BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279F09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 112,230,529 - 112,403,353
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC625585, EG229746, LOC668717
Downstream geneUtp14B-ps, EG433643, OTTMUSG00000022462, LOC668723, Amy2-2, Amy2-1, LOC100043684, LOC100043686, LOC100043688, LOC100043207, Amy1, Rnpc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279F09.bB6Ng01-279F09.g
ACCGA079342GA079343
length1,1661,141
definitionB6Ng01-279F09.b B6Ng01-279F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,230,529 - 112,231,699)(112,402,208 - 112,403,353)
sequence
gaattcttttaaacaagtaaggctcattaattaagatgtcattgaatata
aatgaacaagatatattaaaggcactgaagcagtgaggaagcagatacaa
agtaatccagactaggaaaagtacaagctttgtgtgtgtatgtgtatgtg
catgcgtgtgcatgtgcgtgtgtgtgtgtgcatgcacgagtgtacatgta
tgctcaagcatatgtctagattttgaatgatatcaatagtttctataaat
agggattaagtttattatgatataatggcatgttcatgcaaacctttaat
acaagccctcttaatgtttaaatgattaatcaattatggtaactgactga
tcctattatgagttgaattgacaattgtgttcactattatatggaagtaa
agtcattgaacaggttacttgaattctaatttttaaggagggcttataag
agaatattcatatataagttaacacataagcaatttgaaaacattttaat
ggtgaaaaagtatttttggtcattctcattttcaagtaaaaaagaaaatc
aatatttaatatctgtgatggtttcacttgaaatgtaaataaataataaa
taaataaataaataaatagaaacaaaaaaccatgctggtttaacttcagt
ggatgaatcacattttcagtaataagaacaaagaatataaagttgaaagg
gcaataatttgggaaaagaaaattgtttaactagtattagaaatattcta
gggtagagttatctaagatgttaatgcagaatttacaccaacaaaactga
agttcaatatagagctgagctgaaaggacccaggagtcgttagtattagc
atgaccctgcatctgacctgtattataagcctagatctcaagctgagctc
tggtgtttgccagaataactctaacatgggtttaagcagaaaagtaattg
ctttatcatttcttactatagctcagcattctaatatttctgtggtcatc
aaacaaaaccaggaagaaatttatcaactataactatatatcatagtttt
gtttaacagaaattatcattaattgaatacagaagtcaattacattttgg
gttcaacattcagtacttaatattggaaatattggcgtttttctcaaatg
gcatatttaaagtaga

gaattcttaacaccctttctcctctaaaccactttcctatgtaacagtgt
gcattcttcagcatactaatttgtaactttgataattttgctcactaagc
tcagatataatatgtgtttattgaatgaatgcttatctttacagtgcagg
aaatcaccatgagagcaatctagcaacataactcaatgcagctgggcagt
ggtggtgcatgcctttaatctcagcacttggcaggcagaggcaggtagat
ttctaagtttgcggccagccaggtctacaaagtgagttctagtacatcca
gggctatacagagaaaccctgtaaataataattaataataataattcaat
gcttaaaatataactaatagataattgggaagtaaaatttcaatattaat
agacttttgaagagaaggcattttaatacttatctacctaatcacacttg
atagttagttaattgtaaagaataagaattgagtaaataccataaacata
ttcttttaaaattcttgaaagaggtgattataattgtgctggtttattct
tgacagaacctcaacttagaaaatgcctccataagataggcaagccagta
ggacattttcttaatcagttactgatgtagtaaggcacagccttacatta
aaggtatcaccttaaggctggtgttcctaggtgctataaatatgaagtct
gagcataccaataaacagcactcttccatgatatttgcatcattttctgc
ctctaggttcctgccctgtaagaggagtgcctgatctgactaccttaggt
gataaactgtgaaatggaagtgtaaccaaaataaatcttgatataacaaa
gtttcttttggtaacagtgttttagcacaacaatagaaaccttcattaag
acaaaacatggaactctaccaagtgtctactatactatagtacaaagaaa
ttaggataaataaaaccctgattctttgggacatgggtcatgcaaaggca
gctgatttgtgatctgaatacagactgcaagatactcactggtggaataa
agtcacaagatattatccaccacccgcagtagttccactcactatggtgg
aggtggagaaaatgcattgcgataatgacaaatcatctagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_112230529_112231699
seq2: B6Ng01-279F09.b_48_1213

seq1  GAATTCTTTTAAACAAGTAAGGCTCATTAATTAAGATGTCATTGAATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAAACAAGTAAGGCTCATTAATTAAGATGTCATTGAATATA  50

seq1  AATGAACAAGATATATTAAAGGCACTGAAGCAGTGAGGAAGCAGATACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACAAGATATATTAAAGGCACTGAAGCAGTGAGGAAGCAGATACAA  100

seq1  AGTAATCCAGACTAGGAAAAGTACAAGCTTTGTGTGTGTATGTGTATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCCAGACTAGGAAAAGTACAAGCTTTGTGTGTGTATGTGTATGTG  150

seq1  CATGCGTGTGCATGTGCGTGTGTGTGTGTGCATGCACGAGTGTACATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGTGTGCATGTGCGTGTGTGTGTGTGCATGCACGAGTGTACATGTA  200

seq1  TGCTCAAGCATATGTCTAGATTTTGAATGATATCAATAGTTTCTATAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAAGCATATGTCTAGATTTTGAATGATATCAATAGTTTCTATAAAT  250

seq1  AGGGATTAAGTTTATTATGATATAATGGCATGTTCATGCAAACCTTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTAAGTTTATTATGATATAATGGCATGTTCATGCAAACCTTTAAT  300

seq1  ACAAGCCCTCTTAATGTTTAAATGATTAATCAATTATGGTAACTGACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCCTCTTAATGTTTAAATGATTAATCAATTATGGTAACTGACTGA  350

seq1  TCCTATTATGAGTTGAATTGACAATTGTGTTCACTATTATATGGAAGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTATGAGTTGAATTGACAATTGTGTTCACTATTATATGGAAGTAA  400

seq1  AGTCATTGAACAGGTTACTTGAATTCTAATTTTTAAGGAGGGCTTATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTGAACAGGTTACTTGAATTCTAATTTTTAAGGAGGGCTTATAAG  450

seq1  AGAATATTCATATATAAGTTAACACATAAGCAATTTGAAAACATTTTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATTCATATATAAGTTAACACATAAGCAATTTGAAAACATTTTAAT  500

seq1  GGTGAAAAAGTATTTTTGGTCATTCTCATTTTCAAGTAAAAAAGAAAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAAAAGTATTTTTGGTCATTCTCATTTTCAAGTAAAAAAGAAAATC  550

seq1  AATATTTAATATCTGTGATGGTTTCACTTGAAATGTAAATAAATAATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTAATATCTGTGATGGTTTCACTTGAAATGTAAATAAATAATAAA  600

seq1  TAAATAAATAAATAAATAGAAACAAAAAACCATGCTGGTTTAACTTCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATAAATAAATAGAAACAAAAAACCATGCTGGTTTAACTTCAGT  650

seq1  GGATGAATCACATTTTCAGTAATAAGAACAAAGAATATAAAGTTGAAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAATCACATTTTCAGTAATAAGAACAAAGAATATAAAGTTGAAAGG  700

seq1  GCAATAATTTGGGAAAAGAAAATTGTTTAACTAGTATTAGAAATATTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAATTTGGGAAAAGAAAATTGTTTAACTAGTATTAGAAATATTCTA  750

seq1  GGGTAGAGTTATCTAAGATGTTAATGCAGAATTTACACCAACAAAACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGAGTTATCTAAGATGTTAATGCAGAATTTACACCAACAAAACTGA  800

seq1  AGTTCAATATAGAGCTGAGCTGAAAGGACCCAGGAGTCGTTAGTATTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATATAGAGCTGAGCTGAAAGGACCCAGGAGTCGTTAGTATTAGC  850

seq1  ATGACCCTGCATCTGACCTGTATTATAAGCCTAGATCTCAAGCTGAGCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCTGCATCTGACCTGTATTATAAGCCTAGATCTCAAGCTGAGCTC  900

seq1  TGGTGTTTGCCAGAATAACTCTAACAT-GGTTTAAGCAGAAAAGTAATTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTTGCCAGAATAACTCTAACATGGGTTTAAGCAGAAAAGTAATTG  950

seq1  CTTTATCATTTCTTACTATAGCTCAGCATTCTAATATTTTCTGTGGTCAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTTTATCATTTCTTACTATAGCTCAGCATTCTAATA-TTTCTGTGGTCAT  999

seq1  CAAACAAAACCAGGAAGAAAATTTTAATCAACTATAACTATATATTCATA  1049
      ||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||| |||||
seq2  CAAACAAAACCAGGAAGAAA---TTTATCAACTATAACTATATA-TCATA  1045

seq1  GTTTTGTTTAACAGAAATTATCATAAAATGGAATACAGAAGTCAAATTAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||
seq2  GTTTTGTTTAACAGAAATTATCAT-TAATTGAATACAGAAGTC-AATTAC  1093

seq1  AATTTTGGTTCAACATTCAAGTACCT-ATATT-GAAATATTGGTGTTTTT  1147
      | ||| |||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||| ||||||
seq2  ATTTTGGGTTCAACATTC-AGTACTTAATATTGGAAATATTGGCGTTTTT  1142

seq1  -TTAAATGGAATATTTAAAAGTAGA  1171
       | |||||| |||||| ||||||||
seq2  CTCAAATGGCATATTT-AAAGTAGA  1166


seq1: chr3_112402208_112403353
seq2: B6Ng01-279F09.g_64_1204 (reverse)

seq1  GCTAGATGATTTGTCATTATCCCCATGGCAATTTTCTCCCACTTCACATT  50
      ||||||||||||||||||||| | |||   |||||||||  || |||  |
seq2  GCTAGATGATTTGTCATTATCGCAATG--CATTTTCTCCACCTCCACCAT  48

seq1  AGTGAGTG--ACTACTGCGG--TGTGGATTAATATCTTGTGAACTTTTAT  96
      ||||||||  ||||||||||   ||||| |||||||||||||   |||||
seq2  AGTGAGTGGAACTACTGCGGGTGGTGGA-TAATATCTTGTGA--CTTTAT  95

seq1  TCCACAGTTGAGTATCTTGCCAGTCTGTA-TCAGATCACAAATCAGCTTG  145
      |||||   ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TCCACCAGTGAGTATCTTG-CAGTCTGTATTCAGATCACAAATCAGC-TG  143

seq1  CCTTTGCAATGACCCATGTCCCAAAGAATCAGGGTTTTATTTTATCCTAA  195
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTTTGC-ATGACCCATGTCCCAAAGAATCAGGGTTTTA-TTTATCCTAA  191

seq1  TTTCTTTGTACTATTAGTATAGTAGACACTTGGTAGAGTTCCATGTTTTG  245
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGTACTA-TAGTATAGTAGACACTTGGTAGAGTTCCATGTTTTG  240

seq1  TCTTAATGAAGGTTTCTATTGTTGTGCTAAAACACTGTTACCAAAAGAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATGAAGGTTTCTATTGTTGTGCTAAAACACTGTTACCAAAAGAAA  290

seq1  CTTTGTTATATCAAGATTTATTTTGGTTACACTTCCATTTCACAGTTTAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTATATCAAGATTTATTTTGGTTACACTTCCATTTCACAGTTTAT  340

seq1  CACCTAAGGTAGTCAGATCAGGCACTCCTCTTACAGGGCAGGAACCTAGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAAGGTAGTCAGATCAGGCACTCCTCTTACAGGGCAGGAACCTAGA  390

seq1  GGCAGAAAATGATGCAAATATCATGGAAGAGTGCTGTTTATTGGTATGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAAATGATGCAAATATCATGGAAGAGTGCTGTTTATTGGTATGCT  440

seq1  CAGACTTCATATTTATAGCACCTAGGAACACCAGCCTTAAGGTGATACCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTCATATTTATAGCACCTAGGAACACCAGCCTTAAGGTGATACCT  490

seq1  TTAATGTAAGGCTGTGCCTTACTACATCAGTAACTGATTAAGAAAATGTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTAAGGCTGTGCCTTACTACATCAGTAACTGATTAAGAAAATGTC  540

seq1  CTACTGGCTTGCCTATCTTATGGAGGCATTTTCTAAGTTGAGGTTCTGTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGCTTGCCTATCTTATGGAGGCATTTTCTAAGTTGAGGTTCTGTC  590

seq1  AAGAATAAACCAGCACAATTATAATCACCTCTTTCAAGAATTTTAAAAGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAACCAGCACAATTATAATCACCTCTTTCAAGAATTTTAAAAGA  640

seq1  ATATGTTTATGGTATTTACTCAATTCTTATTCTTTACAATTAACTAACTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTTATGGTATTTACTCAATTCTTATTCTTTACAATTAACTAACTA  690

seq1  TCAAGTGTGATTAGGTAGATAAGTATTAAAATGCCTTCTCTTCAAAAGTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGTGATTAGGTAGATAAGTATTAAAATGCCTTCTCTTCAAAAGTC  740

seq1  TATTAATATTGAAATTTTACTTCCCAATTATCTATTAGTTATATTTTAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATATTGAAATTTTACTTCCCAATTATCTATTAGTTATATTTTAAG  790

seq1  CATTGAATTATTATTATTAATTATTATTTACAGGGTTTCTCTGTATAGCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAATTATTATTATTAATTATTATTTACAGGGTTTCTCTGTATAGCC  840

seq1  CTGGATGTACTAGAACTCACTTTGTAGACCTGGCTGGCCGCAAACTTAGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGTACTAGAACTCACTTTGTAGACCTGGCTGGCCGCAAACTTAGA  890

seq1  AATCTACCTGCCTCTGCCTGCCAAGTGCTGAGATTAAAGGCATGCACCAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTACCTGCCTCTGCCTGCCAAGTGCTGAGATTAAAGGCATGCACCAC  940

seq1  CACTGCCCAGCTGCATTGAGTTATGTTGCTAGATTGCTCTCATGGTGATT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCAGCTGCATTGAGTTATGTTGCTAGATTGCTCTCATGGTGATT  990

seq1  TCCTGCACTGTAAAGATAAGCATTCATTCAATAAACACATATTATATCTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCACTGTAAAGATAAGCATTCATTCAATAAACACATATTATATCTG  1040

seq1  AGCTTAGTGAGCAAAATTATCAAAGTTACAAATTAGTATGCTGAAGAATG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGTGAGCAAAATTATCAAAGTTACAAATTAGTATGCTGAAGAATG  1090

seq1  CACACTGTTACATAGGAAAGTGGTTTAGAGGAGAAAGGGTGTTAAGAATT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGTTACATAGGAAAGTGGTTTAGAGGAGAAAGGGTGTTAAGAATT  1140

seq1  C  1146
      |
seq2  C  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |