BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273M07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 153,205,969 - 153,308,158
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt6galnac3
Upstream geneAk5, LOC100040705, Pigk, Rpl29-ps1, St6galnac5, LOC100040750
Downstream geneEG545578, Asb17, Msh4, Rabggtb, Acadm, Slc44a5, LOC100040980, Lhx8, LOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273M07.bB6Ng01-273M07.g
ACCGA075255GA075256
length1,0471,173
definitionB6Ng01-273M07.b B6Ng01-273M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,307,123 - 153,308,158)(153,205,969 - 153,207,147)
sequence
ggaattcctaattttactttctgtaagaagtaaacctcaaatatgtgaac
tggatggcttccttgggtgaacacttctggcgaattggaatggatggaaa
tgacagctcactgtttaatggggaacgtagcttcagccgtgcaagttgaa
aatagcccgggactaggcaggtggcgtggtggttggcgctaatgagaaag
tatttagtaccactgagccacacacttacagacgtgtaggtagtgacctt
tacgttgtgtgcactctaccaaaagtttattttttaaagggctaaaagaa
aagcctccttgagagagcctttgtgtctgagctttgacttggtaaatata
gatattaagtataattgtacattgtggatgtttaagggtcattattctgg
actccagtgctcatgttaggactggtggagataaactgtgtagggactca
agacatgcttggggaagtgctaacaatatttctatgttgttttacattcc
tgagaaccattcctctcggaaatatacggaggcaaaagtaatttgggcct
tcattaattgggttctaatttatctagctatctaatttaggctctccatt
aaaggaccagctacctaatgtagtatttcattttaaccgatttcatatgc
agtcattgcaggagaaagctgattgcagggggctctcctcccttccctac
cttccctcctccatggtgcgtcgtgttcttgacagtcagtaaatgtttct
gaaggtcatctgtggtgcagaggggaattaatatgaaaatgcgtttaata
aataagctgtcagacggctctcctagatgccaggagccgcatcgaggctt
cttgccttttctttcagctgtgtgtatggggagcggggttcataggggcg
ctcggaggcgtcccttacaggccttggtaatcatttctagcgtagcgttt
cttctcttcgctttcattccctcttgagtgacagagccattttctctcaa
gaatccaagcccctccccaggaaccgggggtgggggggttgggggaa
gaattctccctgtgagcaggtctggtccatgggacaactgacccaggatg
caggcagaaagccggactgggctctcacagtctttcctttctcctggttt
ctttctggcttcttgcagagcttctggaaaaggtaacaaagctatagggc
gatctacctgcttaccagcaaacgtgcaccggctcgccaacaggacgagt
gctgcacctaccatcagttctctggagatgcactggtgttgtacgacggt
aaagctcgtgtgtctgcttggagtccaggcagaataatgacacacagggt
gactacccgtaattatgatgccttcgctgtgatcatccataacagtggcc
ctcggaagccttagacatgtcacctgtaactgtgtcactcggaggcctta
gacatgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctg
taactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaactgtgacact
cagaagccttagatatgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttaga
catgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgta
actgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcg
gaagccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagaca
tgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaac
tgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcaga
agccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatg
tcacctgtaactgtgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaactg
tgacactcggaggccttagacatgtcacctgtaactgtgacactcggagg
ccttagacatgtcactgtactgtgacactcggaggccttagacatgtcac
tgtactgtgacactcgggaggccttagacagtcactgtactgtgacactc
cgaggccttaagacatgtcactgtactgtgacacctcagtaggctagaac
atgttcacctggtacctggtgtacttcggagccttaactgaacactcgta
gtaatgctccatcttcatccaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_153307123_153308158
seq2: B6Ng01-273M07.b_49_1094 (reverse)

seq1  TCCCCCA---CCCCCACCCCC-GTTCCTGGGGAGGGGC-TGGATTC-TGA  44
      |||||||   ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  TCCCCCAACCCCCCCACCCCCGGTTCCTGGGGAGGGGCTTGGATTCTTGA  50

seq1  GAGAAAATGGCTCTGTCACTCAAGAGGG-ATG-AAGCG-AGAGGAGAAAC  91
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||
seq2  GAGAAAATGGCTCTGTCACTCAAGAGGGAATGAAAGCGAAGAGAAGAAAC  100

seq1  GCTACGCTAGAAATGATTACCAAGGCCTGTAAGGGACGCCTCCGAGCGCC  141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACGCTAGAAATGATTACCAAGGCCTGTAAGGGACGCCTCCGAGCGCC  150

seq1  CCTATGAACCCCGCTCCCCATACACACAGCTGAAAGAAAAGGCAAGAAGC  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAACCCCGCTCCCCATACACACAGCTGAAAGAAAAGGCAAGAAGC  200

seq1  CTCGATGCGGCTCCTGGCATCTAGGAGAGCCGTCTGACAGCTTATTTATT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGATGCGGCTCCTGGCATCTAGGAGAGCCGTCTGACAGCTTATTTATT  250

seq1  AAACGCATTTTCATATTAATTCCCCTCTGCACCACAGATGACCTTCAGAA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGCATTTTCATATTAATTCCCCTCTGCACCACAGATGACCTTCAGAA  300

seq1  ACATTTACTGACTGTCAAGAACACGACGCACCATGGTGGAGGGAAGGTAG  341
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACATTTACTGACTGTCAAGAACACGACGCACCATGGAGGAGGGAAGGTAG  350

seq1  GGAAGGGAGGAGAGCCCCCTGCAATCAGCTTTCTCCTGC-ATGACTGCAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGAAGGGAGGAGAGCCCCCTGCAATCAGCTTTCTCCTGCAATGACTGCAT  400

seq1  ATGAAATCGGTTAAAATGAAATACTACATTAGGTAGCTGGTCCTTTAATG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATCGGTTAAAATGAAATACTACATTAGGTAGCTGGTCCTTTAATG  450

seq1  GAGAGCCTAAATTAGATAGCTAGATAAATTAGAACCCAATTAATGAAGGC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCTAAATTAGATAGCTAGATAAATTAGAACCCAATTAATGAAGGC  500

seq1  CCAAATTACTTTTGCCTCCGTATATTTCCGAGAGGAATGGTTCTCAGGAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTACTTTTGCCTCCGTATATTTCCGAGAGGAATGGTTCTCAGGAA  550

seq1  TGTAAAACAACATAGAAATATTGTTAGCACTTCCCCAAGCATGTCTTGAG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAACAACATAGAAATATTGTTAGCACTTCCCCAAGCATGTCTTGAG  600

seq1  TCCCTACACAGTTTATCTCCACCAGTCCTAACATGAGCACTGGAGTCCAG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACACAGTTTATCTCCACCAGTCCTAACATGAGCACTGGAGTCCAG  650

seq1  AATAATGACCCTTAAACATCCACAATGTACAATTATACTTAATATCTATA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGACCCTTAAACATCCACAATGTACAATTATACTTAATATCTATA  700

seq1  TTTACCAAGTCAAAGCTCAGACACAAAGGCTCTCTCAAGGAGGCTTTTCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCAAGTCAAAGCTCAGACACAAAGGCTCTCTCAAGGAGGCTTTTCT  750

seq1  TTTAGCCCTTTAAAAAATAAACTTTTGGTAGAGTGCACACAACGTAAAGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCCTTTAAAAAATAAACTTTTGGTAGAGTGCACACAACGTAAAGG  800

seq1  TCACTACCTACACGTCTGTAAGTGTGTGGCTCAGTGGTACTAAATACTTT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACCTACACGTCTGTAAGTGTGTGGCTCAGTGGTACTAAATACTTT  850

seq1  CTCATTAGCGCCAACCACCACGCCACCTGCCTAGTCCCGGGCTATTTTCA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAGCGCCAACCACCACGCCACCTGCCTAGTCCCGGGCTATTTTCA  900

seq1  ACTTGCACGGCTGAAGCTACGTTCCCCATTAAACAGTGAGCTGTCATTTC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCACGGCTGAAGCTACGTTCCCCATTAAACAGTGAGCTGTCATTTC  950

seq1  CATCCATTCCAATTCGCCAGAAGTGTTCACCCAAGGAAGCCATCCAGTTC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATTCCAATTCGCCAGAAGTGTTCACCCAAGGAAGCCATCCAGTTC  1000

seq1  ACATATTTGAGGTTTACTTCTTACAGAAAGTAAAATTAGGAATTCC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTGAGGTTTACTTCTTACAGAAAGTAAAATTAGGAATTCC  1046

seq1: chr3_153205969_153207147
seq2: B6Ng01-273M07.g_71_1243

seq1  GAATTCTCCCTGTGAGCAGGTCTGGTCCATGGGACAACTGACCCAGGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTGTGAGCAGGTCTGGTCCATGGGACAACTGACCCAGGATG  50

seq1  CAGGCAGAAAGCCGGACTGGGCTCTCACAGTCTTTCCTTTCTCCTGGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGAAAGCCGGACTGGGCTCTCACAGTCTTTCCTTTCTCCTGGTTT  100

seq1  CTTTCTGGCTTCTTGCAGAGCTTCTGGAAAAGGTAACAAAGCTATAGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGCTTCTTGCAGAGCTTCTGGAAAAGGTAACAAAGCTATAGGGC  150

seq1  GATCTACCTGCTTACCAGCAAACGTGCACCGGCTCGCCAACAGGACGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACCTGCTTACCAGCAAACGTGCACCGGCTCGCCAACAGGACGAGT  200

seq1  GCTGCACCTACCATCAGTTCTCTGGAGATGCACTGGTGTTGTACGACGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCACCTACCATCAGTTCTCTGGAGATGCACTGGTGTTGTACGACGGT  250

seq1  AAAGCTCGTGTGTCTGCTTGGAGTCCAGGCAGAATAATGACACACAGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCGTGTGTCTGCTTGGAGTCCAGGCAGAATAATGACACACAGGGT  300

seq1  GACTACCCGTAATTATGATGCCTTCGCTGTGATCATCCATAACAGTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCCGTAATTATGATGCCTTCGCTGTGATCATCCATAACAGTGGCC  350

seq1  CTCGGAAGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGTCACTCGGAGGCCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGAAGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGTCACTCGGAGGCCTTA  400

seq1  GACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTG  450

seq1  TAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACT  500

seq1  CAGAAGCCTTAGATATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCCTTAGATATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGA  550

seq1  CATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTA  600

seq1  ACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCG  650

seq1  GAAGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACA  700

seq1  TGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAAC  750

seq1  TGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCAGA  800

seq1  AGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATG  850

seq1  TCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTG  900

seq1  TGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGG  950

seq1  CCTTAGACATGTCACCTGTAACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTC  1000
      |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGACATGTCA-CTGT-ACTGTGACACTCGGAGGCCTTAGACATGTC  998

seq1  ACCTGTAACTGTGACACTC-GGAGGCCTTAGACAGGTCACCTGTAACTGT  1049
      | |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||
seq2  A-CTGT-ACTGTGACACTCGGGAGGCCTTAGACA-GTCA-CTGT-ACTGT  1043

seq1  GACACTCGGAGGCCTT-AGACATGTCACCTGTAACTGTGACA-CTCAGAA  1097
      ||||||| |||||||| |||||||||| |||| ||||||||| ||||| |
seq2  GACACTCCGAGGCCTTAAGACATGTCA-CTGT-ACTGTGACACCTCAGTA  1091

seq1  GCCTTAGACATG-TCACCT-GTAACT-GTGACATTCGGAAGCCTTACATG  1144
      | ||   ||||| |||||| ||| || |||   ||||| |||||||  ||
seq2  GGCTAGAACATGTTCACCTGGTACCTGGTGTACTTCGG-AGCCTTAACTG  1140

seq1  AACATCTTTAATAATGGCTCCCATCTTCATCCAGA  1179
      ||||    || |||| ||| |||||||||||||||
seq2  AACACTCGTAGTAAT-GCT-CCATCTTCATCCAGA  1173