BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276D18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 3,813,154 - 3,994,957
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039157, LOC100039167
Upstream geneLOC667655, LOC100039140, Hnf4g, EG383815
Downstream geneLOC667709, LOC620283
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276D18.bB6Ng01-276D18.g
ACCGA077066GA077067
length9841,099
definitionB6Ng01-276D18.b B6Ng01-276D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,813,154 - 3,813,806)(3,993,863 - 3,994,957)
sequence
gaattcaatacttaggcatatgttatcagaaataatcattttcttgtcaa
gtcactatccatgaattacttgatcataaaatggaatattacaaataata
gtaaggtaaaaatccattcagacaaaatggttttgtatccaaatgttatc
taaactgtactggctagctttgtaccaacttgacacagtggaaacaaaac
aataacaaaaaacctaggatagcaaaaactcttctcaaggataaaagaac
ctctggtggaatcaccatgcctgacctaaagctttactacagagcaattg
tgataaaaactgcatggtactggtatactgacagacaagtagaccaatgg
aatagaattgaagacccagaaatgaacccacacacctatggtcacttgat
cttcgacaagggagctaaaaccatccagtggaagaaagacaacattttca
acaaatggtgctggcacaactggttgttatcatggagaagaatgccaatg
gatccatacctatctccttgtactaaggtcaaatctaagtggatcaagaa
acttcacataaaaccagagacactgaaacttatagaggagaaagtgggga
aaagcctggaagatatgggcacaggggaaaaattcctgaatagaacagca
atggcttgtgctgtaagactgaggattgacaaatgggacctcatgaaact
gcaaagcttctgcaaggcaaaagacaccgtcaataagacaaaaagaccac
caacagattgggaaaggatctttacctatcctaaatcagataggggaata
atatccaacatatataaagaactcaaagaaggtggacttcagaaaatcaa
ataaccccattaaaaaatggggctcagaactgaacaaagaattctcacct
gaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatgtttcaacttccc
ttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccc

gaattccatatatatatatatatatatatatatatatataatgtgttttt
gttaaatgcagcgcccatcattactctcttataatttctcctttatcccc
atcttccttcccaacttcatttgctctctctctctcactctgaacatcta
gtagatcatagttaacctttgagaaatgcatcccttattattttctttcc
tcatgtgacagagagaaattttgtatacatgaagttaagctgaatattat
ggcttacacaatatctgcttaaaatcatgccagccaaatttgaaattcta
cctccagctgagaacatactaacaattgttcttctcttcgatgattctct
ccactatctttttatttgagtccacatgtggatgtttttaatacactgat
tgtgatcttttgtatattcttggaccaaggagtggcatcatttggagatg
tggccatgttggaatgggtgtgacctggttggagtaggtgtgtcattgtg
ggtgtgggcttaagatcctcaccctagttgcctgaaaatcagtcttccac
tagtagcctttggatgaagacaaagacttctcagttttgcctgggccatt
cctgcctggatgctgctaagctcccacattgatgataatgtattgaacct
ctgaacctgtaagccagccccaattaaatgttattattatttttttataa
gatttgccttggtcatgttttctgttcacagcaataaaacccttactaag
acactgattctgaaattctggggatagaagtaagactcattttcaagatt
tccttcttggaatgatgagattgagcttgtaagtgaatcgttgctttgtg
tcatggaatgtctatactataactcagcctgataaagtgatgctatatga
ataaaatattaaaaccatcagaacaaattaagaacatagaaacaatataa
acagtttatattaagctatagtctctatgcataatttttttaatgaaagt
aatgtaattttttaaaactatggttttaataatatagtgacctatcatac
cacttctttttcttagtgtagttataaatcctctttggcctaaattcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_3813154_3813806
seq2: B6Ng01-276D18.b_46_698

seq1  GAATTCAATACTTAGGCATATGTTATCAGAAATAATCATTTTCTTGTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACTTAGGCATATGTTATCAGAAATAATCATTTTCTTGTCAA  50

seq1  GTCACTATCCATGAATTACTTGATCATAAAATGGAATATTACAAATAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTATCCATGAATTACTTGATCATAAAATGGAATATTACAAATAATA  100

seq1  GTAAGGTAAAAATCCATTCAGACAAAATGGTTTTGTATCCAAATGTTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTAAAAATCCATTCAGACAAAATGGTTTTGTATCCAAATGTTATC  150

seq1  TAAACTGTACTGGCTAGCTTTGTACCAACTTGACACAGTGGAAACAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGTACTGGCTAGCTTTGTACCAACTTGACACAGTGGAAACAAAAC  200

seq1  AATAACAAAAAACCTAGGATAGCAAAAACTCTTCTCAAGGATAAAAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAAAAAACCTAGGATAGCAAAAACTCTTCTCAAGGATAAAAGAAC  250

seq1  CTCTGGTGGAATCACCATGCCTGACCTAAAGCTTTACTACAGAGCAATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTGGAATCACCATGCCTGACCTAAAGCTTTACTACAGAGCAATTG  300

seq1  TGATAAAAACTGCATGGTACTGGTATACTGACAGACAAGTAGACCAATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAAACTGCATGGTACTGGTATACTGACAGACAAGTAGACCAATGG  350

seq1  AATAGAATTGAAGACCCAGAAATGAACCCACACACCTATGGTCACTTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATTGAAGACCCAGAAATGAACCCACACACCTATGGTCACTTGAT  400

seq1  CTTCGACAAGGGAGCTAAAACCATCCAGTGGAAGAAAGACAACATTTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGACAAGGGAGCTAAAACCATCCAGTGGAAGAAAGACAACATTTTCA  450

seq1  ACAAATGGTGCTGGCACAACTGGTTGTTATCATGGAGAAGAATGCCAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGGTGCTGGCACAACTGGTTGTTATCATGGAGAAGAATGCCAATG  500

seq1  GATCCATACCTATCTCCTTGTACTAAGGTCAAATCTAAGTGGATCAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCATACCTATCTCCTTGTACTAAGGTCAAATCTAAGTGGATCAAGAA  550

seq1  ACTTCACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTGGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTGGGGA  600

seq1  AAAGCCTGGAAGATATGGGCACAGGGGAAAAATTCCTGAATAGAACAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTGGAAGATATGGGCACAGGGGAAAAATTCCTGAATAGAACAGCA  650

seq1  ATG  653
      |||
seq2  ATG  653


seq1: chr3_3993863_3994957
seq2: B6Ng01-276D18.g_64_1162 (reverse)

seq1  TAGAATTTA-GCCAAAGAGAATTATAAACTACACTAAG-AAAAGAAGTGG  48
      ||||||||| ||||||||| |||   |||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGAATTTAGGCCAAAGAGGATTTATAACTACACTAAGAAAAAGAAGTGG  50

seq1  TATGATAGGTCACCTATA-TAT--AAAACATAGTTTTTAAAAATTACATT  95
      |||||||||||| ||||| |||  ||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TATGATAGGTCA-CTATATTATTAAAACCATAGTTTTAAAAAATTACATT  99

seq1  ACTTTCATT-AAAAAATTATGCATAGAGACTATAGCTTAATATAAACTGT  144
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCATTAAAAAAATTATGCATAGAGACTATAGCTTAATATAAACTGT  149

seq1  TTATATTTGTTTCTATGTTCTTAATTTGTTCTGATGGTTTTAATATTTTA  194
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATA-TTGTTTCTATGTTCTTAATTTGTTCTGATGGTTTTAATATTTTA  198

seq1  TTCATATAGCATCACTTTATCAGGCTGAGTTATAGTATAGACATTCCATG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATAGCATCACTTTATCAGGCTGAGTTATAGTATAGACATTCCATG  248

seq1  ACACAAAGCAACGATTCACTTACAAGCTCAATCTCATCATTCCAAGAAGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGCAACGATTCACTTACAAGCTCAATCTCATCATTCCAAGAAGG  298

seq1  AAATCTTGAAAATGAGTCTTACTTCTATCCCCAGAATTTCAGAATCAGTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGAAAATGAGTCTTACTTCTATCCCCAGAATTTCAGAATCAGTG  348

seq1  TCTTAGTAAGGGTTTTATTGCTGTGAACAGAAAACATGACCAAGGCAAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTAAGGGTTTTATTGCTGTGAACAGAAAACATGACCAAGGCAAAT  398

seq1  CTTATAAAAAAATAATAATAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAAAAAATAATAATAACATTTAATTGGGGCTGGCTTACAGGTTCA  448

seq1  GAGGTTCAATACATTATCATCAATGTGGGAGCTTAGCAGCATCCAGGCAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCAATACATTATCATCAATGTGGGAGCTTAGCAGCATCCAGGCAG  498

seq1  GAATGGCCCAGGCAAAACTGAGAAGTCTTTGTCTTCATCCAAAGGCTACT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCCCAGGCAAAACTGAGAAGTCTTTGTCTTCATCCAAAGGCTACT  548

seq1  AGTGGAAGACTGATTTTCAGGCAACTAGGGTGAGGATCTTAAGCCCACAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGACTGATTTTCAGGCAACTAGGGTGAGGATCTTAAGCCCACAC  598

seq1  CCACAATGACACACCTACTCCAACCAGGTCACACCCATTCCAACATGGCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATGACACACCTACTCCAACCAGGTCACACCCATTCCAACATGGCC  648

seq1  ACATCTCCAAATGATGCCACTCCTTGGTCCAAGAATATACAAAAGATCAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCCAAATGATGCCACTCCTTGGTCCAAGAATATACAAAAGATCAC  698

seq1  AATCAGTGTATTAAAAACATCCACATGTGGACTCAAATAAAAAGATAGTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTGTATTAAAAACATCCACATGTGGACTCAAATAAAAAGATAGTG  748

seq1  GAGAGAATCATCGAAGAGAAGAACAATTGTTAGTATGTTCTCAGCTGGAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAATCATCGAAGAGAAGAACAATTGTTAGTATGTTCTCAGCTGGAG  798

seq1  GTAGAATTTCAAATTTGGCTGGCATGATTTTAAGCAGATATTGTGTAAGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATTTCAAATTTGGCTGGCATGATTTTAAGCAGATATTGTGTAAGC  848

seq1  CATAATATTCAGCTTAACTTCATGTATACAAAATTTCTCTCTGTCACATG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATATTCAGCTTAACTTCATGTATACAAAATTTCTCTCTGTCACATG  898

seq1  AGGAAAGAAAATAATAAGGGATGCATTTCTCAAAGGTTAACTATGATCTA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAAAATAATAAGGGATGCATTTCTCAAAGGTTAACTATGATCTA  948

seq1  CTAGATGTTCAGAGTGAGAGAGAGAGAGCAAATGAAGTTGGGAAGGAAGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGTTCAGAGTGAGAGAGAGAGAGCAAATGAAGTTGGGAAGGAAGA  998

seq1  TGGGGATAAAGGAGAAATTATAAGAGAGTAATGATGGGCGCTGCATTTAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATAAAGGAGAAATTATAAGAGAGTAATGATGGGCGCTGCATTTAA  1048

seq1  CAAAAACACATTATATATATATATATATATATATATATATATATGGAATT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACACATTATATATATATATATATATATATATATATATATGGAATT  1098

seq1  C  1095
      |
seq2  C  1099


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |