BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277A14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 32,336,470 - 32,518,210
singlet/doubletdoublet
Overlap genePik3ca, Kcnmb3, Zfp639, Mfn1, Gnb4, LOC100040977
Upstream geneLOC625125, Kcnmb2, LOC665514, Zmat3, 4930429B21Rik
Downstream geneActl6a, Mrpl47, Ndufb5, Usp13, Pex2, EG545512
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277A14.bB6Ng01-277A14.g
ACCGA077662GA077663
length1,161592
definitionB6Ng01-277A14.b B6Ng01-277A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,336,470 - 32,337,613)(32,517,619 - 32,518,210)
sequence
gaattcactgttgcatagaatactaacagaattagagctgattctccttt
taaagtttaatgtggcgttaagctcagccatgggtccttgtgatccactc
aaaaaggagccttggatgttgtgtctttagacagatctttacctctattt
ggattaactagatatggtttctggttgtgcttagcggaacagtgaacact
tctcgaaacttgtcttcagagaaatgaaatagacacagcgatgcacctaa
cggtgttttttggttacaggacaaatcatagtggtgatttgggtaatagt
ctctccaaacaacgacaagcagaagtacactctgaagatcaatcatgact
gtgtgccagagcaagtcattgctgaagccatcaggaaaaagactcggagc
atgttgttgtcctctgagcagctgaaactctgtgtcttagaatatcaggg
caagtatattctgaaagtgtgtggctgtgacgaatacttcctggaaaagt
accctctgagtcagtacaaggtgagtgacggcaccacaccagagctgcat
ggcacagcgttcggatgatgaatattcattttaggaagtaccacttgtaa
gcttatttttattagtatacttgaattttgcttaatactgatagtgaatg
ccagccaagtcttgtaccactgagctatatttatgacatatgtgtatttt
atgtgttggctcatattcaccccctttgggatgagtgaatttcagccagt
cccttgtctatttatgtttatgtttaaataatgcaattattttagagttg
ggaagacatagcagttacactaaccacaaaatactcatttcatgacctac
ctgctcctacaaagggatgtgggggacaacattaaatagaatcttgggtt
tattacatttactactaaccttcttcctctctttctctggtcactgaata
atccagctgagaagcagtggtagcatacacacaccagttactgtttaata
agagaggacaggtgggcctttagttgggtgataggtggggaaatagggga
ggttatggatgtaatatacaggtacataggctaaaaattccatgggtgta
gggggccctagccagatgggcctaagtgcataaggcactgtgttactacg
agcctaataac
gaattcaaatgacacaatcaggatcaagggcagaaagtctctgaactgga
ccaaaagggacacagatctctctataaggaactgtcactgaacccctatg
aagccaattccttttttctgagcatgactctgagaagttctgagcaggtc
aggactgaaaacaaaacaagcaagtgtgtcttcctgtctttgtccttgga
gtagcagcaagccctcctggcgaacaccatcctgaagacgagggcagaag
acacctgcaccctggcactccctctctgaggcgccccttatgttccgtta
ataaagcagactttgagagcatggactcagtgagttagtggcctagatgc
agccgtggatcgtcatgcacagtcctgaggggcgatcctccacacagcca
gaaccgtcaacgatgagctctgtgtgtgtgagagtgcgtatgtgtgtgag
tgtggtgcgtatgtgtacgtgtatgtgtgtatacttgtgtgtacatgtgt
ctctgtgtgttcctgtgtatctccttggcgagtttctctccaccaaattc
ccagtcctctctctctctctctctctctctctctctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_32336470_32337613
seq2: B6Ng01-277A14.b_47_1207

seq1  GAATTCACTGTTGCATAGAATACTAACAGAATTAGAGCTGATTCTCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTTGCATAGAATACTAACAGAATTAGAGCTGATTCTCCTTT  50

seq1  TAAAGTTTAATGTGGCGTTAAGCTCAGCCATGGGTCCTTGTGATCCACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTAATGTGGCGTTAAGCTCAGCCATGGGTCCTTGTGATCCACTC  100

seq1  AAAAAGGAGCCTTGGATGTTGTGTCTTTAGACAGATCTTTACCTCTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGAGCCTTGGATGTTGTGTCTTTAGACAGATCTTTACCTCTATTT  150

seq1  GGATTAACTAGATATGGTTTCTGGTTGTGCTTAGCGGAACAGTGAACACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAACTAGATATGGTTTCTGGTTGTGCTTAGCGGAACAGTGAACACT  200

seq1  TCTCGAAACTTGTCTTCAGAGAAATGAAATAGACACAGCGATGCACCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGAAACTTGTCTTCAGAGAAATGAAATAGACACAGCGATGCACCTAA  250

seq1  CGGTGTTTTTTGGTTACAGGACAAATCATAGTGGTGATTTGGGTAATAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGTTTTTTGGTTACAGGACAAATCATAGTGGTGATTTGGGTAATAGT  300

seq1  CTCTCCAAACAACGACAAGCAGAAGTACACTCTGAAGATCAATCATGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAAACAACGACAAGCAGAAGTACACTCTGAAGATCAATCATGACT  350

seq1  GTGTGCCAGAGCAAGTCATTGCTGAAGCCATCAGGAAAAAGACTCGGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCAGAGCAAGTCATTGCTGAAGCCATCAGGAAAAAGACTCGGAGC  400

seq1  ATGTTGTTGTCCTCTGAGCAGCTGAAACTCTGTGTCTTAGAATATCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTTGTCCTCTGAGCAGCTGAAACTCTGTGTCTTAGAATATCAGGG  450

seq1  CAAGTATATTCTGAAAGTGTGTGGCTGTGACGAATACTTCCTGGAAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTATATTCTGAAAGTGTGTGGCTGTGACGAATACTTCCTGGAAAAGT  500

seq1  ACCCTCTGAGTCAGTACAAGGTGAGTGACGGCACCACACCAGAGCTGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTGAGTCAGTACAAGGTGAGTGACGGCACCACACCAGAGCTGCAT  550

seq1  GGCACAGCGTTCGGATGATGAATATTCATTTTAGGAAGTACCACTTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGCGTTCGGATGATGAATATTCATTTTAGGAAGTACCACTTGTAA  600

seq1  GCTTATTTTTATTAGTATACTTGAATTTTGCTTAATACTGATAGTGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATTTTTATTAGTATACTTGAATTTTGCTTAATACTGATAGTGAATG  650

seq1  CCAGCCAAGTCTTGTACCACTGAGCTATATTTATGACATATGTGTATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCAAGTCTTGTACCACTGAGCTATATTTATGACATATGTGTATTTT  700

seq1  ATGTGTTGGCTCATATTCACCCCCTTTGGGATGAGTGAATTTCAGCCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGGCTCATATTCACCCCCTTTGGGATGAGTGAATTTCAGCCAGT  750

seq1  CCCTTGTCTATTTATGTTTATGTTTAAATAATGCAATTATTTTAGAGTT-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCCTTGTCTATTTATGTTTATGTTTAAATAATGCAATTATTTTAGAGTTG  800

seq1  GGAAGACATAGCAGTTACACTAACCACAAAATACTCATTTCATGACCTAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACATAGCAGTTACACTAACCACAAAATACTCATTTCATGACCTAC  850

seq1  CTGCTCCTACAAA-GGATGT-GGGGACAACATTAAAATAGAATCTT-GGT  896
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CTGCTCCTACAAAGGGATGTGGGGGACAACATT-AAATAGAATCTTGGGT  899

seq1  TTATTACATTTACTACTAACCTTCTTCCTCTCTTTCTCTGGTCACTGAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACATTTACTACTAACCTTCTTCCTCTCTTTCTCTGGTCACTGAAT  949

seq1  AAATCCAGCTGAGAAGCAGTGGTAGCATACACACACCAGTTACTGTTTAA  996
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AATCCAGCTGAGAAGCAGTGGTAGCATACACACACCAGTTACTGTTTAA  998

seq1  TAAGAGA-GACAG--TGGCCTTTAGTT-GGTGATAAGTGGGAAAATAGGG  1042
      ||||||| |||||   ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||
seq2  TAAGAGAGGACAGGTGGGCCTTTAGTTGGGTGATAGGTGGGGAAATAGGG  1048

seq1  --AGTTAT-GATGT-ATATACAGTAACATAGGCTAAAAA-TCCAT--GTG  1085
         ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||  |||
seq2  GAGGTTATGGATGTAATATACAGGTACATAGGCTAAAAATTCCATGGGTG  1098

seq1  TAGGGG---CCAGCAAGATGG--CTTAGTGCATAAAGGCACT-TGTTACT  1129
      ||||||   | ||| ||||||  || ||||||| |||||||| |||||||
seq2  TAGGGGGCCCTAGCCAGATGGGCCTAAGTGCAT-AAGGCACTGTGTTACT  1147

seq1  ACCCAGCCTAATAAC  1144
      | | |||||||||||
seq2  A-CGAGCCTAATAAC  1161

seq1: chr3_32517619_32518210
seq2: B6Ng01-277A14.g_69_660 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGACTGGGAATTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGACTGGGAATTTGG  50

seq1  TGGAGAGAAACTCGCCAAGGAGATACACAGGAACACACAGAGACACATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGAAACTCGCCAAGGAGATACACAGGAACACACAGAGACACATGT  100

seq1  ACACACAAGTATACACACATACACGTACACATACGCACCACACTCACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAGTATACACACATACACGTACACATACGCACCACACTCACACA  150

seq1  CATACGCACTCTCACACACACAGAGCTCATCGTTGACGGTTCTGGCTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACGCACTCTCACACACACAGAGCTCATCGTTGACGGTTCTGGCTGTG  200

seq1  TGGAGGATCGCCCCTCAGGACTGTGCATGACGATCCACGGCTGCATCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGATCGCCCCTCAGGACTGTGCATGACGATCCACGGCTGCATCTAG  250

seq1  GCCACTAACTCACTGAGTCCATGCTCTCAAAGTCTGCTTTATTAACGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTAACTCACTGAGTCCATGCTCTCAAAGTCTGCTTTATTAACGGAA  300

seq1  CATAAGGGGCGCCTCAGAGAGGGAGTGCCAGGGTGCAGGTGTCTTCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGGGGCGCCTCAGAGAGGGAGTGCCAGGGTGCAGGTGTCTTCTGCC  350

seq1  CTCGTCTTCAGGATGGTGTTCGCCAGGAGGGCTTGCTGCTACTCCAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTCTTCAGGATGGTGTTCGCCAGGAGGGCTTGCTGCTACTCCAAGGA  400

seq1  CAAAGACAGGAAGACACACTTGCTTGTTTTGTTTTCAGTCCTGACCTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACAGGAAGACACACTTGCTTGTTTTGTTTTCAGTCCTGACCTGCT  450

seq1  CAGAACTTCTCAGAGTCATGCTCAGAAAAAAGGAATTGGCTTCATAGGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTTCTCAGAGTCATGCTCAGAAAAAAGGAATTGGCTTCATAGGGG  500

seq1  TTCAGTGACAGTTCCTTATAGAGAGATCTGTGTCCCTTTTGGTCCAGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGACAGTTCCTTATAGAGAGATCTGTGTCCCTTTTGGTCCAGTTC  550

seq1  AGAGACTTTCTGCCCTTGATCCTGATTGTGTCATTTGAATTC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTTTCTGCCCTTGATCCTGATTGTGTCATTTGAATTC  592