BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277H11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 147,227,255 - 147,348,597
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDnase2b, Uox, 4930503B20Rik, Gm1652, LOC670100, Prkacb, LOC100040540, Ttll7, Ppia-ps3_1528.1
Downstream geneLOC100040354
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277H11.bB6Ng01-277H11.g
ACCGA077978GA077979
length1,0851,084
definitionB6Ng01-277H11.b B6Ng01-277H11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,347,518 - 147,348,597)(147,227,255 - 147,228,348)
sequence
gaattcttttcttatcaaagaaccaaatcctgaagtgatgccgttatcat
cttgtctgcattcttttattttattttatttttttgcctgttacccaaac
ctattaagaggacttttgatttttctgcatgtttccaaggatgtcctctt
ggtgttgctgaatgtcatcttaggtaattcaaaagctctcattttaatta
cctatgtccattattcatttcccacactttccatgaggagtgaaaagaga
cttctcaatgctttcatctcagctcttccaaaggacacactctttaatta
aaaagagttgtcaaaagacactccctaggtattccatggtagataagctt
tggcaaatatctgatagctatatatttaatgtgattaaatgatataatag
aatcatatttgttgtaaaatacagccaatagaaagacacacgccaaagac
gcaccaacacagctatcaaccagaaaagaaatttagcaatgctctgatat
ataaatttatatgaatcttgttttgaaaaccaaaataaatccatacattt
taagaacaaaattaaatgatattcaatatagagctatatcgtactacatt
tatctctatttatctatctatagctaagttatctatacctgtctaaattt
atagatatatttatatctgtattaatatagacatttatacatatctaaga
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatg
atagatagatagaaagttggtgcagctcccagcccacatcagaggaattg
ctttgttcaggggacactgataagttcccccaatcataactggacaaagt
actgaagatctttttcagtagaatgttgggccacaggaaacatctataac
ccactggcctccaaaggctcatggactatcatggaagaggaggcaggaag
gattttaagatctgagagccagggagactctgatgaaacattgtcttcag
ggccatataggaccactgtacttatgaactccacagcagctgtgaatgta
agtacagattctggcacagatgaagcccaatcagc

gaattctctgtttagctttgtacccaatttttaaattggattttttttgg
gttttggcatctaaattctttagttctttgtatattttgaatattagtcc
tctttgctagtttctagaattttatctttagagatttctcgtggaggctt
ctgttgctttcttttagttttccaggggagatagagagaggggggatatc
taattgttatatggtcttaattttaatgatctactagaagtaagttccat
aaaattcatgctcttagaaaattcctgggaatcaccatagctctcaaagt
ttgaacttacaaaactctcacaaattaggatatctaccgtggtgcactct
gttctgtcagggcatggccatacaaaagtatgtctatcttggtatcaact
gtgaaaaatctaaaatgatgtaagttaatgacttccatgtctgtaattca
agttgtcagaaatatatgttgccattggggccatctttatattttggcct
tagtttggattttagctgtgcatagatttataggcattattttatggggt
tgctggtgaaccttgtggtgcttagttaggtgctctgctttttaattcaa
tgcctcacggtatatgtatattaggtattctgtctcttgaaaaaagacag
aaccagctgcccatgaagcttgtattctaaaatttatggtctactgcata
gaaagacattgtagcaaaaggcacataatcaattacagatgttgcaatta
gcagacaaactttaaaacaaccgttagaatacattaaataagaaacatgc
acgatggctgtagagatgaggaaatcttcagagagattgaaacttgacat
gaagaactaagtgtaatatacaaaataaaataactctctcaagggaattg
aaagcaggaagtatgctacatagacgggaatcacatcttgaaaggcaaac
caacagatattcgactttttgtgcagagatcaaaggggttaaaagcaaat
gatggcccaatcctgaatgactataagtcactcagtgcactgtcagtttc
atgtgactgagtcgtagagaattaggagagctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_147347518_147348597
seq2: B6Ng01-277H11.b_48_1132 (reverse)

seq1  GCTGA-TGGGCTTCATCTTGTG-CAGATCTTGTACTAACAATCACAGCTG  48
      ||||| ||||||||||| |||| ||||   |||||| ||| |||||||||
seq2  GCTGATTGGGCTTCATC-TGTGCCAGAATCTGTACTTACATTCACAGCTG  49

seq1  CTGT-GAGTTCATAAGTACAGTGGTTCTATAATGGCCTGAAGACAATGTT  97
      |||| |||||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||
seq2  CTGTGGAGTTCATAAGTACAGTGGTCCTATATGGCCCTGAAGACAATGTT  99

seq1  TCATCAGAGTCTCCCTGGCTCTCAGATCTTAAAAT-CTTCCTGCCTCCTC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCATCAGAGTCTCCCTGGCTCTCAGATCTTAAAATCCTTCCTGCCTCCTC  149

seq1  TTCCATGATAGTCCATGAGCC-TTGGAGGCCAGTGGGTTATAGATGTTTC  195
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGATAGTCCATGAGCCTTTGGAGGCCAGTGGGTTATAGATGTTTC  199

seq1  CTGTGG-CCAACATTCTACTGAAAAAGATCTTCAGTACTTTGTCCAGTTA  244
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCCCAACATTCTACTGAAAAAGATCTTCAGTACTTTGTCCAGTTA  249

seq1  TGATTTGGGGGAACTTATCAGTGTCCCCTGAACAAAGCAATTCCTCTGAT  294
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGA-TTGGGGGAACTTATCAGTGTCCCCTGAACAAAGCAATTCCTCTGAT  298

seq1  GTGGGCTGGGAGCTGTA-CTAGTTTCTATCTATCTATCATCTATCTATCT  343
      ||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTGGGAGCTGCACCAACTTTCTATCTATCTATCATCTATCTATCT  348

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTAGATATGTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTTAGATATGTA  398

seq1  TAAATGTCTATATTAATACAGATATAAATATATCTATAAATTTAGACAGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTCTATATTAATACAGATATAAATATATCTATAAATTTAGACAGG  448

seq1  TATAGATAACTTAGCTATAGATAGATAAATAGAGATAAATGTAGTACGAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATAACTTAGCTATAGATAGATAAATAGAGATAAATGTAGTACGAT  498

seq1  ATAGCTCTATATTGAATATCATTTAATTTTGTTCTTAAAATGTATGGATT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCTATATTGAATATCATTTAATTTTGTTCTTAAAATGTATGGATT  548

seq1  TATTTTGGTTTTCAAAACAAGATTCATATAAATTTATATATCAGAGCATT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGGTTTTCAAAACAAGATTCATATAAATTTATATATCAGAGCATT  598

seq1  GCTAAATTTCTTTTCTGGTTGATAGCTGTGTTGGTGCGTCTTTGGCGTGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATTTCTTTTCTGGTTGATAGCTGTGTTGGTGCGTCTTTGGCGTGT  648

seq1  GTCTTTCTATTGGCTGTATTTTACAACAAATATGATTCTATTATATCATT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTATTGGCTGTATTTTACAACAAATATGATTCTATTATATCATT  698

seq1  TAATCACATTAAATATATAGCTATCAGATATTTGCCAAAGCTTATCTACC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACATTAAATATATAGCTATCAGATATTTGCCAAAGCTTATCTACC  748

seq1  ATGGAATACCTAGGGAGTGTCTTTTGACAACTCTTTTTAATTAAAGAGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATACCTAGGGAGTGTCTTTTGACAACTCTTTTTAATTAAAGAGTG  798

seq1  TGTCCTTTGGAAGAGCTGAGATGAAAGCATTGAGAAGTCTCTTTTCACTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTTGGAAGAGCTGAGATGAAAGCATTGAGAAGTCTCTTTTCACTC  848

seq1  CTCATGGAAAGTGTGGGAAATGAATAATGGACATAGGTAATTAAAATGAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGAAAGTGTGGGAAATGAATAATGGACATAGGTAATTAAAATGAG  898

seq1  AGCTTTTGAATTACCTAAGATGACATTCAGCAACACCAAGAGGACATCCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTGAATTACCTAAGATGACATTCAGCAACACCAAGAGGACATCCT  948

seq1  TGGAAACATGCAGAAAAATCAAAAGTCCTCTTAATAGGTTTGGGTAACAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACATGCAGAAAAATCAAAAGTCCTCTTAATAGGTTTGGGTAACAG  998

seq1  GCAAAAAAATAAAATAAAATAAAAGAATGCAGACAAGATGATAACGGCAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAAATAAAATAAAATAAAAGAATGCAGACAAGATGATAACGGCAT  1048

seq1  CACTTCAGGATTTGGTTCTTTGATAAGAAAAGAATTC  1080
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGGATTTGGTTCTTTGATAAGAAAAGAATTC  1085


seq1: chr3_147227255_147228348
seq2: B6Ng01-277H11.g_63_1146

seq1  GAATTCTCTGTTTAGCTTTGTACCCAATTTTTAAATTGGATTTTTTTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTTTAGCTTTGTACCCAATTTTTAAATTGGATTTTTTTTGG  50

seq1  GTTTTGGCATCTAAATTCTTTAGTTCTTTGTATATTTTGAATATTAGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGCATCTAAATTCTTTAGTTCTTTGTATATTTTGAATATTAGTCC  100

seq1  TCTTTGCTAGTTTCTAGAATTTTATCTTTAGAGATTTCTCGTGGAGGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCTAGTTTCTAGAATTTTATCTTTAGAGATTTCTCGTGGAGGCTT  150

seq1  CTGTTGCTTTCTTTTAGTTTTCCAGGGGAGATAGAGAGAGGGGGGATATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTTTCTTTTAGTTTTCCAGGGGAGATAGAGAGAGGGGGGATATC  200

seq1  TAATTGTTATATGGTCTTAATTTTAATGATCTACTAGAAGTAAGTTCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTTATATGGTCTTAATTTTAATGATCTACTAGAAGTAAGTTCCAT  250

seq1  AAAATTCATGCTCTTAGAAAATTCCTGGGAATCACCATAGCTCTCAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCATGCTCTTAGAAAATTCCTGGGAATCACCATAGCTCTCAAAGT  300

seq1  TTGAACTTACAAAACTCTCACAAATTAGGATATCTACCGTGGTGCACTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTTACAAAACTCTCACAAATTAGGATATCTACCGTGGTGCACTCT  350

seq1  GTTCTGTCAGGGCATGGCCATACAAAAGTATGTCTATCTTGGTATCAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTCAGGGCATGGCCATACAAAAGTATGTCTATCTTGGTATCAACT  400

seq1  GTGAAAAATCTAAAATGATGTAAGTTAATGACTTCCATGTCTGTAATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAAATCTAAAATGATGTAAGTTAATGACTTCCATGTCTGTAATTCA  450

seq1  AGTTGTCAGAAATATATGTTGCCATTGGGGCCATCTTTATATTTTGGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCAGAAATATATGTTGCCATTGGGGCCATCTTTATATTTTGGCCT  500

seq1  TAGTTTGGATTTTAGCTGTGCATAGATTTATAGGCATTATTTTATGGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGGATTTTAGCTGTGCATAGATTTATAGGCATTATTTTATGGGGT  550

seq1  TGCTGGTGAACCTTGTGGTGCTTAGTTAGGTGCTCTGCTTTTTAATTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTGAACCTTGTGGTGCTTAGTTAGGTGCTCTGCTTTTTAATTCAA  600

seq1  TGCCTCACGGTATATGTATATTAGGTATTCTGTCTCTTGAAAAAAGACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCACGGTATATGTATATTAGGTATTCTGTCTCTTGAAAAAAGACAG  650

seq1  AACCAGCTGCCCATGAAGCTTGTATTCTAAAATTTATGGTCTACTGCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCTGCCCATGAAGCTTGTATTCTAAAATTTATGGTCTACTGCATA  700

seq1  GAAAGACATTGTAGCAAAAGGCACATAATCAATTACAGATGTTGCAATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACATTGTAGCAAAAGGCACATAATCAATTACAGATGTTGCAATTA  750

seq1  GCAGACAAACTTTAAAACAACCGTTAGAATACATTAAATAAGAAACATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACAAACTTTAAAACAACCGTTAGAATACATTAAATAAGAAACATGC  800

seq1  ACGATGGCTGTAGAGATGAGGAAATCTTCAGAGAGATTGAAACTTGACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGGCTGTAGAGATGAGGAAATCTTCAGAGAGATTGAAACTTGACAT  850

seq1  GAAGAACTAAGTGTAATATACAAAATAAAATAACTCTCTCAAGGGAATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAACTAAGTGTAATATACAAAATAAAATAACTCTCTCAAGGGAATTG  900

seq1  AAAGCAGGAAGTATGCTACATAGACGGGAATCACAATCTTG-AAGGCAAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  AAAGCAGGAAGTATGCTACATAGACGGGAATCAC-ATCTTGAAAGGCAAA  949

seq1  CCAACAGATATTCGAC-TTTTGTGCAGAGATCAAAGGGGTAAAAAGCAAA  998
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCAACAGATATTCGACTTTTTGTGCAGAGATCAAAGGGGTTAAAAGCAAA  999

seq1  TGATGGCCCCAAATCCCTGAATGACCTATAAGTTCAACTCAAGGTGGAAC  1048
      |||||||||  ||| ||||||||| ||||||||   |||||  || | ||
seq2  TGATGGCCC--AAT-CCTGAATGA-CTATAAGT--CACTCA--GT-GCAC  1040

seq1  TGTCAGTTTCATGTGGAACTGAAGTCGTAGAGAA-TAAGAGAGCTAA  1094
      |||||||||||||||  |||| |||||||||||| || |||||||||
seq2  TGTCAGTTTCATGTG--ACTG-AGTCGTAGAGAATTAGGAGAGCTAA  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |