BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275A21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 141,059,765 - 141,186,573
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUnc5c, LOC100039923
Upstream geneLOC621343, 4930590L14Rik, Pdha2
Downstream geneBmpr1b, Gabarapl2-ps3, Pdlim5, Gbp5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275A21.bB6Ng01-275A21.g
ACCGA076195GA076196
length1,1831,157
definitionB6Ng01-275A21.b B6Ng01-275A21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,059,765 - 141,060,950)(141,185,419 - 141,186,573)
sequence
gaattcactaatggctcacctcccagaagcatagaaagttcctgtgcaca
taaaataattagggcagttcttgggtgtgtggaattttaaccctctgcca
tttgcaaatgaagaatttgtaaatctttatttccttgggtccccttggaa
ctggtccctagaacagaaaaaaaaaaatctaaatcctcacatctttgaaa
agtcctggtgtctcactaactgagatctcctccttaatgtgagggaagaa
ttggtcatcactaaaatatctttcttagcatactgacagttgtcaatgag
tgaatgaatgaatgaatgaatgaacatctcctgtgttattagtctaaact
ctccagcatacttcaatagctttctcttcatatggtcttacattggtttc
cttctagaagatgagctgaagaaaatgaattaagtttaataattctttgg
aaactttccaggaactgtaagctgtggggtaaagtgagacaggaaagaac
tatctcagagcatgctgatgtccagcttgtcatggccattgccatagtgt
agtggatagctcagatgacctatggacttatgggaaactccttaaaagaa
accagattcccctcacctaaggatcaaggaaactgtttatctgctgatgg
ctgtttatccgtgccttgagtctctgtttgaaattaacaattagaggtat
ctaactcactcctctaattcacctgtcaggagatcaggaaagacagccac
agggatttataggtggaatccactgatctgtgcaatgtggaacttacaga
ggacacacaggcaaaattcctttctacaaagcatcagacttcataagctc
aatcttatacagcaaaacaaagatagattaaaatgtgacagaataaccca
aagtcagtttgactgtaaaattgagacagattacctacacagtatgcacg
tgtgcacaggtagatatacatccctttatgcaccagtgaacaaacactta
gaatcacgtcatctgatttccctcattctaaattcatcgatcaggtcact
atcataaaaatatttagtttgaaaagatgatctttcaatgtcctgccatc
cacctgatcaaattgaatgagctgtatggccaattgggaacagctcagct
acctcctttaggttctgaacgcatagactgctc

gaattcatggttagataaactatgaacactacgagtgagaatcgagtgtt
aaacactagattttcaaactaagcttttagtgtactcattatcttttaaa
gagaatttactaaatattttctaacgaaataccatttactctgtggattg
aaataatacatagattaacattcagcaactctttttatctaggaaaacca
ataatagtacatagagtaaaagaataaacacactgtgaatcccaacgaat
ctttctgtttaacttttaaaatcatacttaggtattcatttccaggtctg
tgctatggggcagaagctatctaggtcttcgaggcaccgactaaataggt
caggaaattttaaaacatagacacaagcttgcagcagactcctgcttgcc
tcagagagctgtgcaagttatcagtactttgttaggtcagagtgaaagat
ggcaggttgatcaacattagtacaacccaaaggctagctatgttattaat
aaacaatgggcaggccagtgatagataggaaatcctcagtactagttcca
gttcatataagatttcaatttcaatgccattttttctcttaaaaaaattg
aatctgtcaaatatatagtatgtttcaagattaaatcaagactctgatat
aaaaatataatgagtacatattaaacctgtaggagttatcttgactcact
ctggtgagctttacaatgtctgccagattaaaaaggaaagaaagaaaatc
actcttatgctcaaaaataaaaaggaaatataggtgaatatagcttagct
tattgcagatcttgaagggtgatgctttttggcagacataggtatgaatc
aagtgactcttgccttctcttatgttctgaagggcaatgcctttatgttc
tagtggcagtgtgcaaaaaggttctgtatgttctgatacttaaagacaca
acaacaacaacagcttctgacttattcaacggttttgggatctttaagag
attactaatgatatatctccttaaaatcaataggaagaaattcatgctaa
tatgtaacctaattgactggtgagagcacttcttagaaggagaactacta
ttatttcaatttctctctacaccagatacatgtctaggtgtaattctgaa
atattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_141059765_141060950
seq2: B6Ng01-275A21.b_45_1227

seq1  GAATTCACTAATGGCTCACCTCCCAGAAGCATAGAAAGTTCCTGTGCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAATGGCTCACCTCCCAGAAGCATAGAAAGTTCCTGTGCACA  50

seq1  TAAAATAATTAGGGCAGTTCTTGGGTGTGTGGAATTTTAACCCTCTGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAATTAGGGCAGTTCTTGGGTGTGTGGAATTTTAACCCTCTGCCA  100

seq1  TTTGCAAATGAAGAATTTGTAAATCTTTATTTCCTTGGGTCCCCTTGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAATGAAGAATTTGTAAATCTTTATTTCCTTGGGTCCCCTTGGAA  150

seq1  CTGGTCCCTAGAACAGAAAAAAAAAAATCTAAATCCTCACATCTTTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCCTAGAACAGAAAAAAAAAAATCTAAATCCTCACATCTTTGAAA  200

seq1  AGTCCTGGTGTCTCACTAACTGAGATCTCCTCCTTAATGTGAGGGAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGGTGTCTCACTAACTGAGATCTCCTCCTTAATGTGAGGGAAGAA  250

seq1  TTGGTCATCACTAAAATATCTTTCTTAGCATACTGACAGTTGTCAATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCATCACTAAAATATCTTTCTTAGCATACTGACAGTTGTCAATGAG  300

seq1  TGAATGAATGAATGAATGAATGAACATCTCCTGTGTTATTAGTCTAAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAATGAATGAATGAATGAACATCTCCTGTGTTATTAGTCTAAACT  350

seq1  CTCCAGCATACTTCAATAGCTTTCTCTTCATATGGTCTTACATTGGTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCATACTTCAATAGCTTTCTCTTCATATGGTCTTACATTGGTTTC  400

seq1  CTTCTAGAAGATGAGCTGAAGAAAATGAATTAAGTTTAATAATTCTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGAAGATGAGCTGAAGAAAATGAATTAAGTTTAATAATTCTTTGG  450

seq1  AAACTTTCCAGGAACTGTAAGCTGTGGGGTAAAGTGAGACAGGAAAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTCCAGGAACTGTAAGCTGTGGGGTAAAGTGAGACAGGAAAGAAC  500

seq1  TATCTCAGAGCATGCTGATGTCCAGCTTGTCATGGCCATTGCCATAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGAGCATGCTGATGTCCAGCTTGTCATGGCCATTGCCATAGTGT  550

seq1  AGTGGATAGCTCAGATGACCTATGGACTTATGGGAAACTCCTTAAAAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATAGCTCAGATGACCTATGGACTTATGGGAAACTCCTTAAAAGAA  600

seq1  ACCAGATTCCCCTCACCTAAGGATCAAGGAAACTGTTTATCTGCTGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATTCCCCTCACCTAAGGATCAAGGAAACTGTTTATCTGCTGATGG  650

seq1  CTGTTTATCCGTGCCTTGAGTCTCTGTTTGAAATTAACAATTAGAGGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATCCGTGCCTTGAGTCTCTGTTTGAAATTAACAATTAGAGGTAT  700

seq1  CTAACTCACTCCTCTAATTCACCTGTCAGGAGATCAGGAAAGACAGCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCACTCCTCTAATTCACCTGTCAGGAGATCAGGAAAGACAGCCAC  750

seq1  AGGGATTTATAGGTGGAATCCACTGATCTGTGCAATGTGGAACTTACAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTTATAGGTGGAATCCACTGATCTGTGCAATGTGGAACTTACAGA  800

seq1  GGACACACAGGCAAAATTCCTTTCTACAAAGCATCAGACTTCATAAGCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACACAGGCAAAATTCCTTTCTACAAAGCATCAGACTTCATAAGCTC  850

seq1  AATCTTATACAGCAAAACAAAGATAGATTAAAATGTGACAGAATAACCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTATACAGCAAAACAAAGATAGATTAAAATGTGACAGAATAACCCA  900

seq1  AAGTCAGTTTGACTGTAAAATTGAGACAGATTACCTACACAGTATGCACG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGTTTGACTGTAAAATTGAGACAGATTACCTACACAGTATGCACG  950

seq1  TGTGCACAGGTAGATATAACAT-CCTTTATGCACCAGTGAACAAACACTT  999
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACAGGTAGATAT-ACATCCCTTTATGCACCAGTGAACAAACACTT  999

seq1  AGAATCACGTCATTCTGATTTCCCTCA-TCTAATTCAATCGAATCAAGGT  1048
      |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  |||| ||| ||||
seq2  AGAATCACGTCA-TCTGATTTCCCTCATTCTAAATTCATCG-ATC-AGGT  1046

seq1  CAACTATCAT-AAAATA-TTAGTTTGAAAAAGATGATC-TTCCATGT-CT  1094
      | |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||| ||
seq2  C-ACTATCATAAAAATATTTAGTTTG-AAAAGATGATCTTTCAATGTCCT  1094

seq1  GCCATCAACCTGATCAAAATGAATTGAAGTTGTATGGC--ATTTGAGACA  1142
      |||||| ||||||||||| |||||   || ||||||||  ||| |  |||
seq2  GCCATCCACCTGATCAAATTGAAT--GAGCTGTATGGCCAATTGGGAACA  1142

seq1  GCTCAAAGCTA-CTTCTTTAGTTCCGTGACAGCCATAGACTGCTC  1186
      ||||  ||||| || |||||| | | ||| |  ||||||||||||
seq2  GCTC--AGCTACCTCCTTTAGGTTC-TGA-ACGCATAGACTGCTC  1183


seq1: chr3_141185419_141186573
seq2: B6Ng01-275A21.g_65_1221 (reverse)

seq1  TAAATATTT-AGAA-TACACTTAGACATGATACTGGTTTAGAG---AAAT  45
      ||||||||| |||| ||||| ||||||||   ||||| |||||   || |
seq2  TAAATATTTCAGAATTACACCTAGACATGTATCTGGTGTAGAGAGAAATT  50

seq1  GAAATAATAGTAGGTTCTCC-TCTA--GAGTGCTCTCACCAGTCA--TAG  90
      |||||||||||| ||||||| ||||   |||||||||||||||||  |||
seq2  GAAATAATAGTA-GTTCTCCTTCTAAGAAGTGCTCTCACCAGTCAATTAG  99

seq1  GTTTACATTATTAGGCATGAATTTCTTCCTATTGATTTTAAGGAGATTAT  140
      | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  G-TTACA-TATTA-GCATGAATTTCTTCCTATTGATTTTAAGGAGA-TAT  145

seq1  ATCATTAGTAATTCTTCTTAAAGATCCCAAAACCGTTGAATAAGTCAGAA  190
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTAGTAAT--CTCTTAAAGATCCCAAAACCGTTGAATAAGTCAGAA  193

seq1  GCTGTTGTTGTTGTTGTGTTCTTTAAGTATCAGAACATACAGAACCTTTT  240
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGTTGTTGTTGTG-TCTTTAAGTATCAGAACATACAGAACCTTTT  242

seq1  TGCACACTGCCACTAGAACATAAAGGCATTGCCCTTCAGAACATAAGAGA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTGCCACTAGAACATAAAGGCATTGCCCTTCAGAACATAAGAGA  292

seq1  AGGCAAGAGTCACTTGATTCATACCTATGTCTGCCAAAAAGCATCACCCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGAGTCACTTGATTCATACCTATGTCTGCCAAAAAGCATCACCCT  342

seq1  TCAAGATCTGCAATAAGCTAAGCTATATTCACCTATATTTCCTTTTTATT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATCTGCAATAAGCTAAGCTATATTCACCTATATTTCCTTTTTATT  392

seq1  TTTGAGCATAAGAGTGATTTTCTTTCTTTCCTTTTTAATCTGGCAGACAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCATAAGAGTGATTTTCTTTCTTTCCTTTTTAATCTGGCAGACAT  442

seq1  TGTAAAGCTCACCAGAGTGAGTCAAGATAACTCCTACAGGTTTAATATGT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGCTCACCAGAGTGAGTCAAGATAACTCCTACAGGTTTAATATGT  492

seq1  ACTCATTATATTTTTATATCAGAGTCTTGATTTAATCTTGAAACATACTA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTATATTTTTATATCAGAGTCTTGATTTAATCTTGAAACATACTA  542

seq1  TATATTTGACAGATTCAATTTTTTTAAGAGAAAAAATGGCATTGAAATTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTGACAGATTCAATTTTTTTAAGAGAAAAAATGGCATTGAAATTG  592

seq1  AAATCTTATATGAACTGGAACTAGTACTGAGGATTTCCTATCTATCACTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTATATGAACTGGAACTAGTACTGAGGATTTCCTATCTATCACTG  642

seq1  GCCTGCCCATTGTTTATTAATAACATAGCTAGCCTTTGGGTTGTACTAAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCCATTGTTTATTAATAACATAGCTAGCCTTTGGGTTGTACTAAT  692

seq1  GTTGATCAACCTGCCATCTTTCACTCTGACCTAACAAAGTACTGATAACT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCAACCTGCCATCTTTCACTCTGACCTAACAAAGTACTGATAACT  742

seq1  TGCACAGCTCTCTGAGGCAAGCAGGAGTCTGCTGCAAGCTTGTGTCTATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGCTCTCTGAGGCAAGCAGGAGTCTGCTGCAAGCTTGTGTCTATG  792

seq1  TTTTAAAATTTCCTGACCTATTTAGTCGGTGCCTCGAAGACCTAGATAGC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAATTTCCTGACCTATTTAGTCGGTGCCTCGAAGACCTAGATAGC  842

seq1  TTCTGCCCCATAGCACAGACCTGGAAATGAATACCTAAGTATGATTTTAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCCCATAGCACAGACCTGGAAATGAATACCTAAGTATGATTTTAA  892

seq1  AAGTTAAACAGAAAGATTCGTTGGGATTCACAGTGTGTTTATTCTTTTAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAACAGAAAGATTCGTTGGGATTCACAGTGTGTTTATTCTTTTAC  942

seq1  TCTATGTACTATTATTGGTTTTCCTAGATAAAAAGAGTTGCTGAATGTTA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTACTATTATTGGTTTTCCTAGATAAAAAGAGTTGCTGAATGTTA  992

seq1  ATCTATGTATTATTTCAATCCACAGAGTAAATGGTATTTCGTTAGAAAAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATGTATTATTTCAATCCACAGAGTAAATGGTATTTCGTTAGAAAAT  1042

seq1  ATTTAGTAAATTCTCTTTAAAAGATAATGAGTACACTAAAAGCTTAGTTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTAAATTCTCTTTAAAAGATAATGAGTACACTAAAAGCTTAGTTT  1092

seq1  GAAAATCTAGTGTTTAACACTCGATTCTCACTCGTAGTGTTCATAGTTTA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCTAGTGTTTAACACTCGATTCTCACTCGTAGTGTTCATAGTTTA  1142

seq1  TCTAACCATGAATTC  1155
      |||||||||||||||
seq2  TCTAACCATGAATTC  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |