGTGTGAATTCTTGCCCTGCTCCATGTAGCACACTATGA  680

seq1  TGTAGCAATCATCCTGTGCCTCAAGCCGTGATCCACCCTATGACTATACT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCAATCATCCTGTGCCTCAAGCCGTGATCCACCCTATGACTATACT  730

seq1  AAGTCCTAGAGTATTTTAGATAAGTAGATAACTATGTTTGAGTTTAGATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTAGAGTATTTTAGATAAGTAGATAACTATGTTTGAGTTTAGATA  780

seq1  TGTGTCACTAAGCAAAATACTGCAGAAAGTTAAAAATGCTTTTCGTGTTT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCACTAAGCAAAATACTGCAGAAAGTTAAAAATGCTTTTCGTGTTT  830

seq1  CTATTTTTTATACTCTATTAATCATTACCCTTCCTGAGGGAAGATAGTGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTTTATACTCTATTAATCATTACCCTTCCTGAGGGAAGATAGTGT  880

seq1  CAAGAGAATTAAACTTGTGCATTGAACTTAAAACTTGGGGCTTTAAATAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAATTAAACTTGTGCATTGAACTTAAAACTTGGGGCTTTAAATAT  930

seq1  CTATCCACACAAAAAAAGAAACATTTTATTTGATTTATGAAATGTAATGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCACACAAAAAAAGAAACATTTTATTTGATTTATGAAATGTAATGA  980

seq1  TTCTTGGCAGTCTAGTTAATGCACAATCACCAGTTTTGATGTAAGGTGTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCAGTCTAGTTAATGCACAATCACCAGTTTTGATGTAAGGTGTG  1030

seq1  GCAGCATAATGGTAGTTACAAAGTATTCAGAGAGCACTGAAGTCAGTTCA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATAATGGTAGTTACAAAGTATTCAGAGAGCACTGAAGTCAGTTCA  1080

seq1  TTGAAATGTAAGCAATCAGCAGTTACCTTCCCTGAGGTAATGTCCTCAGC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATGTAAGCAATCAGCAGTTACCTTCCCTGAGGTAATGTCCTCAGC  1130

seq1  ACATGCCTTCTGCTTGACTGTAAGACTCGGGAACCATAAATATCACTTAT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCTTCTGCTTGACTGTAAGACTCGGGAACCATAAATATCACTTAT  1180

seq1  AAAACACAAAGGTAAGAGAATTC  1217
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAAAGGTAAGAGAATTC  1203

seq1: chr3_80458928_80460037
seq2: B6Ng01-272C17.g_65_1176

seq1  GAATTCAGTGCTTTTGCACTAGGCTCTAACCGAAGGGATTTATCTTCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCTTTTGCACTAGGCTCTAACCGAAGGGATTTATCTTCTTC  50

seq1  TACCTTTCCACATCCTGCCTTATGAGGATGCGGCTTTCATGGGAACATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTCCACATCCTGCCTTATGAGGATGCGGCTTTCATGGGAACATCT  100

seq1  TGCAAACAGATACCAGATTGCAGTGATAGATACCATCCCCATTATCCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACAGATACCAGATTGCAGTGATAGATACCATCCCCATTATCCTCT  150

seq1  CTAGTCTGCCATACAAAACTGTAAGAAAAGTGCATGTCTATTCTTTATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCTGCCATACAAAACTGTAAGAAAAGTGCATGTCTATTCTTTATAA  200

seq1  ATTACTCAGTTCAGGCATTTTATTATGAAAGCATAAAGAGATAGGGAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCAGTTCAGGCATTTTATTATGAAAGCATAAAGAGATAGGGAATT  250

seq1  TAGTAAAGTGCCTAAAGAATACTTTTTGAGACTTTTAGTTCTGTTTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAGTGCCTAAAGAATACTTTTTGAGACTTTTAGTTCTGTTTCTCT  300

seq1  GTGAAATATTTTCTTTATATTACTGTAATAAACAGTGTTTAAATCTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATATTTTCTTTATATTACTGTAATAAACAGTGTTTAAATCTTGAG  350

seq1  GCAATAATCAGGTCTAGATAAAAGATTTATACGATGAAGACTTGGTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAATCAGGTCTAGATAAAAGATTTATACGATGAAGACTTGGTTCTC  400

seq1  AGTATAGCTCTGGAAAGTGGTGGGACCTGTAAATAGTAGAGCTTATTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGCTCTGGAAAGTGGTGGGACCTGTAAATAGTAGAGCTTATTAGA  450

seq1  AGGAAGTTAAAAAGTCTAAGTGTGTCTTCCAAGGAGAGTATGGGACTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTTAAAAAGTCTAAGTGTGTCTTCCAAGGAGAGTATGGGACTTTA  500

seq1  GATATGTCTGCCTCATTTGTTCCAGGCTTGTGTGAAGTGAGTGATTTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTCTGCCTCATTTGTTCCAGGCTTGTGTGAAGTGAGTGATTTCCT  550

seq1  CCTCCATACACTCCTGCCCTGGTAAGTTGCCTTGACTCCTCAGAGCTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATACACTCCTGCCCTGGTAAGTTGCCTTGACTCCTCAGAGCTACT  600

seq1  CAGCAATCAACGGAACCTCTCATAATATGAGCCAAAGTAACCATTTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATCAACGGAACCTCTCATAATATGAGCCAAAGTAACCATTTTTTA  650

seq1  AATTCTAGAGGGTGCATGGGAGGTGCTCTGCTCAATGCAGAAGTGTAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAGAGGGTGCATGGGAGGTGCTCTGCTCAATGCAGAAGTGTAACC  700

seq1  CACAGCCAAGAGACACCAGCTCATGTGCGTTAGTATAGCTATGTAAATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCAAGAGACACCAGCTCATGTGCGTTAGTATAGCTATGTAAATGC  750

seq1  CCTGAAATAATAAGCATTGGGGAGAGTGTAGAG-AAGGTGGACCATGTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTGAAATAATAAGCATTGGGGAGAGTGTAGAGAAAGGTGGACCATGTAT  800

seq1  ACTACTGGCTTTGATGTAAATTGAGAACAACATTACAGAAAAAAAGTATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTGGCTTTGATGTAAATTGAGAACAACATTACAGAAAAAAAGTATG  850

seq1  GCGAGTTCCCTCC-TTCTACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAG  898
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGTTCCCTCCTTTCTACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAG  900

seq1  ATAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATCA  950

seq1  GCCATACTATCCAGCAGCCCTTCTTTTAAGTATGTGTGTCAAAATGATGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACTATCCAGCAGCCCTTCTTTTAAGTATGTGTGTCAAAATGATGC  1000

seq1  AGTGATGTCTG-CACTCCTATGACACACCTGCCCTTTTGATGGTAGGCAG  1047
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  AGTGATGTCTGCCACTCCTATGACACACCTGCCC-TTTGATGGTA-GCAG  1048

seq1  GGTATTCCAGCCCAAATGGATGAGGAAAGTCTTATGCATAGC-TATATGT  1096
      |||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGTATTCCAG-CCAAATGGATTGAGAAAGTCTTATGCATAGCTTATATGT  1097

seq1  -GGTGACACACACAC  1110
       ||||||||||||||
seq2  GGGTGACACACACAC  1112