BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275L03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 11,848,282 - 12,024,019
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC383826, EG667978, LOC667999
Downstream geneEG621965, LOC100039798, EG668033, LOC668037
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275L03.bB6Ng01-275L03.g
ACCGA076663GA076664
length1,085535
definitionB6Ng01-275L03.b B6Ng01-275L03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,022,938 - 12,024,019)(11,848,282 - 11,848,822)
sequence
gaattctccaaggctgagaaataataaccagagctaccaatcttattcaa
gaattaatttaaaccacactcctgaaaactatgaataaattgtccctaag
agtcttgaaaaaaattttactttaaccactgtaagtgtttttgcttaaat
ggcagggtgtcctgggacttggaagcccagcaaccatacatctctgaaag
gagaagttatcccagtgaagcatcctgagacatgggatatcaggaatctt
tgcgcttcaaggtatgacaatatcctaaggaaagggcatcctgagacaca
ggagctcctgaaccacacagccctaaggtaggaaaatgtgtcagtgtaag
agaagctttagttatgggagcttatgaaccacatagctctgagaggaagc
cttctttgcagaggtggtgtagctcccaaggaaaggtatgcccaactgag
atccagagcttaggagcacttgatcatataatcttacagaagtcttcacc
tgctcaccatcttcagaggagaggagtgcacacggccattatactctcaa
cctttctgctatctctatgctgattctatgaggctctcagaagaaataaa
cttttaaaataattttcagcactatcattttagtcttcaatatttgttaa
ggtatattttctgaatttttctttattgtgttttttaagcattccatatg
tattagagttgaaggcggatcaacaatgaaggtggtgagctgataatgaa
aaaggtttctgaagaatatagacaaacagtactcaaaagtaattagtgat
tagcaagaccaagtaaggcaaacatagagccaagacctgcttcttctctt
ggtgaacatcaaatgaagccagacacccctttaatatgggcctcccattc
tatctctatgaggagtaagtatctgatgatagctgaagtgtctaagatat
caaccctaaagaagcaaaagttactttggctcagttttgaagaacagtca
cattttgttctaagcttgaaagtcgcactgcattgttgtagatccaaggt
taacaagaatgtagatttcatctgcattgttagtg

ctaaaatagaaatgtcaaggtgattttctttcatttgttaattttttttc
tgacaaaaggacaagaatgtcagcagaagcatcagctgtctgagctaata
cacatcactaaatctgataatgtcactgtatctttgacatcctcagttag
agccctcagggtggagggtaaggatgattttgatcatagctttctggcgc
agagtcaaccacaggatggagggcatattctaagaaggttccttgttttc
tctgctttctgaactgccatgccatgaatatttcagctcagccaggcatt
gcatgatacagatctgccctaccactggcccagaaaaaatggaatcagaa
atttacgggaacttttaaaatcttgaacaaaataaatcatttcttaaagt
tatttatgtcagatatttgtcacagaaactgagtatggctaatttaacag
tgcagggatgctagcttttactgtaaacaaatgggagtcatcaagaatat
atgtgaatatgtatgtgtatgtgtggtgtgtggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_12022938_12024019
seq2: B6Ng01-275L03.b_44_1128 (reverse)

seq1  CACTAACAATGCAGATGGAATCTACATTCTTTGTTACC-TGGATCTAACA  49
      ||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||| ||||||||  |
seq2  CACTAACAATGCAGATGAAATCTACATTCTTGTTAACCTTGGATCTACAA  50

seq1  CAATGCAGTGCGACTTTCAAGCTTAAGAC-AAATGTGACTGTTCTTCAAA  98
      |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCAGTGCGACTTTCAAGCTTAGAACAAAATGTGACTGTTCTTCAAA  100

seq1  ACCTGAGCCAAAGTAACTTTTGCTTCTTTA-GGTTGATATCTTAGACACT  147
      | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  A-CTGAGCCAAAGTAACTTTTGCTTCTTTAGGGTTGATATCTTAGACACT  149

seq1  TCAGCTATCATCAGATACTTACTCCTCATAGAGATAGAATGGGAGG-CCA  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAGCTATCATCAGATACTTACTCCTCATAGAGATAGAATGGGAGGCCCA  199

seq1  TATTAAAGGGGTGTCTGGCTTCATTTGATGTTCACCAAGAGAAGAAGCAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAGGGGTGTCTGGCTTCATTTGATGTTCACCAAGAGAAGAAGCAG  249

seq1  GTCTTGGCTCTATGTTTGCCTTACTTGGTCTTGCTAATCACTAATTACTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGCTCTATGTTTGCCTTACTTGGTCTTGCTAATCACTAATTACTT  299

seq1  TTGAGTACTGTTTGTCTATATTCTTCAGAAACCTTTTTCATTATCAGCTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTACTGTTTGTCTATATTCTTCAGAAACCTTTTTCATTATCAGCTC  349

seq1  ACCACCTTCATTGTTGATCCGCCTTCAACTCTAATACATATGGAATGCTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTTCATTGTTGATCCGCCTTCAACTCTAATACATATGGAATGCTT  399

seq1  AAAAAACACAATAAAGAAAAATTCAGAAAATATACCTTAACAAATATTGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACACAATAAAGAAAAATTCAGAAAATATACCTTAACAAATATTGA  449

seq1  AGACTAAAATGATAGTGCTGAAAATTATTTTAAAAGTTTATTTCTTCTGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAAATGATAGTGCTGAAAATTATTTTAAAAGTTTATTTCTTCTGA  499

seq1  GAGCCTCATAGAATCAGCATAGAGATAGCAGAAAGGTTGAGAGTATAATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCATAGAATCAGCATAGAGATAGCAGAAAGGTTGAGAGTATAATG  549

seq1  GCCGTGTGCACTCCTCTCCTCTGAAGATGGTGAGCAGGTGAAGACTTCTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGTGCACTCCTCTCCTCTGAAGATGGTGAGCAGGTGAAGACTTCTG  599

seq1  TAAGATTATATGATCAAGTGCTCCTAAGCTCTGGATCTCAGTTGGGCATA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTATATGATCAAGTGCTCCTAAGCTCTGGATCTCAGTTGGGCATA  649

seq1  CCTTTCCTTGGGAGCTACACCACCTCTGCAAAGAAGGCTTCCTCTCAGAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTGGGAGCTACACCACCTCTGCAAAGAAGGCTTCCTCTCAGAG  699

seq1  CTATGTGGTTCATAAGCTCCCATAACTAAAGCTTCTCTTACACTGACACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGGTTCATAAGCTCCCATAACTAAAGCTTCTCTTACACTGACACA  749

seq1  TTTTCCTACCTTAGGGCTGTGTGGTTCAGGAGCTCCTGTGTCTCAGGATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTACCTTAGGGCTGTGTGGTTCAGGAGCTCCTGTGTCTCAGGATG  799

seq1  CCCTTTCCTTAGGATATTGTCATACCTTGAAGCGCAAAGATTCCTGATAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCCTTAGGATATTGTCATACCTTGAAGCGCAAAGATTCCTGATAT  849

seq1  CCCATGTCTCAGGATGCTTCACTGGGATAACTTCTCCTTTCAGAGATGTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTCTCAGGATGCTTCACTGGGATAACTTCTCCTTTCAGAGATGTA  899

seq1  TGGTTGCTGGGCTTCCAAGTCCCAGGACACCCTGCCATTTAAGCAAAAAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCTGGGCTTCCAAGTCCCAGGACACCCTGCCATTTAAGCAAAAAC  949

seq1  ACTTACAGTGGTTAAAGTAAAATTTTTTTCAAGACTCTTAGGGACAATTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAGTGGTTAAAGTAAAATTTTTTTCAAGACTCTTAGGGACAATTT  999

seq1  ATTCATAGTTTTCAGGAGTGTGGTTTAAATTAATTCTTGAATAAGATTGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATAGTTTTCAGGAGTGTGGTTTAAATTAATTCTTGAATAAGATTGG  1049

seq1  TAGCTCTGGTTATTATTTCTCAGCCTTGGAGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTGGTTATTATTTCTCAGCCTTGGAGAATTC  1085


seq1: chr3_11848282_11848822
seq2: B6Ng01-275L03.g_63_603

seq1  GAATTCCTAAAATAGAAATGTCAAGGTGATTTTCTTTCATTTGTTAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAATAGAAATGTCAAGGTGATTTTCTTTCATTTGTTAATTT  50

seq1  TTTTTCTGACAAAAGGACAAGAATGTCAGCAGAAGCATCAGCTGTCTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGACAAAAGGACAAGAATGTCAGCAGAAGCATCAGCTGTCTGAG  100

seq1  CTAATACACATCACTAAATCTGATAATGTCACTGTATCTTTGACATCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATACACATCACTAAATCTGATAATGTCACTGTATCTTTGACATCCTC  150

seq1  AGTTAGAGCCCTCAGGGTGGAGGGTAAGGATGATTTTGATCATAGCTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAGCCCTCAGGGTGGAGGGTAAGGATGATTTTGATCATAGCTTTC  200

seq1  TGGCGCAGAGTCAACCACAGGATGGAGGGCATATTCTAAGAAGGTTCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGCAGAGTCAACCACAGGATGGAGGGCATATTCTAAGAAGGTTCCTT  250

seq1  GTTTTCTCTGCTTTCTGAACTGCCATGCCATGAATATTTCAGCTCAGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTCTGCTTTCTGAACTGCCATGCCATGAATATTTCAGCTCAGCCA  300

seq1  GGCATTGCATGATACAGATCTGCCCTACCACTGGCCCAGAAAAAATGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGCATGATACAGATCTGCCCTACCACTGGCCCAGAAAAAATGGAA  350

seq1  TCAGAAATTTACGGGAACTTTTAAAATCTTGAACAAAATAAATCATTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAATTTACGGGAACTTTTAAAATCTTGAACAAAATAAATCATTTCT  400

seq1  TAAAGTTATTTATGTCAGATATTTGTCACAGAAACTGAGTATGGCTAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTATTTATGTCAGATATTTGTCACAGAAACTGAGTATGGCTAATT  450

seq1  TAACAGTGCAGGGATGCTAGCTTTTACTGTAAACAAATGGGAGTCATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTGCAGGGATGCTAGCTTTTACTGTAAACAAATGGGAGTCATCAA  500

seq1  GAATATATGTGAATATGTATGTGTATGTGTGGTGTGTGGTG  541
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATATGTGAATATGTATGTGTATGTGTGGTGTGTGGTG  541


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |