BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276N04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 67,020,053 - 67,179,924
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRsrc1, Mlf1
Upstream geneVeph1, Ptx3, LOC625115, Shox2
Downstream geneGfm1, Lxn, Rarres1, Mfsd1, LOC667207, Gm412, EG208426, EG545531, LOC631379
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276N04.bB6Ng01-276N04.g
ACCGA077505GA077506
length8431,108
definitionB6Ng01-276N04.b B6Ng01-276N04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,179,082 - 67,179,924)(67,020,053 - 67,021,164)
sequence
gaattctcattttgttggcagtaaaaagggtgggttaaagaacagccggc
ttgatataagctcattacttgataatgtaagttcattcttttcctttatg
cccagatgtgtttactctataaatagtggttgtaaaaataaattagcatg
aatcagtattataattactacaaatttgccttatatttttgataatggtt
gcttggttctgaagaaggctagaaaattgttgaagagagtgactaatggt
ctttcctgagctttttgatgtgtgtctttgagacctgttactatttttga
cctcaaatcttgggttcccagcctttgctcaagtcatccaacagtttaaa
ttacactcccactggacatatttttttaagatactagttacatatcaaat
tacacatttaattaagacattactcattttaatataactaggcatataat
aaggtcagatatgcacagaaaactagataatagtgaaacttagttttaaa
tgtcttcttcccaaggcctcatttatgtcactgtgaatcactcaccattc
cttgttaccagaggtgttcattgcacactctttcttttacccctgcctgc
cccattattgcattgataaaatgagaagccccttcccaagcaaggccagt
tctgctggaggcaggtaaagaaaacaaacagtgtcccatggcaacgtcca
accacttcgaagcagccagctcaactctcctacttagtagtgctgtcaag
gtgacagccttcactatatgaaaacttgttttaaataacttagcacacaa
cctctaattccagaaagaaggaggaggaggaggaggaggagga

gaattcttggtttactgatactcagtaaatgagtaaattactggtagcat
atgtaaatgctactgacagaccactgaagttaaatcctgatctggaattt
agagtagtttggaagcaaaagaattggctcagtggctaggaccacttgct
ttacagagggcccacagtttggttcccaaaacctttgtgttagctcatga
cgttttctaactccagtgccacatctgatatactcttctggcccagaaag
gaacaaggcatgcccatagtcaatatacatacatgcaggggaaacactca
tacaaaaaataaaaatgagtaaatcttttaaaaatttaacaagtagttat
ggatttcactttttatatgaaacatatgaatgcatataataatttcttca
ttattagtgtttcctgtttagagtactctttaacacgggagtgttaaaga
tgcagcttacaatagaacacttctgtttacattcctgcattcatataagt
gttcctatgccgtcttcattatggaaagcttcagtaatggatgcttacta
ttcagggaatacagggaaaacagttgtttgccacagtaggccaatggatt
gggtactttctttggctgtgatatcagagagaactcatagttacaacttc
tctgtatatagagcaacccatagtatattctaaatcactgaaaggttttt
tttcctcctatagaaatactttttaatttagaatttatagctatataggt
tctcatagaaacagatgtaaaaagtgatggtagggagtggcgggagatgc
aagtctgggaagcgcctccgcgccttctcagtcttcctctctagagcggg
aagggaagggaagcgctgcttgggtaatcccgacctgcagtttcccaact
tcctaacatggacatggacatggaaacataggaaatacagacgtccacta
gaccttgagaaatttatacatgcaaggcacacaaaacagctttcttcctc
ttttatagtccctatatatatttaattcagtgagctgtatgtccaccttc
acaccggggacagctataatgtggcctcacaaagtcataacttatataaa
atgtagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_67179082_67179924
seq2: B6Ng01-276N04.b_46_888 (reverse)

seq1  TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTTCTGGAATTAGAGGTTGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTTCTGGAATTAGAGGTTGTGTG  50

seq1  CTAAGTTATTTAAAACAAGTTTTCATATAGTGAAGGCTGTCACCTTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTATTTAAAACAAGTTTTCATATAGTGAAGGCTGTCACCTTGACA  100

seq1  GCACTACTAAGTAGGAGAGTTGAGCTGGCTGCTTCGAAGTGGTTGGACGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTACTAAGTAGGAGAGTTGAGCTGGCTGCTTCGAAGTGGTTGGACGT  150

seq1  TGCCATGGGACACTGTTTGTTTTCTTTACCTGCCTCCAGCAGAACTGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGGGACACTGTTTGTTTTCTTTACCTGCCTCCAGCAGAACTGGCC  200

seq1  TTGCTTGGGAAGGGGCTTCTCATTTTATCAATGCAATAATGGGGCAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGGGAAGGGGCTTCTCATTTTATCAATGCAATAATGGGGCAGGCA  250

seq1  GGGGTAAAAGAAAGAGTGTGCAATGAACACCTCTGGTAACAAGGAATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAAAAGAAAGAGTGTGCAATGAACACCTCTGGTAACAAGGAATGGT  300

seq1  GAGTGATTCACAGTGACATAAATGAGGCCTTGGGAAGAAGACATTTAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATTCACAGTGACATAAATGAGGCCTTGGGAAGAAGACATTTAAAA  350

seq1  CTAAGTTTCACTATTATCTAGTTTTCTGTGCATATCTGACCTTATTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTTCACTATTATCTAGTTTTCTGTGCATATCTGACCTTATTATAT  400

seq1  GCCTAGTTATATTAAAATGAGTAATGTCTTAATTAAATGTGTAATTTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGTTATATTAAAATGAGTAATGTCTTAATTAAATGTGTAATTTGAT  450

seq1  ATGTAACTAGTATCTTAAAAAAATATGTCCAGTGGGAGTGTAATTTAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTAGTATCTTAAAAAAATATGTCCAGTGGGAGTGTAATTTAAAC  500

seq1  TGTTGGATGACTTGAGCAAAGGCTGGGAACCCAAGATTTGAGGTCAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGATGACTTGAGCAAAGGCTGGGAACCCAAGATTTGAGGTCAAAAA  550

seq1  TAGTAACAGGTCTCAAAGACACACATCAAAAAGCTCAGGAAAGACCATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAACAGGTCTCAAAGACACACATCAAAAAGCTCAGGAAAGACCATTA  600

seq1  GTCACTCTCTTCAACAATTTTCTAGCCTTCTTCAGAACCAAGCAACCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCTCTTCAACAATTTTCTAGCCTTCTTCAGAACCAAGCAACCATT  650

seq1  ATCAAAAATATAAGGCAAATTTGTAGTAATTATAATACTGATTCATGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAATATAAGGCAAATTTGTAGTAATTATAATACTGATTCATGCTA  700

seq1  ATTTATTTTTACAACCACTATTTATAGAGTAAACACATCTGGGCATAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTTACAACCACTATTTATAGAGTAAACACATCTGGGCATAAAG  750

seq1  GAAAAGAATGAACTTACATTATCAAGTAATGAGCTTATATCAAGCCGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAATGAACTTACATTATCAAGTAATGAGCTTATATCAAGCCGGCT  800

seq1  GTTCTTTAACCCACCCTTTTTACTGCCAACAAAATGAGAATTC  843
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTAACCCACCCTTTTTACTGCCAACAAAATGAGAATTC  843


seq1: chr3_67020053_67021164
seq2: B6Ng01-276N04.g_67_1174

seq1  GAATTCTTGGTTTACTGATACTCAGTAAATGAGTAAATTACTGGTAGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGTTTACTGATACTCAGTAAATGAGTAAATTACTGGTAGCAT  50

seq1  ATGTAAATGCTACTGACAGACCACTGAAGTTAAATCCTGATCTGGAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATGCTACTGACAGACCACTGAAGTTAAATCCTGATCTGGAATTT  100

seq1  AGAGTAGTTTGGAAGCAAAAGAATTGGCTCAGTGGCTAGGACCACTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGTTTGGAAGCAAAAGAATTGGCTCAGTGGCTAGGACCACTTGCT  150

seq1  TTACAGAGGGCCCACAGTTTGGTTCCCAAAACCTTTGTGTTAGCTCATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGAGGGCCCACAGTTTGGTTCCCAAAACCTTTGTGTTAGCTCATGA  200

seq1  CGTTTTCTAACTCCAGTGCCACATCTGATATACTCTTCTGGCCCAGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTTCTAACTCCAGTGCCACATCTGATATACTCTTCTGGCCCAGAAAG  250

seq1  GAACAAGGCATGCCCATAGTCAATATACATACATGCAGGGGAAACACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAGGCATGCCCATAGTCAATATACATACATGCAGGGGAAACACTCA  300

seq1  TACAAAAAATAAAAATGAGTAAATCTTTTAAAAATTTAACAAGTAGTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAAATAAAAATGAGTAAATCTTTTAAAAATTTAACAAGTAGTTAT  350

seq1  GGATTTCACTTTTTATATGAAACATATGAATGCATATAATAATTTCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCACTTTTTATATGAAACATATGAATGCATATAATAATTTCTTCA  400

seq1  TTATTAGTGTTTCCTGTTTAGAGTACTCTTTAACACGGGAGTGTTAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGTGTTTCCTGTTTAGAGTACTCTTTAACACGGGAGTGTTAAAGA  450

seq1  TGCAGCTTACAATAGAACACTTCTGTTTACATTCCTGCATTCATATAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTACAATAGAACACTTCTGTTTACATTCCTGCATTCATATAAGT  500

seq1  GTTCCTATGCCGTCTTCATTATGGAAAGCTTCAGTAATGGATGCTTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTATGCCGTCTTCATTATGGAAAGCTTCAGTAATGGATGCTTACTA  550

seq1  TTCAGGGAATACAGGGAAAACAGTTGTTTGCCACAGTAGGCCAATGGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGGAATACAGGGAAAACAGTTGTTTGCCACAGTAGGCCAATGGATT  600

seq1  GGGTACTTTCTTTGGCTGTGATATCAGAGAGAACTCATAGTTACAACTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTTTCTTTGGCTGTGATATCAGAGAGAACTCATAGTTACAACTTC  650

seq1  TCTGTATATAGAGCAACCCATAGTATATTCTAAATCACTGAAAGGTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATATAGAGCAACCCATAGTATATTCTAAATCACTGAAAGGTTTTT  700

seq1  TTTCCTCCTATAGAAATACTTTTTAATTTAGAATTTATAGCTATATAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCCTATAGAAATACTTTTTAATTTAGAATTTATAGCTATATAGGT  750

seq1  TCTCATAGAAACAGATGTAAAAAGTGATGGTAGGGAGTGGCGGGAGATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAGAAACAGATGTAAAAAGTGATGGTAGGGAGTGGCGGGAGATGC  800

seq1  AAGTCTGGGAAGCGCCTCCGCGCCTTCTCAGTCTTCCTCTCTAGAGCGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGGGAAGCGCCTCCGCGCCTTCTCAGTCTTCCTCTCTAGAGCGGG  850

seq1  AAGGGAAGGGAAGCGCTGCTTGGGTAATCCCGACCTGCAGTTTCCCAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGGGAAGCGCTGCTTGGGTAATCCCGACCTGCAGTTTCCCAACT  900

seq1  TCCTAACATGGACATGGACATGGAAACATAGGAAATACAGACGT-CACTA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCTAACATGGACATGGACATGGAAACATAGGAAATACAGACGTCCACTA  950

seq1  GACCTTGAGAAATTTATACATGCAAAGGCACACAAAACAGCTTTTCTTTC  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||
seq2  GACCTTGAGAAATTTATACATGC-AAGGCACACAAAACAGCTTT--CTTC  997

seq1  CTCTTTTATAGTCCCTTAATATATTTAATTCAGTGAGCTGGTATGTCCAC  1049
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCTTTTATAGTCCCTATATATATTTAATTCAGTGAGCT-GTATGTCCAC  1046

seq1  C-TCACACC-GGGACAGCTATAAATGTGGCTTCACAAAAGTCATAAACTT  1097
      | ||||||| ||||||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||
seq2  CTTCACACCGGGGACAGCTAT-AATGTGGCCTCAC-AAAGTCAT-AACTT  1093

seq1  ATATAAAATGTAGGA  1112
      |||||||||||||||
seq2  ATATAAAATGTAGGA  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |