BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278I08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 91,901,388 - 92,002,493
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA030004J04Rik
Upstream geneLOC100042463, Pglyrp3, EG619750, Lor
Downstream geneSprr2a, LOC100042999, LOC545543, LOC100043005, LOC545545, LOC100042514, LOC619984, Sprr2b, Sprr2c, Sprr2d, Sprr2e, Sprr2f, Sprr2g, Sprr2h, Sprr2i, Sprr2j, LOC100043022, Sprr2k, Sprr1b, Sprr3, LOC100042575, Sprr1a, Sprr4, LOC100042581, Ivl, Smcp, Lce1a1, Lce1b, LOC620325, Lce1a2, Lce1c, Lce1d, LOC100043062, Lce1e, Lce1f, LOC668264, Lce1g, Lce1h, Lce1i, LOC545547, LOC631101, Kprp, Lce1l, 2310050C09Rik, Lce3a, Lce3b, Lce3c, LOC630994, 2310001H18Rik, Lce3f, Crct1, Lce1m, EG229571, Crnn, EG229574
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278I08.bB6Ng01-278I08.g
ACCGA078744GA078745
length1,0761,124
definitionB6Ng01-278I08.b B6Ng01-278I08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,001,408 - 92,002,493)(91,901,388 - 91,902,502)
sequence
gaattcccagtaagactaacatcattgtcttttatttttcatcttaacac
tgcttctttcctctctccttttcttttattttttacttcattctttcctc
ccttctgctttttctttcttgactctcagttcttgaccacatgaaaatac
caatgcacacatgcacattgatacccattaaattattgcaaaaaaatctt
tttacgtttgtttcaaagactgatataaatgtgaatccatgaataaagca
taccatcaattgaaataataacatgatttaaatatatctgtatatgtaga
aaagtctatttgtgcatataaaattacctctcagtgttggtgggacccta
ctggcacatcacaatccacagatgttcatcccatatacaatggcatagta
tttgcacacaagttcacatccttatgttactcagcacccagtagagtgca
aataatatgtaaatggttattattgtccttaggcaatattgacaagaaaa
acacctgtacatgttcagtacaggtaaattctattctgaatatgtattag
ttgctgattaattcattaattcacacaaaagcacactttagaagaatgtt
gctattcagttttgcattactacatacaagctttgtattactagcatttc
aggtgtatgtgtgtgtgtgtttgagagagagacagacggagacagagaca
aacagagagaagatcagaatctccttcaaagtagagattgcataaggact
gtgaagattttttttcgaaaaacagctggtatccacagtatcaatattca
taccccaaaatgtaagatactacttagcatagcacagaccattataaata
ttggtgagtaaattagcttgttataatgttctcactgagatgaatacatt
ctatttgttttgtttgttttgttttgttttgttttcctcgtagaaccaga
gtgtagttaagtgacttttcgtggtcagcatgacaattagatacagtgaa
aaacattatttatactaatatacaaaagacacacgtcatgctaagtaaat
ttagtggtgggaaaaaaaatctgatt
gaattctctgagggatccagaaaattgaggagccatagaggctgaagttc
tggctgacctcttaatcttccatgagaaaataaaggagataattgtgggc
catacaatgttgtcctttgcattgactataaaggactcagggtgagcttg
ctgaccagattttgaaacaggaagaccttgaggatgactttaggaggagc
tttgcatttgtggctctacatggatgtaatttcattggagggtaaacttg
ccctgttgaccagatcacctagttatacttgagatccaggccatggtgac
atattactactaccattatctaatttccatttcaagttggctatggaaag
agcatgttggtgtcacaggtaattcacatttttgctgagcataatgttgg
atctagaagctcaataaaatccagaggaaggaaccaagggcatgtaggag
catggtgacattagttgttgctcctgatctacctaatcccagtgattcaa
gtgcaagacaatggatgtcattcagctgagcctttgactgacaaatatgg
aattaggctggtttaagtccaaattacttcttgcctttgctaaaatgagt
ttcagaaatgcctctgagttccagagatgccgtagctggtatgattactc
catgcccggataggctgctatagccatggggatttgcctctctcccttcc
ttcttccatccttctgcccccttgtttgtctttcttcctccttcttccat
ttctttctattaaataaattgctttctaattcctgagcctaattacttat
attgatgtttgttatagaacagacaactgttcttagctgagctcagtgtc
tgtaggaatgttgggacaggtgtgcccagaggtgtactaccactctagga
atgtagcttcacctcctacatggtgacctttcccacaataggaagtggcc
aattaatggtggccaggcctctagctacatatgtccacagatttatgcaa
ggtggagcttaaaagaaaacattattgctaccattatcatattattgtta
tagtggctatggaccagaataatagtaatatagcctttttaactctcttt
ccattttctttgtctaaacgatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_92001408_92002493
seq2: B6Ng01-278I08.b_44_1119 (reverse)

seq1  AATCAGATTTTTTTTCCCACCACTAAATTTACTTTAGCATGACGTGTGTC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATCAGATTTTTTTTCCCACCACTAAATTTAC-TTAGCATGACGTGTGTC  49

seq1  TTTTGTATTATTTAGTATAAATAATGTTTTTCACTGTTATCTAATTTGTC  100
      ||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TTTTGTAT--ATTAGTATAAATAATGTTTTTCACTG-TATCTAA-TTGTC  95

seq1  ATGCTGACCACGAAAAAGTCACTTAACTACACTCTGGTTTCTACGAGGAA  150
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  ATGCTGACCACG-AAAAGTCACTTAACTACACTCTGG-TTCTACGAGG-A  142

seq1  AAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAATAAGAATGTATTCATCTC  200
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACAAAACAAAAC-AAACAAAACAAAT-AGAATGTATTCATCTC  190

seq1  AGTGAGAACATTATAACAAGCTAATTTACTCACCAATATTTATAATGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAACATTATAACAAGCTAATTTACTCACCAATATTTATAATGGTC  240

seq1  TGTGCTATGCTAAGTAGTATCTTACATTTTGGGGTATGAATATTGATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTATGCTAAGTAGTATCTTACATTTTGGGGTATGAATATTGATACT  290

seq1  GTGGATACCAGCTGTTTTTCGAAAAAAAATCTTCACAGTCCTTATGCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATACCAGCTGTTTTTCGAAAAAAAATCTTCACAGTCCTTATGCAAT  340

seq1  CTCTACTTTGAAGGAGATTCTGATCTTCTCTCTGTTTGTCTCTGTCTCCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTTTGAAGGAGATTCTGATCTTCTCTCTGTTTGTCTCTGTCTCCG  390

seq1  TCTGTCTCTCTCTCAAACACACACACACATACACCTGAAATGCTAGTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTCTCTCAAACACACACACACATACACCTGAAATGCTAGTAAT  440

seq1  ACAAAGCTTGTATGTAGTAATGCAAAACTGAATAGCAACATTCTTCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGCTTGTATGTAGTAATGCAAAACTGAATAGCAACATTCTTCTAAA  490

seq1  GTGTGCTTTTGTGTGAATTAATGAATTAATCAGCAACTAATACATATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTTTTGTGTGAATTAATGAATTAATCAGCAACTAATACATATTCA  540

seq1  GAATAGAATTTACCTGTACTGAACATGTACAGGTGTTTTTCTTGTCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGAATTTACCTGTACTGAACATGTACAGGTGTTTTTCTTGTCAATA  590

seq1  TTGCCTAAGGACAATAATAACCATTTACATATTATTTGCACTCTACTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAAGGACAATAATAACCATTTACATATTATTTGCACTCTACTGGG  640

seq1  TGCTGAGTAACATAAGGATGTGAACTTGTGTGCAAATACTATGCCATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGTAACATAAGGATGTGAACTTGTGTGCAAATACTATGCCATTGT  690

seq1  ATATGGGATGAACATCTGTGGATTGTGATGTGCCAGTAGGGTCCCACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGATGAACATCTGTGGATTGTGATGTGCCAGTAGGGTCCCACCAA  740

seq1  CACTGAGAGGTAATTTTATATGCACAAATAGACTTTTCTACATATACAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGAGGTAATTTTATATGCACAAATAGACTTTTCTACATATACAGA  790

seq1  TATATTTAAATCATGTTATTATTTCAATTGATGGTATGCTTTATTCATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTAAATCATGTTATTATTTCAATTGATGGTATGCTTTATTCATGG  840

seq1  ATTCACATTTATATCAGTCTTTGAAACAAACGTAAAAAGATTTTTTTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACATTTATATCAGTCTTTGAAACAAACGTAAAAAGATTTTTTTGCA  890

seq1  ATAATTTAATGGGTATCAATGTGCATGTGTGCATTGGTATTTTCATGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTAATGGGTATCAATGTGCATGTGTGCATTGGTATTTTCATGTGG  940

seq1  TCAAGAACTGAGAGTCAAGAAAGAAAAAGCAGAAGGGAGGAAAGAATGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAACTGAGAGTCAAGAAAGAAAAAGCAGAAGGGAGGAAAGAATGAA  990

seq1  GTAAAAAATAAAAGAAAAGGAGAGAGGAAAGAAGCAGTGTTAAGATGAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAATAAAAGAAAAGGAGAGAGGAAAGAAGCAGTGTTAAGATGAAA  1040

seq1  AATAAAAGACAATGATGTTAGTCTTACTGGGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGACAATGATGTTAGTCTTACTGGGAATTC  1076

seq1: chr3_91901388_91902502
seq2: B6Ng01-278I08.g_66_1189

seq1  GAATTCTCTGAGGGATCCAGAAAATTGAGGAGCCATAGAGGCTGAAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAGGGATCCAGAAAATTGAGGAGCCATAGAGGCTGAAGTTC  50

seq1  TGGCTGACCTCTTAATCTTCCATGAGAAAATAAAGGAGATAATTGTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGACCTCTTAATCTTCCATGAGAAAATAAAGGAGATAATTGTGGGC  100

seq1  CATACAATGTTGTCCTTTGCATTGACTATAAAGGACTCAGGGTGAGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAATGTTGTCCTTTGCATTGACTATAAAGGACTCAGGGTGAGCTTG  150

seq1  CTGACCAGATTTTGAAACAGGAAGACCTTGAGGATGACTTTAGGAGGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCAGATTTTGAAACAGGAAGACCTTGAGGATGACTTTAGGAGGAGC  200

seq1  TTTGCATTTGTGGCTCTACATGGATGTAATTTCATTGGAGGGTAAACTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTTGTGGCTCTACATGGATGTAATTTCATTGGAGGGTAAACTTG  250

seq1  CCCTGTTGACCAGATCACCTAGTTATACTTGAGATCCAGGCCATGGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTGACCAGATCACCTAGTTATACTTGAGATCCAGGCCATGGTGAC  300

seq1  ATATTACTACTACCATTATCTAATTTCCATTTCAAGTTGGCTATGGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACTACTACCATTATCTAATTTCCATTTCAAGTTGGCTATGGAAAG  350

seq1  AGCATGTTGGTGTCACAGGTAATTCACATTTTTGCTGAGCATAATGTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTTGGTGTCACAGGTAATTCACATTTTTGCTGAGCATAATGTTGG  400

seq1  ATCTAGAAGCTCAATAAAATCCAGAGGAAGGAACCAAGGGCATGTAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAAGCTCAATAAAATCCAGAGGAAGGAACCAAGGGCATGTAGGAG  450

seq1  CATGGTGACATTAGTTGTTGCTCCTGATCTACCTAATCCCAGTGATTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGACATTAGTTGTTGCTCCTGATCTACCTAATCCCAGTGATTCAA  500

seq1  GTGCAAGACAATGGATGTCATTCAGCTGAGCCTTTGACTGACAAATATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGACAATGGATGTCATTCAGCTGAGCCTTTGACTGACAAATATGG  550

seq1  AATTAGGCTGGTTTAAGTCCAAATTACTTCTTGCCTTTGCTAAAATGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGCTGGTTTAAGTCCAAATTACTTCTTGCCTTTGCTAAAATGAGT  600

seq1  TTCAGAAATGCCTCTGAGTTCCAGAGATGCCGTAGCTGGTATGATTACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAATGCCTCTGAGTTCCAGAGATGCCGTAGCTGGTATGATTACTC  650

seq1  CATGCCCGGATAGGCTGCTATAGCCATGGGGATTTGCCTCTCTCCCTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCGGATAGGCTGCTATAGCCATGGGGATTTGCCTCTCTCCCTTCC  700

seq1  TTCTTCCATCCTTCTGCCCCCTTGTTTGTCTTTCTTCCTCCTTCTTCCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCATCCTTCTGCCCCCTTGTTTGTCTTTCTTCCTCCTTCTTCCAT  750

seq1  TTCTTTCTATTAAATAAATTGCTTTCTAATTCCTGAGCCTAATTACTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTATTAAATAAATTGCTTTCTAATTCCTGAGCCTAATTACTTAT  800

seq1  ATTGATGTTTGTTATAGAACAGGACAACTGTTCTTAGCTGAGCTCAGTGT  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGTTTGTTATAGAACA-GACAACTGTTCTTAGCTGAGCTCAGTGT  849

seq1  CTGTAGGAATGTTGGGACAGGTGTGCCCAGAGGTGTACTACCACTCTAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGAATGTTGGGACAGGTGTGCCCAGAGGTGTACTACCACTCTAGG  899

seq1  AATGTAGCTTCACCTCCTACATGGTGACC-TTCCCAC-ATAGGAAGTGG-  947
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| 
seq2  AATGTAGCTTCACCTCCTACATGGTGACCTTTCCCACAATAGGAAGTGGC  949

seq1  CAATTAAT-GTGGCCAGG-CTCTAGC-ACATATGTCCACAGA-TTATGCA  993
      |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  CAATTAATGGTGGCCAGGCCTCTAGCTACATATGTCCACAGATTTATGCA  999

seq1  GGGT-GAGC-TAAAAG-AAACATTATTGCTACCATTATCATAATTATTGT  1040
       ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGTGGAGCTTAAAAGAAAACATTATTGCTACCATTATCAT-ATTATTGT  1048

seq1  TATAAGTTGGCTATGGACAAGA--TATAGTTATATAGCCTTTTT-ACTCT  1087
      ||||   ||||||||||| |||   ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TATA--GTGGCTATGGACCAGAATAATAGTAATATAGCCTTTTTAACTCT  1096

seq1  CTTCAATTTTTCTTTGTCTAAAGGATGC  1115
      |||    ||||||||||||||| |||||
seq2  CTTTCCATTTTCTTTGTCTAAACGATGC  1124