BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274P22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 52,812,938 - 52,960,263
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCog6, Lhfp, LOC100039808
Upstream geneLOC433587, LOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1, LOC100039762, LOC100039832
Downstream geneLOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2, Ppia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937, Trpc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274P22.bB6Ng01-274P22.g
ACCGA076151GA076152
length1,1551,094
definitionB6Ng01-274P22.b B6Ng01-274P22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,812,938 - 52,814,093)(52,959,159 - 52,960,263)
sequence
gaattcaatattaatacacatggaaaaatttactcactttgagcccaccg
gtaaagtctttcataagcagtttcttgaagcaaggccatctgttccataa
tctccaaacttaagtgaaaattaaaaaattattagaatgcaaactttagt
caacagttgtacctaagaatttattcaggtttaattacataacaatttag
cccttactaactttttatcattttatggaatttttttagtaatttgttta
caattaagttgtaacttaattctaccagctaattcccactagtttttttt
ttttcagtcaaacacatgaggcgatacacttccaactttcccaaaggcta
atgaagattacattcctattgcaaagaccatcatttcagaagccagagtg
actctaatgtttacaatgcaagcatcactgcagctagctctccaagcgcc
tactcaccctgccgtctgctggttggttcgcaaaagaaccttgacgtcat
tatgaatctgtttcactcttcccaatgccttgaaaaagtcctttaaaatt
aaaaatgtcatttaaaaagccaaacaaacctgtgttttcaggaaaaagta
cactattctgaattaaaagatcactacaaaggtgaaacaatattgtattc
tattctattctattctattctattccaatgaagtcttacagatttcatct
gcatttatagaaggcataataggtatttcttctcattttaagcctgccat
taatctagtgcccacgacgtaacaaacactatgctagttgcctgtaatag
gaaatgtgtaaagactaagtccccgtcctcagcaagcacacggccgagtg
agaggactgcagtcctggactgcaagccttgtgtctctgctacatctgca
ctccacgtgcattcctgctccctcacagtaggagagactggggagatgct
tatcaaacagatgggaactctgggacaaattgcataactttaaggaaaaa
agaagaagaaaatagcatttaaggcagctttatatagcaatttaaggaaa
tagcatttagaagctttatagtcttgtcactcagctgcaaggtgtgggca
aagctagagagagagagtagaactaagcaaattccagttaagcaggataa
ggtta
gaattccaggtcagctaggctacatagtgagaccttatctcaaaacatga
atgaagaatgcatacataaataagatatagagagtcaaaataggtttgct
agaatgaagaagtccttttgtaaacatttcttagactcagcaagacccct
ctcctttagtgtctttcccttatcagctataataccatacactggctgca
gagatggctctgttgataaagtccttgccacacagcctaaggacccaagc
tccatccctggtatctgtgtgaacagcaaggcacagctcatgtatctgta
atcccaatgttggggagaaggacagaaggattcacccacagattactgac
caggtagtcggcttcaggttcagtgtgagaccctgtctcaaaacactaag
atagggagccattaaggaagatattcaaaattaacctctatgtgtacaac
ccacaacacacacacgttcacatatacaaactcttacacgtccatatacc
ccaatacacaaaagaacaaaaagattaaagataagtaaagtaataacaac
cactatatttaatttgctaagaaaattcttgtcaaacttagaataatgag
cttcatttcaattttagtaatattaacaatttatcttcagttcatagtct
gttttcctgtagtgtatcactttcctatgtggtaattaagcatcagctat
aaagatctaagttaaaaagaaaacttctcagtgacaaacacagactttga
aaaaaaatcctaatcaatcaaaatgaaattcccctttctttcaggatata
atagattccaatctatcagcacacacatgttcctaacctagcaagcagag
ggaccgccaccccctaagctgattgtccatgatatatggatccgttattt
acaataattgctaatactggggtaaacatgtcaagctacggagggagatg
gtttctgcatcacaacttggcaacgatgacctttagggactttgaataaa
atatggggactttaaggaaacaaaaccatggattcaaaacacaggaagag
tgacgcagatgttaggtgatgctttagttatggcgtttcatttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_52812938_52814093
seq2: B6Ng01-274P22.b_43_1197

seq1  GAATTCAATATTAATACACATGGAAAAATTTACTCACTTTGAGCCCACCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATTAATACACATGGAAAAATTTACTCACTTTGAGCCCACCG  50

seq1  GTAAAGTCTTTCATAAGCAGTTTCTTGAAGCAAGGCCATCTGTTCCATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTCTTTCATAAGCAGTTTCTTGAAGCAAGGCCATCTGTTCCATAA  100

seq1  TCTCCAAACTTAAGTGAAAATTAAAAAATTATTAGAATGCAAACTTTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAAACTTAAGTGAAAATTAAAAAATTATTAGAATGCAAACTTTAGT  150

seq1  CAACAGTTGTACCTAAGAATTTATTCAGGTTTAATTACATAACAATTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTTGTACCTAAGAATTTATTCAGGTTTAATTACATAACAATTTAG  200

seq1  CCCTTACTAACTTTTTATCATTTTATGGAATTTTTTTAGTAATTTGTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTACTAACTTTTTATCATTTTATGGAATTTTTTTAGTAATTTGTTTA  250

seq1  CAATTAAGTTGTAACTTAATTCTACCAGCTAATTCCCACTAGTTTTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAGTTGTAACTTAATTCTACCAGCTAATTCCCACTAGTTTTTTTT  300

seq1  TTTTCAGTCAAACACATGAGGCGATACACTTCCAACTTTCCCAAAGGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTCAAACACATGAGGCGATACACTTCCAACTTTCCCAAAGGCTA  350

seq1  ATGAAGATTACATTCCTATTGCAAAGACCATCATTTCAGAAGCCAGAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGATTACATTCCTATTGCAAAGACCATCATTTCAGAAGCCAGAGTG  400

seq1  ACTCTAATGTTTACAATGCAAGCATCACTGCAGCTAGCTCTCCAAGCGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAATGTTTACAATGCAAGCATCACTGCAGCTAGCTCTCCAAGCGCC  450

seq1  TACTCACCCTGCCGTCTGCTGGTTGGTTCGCAAAAGAACCTTGACGTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCACCCTGCCGTCTGCTGGTTGGTTCGCAAAAGAACCTTGACGTCAT  500

seq1  TATGAATCTGTTTCACTCTTCCCAATGCCTTGAAAAAGTCCTTTAAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATCTGTTTCACTCTTCCCAATGCCTTGAAAAAGTCCTTTAAAATT  550

seq1  AAAAATGTCATTTAAAAAGCCAAACAAACCTGTGTTTTCAGGAAAAAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTCATTTAAAAAGCCAAACAAACCTGTGTTTTCAGGAAAAAGTA  600

seq1  CACTATTCTGAATTAAAAGATCACTACAAAGGTGAAACAATATTGTATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTCTGAATTAAAAGATCACTACAAAGGTGAAACAATATTGTATTC  650

seq1  TATTCTATTCTATTCTATTCTATTCCAATGAAGTCTTACAGATTTCATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATTCTATTCTATTCTATTCCAATGAAGTCTTACAGATTTCATCT  700

seq1  GCATTTATAGAAGGCATAATAGGTATTTCTTCTCATTTTAAGCCTGCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTATAGAAGGCATAATAGGTATTTCTTCTCATTTTAAGCCTGCCAT  750

seq1  TAATCTAGTGCCCACGACGTAACAAACACTATGCTAGTTGCCTGTAATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTAGTGCCCACGACGTAACAAACACTATGCTAGTTGCCTGTAATAG  800

seq1  GAAATGTGTAAAGACTAAGTCCCCGTCCTCAGCAAGCACACGGCCGAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTGTAAAGACTAAGTCCCCGTCCTCAGCAAGCACACGGCCGAGTG  850

seq1  AGAGGACTGCAGTCCTGGACTGCAAGCCTTGTGTCTCTGCTACATCTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACTGCAGTCCTGGACTGCAAGCCTTGTGTCTCTGCTACATCTGCA  900

seq1  CTCCACGTGCATTCCTGCTCCCTCACCAGTAGGAGAGACT-GGGAGATGC  949
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  CTCCACGTGCATTCCTGCTCCCTCA-CAGTAGGAGAGACTGGGGAGATGC  949

seq1  TTATCAAACAGATGGG-ACTCT-GGACAAATTGCATAACTTTAAGGAAAA  997
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAACAGATGGGAACTCTGGGACAAATTGCATAACTTTAAGGAAAA  999

seq1  A--GAGAAG-AAATAGCATTTAAGCAGGCTTTATAATAGC-ATTTAA-GA  1042
      |   ||||| ||||||||||||||   ||||||| ||||| |||||| ||
seq2  AAGAAGAAGAAAATAGCATTTAAGGCAGCTTTAT-ATAGCAATTTAAGGA  1048

seq1  AATAGCATTTAAGAGGCTTTATAGGTCTGTCACTCAGCCTGCAAAGTGT-  1091
      |||||||||| ||| |||||||||   |||||||||| |||||| |||| 
seq2  AATAGCATTT-AGAAGCTTTATAGTCTTGTCACTCAG-CTGCAAGGTGTG  1096

seq1  GGCAAAGCATAAAAGAGAGAGAGAGAAAGAAATAAGCAAATTCCAATTTA  1141
      ||||||||     ||||||||||||  |||| |||||||||||| | |||
seq2  GGCAAAGC----TAGAGAGAGAGAG-TAGAACTAAGCAAATTCC-AGTTA  1140

seq1  AGCAGGATAAAGTTA  1156
      |||||||||| ||||
seq2  AGCAGGATAAGGTTA  1155

seq1: chr3_52959159_52960263
seq2: B6Ng01-274P22.g_66_1159 (reverse)

seq1  CAAATGAAACGCATTAACTAAAAGCATCACCTAACATCTGCGTCACTCTT  50
      ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAAATGAAACGCCATAACT-AAAGCATCACCTAACATCTGCGTCACTC-T  48

seq1  TCCTGTGTTTTGAAATCCATGGTTTTGTTTTTCCTTTAAAGTCCCCTTAT  100
      |||||||||||| |||||||||||||||||   | ||||||||||| || 
seq2  TCCTGTGTTTTG-AATCCATGGTTTTGTTT---CCTTAAAGTCCCCATA-  93

seq1  TTTTATTCAAAGTCCCCTTAAGGTCATCGTTTGCCAAGTTTGTGGATGCA  150
      ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||
seq2  TTTTATTCAAAGT-CCCTAAAGGTCATCG-TTGCCAAG-TTGT-GATGCA  139

seq1  GAAACCATCT-CCTCCGTAGCTTGACATGTTTACCCCAGTATTAGCAATT  199
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAAACCATCTCCCTCCGTAGCTTGACATGTTTACCCCAGTATTAGCAA-T  188

seq1  TATTGTAAATAACGGATCCATATATCATGGACAATCAGCTTAGGGGGTGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTAAATAACGGATCCATATATCATGGACAATCAGCTTAGGGGGTGG  238

seq1  CGGTCCCTCTGCTTGCTAGGTTAGGAACATGTGTGTGCTGATAGATTGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCCCTCTGCTTGCTAGGTTAGGAACATGTGTGTGCTGATAGATTGGA  288

seq1  ATCTATTATATCCTGAAAGAAAGGGGAATTTCATTTTGATTGATTAGGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTATATCCTGAAAGAAAGGGGAATTTCATTTTGATTGATTAGGAT  338

seq1  TTTTTTTCAAAGTCTGTGTTTGTCACTGAGAAGTTTTCTTTTTAACTTAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCAAAGTCTGTGTTTGTCACTGAGAAGTTTTCTTTTTAACTTAG  388

seq1  ATCTTTATAGCTGATGCTTAATTACCACATAGGAAAGTGATACACTACAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTATAGCTGATGCTTAATTACCACATAGGAAAGTGATACACTACAG  438

seq1  GAAAACAGACTATGAACTGAAGATAAATTGTTAATATTACTAAAATTGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACAGACTATGAACTGAAGATAAATTGTTAATATTACTAAAATTGAA  488

seq1  ATGAAGCTCATTATTCTAAGTTTGACAAGAATTTTCTTAGCAAATTAAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCTCATTATTCTAAGTTTGACAAGAATTTTCTTAGCAAATTAAAT  538

seq1  ATAGTGGTTGTTATTACTTTACTTATCTTTAATCTTTTTGTTCTTTTGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGTTGTTATTACTTTACTTATCTTTAATCTTTTTGTTCTTTTGTG  588

seq1  TATTGGGGTATATGGACGTGTAAGAGTTTGTATATGTGAACGTGTGTGTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGGGTATATGGACGTGTAAGAGTTTGTATATGTGAACGTGTGTGTG  638

seq1  TTGTGGGTTGTACACATAGAGGTTAATTTTGAATATCTTCCTTAATGGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGTTGTACACATAGAGGTTAATTTTGAATATCTTCCTTAATGGCT  688

seq1  CCCTATCTTAGTGTTTTGAGACAGGGTCTCACACTGAACCTGAAGCCGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATCTTAGTGTTTTGAGACAGGGTCTCACACTGAACCTGAAGCCGAC  738

seq1  TACCTGGTCAGTAATCTGTGGGTGAATCCTTCTGTCCTTCTCCCCAACAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGTCAGTAATCTGTGGGTGAATCCTTCTGTCCTTCTCCCCAACAT  788

seq1  TGGGATTACAGATACATGAGCTGTGCCTTGCTGTTCACACAGATACCAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTACAGATACATGAGCTGTGCCTTGCTGTTCACACAGATACCAGG  838

seq1  GATGGAGCTTGGGTCCTTAGGCTGTGTGGCAAGGACTTTATCAACAGAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGCTTGGGTCCTTAGGCTGTGTGGCAAGGACTTTATCAACAGAGC  888

seq1  CATCTCTGCAGCCAGTGTATGGTATTATAGCTGATAAGGGAAAGACACTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGCAGCCAGTGTATGGTATTATAGCTGATAAGGGAAAGACACTA  938

seq1  AAGGAGAGGGGTCTTGCTGAGTCTAAGAAATGTTTACAAAAGGACTTCTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAGGGGTCTTGCTGAGTCTAAGAAATGTTTACAAAAGGACTTCTT  988

seq1  CATTCTAGCAAACCTATTTTGACTCTCTATATCTTATTTATGTATGCATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTAGCAAACCTATTTTGACTCTCTATATCTTATTTATGTATGCATT  1038

seq1  CTTCATTCATGTTTTGAGATAAGGTCTCACTATGTAGCCTAGCTGACCTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTCATGTTTTGAGATAAGGTCTCACTATGTAGCCTAGCTGACCTG  1088

seq1  GAATTC  1105
      ||||||
seq2  GAATTC  1094