BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279A04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,443,713 - 118,538,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream geneEG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279A04.bB6Ng01-279A04.g
ACCGA079103GA079104
length1,0691,094
definitionB6Ng01-279A04.b B6Ng01-279A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,443,713 - 118,444,788)(118,537,665 - 118,538,767)
sequence
gaattcaaggcccatacctaaacataataaaggcaatttactgtagacca
acagccaatatcaaattaaatggaaagatacttgaagcaatcccactaaa
atagggacaagacagggatacccactctcccatatctatttgatttagta
ctcaaagttctggctagaacaacaaaaagagatcaaggagatacaaattg
gaaaaaaaagaagcaaaggcatcactgttgtagatgataggaactagaca
tagggaccacaattctaccagagagcttctattcctgatgaacaatatcc
ctgacaccttttcagtccaaatggcatctaaagctgagtgctggttttct
ttcaatggctatttttttcttttggatcattaagtattatgcttttgtat
tttatggaaataaataatatttatatacattaaccttctgacatttatgg
attgagcagctgtagtgttcaagttttaaagaatacactcacacacatgc
acacacacacacacacacacacacacacacacatttgaatattttagaaa
ttcaaagacagatatgactgtggggtcttttccaaaaaaaaaaatctctg
agggctagttttgagatcttgtttcatatttggaaatatgtaaaacaaat
tagtttctttgctctgaaaatcaaatgggttacccaccagaaaaatgttg
tcacatttagtttaaatgaacttagtgacaagtgttttccagaatgatct
tttatgattcaaatatatgatagattattctatgcttgaaaataaatctg
tgccttttcagagtaaagaaacctagtactgctttgttggaaatcacttt
tcaactgctttaggcaaatttgtataattgtatccagctcttgtattctt
tgggaatgaaaattgttagagcagagagtatttttatgcctttcaaaagt
tctttaacttcctacagaatattgctgctgaatagaaccacgtgtgacca
gcaatttctaatagttggagatctggacattctgtcaatagggatatgaa
tagctgcagaaagcctcta
gaattctcttattggtaaacaaacattgcttattttaaatagtcaataat
tcaacattaaaatgagggtaggtgggtaagacagctcatccagttaagtt
ggatggtttgactctaagactcacatggtcggagagtctgactccatcaa
attgtgatctgattttaagatacatgcaaaggggcacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacactaaataaatacat
ttttaaaaactggaggtagaagtttctgaaaatacctctcatttttattc
caggtttaggagaaagaaagaaatggaaagacagagaacagttgtggtgt
caagacagaagaaatctgttgtcaagagcagtaaacaagcaatgctatcc
tgtggattcttactaagcctctctttgctaatggctctcccagggctttc
tatctcctggtttcatccctgaaactgagagtgacttctttagaatgcat
atagtcatttaacttccaaatctaatgatcacctcctgcctctgccactt
tgtcccatggcctctccaatcccagtttaaagagtccttatcttcattcc
tacgtcccctgaaatgtagcatcatggctcttatatttaagccttttttt
ccttttaaaatcacctttcagtgtgtttaattttaaggatataatgtaat
taatatctgtctaccaccagcttatcagcataatgagggtttataaagac
tatgactattctcttagctagtctaatatcatatatggcctataatctga
catagagaagttcccaagactgtgtgagcaggattgtgaatcttatgtcc
tttctaaatgcttaatttattcacccatacaacaaaacatttaatgagga
tttactttttctctgtcctaagtctgcatggttaaaaggcatgcataaaa
cttatcctagttgagtttctaatttacaattgcataggcattatatagtt
tcatatcaaagaataactcttctttaacagaattagtttgcttatgatgt
gattatttcttattgttctaaagagtggctactcatagctacaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118443713_118444788
seq2: B6Ng01-279A04.b_43_1111

seq1  GAATTCAAGGCCCATACCTAAACATAATAAAGGCAATTTACTGTAGACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCCATACCTAAACATAATAAAGGCAATTTACTGTAGACCA  50

seq1  ACAGCCAATATCAAATTAAATGGAAAGATACTTGAAGCAATCCCACTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAATATCAAATTAAATGGAAAGATACTTGAAGCAATCCCACTAAA  100

seq1  ATAGGGACAAGACAGGGATACCCACTCTCCCATATCTATTTGATTTAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGACAAGACAGGGATACCCACTCTCCCATATCTATTTGATTTAGTA  150

seq1  CTCAAAGTTCTGGCTAGAACAACAAAAAGAGATCAAGGAGATACAAATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGTTCTGGCTAGAACAACAAAAAGAGATCAAGGAGATACAAATTG  200

seq1  GAAAAAAAAGAAGCAAAGGCATCACTGTTGTAGATGATAGGAACTAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAGAAGCAAAGGCATCACTGTTGTAGATGATAGGAACTAGACA  250

seq1  TAGGGACCACAATTCTACCAGAGAGCTTCTATTCCTGATGAACAATATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGACCACAATTCTACCAGAGAGCTTCTATTCCTGATGAACAATATCC  300

seq1  CTGACACCTTTTCAGTCCAAATGGCATCTAAAGCTGAGTGCTGGTTTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACCTTTTCAGTCCAAATGGCATCTAAAGCTGAGTGCTGGTTTTCT  350

seq1  TTCAATGGCTATTTTTTTCTTTTGGATCATTAAGTATTATGCTTTTGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGGCTATTTTTTTCTTTTGGATCATTAAGTATTATGCTTTTGTAT  400

seq1  TTTATGGAAATAAATAATATTTATATACATTAACCTTCTGACATTTATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGAAATAAATAATATTTATATACATTAACCTTCTGACATTTATGG  450

seq1  ATTGAGCAGCTGTAGTGTTCAAGTTTTAAAGAATACACTCACACACATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCAGCTGTAGTGTTCAAGTTTTAAAGAATACACTCACACACATGC  500

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACATTTGAATATTTTAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACATTTGAATATTTTAGAAA  550

seq1  TTCAAAGACAGATATGACTGTGGGGTCTTTTCCAAAAAAAAAAATCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGACAGATATGACTGTGGGGTCTTTTCCAAAAAAAAAAATCTCTG  600

seq1  AGGGCTAGTTTTGAGATCTTGTTTCATATTTGGAAATATGTAAAACAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTAGTTTTGAGATCTTGTTTCATATTTGGAAATATGTAAAACAAAT  650

seq1  TAGTTTCTTTGCTCTGAAAATCAAATGGGTTACCCACCAGAAAAATGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCTTTGCTCTGAAAATCAAATGGGTTACCCACCAGAAAAATGTTG  700

seq1  TCACATTTAGTTTAAATGAACTTAGTGACAAGTGTTTTCCAGAATGATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTTAGTTTAAATGAACTTAGTGACAAGTGTTTTCCAGAATGATCT  750

seq1  TTTATGATTCAAATATATGATAGATTATTCTATGCTTGAAAATAAATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGATTCAAATATATGATAGATTATTCTATGCTTGAAAATAAATCTG  800

seq1  TGCCTTTTCAGAGTAAAGAAACCTAGTACTGCTTTGTTGGAAATCACTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTCAGAGTAAAGAAACCTAGTACTGCTTTGTTGGAAATCACTTT  850

seq1  TCAACTGCTTTAGGCAAATTTGTATAATTGTATCCAGCTCTTGTATTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGCTTTAGGCAAATTTGTATAATTGTATCCAGCTCTTGTATTCTT  900

seq1  TGGGAATGAAAATTGTTAGAGCAGAGAGTA-TTTTATGCCTTTCAAAAGT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATGAAAATTGTTAGAGCAGAGAGTATTTTTATGCCTTTCAAAAGT  950

seq1  TCTTTAACTTCCTACAGAATATTGCTGCTGAATAGAAACCAAGGTGTGAC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | |||||||
seq2  TCTTTAACTTCCTACAGAATATTGCTGCTGAATAGAA--CCACGTGTGAC  998

seq1  CAGCAATTTCTAAATAGTTTGGAAGAATCTGGGACATTCTGTCAATAGGG  1049
      ||||||||||| ||||| |||||   |||| |||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATTTCT-AATAG-TTGGA--GATCT-GGACATTCTGTCAATAGGG  1043

seq1  ATATGAATAGCTGCAGAAAGCCCTCTA  1076
      |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATATGAATAGCTGCAGAAAG-CCTCTA  1069

seq1: chr3_118537665_118538767
seq2: B6Ng01-279A04.g_66_1159 (reverse)

seq1  TTGTAGCTATGAGTAAGCCACTCTTTAGAACAATTAGGAAAATTAATCAC  50
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||   || |||||| 
seq2  TTGTAGCTATGAGT-AGCCACTCTTTAGAACAATAAG---AAATAATCA-  45

seq1  CATCATAAGCAAACTAAATTCTGTAAAGGAAGAGTTATCTTTTAATTATG  100
      ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||  ||| | ||||
seq2  CATCATAAGCAAACT-AATTCTGTTAAAGAAGAGTTATTCTTTGA-TATG  93

seq1  AAACTATATAATTGCCTATGCAATTGTAAATTAGAAACTCAATTAGGATA  150
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAACTATATAA-TGCCTATGCAATTGTAAATTAGAAACTCAACTAGGATA  142

seq1  AGTTTTATGCATGCCTTTTAACCATTGCAGACTTAGGACAGAGAAAAAGT  200
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATGCATGCCTTTTAACCA-TGCAGACTTAGGACAGAGAAAAAGT  191

seq1  AAATCCTCATTAAATGTTTTGTTGTATGGTTGAATAAATTAAGCATTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTCATTAAATGTTTTGTTGTATGGGTGAATAAATTAAGCATTTAG  241

seq1  AAAGGACATAAGATTCACAATCCTGCTCACACAGTCTTGGGAACTTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGACATAAGATTCACAATCCTGCTCACACAGTCTTGGGAACTTCTCT  291

seq1  ATGTCAGATTATAGGCCATATATGATATTAGACTAGCTAAGAGAATAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGATTATAGGCCATATATGATATTAGACTAGCTAAGAGAATAGTC  341

seq1  ATAGTCTTTATAAACCCTCATTATGCTGATAAGCTGGTGGTAGACAGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTTTATAAACCCTCATTATGCTGATAAGCTGGTGGTAGACAGATA  391

seq1  TTAATTACATTATATCCTTAAAATTAAACACACTGAAAGGTGATTTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTACATTATATCCTTAAAATTAAACACACTGAAAGGTGATTTTAAA  441

seq1  AGGAAAAAAAGGCTTAAATATAAGAGCCATGATGCTACATTTCAGGGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAAAGGCTTAAATATAAGAGCCATGATGCTACATTTCAGGGGAC  491

seq1  GTAGGAATGAAGATAAGGACTCTTTAAACTGGGATTGGAGAGGCCATGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAATGAAGATAAGGACTCTTTAAACTGGGATTGGAGAGGCCATGGG  541

seq1  ACAAAGTGGCAGAGGCAGGAGGTGATCATTAGATTTGGAAGTTAAATGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTGGCAGAGGCAGGAGGTGATCATTAGATTTGGAAGTTAAATGAC  591

seq1  TATATGCATTCTAAAGAAGTCACTCTCAGTTTCAGGGATGAAACCAGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCATTCTAAAGAAGTCACTCTCAGTTTCAGGGATGAAACCAGGAG  641

seq1  ATAGAAAGCCCTGGGAGAGCCATTAGCAAAGAGAGGCTTAGTAAGAATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGCCCTGGGAGAGCCATTAGCAAAGAGAGGCTTAGTAAGAATCC  691

seq1  ACAGGATAGCATTGCTTGTTTACTGCTCTTGACAACAGATTTCTTCTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATAGCATTGCTTGTTTACTGCTCTTGACAACAGATTTCTTCTGTC  741

seq1  TTGACACCACAACTGTTCTCTGTCTTTCCATTTCTTTCTTTCTCCTAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACCACAACTGTTCTCTGTCTTTCCATTTCTTTCTTTCTCCTAAAC  791

seq1  CTGGAATAAAAATGAGAGGTATTTTCAGAAACTTCTACCTCCAGTTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATAAAAATGAGAGGTATTTTCAGAAACTTCTACCTCCAGTTTTTA  841

seq1  AAAATGTATTTATTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATTTATTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  891

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCCCTTTGCATGTATCTTAAAATCAGATCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCCCTTTGCATGTATCTTAAAATCAGATCAC  941

seq1  AATTTGATGGAGTCAGACTCTCCGACCATGTGAGTCTTAGAGTCAAACCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGATGGAGTCAGACTCTCCGACCATGTGAGTCTTAGAGTCAAACCA  991

seq1  TCCAACTTAACTGGATGAGCTGTCTTACCCACCTACCCTCATTTTAATGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTTAACTGGATGAGCTGTCTTACCCACCTACCCTCATTTTAATGT  1041

seq1  TGAATTATTGACTATTTAAAATAAGCAATGTTTGTTTACCAATAAGAGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTATTGACTATTTAAAATAAGCAATGTTTGTTTACCAATAAGAGAA  1091

seq1  TTC  1103
      |||
seq2  TTC  1094