BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276L11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 124,802,183 - 124,937,642
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043333, EG668809, Tram1l1, LOC100043740, 1700006A11Rik, 1700003H04Rik, LOC668817, LOC668820
Downstream geneNdst4, Ugt8a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276L11.bB6Ng01-276L11.g
ACCGA077429GA077430
length1,1261,077
definitionB6Ng01-276L11.b B6Ng01-276L11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,802,183 - 124,803,321)(124,936,565 - 124,937,642)
sequence
gaattcacatcatctgcaaaagcacttgggggttttaatcactgatcaat
ctctacagtcccatattctgattttaagtaatacaatatctacttatgtt
gaatttatttgtattttaaaagaccagaaaataaaaataacatacttcta
atggctctacactatatacttatggaatctacaatatcatgtatccatac
ttattgcaaataaaaccttcgataatatatttaaagacaagtattaagta
ctttgatttctctcaacaatatgctactgcaattcttctactttgtgaca
ggagttatcgtatgctaaagtatttccattaaagtcttatactctcttca
ttgtacaagacagagaattctagacaggcactggcataaacatcaggaga
aggaataaagagtgattaatgtaaccaaaacatcactgtcatttcatttg
tgacctaatacaactaacattttcaatgtaatcaatgtagatatttgttt
acaccacagagaataaatatgtagtaaagacatatggctctgtagtgatc
aaatgtatactagattcacttgttctcttttacataaaattcacgaggta
tcactgactttctggattgactgtggagggcagtgaaatgtggacacacc
tgttctctggcaaacacagtgacaggtattgatgctagaacaggagaaaa
tgactgctgcaaagtttttagagaatcaaatagaaactctagctgcttca
tgtattgttgaaattgtatactcctttcagtattgtgattagaaatagat
ttcccaaacagaaatgctgatgaatccatttctgataagtctacctgaaa
tcctcagagatttaccttacttggtagcaagttttgaccagtcaaaaaca
aggaaagggaagtcaaaagagaaatatatcagcatttgtgaattatagat
accactaaagttattccacttgtatcttacccatctgctctgataatgac
tcttgtctattgagactgcttgcaatctgctttaacccatactccagact
ttcctaattatctctcatctcccacagctctttctcttcattggattttc
acatatatgctctgtctctagttgat

gaattcataaaaagtgatctttcaatttattttcatggactttaaattag
gtatcactcaagatcctgtaatgaccttacaataaaggtatgcctgcttt
cagttgacctctaatcacagcctctttatagctttaaacataatttaaga
aagcatcatctttgaagctgtttgtgggtttttttaccatgtagtcttag
gaagaaaagaaaaagatattttattggttatctaagatttcaaactttga
tattttttatgaatgtgtttagaaccccactcaatatcaatgtgctatag
cagcataaataaacatacaaacacaaatatgaacataaaagtgtgaatgg
tcaaagaatcagaacaaagaaatttattttactttcagaattttttaaaa
atttcatgtgtatgattgatttgcccacatgcaactatgtgtactatgtg
tatacctgagacaaatgggaatcagaaaataattttgaattccatgaggc
tggatttactgatggttgtgaaaggctatattgatgctgaaaactgaacc
tgggtcctctgtgatacctggaggtactcttaagtgttgtgccatatctc
tagactaatgttgtttgtttgcttgtttgtttttagaaaatagtttagag
gtaatttatcctcttctagccatacctaagattaataaacttttgttaac
tatgatgtcgtgggtgtgtcctacagaacactctcttctttattatcttg
ttttagtttttctgtacttcatttgtgtatacatgtttatgtgtgtgtga
cctgtgtgcatttgatcctatacagatgcactagtgtacatgtgtgtctc
tgcatgtgtatatgtgcatattgagggaagaactcaatgtcaggtgtatt
ttcccatcacactcgatcacagattattagacagtttatctaactgaacc
taaaagctcactaaaggtcttgagccctcaagactacccaaccacatatg
tatcaaagatgggcctagtcgggcatcactgccaaagagaggccattgga
ctgcaaccttatatgcccagtacaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_124802183_124803321
seq2: B6Ng01-276L11.b_46_1171

seq1  GAATTCACATCATCTGCAAAAGCACTTGGGGGTTTTAATCACTGATCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATCATCTGCAAAAGCACTTGGGGGTTTTAATCACTGATCAAT  50

seq1  CTCTACAGTCCCATATTCTGATTTTAAGTAATACAATATCTACTTATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAGTCCCATATTCTGATTTTAAGTAATACAATATCTACTTATGTT  100

seq1  GAATTTATTTGTATTTTAAAAGACCAGAAAATAAAAATAACATACTTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTATTTGTATTTTAAAAGACCAGAAAATAAAAATAACATACTTCTA  150

seq1  ATGGCTCTACACTATATACTTATGGAATCTACAATATCATGTATCCATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCTACACTATATACTTATGGAATCTACAATATCATGTATCCATAC  200

seq1  TTATTGCAAATAAAACCTTCGATAATATATTTAAAGACAAGTATTAAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCAAATAAAACCTTCGATAATATATTTAAAGACAAGTATTAAGTA  250

seq1  CTTTGATTTCTCTCAACAATATGCTACTGCAATTCTTCTACTTTGTGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATTTCTCTCAACAATATGCTACTGCAATTCTTCTACTTTGTGACA  300

seq1  GGAGTTATCGTATGCTAAAGTATTTCCATTAAAGTCTTATACTCTCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTATCGTATGCTAAAGTATTTCCATTAAAGTCTTATACTCTCTTCA  350

seq1  TTGTACAAGACAGAGAATTCTAGACAGGCACTGGCATAAACATCAGGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAAGACAGAGAATTCTAGACAGGCACTGGCATAAACATCAGGAGA  400

seq1  AGGAATAAAGAGTGATTAATGTAACCAAAACATCACTGTCATTTCATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATAAAGAGTGATTAATGTAACCAAAACATCACTGTCATTTCATTTG  450

seq1  TGACCTAATACAACTAACATTTTCAATGTAATCAATGTAGATATTTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTAATACAACTAACATTTTCAATGTAATCAATGTAGATATTTGTTT  500

seq1  ACACCACAGAGAATAAATATGTAGTAAAGACATATGGCTCTGTAGTGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCACAGAGAATAAATATGTAGTAAAGACATATGGCTCTGTAGTGATC  550

seq1  AAATGTATACTAGATTCACTTGTTCTCTTTTACATAAAATTCACGAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATACTAGATTCACTTGTTCTCTTTTACATAAAATTCACGAGGTA  600

seq1  TCACTGACTTTCTGGATTGACTGTGGAGGGCAGTGAAATGTGGACACACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACTTTCTGGATTGACTGTGGAGGGCAGTGAAATGTGGACACACC  650

seq1  TGTTCTCTGGCAAACACAGTGACAGGTATTGATGCTAGAACAGGAGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTGGCAAACACAGTGACAGGTATTGATGCTAGAACAGGAGAAAA  700

seq1  TGACTGCTGCAAAGTTTTTAGAGAATCAAATAGAAACTCTAGCTGCTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCTGCAAAGTTTTTAGAGAATCAAATAGAAACTCTAGCTGCTTCA  750

seq1  TGTATTGTTGAAATTGTATACTCCTTTCAGTATTGTGATTAGAAATAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGTTGAAATTGTATACTCCTTTCAGTATTGTGATTAGAAATAGAT  800

seq1  TTCCCAAACAGAAATGCTGATGAATCCATTTCTGATAAGTCTACCTGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAACAGAAATGCTGATGAATCCATTTCTGATAAGTCTACCTGAAA  850

seq1  TCCTCAGAGATTTACCTTACTTGGTAGCAAGTTTTGACCAGTCAAAAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAGATTTACCTTACTTGGTAGCAAGTTTTGACCAGTCAAAAACA  900

seq1  AGGAAAGGGAAGTCAAAAGAGAAATATATCAGCATTTGTGAATTTATAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGGAAAGGGAAGTCAAAAGAGAAATATATCAGCATTTGTGAA-TTATAGA  949

seq1  TACCACTAAAAGTTATTCCACTTGTATCTTACCCATCTGCTCTGATAATG  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACT-AAAGTTATTCCACTTGTATCTTACCCATCTGCTCTGATAATG  998

seq1  ACTCTTGTCTATTGAGACTGCTTGCAAATCTGCTTTAACCCATACTCCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGTCTATTGAGACTGCTTGC-AATCTGCTTTAACCCATACTCCAG  1047

seq1  ACTTCCCTAATTAATCTCTCCATCTCCCACAGCCTCCTTTCTCTTCATTT  1100
      |||| ||||||| |||||| |||||||||||||   ||||||||||| ||
seq2  ACTTTCCTAATT-ATCTCT-CATCTCCCACAGC--TCTTTCTCTTCA-TT  1092

seq1  GGATTTTCACATATTATTGCCTCTGTCTTCCTAGTTGAT  1139
      ||||||||||||| |||   ||||||||  |||||||||
seq2  GGATTTTCACATA-TAT--GCTCTGTCT--CTAGTTGAT  1126


seq1: chr3_124936565_124937642
seq2: B6Ng01-276L11.g_69_1145 (reverse)

seq1  CCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTT-G  49
      ||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||| |
seq2  CCCTGTACT-GGGCATAT-AAGGTTGC-AGTCCAAT-GGCCTCTCTTTGG  46

seq1  CAGTGATGGCCGACTAGG-CCATCTTTTGATACATATGTGGTTGGGTAGT  98
      |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATGCCCGACTAGGCCCATC-TTTGATACATATGTGGTTGGGTAGT  95

seq1  CTTGAGGGCTCAAGA-CTTTAGTGAGCTTTTAGGTTCAGTTAGATAAACT  147
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGGCTCAAGACCTTTAGTGAGCTTTTAGGTTCAGTTAGATAAACT  145

seq1  GTCTAATAATCTGTGATCGAGTGTGATGGGAAAATACACCTGACATTGAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATAATCTGTGATCGAGTGTGATGGGAAAATACACCTGACATTGAG  195

seq1  TTCTTCCCTCAATATGCACATATACACATGCAG-GACACACATGTACACT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCCTCAATATGCACATATACACATGCAGAGACACACATGTACACT  245

seq1  AGTGCATCTGTATAGGATCAAATGCACACAGGTCACACACACATAAACAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATCTGTATAGGATCAAATGCACACAGGTCACACACACATAAACAT  295

seq1  GTATACACAAATGAAGTACAGAAAAACTAAAACAAGATAATAAAGAAGAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACACAAATGAAGTACAGAAAAACTAAAACAAGATAATAAAGAAGAG  345

seq1  AGTGTTCTGTAGGACACACCCACGACATCATAGTTAACAAAAGTTTATTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCTGTAGGACACACCCACGACATCATAGTTAACAAAAGTTTATTA  395

seq1  ATCTTAGGTATGGCTAGAAGAGGATAAATTACCTCTAAACTATTTTCTAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGGTATGGCTAGAAGAGGATAAATTACCTCTAAACTATTTTCTAA  445

seq1  AAACAAACAAGCAAACAAACAACATTAGTCTAGAGATATGGCACAACACT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAGCAAACAAACAACATTAGTCTAGAGATATGGCACAACACT  495

seq1  TAAGAGTACCTCCAGGTATCACAGAGGACCCAGGTTCAGTTTTCAGCATC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTACCTCCAGGTATCACAGAGGACCCAGGTTCAGTTTTCAGCATC  545

seq1  AATATAGCCTTTCACAACCATCAGTAAATCCAGCCTCATGGAATTCAAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGCCTTTCACAACCATCAGTAAATCCAGCCTCATGGAATTCAAAA  595

seq1  TTATTTTCTGATTCCCATTTGTCTCAGGTATACACATAGTACACATAGTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCTGATTCCCATTTGTCTCAGGTATACACATAGTACACATAGTT  645

seq1  GCATGTGGGCAAATCAATCATACACATGAAATTTTTAAAAAATTCTGAAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGGGCAAATCAATCATACACATGAAATTTTTAAAAAATTCTGAAA  695

seq1  GTAAAATAAATTTCTTTGTTCTGATTCTTTGACCATTCACACTTTTATGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATAAATTTCTTTGTTCTGATTCTTTGACCATTCACACTTTTATGT  745

seq1  TCATATTTGTGTTTGTATGTTTATTTATGCTGCTATAGCACATTGATATT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTTGTGTTTGTATGTTTATTTATGCTGCTATAGCACATTGATATT  795

seq1  GAGTGGGGTTCTAAACACATTCATAAAAAATATCAAAGTTTGAAATCTTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGGGTTCTAAACACATTCATAAAAAATATCAAAGTTTGAAATCTTA  845

seq1  GATAACCAATAAAATATCTTTTTCTTTTCTTCCTAAGACTACATGGTAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCAATAAAATATCTTTTTCTTTTCTTCCTAAGACTACATGGTAAA  895

seq1  AAAACCCACAAACAGCTTCAAAGATGATGCTTTCTTAAATTATGTTTAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCACAAACAGCTTCAAAGATGATGCTTTCTTAAATTATGTTTAAA  945

seq1  GCTATAAAGAGGCTGTGATTAGAGGTCAACTGAAAGCAGGCATACCTTTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAAGAGGCTGTGATTAGAGGTCAACTGAAAGCAGGCATACCTTTA  995

seq1  TTGTAAGGTCATTACAGGATCTTGAGTGATACCTAATTTAAAGTCCATGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGGTCATTACAGGATCTTGAGTGATACCTAATTTAAAGTCCATGA  1045

seq1  AAATAAATTGAAAGATCACTTTTTATGAATTC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATTGAAAGATCACTTTTTATGAATTC  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |