BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276P11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 28,541,935 - 28,655,382
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnik, Slc2a2
Upstream geneFndc3b, E030011K20Rik, Pld1
Downstream geneEG624446, Eif5a2, Rpl22l1, Gm1527, 6130401L20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276P11.bB6Ng01-276P11.g
ACCGA077609GA077610
length1,0851,070
definitionB6Ng01-276P11.b B6Ng01-276P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,654,306 - 28,655,382)(28,541,935 - 28,542,992)
sequence
gaattctgattttctttctcccataggggaattcatgattggggtgtctc
ttagccctgggtccagcttatgggcagtgattgtgccagcatctgatgag
tgatgcctatgtgagctgtagagggaggggtagtacaagcgtctggaagg
cagcatgctcccttactgctgaactggtaatgctgtgcaaggagcatgtg
ctcatagggatatgcttgaaccagcatccaaagcctaccgctacacagcc
tacagtacacagcctacagctttggaggctagaataggtccatgccgcag
gtgctggaacattcagcagaggcatcgatccagagtctagagcacgtata
taggcagagacagtggctctaggcaccaatgcaggctaccttgctgtggc
agtgctgtgatgtctgagggatgtaggcaccatggcctgtggtttgggca
tattcagagtagtaacagttgtgtggtccagggtaaagctcactcagaac
ggcagaggctctagtgtctgcagcatgggtctatgtagaaataccacagc
tgcagacccaggctccacatagagctgagtaaagtgtccgtttcagtggc
acaagagtggcttctttgaacagtgttagcttcttcgcggagctcatggt
gacagtggcttttggttatctcaggtgatgaaaactgctagttttttgct
ctagagcaggccactggggaatgtggtggcatgggcagatgctgacagcc
tcctttccctctgtccttcaccagatgtcactctccatgatgacaggccc
atcagtctattccaggcacggcttcctctttttgcaccactcggttgctg
cggctcttaattggactcctcgagcccttcagtgattatttttcatttca
tggataactatctaattgctttgttttttgaaaagagtaaagctgatgtc
tcccactgtgccatacacatgtcttaaaatcacagttttgtacatttaat
ggaaagtggggagagtgactccatacgtcagacggcaggttataaatgaa
atatacatttgtagttgctgtatgggcacctaaaa
gaattccatcccacttgttacaggttccctcttctggtccaataagctat
gacctggcggtagccctcattgcagctgtgctccccagagctgctgagct
ccaccagagagcctggactttgagccttgctttagaagagtcatttggct
gccttgcactgcacattttccttctgtaaggtagcactgatgaaagctgg
cctacggtgttcctatgaggactcggtggcacatggtagctagtgttctg
tacagtacctggcatgtgtcaaaatacagagcatatttgtgctcatcctc
cagagaatggcgaggttatcaaaatcagagaacttgggattctcttaatg
agattcaggaatgcagggctgttcaatttcctttgtgttcccaggagaga
gcctagagcacagaaggtatttgatgagaagatgctggctgatggaacca
aggggtgatgactcagattcaagggtcgttgcttcaggctttccatctct
gagacacatccctagctagcccttcacgtctttccttaataaccactgta
tctttgtcagtttcaaggcctggaagaaaatgccattgacacaggagaaa
cttaaaaactgtaaagtgacaaggtgtgatgtatgctctgaggaaattgg
ggggaaatgtcaaaaagcttctcagtacagaatggaagctgggggggagg
gaaacactgtttagcacattataaaaagcagggccgctaagatggatggg
agagagccgagctgcctaagtgtcacagagaagatgaaatgctcaacgcg
gagaatatgtaccggtgctagctcctgatcaacacttgcgacaaaatgaa
ttgaggagtgggccctcactggggacagtttgtagtccaggaacagatga
cacttaagcttaggggacatttatcaagcttccttatgtatgaatcacca
caacacaccttgggatctggggcttatgttctgttgcaaggaagtgactt
acttggattaccagaccgagggacagtgctgggtccagaagactgttcat
ctcaagacagagcctggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_28654306_28655382
seq2: B6Ng01-276P11.b_44_1128 (reverse)

seq1  TTTTA-GTGGCCATACAGCAACTAC-AATGTATATTTAATTTAT-ACCTG  47
      ||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||
seq2  TTTTAGGTGCCCATACAGCAACTACAAATGTATATTTCATTTATAACCTG  50

seq1  CCTCCTGACGTATGGAGTCAACTCTCCCCACTTTCCATTAAATGTAC-AA  96
      ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCGTCTGACGTATGGAGTC-ACTCTCCCCACTTTCCATTAAATGTACAAA  99

seq1  ACTGTGATTTTAAGACATGTGTATGGCACAGTGGGAGACATCAGCTTTAC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGATTTTAAGACATGTGTATGGCACAGTGGGAGACATCAGCTTTAC  149

seq1  TCTTTTC-AAAAACAAAGCAATTAGATAGTTATCCATG-AATG-AAAATA  193
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  TCTTTTCAAAAAACAAAGCAATTAGATAGTTATCCATGAAATGAAAAATA  199

seq1  ATCACTGAAGGGCTCGAGG-GTCCAATTAAGAGCCGCAGCAACCGAGTGG  242
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGAAGGGCTCGAGGAGTCCAATTAAGAGCCGCAGCAACCGAGTGG  249

seq1  TGC-AAAAGAGGAAGCCGTGCCTGGAATAGACTGATGGGCCTGTCATCAT  291
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAAGAGGAAGCCGTGCCTGGAATAGACTGATGGGCCTGTCATCAT  299

seq1  GGAGAGTGACATCTGGTGAAGGACAGAGGGAAAGGAGGCTGTCAGCATCT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTGACATCTGGTGAAGGACAGAGGGAAAGGAGGCTGTCAGCATCT  349

seq1  GCCCATGCCACCACATTCCCCAGTGGCCTGCTCTAGAGCAAAAAACTAGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGCCACCACATTCCCCAGTGGCCTGCTCTAGAGCAAAAAACTAGC  399

seq1  AGTTTTCATCACCTGAGATAACCAAAAGCCACTGTCACCATGAGCTCCGC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCATCACCTGAGATAACCAAAAGCCACTGTCACCATGAGCTCCGC  449

seq1  GAAGAAGCTAACACTGTTCAAAGAAGCCACTCTTGTGCCACTGAAACGGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGCTAACACTGTTCAAAGAAGCCACTCTTGTGCCACTGAAACGGA  499

seq1  CACTTTACTCAGCTCTATGTGGAGCCTGGGTCTGCAGCTGTGGTATTTCT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTACTCAGCTCTATGTGGAGCCTGGGTCTGCAGCTGTGGTATTTCT  549

seq1  ACATAGACCCATGCTGCAGACACTAGAGCCTCTGCCGTTCTGAGTGAGCT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGACCCATGCTGCAGACACTAGAGCCTCTGCCGTTCTGAGTGAGCT  599

seq1  TTACCCTGGACCACACAACTGTTACTACTCTGAATATGCCCAAACCACAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCTGGACCACACAACTGTTACTACTCTGAATATGCCCAAACCACAG  649

seq1  GCCATGGTGCCTACATCCCTCAGACATCACAGCACTGCCACAGCAAGGTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGTGCCTACATCCCTCAGACATCACAGCACTGCCACAGCAAGGTA  699

seq1  GCCTGCATTGGTGCCTAGAGCCACTGTCTCTGCCTATATACGTGCTCTAG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCATTGGTGCCTAGAGCCACTGTCTCTGCCTATATACGTGCTCTAG  749

seq1  ACTCTGGATCGATGCCTCTGCTGAATGTTCCAGCACCTGCGGCATGGACC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGATCGATGCCTCTGCTGAATGTTCCAGCACCTGCGGCATGGACC  799

seq1  TATTCTAGCCTCCAAAGCTGTAGGCTGTGTACTGTAGGCTGTGTAGCGGT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTAGCCTCCAAAGCTGTAGGCTGTGTACTGTAGGCTGTGTAGCGGT  849

seq1  AGGCTTTGGATGCTGGTTCAAGCATATCCCTATGAGCACATGCTCCTTGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTGGATGCTGGTTCAAGCATATCCCTATGAGCACATGCTCCTTGC  899

seq1  ACAGCATTACCAGTTCAGCAGTAAGGGAGCATGCTGCCTTCCAGACGCTT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTACCAGTTCAGCAGTAAGGGAGCATGCTGCCTTCCAGACGCTT  949

seq1  GTACTACCCCTCCCTCTACAGCTCACATAGGCATCACTCATCAGATGCTG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTACCCCTCCCTCTACAGCTCACATAGGCATCACTCATCAGATGCTG  999

seq1  GCACAATCACTGCCCATAAGCTGGACCCAGGGCTAAGAGACACCCCAATC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATCACTGCCCATAAGCTGGACCCAGGGCTAAGAGACACCCCAATC  1049

seq1  ATGAATTCCCCTATGGGAGAAAGAAAATCAGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTCCCCTATGGGAGAAAGAAAATCAGAATTC  1085

seq1: chr3_28541935_28542992
seq2: B6Ng01-276P11.g_66_1135

seq1  GAATTCCATCCCACTTGTTACAGGTTCCCTCTTCTGGTCCAATAAGCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCCACTTGTTACAGGTTCCCTCTTCTGGTCCAATAAGCTAT  50

seq1  GACCTGGCGGTAGCCCTCATTGCAGCTGTGCTCCCCAGAGCTGCTGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGCGGTAGCCCTCATTGCAGCTGTGCTCCCCAGAGCTGCTGAGCT  100

seq1  CCACCAGAGAGCCTGGACTTTGAGCCTTGCTTTAGAAGAGTCATTTGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGAGAGCCTGGACTTTGAGCCTTGCTTTAGAAGAGTCATTTGGCT  150

seq1  GCCTTGCACTGCACATTTTCCTTCTGTAAGGTAGCACTGATGAAAGCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCACTGCACATTTTCCTTCTGTAAGGTAGCACTGATGAAAGCTGG  200

seq1  CCTACGGTGTTCCTATGAGGACTCGGTGGCACATGGTAGCTAGTGTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACGGTGTTCCTATGAGGACTCGGTGGCACATGGTAGCTAGTGTTCTG  250

seq1  TACAGTACCTGGCATGTGTCAAAATACAGAGCATATTTGTGCTCATCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTACCTGGCATGTGTCAAAATACAGAGCATATTTGTGCTCATCCTC  300

seq1  CAGAGAATGGCGAGGTTATCAAAATCAGAGAACTTGGGATTCTCTTAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAATGGCGAGGTTATCAAAATCAGAGAACTTGGGATTCTCTTAATG  350

seq1  AGATTCAGGAATGCAGGGCTGTTCAATTTCCTTTGTGTTCCCAGGAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCAGGAATGCAGGGCTGTTCAATTTCCTTTGTGTTCCCAGGAGAGA  400

seq1  GCCTAGAGCACAGAAGGTATTTGATGAGAAGATGCTGGCTGATGGAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGAGCACAGAAGGTATTTGATGAGAAGATGCTGGCTGATGGAACCA  450

seq1  AGGGGTGATGACTCAGATTCAAGGGTCGTTGCTTCAGGCTTTCCATCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGATGACTCAGATTCAAGGGTCGTTGCTTCAGGCTTTCCATCTCT  500

seq1  GAGACACATCCCTAGCTAGCCCTTCACGTCTTTCCTTAATAACCACTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACATCCCTAGCTAGCCCTTCACGTCTTTCCTTAATAACCACTGTA  550

seq1  TCTTTGTCAGTTTCAAGGCCTGGAAGAAAATGCCATTGACACAGGAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTCAGTTTCAAGGCCTGGAAGAAAATGCCATTGACACAGGAGAAA  600

seq1  CTTAAAAACTGTAAAGTGACAAGGTGTGATGTATGCTCTGAGGAAATTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAACTGTAAAGTGACAAGGTGTGATGTATGCTCTGAGGAAATTGG  650

seq1  GGGGAAATGTCAAAAAGCTTCTCAGTACAGAATGGAAGCTGGGGGGGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAATGTCAAAAAGCTTCTCAGTACAGAATGGAAGCTGGGGGGGAGG  700

seq1  GAAACACTGTTTAGCACATTATAAAAAGCAGGGCCGCTAAGATGGATGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACTGTTTAGCACATTATAAAAAGCAGGGCCGCTAAGATGGATGGG  750

seq1  AGAGAGCCGAGCTGCCTAAGTGTCACAGAGAAGATGAAATGCTCAACGCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCCGAGCTGCCTAAGTGTCACAGAGAAGATGAAATGCTCAACGCG  800

seq1  GAGAATATGTACCGGTGCTAGCTCCTGATCAACAC-TGCGACAAAATGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAGAATATGTACCGGTGCTAGCTCCTGATCAACACTTGCGACAAAATGAA  850

seq1  TTGAGGAGTGGGCCCTCACT-GGGACAGTTTGTAGTCCAGGAAACAGATG  898
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTGAGGAGTGGGCCCTCACTGGGGACAGTTTGTAGTCCAGG-AACAGATG  899

seq1  ACAC-TAAGCTTAGGGGACATTTATCAAGCTTCCTTATGTATGAATCAC-  946
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACACTTAAGCTTAGGGGACATTTATCAAGCTTCCTTATGTATGAATCACC  949

seq1  ---ACACACCCTTGGGATCTTGGGGCTATGTTCTGTT-CAAAGAAGTGAC  992
         ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||| ||| ||||||||
seq2  ACAACACA-CCTTGGGATCTGGGGCTTATGTTCTGTTGCAAGGAAGTGAC  998

seq1  -TACTTGGATTTCCAGACGGAGGCA-AGTG-TGGG-CCAGAA-ACTGTAC  1037
       |||||||||| |||||| |||| | |||| |||| |||||| ||||| |
seq2  TTACTTGGATTACCAGACCGAGGGACAGTGCTGGGTCCAGAAGACTGTTC  1048

seq1  A-CTCAAGACAGAGCCTGGGGG  1058
      | ||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAGACAGAGCCTGGGGG  1070