BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275B03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 10,670,418 - 10,773,312
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePag1, LOC621504, Fabp5, LOC100041480, Pmp2, Fabp9, Fabp4, 1700008G05Rik, Impa1, Slc10a5, Zfand1, Chmp4c, Snx16
Downstream geneLOC670564, LOC383826, EG667978, LOC667999
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275B03.bB6Ng01-275B03.g
ACCGA076206GA076207
length1,137925
definitionB6Ng01-275B03.b B6Ng01-275B03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,772,164 - 10,773,312)(10,670,418 - 10,671,341)
sequence
gaattcttgtatcatcccattatcatcatcattagtgatcccactaaaat
aatacaggatgatgtgtgatcagcactttcaaagccctggtgcatcatat
caaaatataaatcctctagaaaactcaggatgtcatatatagctctttac
ctgttcttcttaatttgctgtagacttctttaatgtctgagacacattat
gtgtgtcctctactcaaaaaatatacaactgtataagaaccactttacac
accgcttcatcaactgtataaggcaaaatcacaaattcactaacaacaac
aacaacaacaacaagtgctctcagaaaaaagctgactggaaagtacaagt
taaataaaaaggagtttccataactgaaataatgatggtgtgtgaaaact
cacctgtgcctccagtcctcaacttaccaatttccatgccacatcctttc
acagacaatagtctacaaagcattgcttttaaatggcatgaaacataata
tacaaagacaagagaatggtgctaagagaaatgagtgttgaccactcatt
tgaacaaggaagagaatgacttcactttagataagttaagagaaactcta
catatagccatggacagcactcaaatgcaaggcagtagtgagccactctt
tggaaggagctggctgaccgtatatgcagtgcatcccagacaaaccaagg
cacacctgtggtacaactgtaatgaaccattactctcaacagatcctggt
gcagaggatgaattcattgagacacagctcacgttggatctgggacctgt
tagtgttaacatgtccttgtcactcctgcagtcggaataccatgccttaa
tcagtttcttagcacctgagagagtaaccaaccactgtgacaatataggc
tatttaaatatcaaggaaaatggaatagaccaagaggagagttctccttt
agctgacaaaattctccaaaagcaaatattcttctcaatgtttccacagt
ttgatggaaatgctctgctgagtagatgagaaaaaattagatttcacatt
tacctacttttttctttcacaaaggtaagtcaaagtctatgcctgaaata
tatcaccaattgagtcaatcctaagggattatgtctt

gaattcacatccttgatgctacttctcagtcctgattttctgttaggcat
tttctaatgctgtgacaatgtctctgggaaaatcaactgttcactgaaaa
ttcaagtttgtatctgtgttaataaatgttttgaaaacaccttttttttg
tgagcgatggatagtgaactactttgcaaaggaaagtcattgtgtagctt
ttgacattttatctgttaaaataattaaaacattcaaaaattcaatttct
tctcttttatctataaatttagtaaggatacggatgcagtttacttgcaa
caaattcatttgctcagtaaaaatggtacaaataaaaaagcatgaataga
aatcctcctcatcctgagttttatataacacacaggcttgagcatgtgtg
gtatgcatatatggtgtatgcggtatatgtgtatgttgtatatgctgtgt
gtgtgtgtgtgtttgcattcacgtgtgtgcattcccttgtgggtgcatgt
atgccatgacgcatgtatagtggtcagaggaaaaaatactgcatatttgt
ttttgccctttaccttgtttgagatagggtcactttgttgtcctctgctg
tatgttccaggtttcttgacctgtgagcttctgcagagtctggctctacc
ttcttccatcttgccgtagaagcactggaattacaggtgcatgctatttt
acctggatttacacaggtttggagattcaaatgcagtctttgcattttgc
acagcaagcactatacccaattaggccatctcttccagcctcccatttga
ttagtaaaatatttactttattatcaaaggtgaaggttgtttctcactac
taatcacttaacattatgatgagtaaatacagtgggaacgtgatgaccga
gaagtgtgttaagagaaaggaaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_10772164_10773312
seq2: B6Ng01-275B03.b_42_1178 (reverse)

seq1  AAGACATAATCCTATAGGATTGAACTCAAAATGGTGATATATTTTAAGGC  50
      ||||||||||||  |||||||| |||| || |||||||||| ||| ||||
seq2  AAGACATAATCCCTTAGGATTG-ACTC-AATTGGTGATATA-TTTCAGGC  47

seq1  ATTAAGAACTTTTGACTTA-CTTTGTGAAAGAAAAAGTAAGGTTAAATGT  99
      ||  |||   ||||||||| ||||||||||||||||   ||| |||||||
seq2  AT--AGA--CTTTGACTTACCTTTGTGAAAGAAAAAAGTAGG-TAAATGT  92

seq1  GAAATCTAATTTTTTCCTCATCTACCTCAGCCAGAGCATTTCCATCAAAC  149
      ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTAATTTTTT-CTCATCTA-CTCAG-CAGAGCATTTCCATCAAAC  139

seq1  TGTGGAAACATTGAGAAAGAAATATTTGCTTTTGGAGAATTTTGTCAGCT  199
      |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAACATTGAGAA--GAATATTTGCTTTTGGAGAATTTTGTCAGCT  187

seq1  AAAGGAGAACTCTCCTCTTGGTCTATTCCATTTTCCTTGATATTTAAATA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGAACTCTCCTCTTGGTCTATTCCATTTTCCTTGATATTTAAATA  237

seq1  GCCTATATTGTCACAGTGGTTGGTTACTCTCTCAGGTGCTAAGAAACTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATATTGTCACAGTGGTTGGTTACTCTCTCAGGTGCTAAGAAACTGA  287

seq1  TTAAGGCATGGTATTCCGACTGCAGGAGTGACAAGGACATGTTAACACTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCATGGTATTCCGACTGCAGGAGTGACAAGGACATGTTAACACTA  337

seq1  ACAGGTCCCAGATCCAACCTGAGCTGTGTCTCAATGAATTCATCCTCTGC  399
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCCCAGATCCAACGTGAGCTGTGTCTCAATGAATTCATCCTCTGC  387

seq1  ACCAGGATCTGTTGAGAGTAATGGTTCATTACAGTTGTACCACAGGTGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGATCTGTTGAGAGTAATGGTTCATTACAGTTGTACCACAGGTGTG  437

seq1  CCTTGGTTTGTCTGGGATGCACTGCATATACGGTCAGCCAGCTCCTTCCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTTTGTCTGGGATGCACTGCATATACGGTCAGCCAGCTCCTTCCA  487

seq1  AAGAGTGGCTCACTACTGCCTTGCATTTGAGTGCTGTCCATGGCTATATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGGCTCACTACTGCCTTGCATTTGAGTGCTGTCCATGGCTATATG  537

seq1  TAGAGTTTCTCTTAACTTATCTAAAGTGAAGTCATTCTCTTCCTTGTTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTCTCTTAACTTATCTAAAGTGAAGTCATTCTCTTCCTTGTTCA  587

seq1  AATGAGTGGTCAACACTCATTTCTCTTAGCACCATTCTCTTGTCTTTGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTGGTCAACACTCATTTCTCTTAGCACCATTCTCTTGTCTTTGTA  637

seq1  TATTATGTTTCATGCCATTTAAAAGCAATGCTTTGTAGACTATTGTCTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGTTTCATGCCATTTAAAAGCAATGCTTTGTAGACTATTGTCTGT  687

seq1  GAAAGGATGTGGCATGGAAATTGGTAAGTTGAGGACTGGAGGCACAGGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGATGTGGCATGGAAATTGGTAAGTTGAGGACTGGAGGCACAGGTG  737

seq1  AGTTTTCACACACCATCATTATTTCAGTTATGGAAACTCCTTTTTATTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCACACACCATCATTATTTCAGTTATGGAAACTCCTTTTTATTTA  787

seq1  ACTTGTACTTTCCAGTCAGCTTTTTTCTGAGAGCACTTGTTGTTGTTGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTACTTTCCAGTCAGCTTTTTTCTGAGAGCACTTGTTGTTGTTGTT  837

seq1  GTTGTTGTTAGTGAATTTGTGATTTTGCCTTATACAGTTGATGAAGCGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTGTTAGTGAATTTGTGATTTTGCCTTATACAGTTGATGAAGCGGT  887

seq1  GTGTAAAGTGGTTCTTATACAGTTGTATATTTTTTGAGTAGAGGACACAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAAGTGGTTCTTATACAGTTGTATATTTTTTGAGTAGAGGACACAC  937

seq1  ATAATGTGTCTCAGACATTAAAGAAGTCTACAGCAAATTAAGAAGAACAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTGTCTCAGACATTAAAGAAGTCTACAGCAAATTAAGAAGAACAG  987

seq1  GTAAAGAGCTATATATGACATCCTGAGTTTTCTAGAGGATTTATATTTTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAGCTATATATGACATCCTGAGTTTTCTAGAGGATTTATATTTTG  1037

seq1  ATATGATGCACCAGGGCTTTGAAAGTGCTGATCACACATCATCCTGTATT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATGCACCAGGGCTTTGAAAGTGCTGATCACACATCATCCTGTATT  1087

seq1  ATTTTAGTGGGATCACTAATGATGATGATAATGGGATGATACAAGAATTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGTGGGATCACTAATGATGATGATAATGGGATGATACAAGAATTC  1137


seq1: chr3_10670418_10671341
seq2: B6Ng01-275B03.g_64_988

seq1  GAATTCACATCCTTGATGCTACTTCTCAGTCCTGATTTTCTGTTAGGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCCTTGATGCTACTTCTCAGTCCTGATTTTCTGTTAGGCAT  50

seq1  TTTCTAATGCTGTGACAATGTCTCTGGGAAAATCAACTGTTCACTGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAATGCTGTGACAATGTCTCTGGGAAAATCAACTGTTCACTGAAAA  100

seq1  TTCAAGTTTGTATCTGTGTTAATAAATGTTTTGAAAACACCTTTTTTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTTTGTATCTGTGTTAATAAATGTTTTGAAAACACCTTTTTTTTG  150

seq1  TGAGCGATGGATAGTGAACTACTTTGCAAAGGAAAGTCATTGTGTAGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCGATGGATAGTGAACTACTTTGCAAAGGAAAGTCATTGTGTAGCTT  200

seq1  TTGACATTTTATCTGTTAAAATAATTAAAACATTCAAAAATTCAATTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATTTTATCTGTTAAAATAATTAAAACATTCAAAAATTCAATTTCT  250

seq1  TCTCTTTTATCTATAAATTTAGTAAGGATACGGATGCAGTTTACTTGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTATCTATAAATTTAGTAAGGATACGGATGCAGTTTACTTGCAA  300

seq1  CAAATTCATTTGCTCAGTAAAAATGGTACAAATAAAAAAGCATGAATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCATTTGCTCAGTAAAAATGGTACAAATAAAAAAGCATGAATAGA  350

seq1  AATCCTCCTCATCCTGAGTTTTATATAACACACAGGCTTGAGCATGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCCTCATCCTGAGTTTTATATAACACACAGGCTTGAGCATGTGTG  400

seq1  GTATGCATATATGGTGTATGCGGTATATGTGTATGTTGTATATGCTGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCATATATGGTGTATGCGGTATATGTGTATGTTGTATATGCTGTGT  450

seq1  GTGTGTGTGTGTTTGCATTCACGTGTGTGCATTCCCTTGTGGGTGCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTTTGCATTCACGTGTGTGCATTCCCTTGTGGGTGCATGT  500

seq1  ATGCCATGACGCATGTATAGTGGTCAGAGGAAAAAATACTGCATATTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATGACGCATGTATAGTGGTCAGAGGAAAAAATACTGCATATTTGT  550

seq1  TTTTGCCCTTTACCTTGTTTGAGATAGGGTCACTTTGTTGTCCTCTGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCCTTTACCTTGTTTGAGATAGGGTCACTTTGTTGTCCTCTGCTG  600

seq1  TATGTTCCAGGTTTCTTGACCTGTGAGCTTCTGCAGAGTCTGGCTCTACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCCAGGTTTCTTGACCTGTGAGCTTCTGCAGAGTCTGGCTCTACC  650

seq1  TTCTTCCATCTTGCCGTAGAAGCACTGGAATTACAGGTGCATGCTATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCATCTTGCCGTAGAAGCACTGGAATTACAGGTGCATGCTATTTT  700

seq1  ACCTGGATTTACACAGGTTTTGGAGATTCAAATGCAGTCTTTGCA-TTTG  749
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCTGGATTTACACAGG-TTTGGAGATTCAAATGCAGTCTTTGCATTTTG  749

seq1  CACAGCAAGCACTATACCC-ATTAGGCCATCTCTT-CAGCCT-CCATTTG  796
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CACAGCAAGCACTATACCCAATTAGGCCATCTCTTCCAGCCTCCCATTTG  799

seq1  ATTAGTAAAATATTTACTTTATTATCAAAGGTGAAGGTTGTTTCTCACTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTAAAATATTTACTTTATTATCAAAGGTGAAGGTTGTTTCTCACTA  849

seq1  CTAATCACTTAACATTATTGATGAGTAAATACAGTGGGAAGGTGATGA-C  895
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  CTAATCACTTAACATTA-TGATGAGTAAATACAGTGGGAACGTGATGACC  898

seq1  GAGAAGTGTTGTTTAAGTGAAAGGAAAAT  924
      |||||||||   ||||| |||||||||||
seq2  GAGAAGTGT--GTTAAGAGAAAGGAAAAT  925


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |