BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280E06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 41,266,529 - 41,419,435
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2, EG666004
Downstream geneSclt1, D3Ertd751e, LOC666031, LOC100039204
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280E06.bB6Ng01-280E06.g
ACCGA080035GA080036
length1,1321,133
definitionB6Ng01-280E06.b B6Ng01-280E06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,418,303 - 41,419,435)(41,266,529 - 41,267,663)
sequence
gaattcaataagccttttctgttgttgacaatcatctggaagacttgaaa
gcttctacaaactcaaagcattgctcattaaatatcagaatgtccctgcc
acatggaaacagatgtataaatgagtcaggaatctgaacattgatattaa
taaactaagggtaatttaggggaaactgggcttattccaaatgcccttaa
ttctaaatctcattgctaatgaaacttcccttctcttaattttgattcac
aactacattgaattccaaagaaaataacaggactttaacactatccactt
gtctgaatacatatgcactatatgaggagtgcaaaaacagaacattatac
tcaaatttaatgctaaatttattattgctgataacttactagttattgcc
atttgcaattcgaaagtccaagttacaaatcagagtttagaactccaact
ccagaaacctattcaaggatacactttgaattctttcctgtataaccttg
atgcaacttattgcctttctatattttaaaatataacctattttgctttt
tgttttcctttttgcttaaggaatccactcatggtggaagcctggatttc
ccaaatatgcactagtggttgactctgtagagtgagagtcaccagaagtt
catcacttgaacttgaataaccattgtattattggaagccagatggccaa
gtactggcagtagccagggaaatcccatttggatccaaaggccagcagtt
aggaaagaggaaggtcaagcggactagtaacacctgggcctcagctgccc
tgtctcacagaagtttctggacaacttttcctccacccgtcctgtgtcca
cagcccactcaagggcttcgggaccttgctacacgggccccaaatctcag
tgcagcagctctgctctgtccctgcagccttccagcaatgcctgttgtgt
aactcttccccttggatgccacatgtgcaagatcccagtgttgtgaagct
tcaaacctcagctcctcaataaccaccccagcctgggagccaaatgccgg
tcagcattaccatttcctagaaataagctttgtgggctaataattgtaac
atgaggctcttagaaatagactttcacccaca
gaattctgggcaagtctgagatctgagcccttgtgccaaacattcagcaa
agatactcttacctctgatggctttagtaagaggagcttggctttgtgag
gttcatctgtactagtaaggtagcttgatagtttttttgttttttaaata
cagaatagaaagaggagaaaattctaaaaacaagaaatgttactttcaga
ataactatttcaagatgtgatgatcctaaaaatcaaaagactggacgcat
ggctgaaatcctaagtctaactttccttagctgtccagttggtgagaagt
gtattaaggtgtgttatgattctcaggtgctgatcaagcaacatttatcg
atgtcagtaaaggtctaccaatggtgttctgtgcatggacatgaaataac
caatcatacaatggacatgaaatagccagagggcagctgtctattatgtc
gacattgtccttcctaacagtctgactttgttcctcctagacccaccctt
tctgtctctttctaaatccgccccgctcagtacttcctaataccccttga
ggatccggtgtcagagagagagttccagttctccagagccatccctgata
gcctcgcctgtgccctttgccttttgacaggagaagccatggaaatgtat
ccacaagagaaaagtaaggctcttcctgcaggagaggtagagattgtttt
tgaacatatttagtcccttttgcttctcaaaataaacatctttgtgctca
gttacaagctttccaagatgttacaaggggaagggagactcttgccaaaa
aaacttaagcccagccagacaggaatacgaaaattttgctgcctgtggaa
acacgtgaccaggcaggactttggcatagaaagctgtcatgtgtgcttaa
ataaccgcagcagagtcttagggtggctcaggtacccaggcacagtgggg
ctcatccagctttctttgatgggtccattcaatgacagctccaggcaaca
cgctcgactatttataagaatgttcaaatccactaggacaaacttcggtt
tgatatggagggctaaagaagagccttcatctcctctcttcctcctgttt
tatatctgcttcagttaactttgacaaaggctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_41418303_41419435
seq2: B6Ng01-280E06.b_45_1176 (reverse)

seq1  TGTGTGGTGAACAAGTCCTATTTCTAGAAGCCCTCATG-TACCATTTATA  49
      |||| |||||  |||| |||||||||  || ||||||| ||| |||  ||
seq2  TGTG-GGTGA--AAGT-CTATTTCTAAGAG-CCTCATGTTACAATTATTA  45

seq1  GCCCACAAAGCTTATTTTCTAGG-AATGGTAAATGCTGA-CGGCATTTGG  97
      |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||
seq2  GCCCACAAAGCTTA-TTTCTAGGAAATGGT-AATGCTGACCGGCATTTGG  93

seq1  CTCCCAGGCT-GTGTGGT--ATGAGGAGCTGAGGTTCTGAAGCTTCACAA  144
      |||||||||| | |||||   ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCCCAGGCTGGGGTGGTTATTGAGGAGCTGAGGTT-TGAAGCTTCACAA  142

seq1  CACTGGGATCTTGCACATGTGGCATCC-AGGGGAAGAGTTTACACAACAG  193
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  CACTGGGATCTTGCACATGTGGCATCCAAGGGGAAGAG-TTACACAACAG  191

seq1  GCATTGCTGGAAGGCTGCAGGGACAGAGCAGAGCTGCTGCACTGAGATTT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCTGGAAGGCTGCAGGGACAGAGCAGAGCTGCTGCACTGAGATTT  241

seq1  GGGGCCCGTGTAGCAAGGTCCCGAAGCCC-TGAGTGGGCTGTGGACACAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCGTGTAGCAAGGTCCCGAAGCCCTTGAGTGGGCTGTGGACACAG  291

seq1  GACGGGTGGAGGAAAAGTTGTCCAGAAACTTCTGTGAGACAGGGCAGCTG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGGTGGAGGAAAAGTTGTCCAGAAACTTCTGTGAGACAGGGCAGCTG  341

seq1  AGGCCCAGGTGTTACTAGTCCGCTTGACCTTCCTCTTTCCTAACTGCTGG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCAGGTGTTACTAGTCCGCTTGACCTTCCTCTTTCCTAACTGCTGG  391

seq1  CCTTTGGATCCAAATGGGATTTCCCTGGCTACTGCCAGTACTTGGCCATC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGATCCAAATGGGATTTCCCTGGCTACTGCCAGTACTTGGCCATC  441

seq1  TGGCTTCCAATAATACAATGGTTATTCAAGTTCAAGTGATGAACTTCTGG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCAATAATACAATGGTTATTCAAGTTCAAGTGATGAACTTCTGG  491

seq1  TGACTCTCACTCTACAGAGTCAACCACTAGTGCATATTTGGGAAATCCAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTCACTCTACAGAGTCAACCACTAGTGCATATTTGGGAAATCCAG  541

seq1  GCTTCCACCATGAGTGGATTCCTTAAGCAAAAAGGAAAACAAAAAGCAAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCACCATGAGTGGATTCCTTAAGCAAAAAGGAAAACAAAAAGCAAA  591

seq1  ATAGGTTATATTTTAAAATATAGAAAGGCAATAAGTTGCATCAAGGTTAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTTATATTTTAAAATATAGAAAGGCAATAAGTTGCATCAAGGTTAT  641

seq1  ACAGGAAAGAATTCAAAGTGTATCCTTGAATAGGTTTCTGGAGTTGGAGT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAAGAATTCAAAGTGTATCCTTGAATAGGTTTCTGGAGTTGGAGT  691

seq1  TCTAAACTCTGATTTGTAACTTGGACTTTCGAATTGCAAATGGCAATAAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACTCTGATTTGTAACTTGGACTTTCGAATTGCAAATGGCAATAAC  741

seq1  TAGTAAGTTATCAGCAATAATAAATTTAGCATTAAATTTGAGTATAATGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGTTATCAGCAATAATAAATTTAGCATTAAATTTGAGTATAATGT  791

seq1  TCTGTTTTTGCACTCCTCATATAGTGCATATGTATTCAGACAAGTGGATA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTTGCACTCCTCATATAGTGCATATGTATTCAGACAAGTGGATA  841

seq1  GTGTTAAAGTCCTGTTATTTTCTTTGGAATTCAATGTAGTTGTGAATCAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAAGTCCTGTTATTTTCTTTGGAATTCAATGTAGTTGTGAATCAA  891

seq1  AATTAAGAGAAGGGAAGTTTCATTAGCAATGAGATTTAGAATTAAGGGCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGAGAAGGGAAGTTTCATTAGCAATGAGATTTAGAATTAAGGGCA  941

seq1  TTTGGAATAAGCCCAGTTTCCCCTAAATTACCCTTAGTTTATTAATATCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAATAAGCCCAGTTTCCCCTAAATTACCCTTAGTTTATTAATATCA  991

seq1  ATGTTCAGATTCCTGACTCATTTATACATCTGTTTCCATGTGGCAGGGAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAGATTCCTGACTCATTTATACATCTGTTTCCATGTGGCAGGGAC  1041

seq1  ATTCTGATATTTAATGAGCAATGCTTTGAGTTTGTAGAAGCTTTCAAGTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGATATTTAATGAGCAATGCTTTGAGTTTGTAGAAGCTTTCAAGTC  1091

seq1  TTCCAGATGATTGTCAACAACAGAAAAGGCTTATTGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGATGATTGTCAACAACAGAAAAGGCTTATTGAATTC  1132

seq1: chr3_41266529_41267663
seq2: B6Ng01-280E06.g_66_1198

seq1  GAATTCTGGGCAAGTCTGAGATCTGAGCCCTTGTGCCAAACATTCAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGCAAGTCTGAGATCTGAGCCCTTGTGCCAAACATTCAGCAA  50

seq1  AGATACTCTTACCTCTGATGGCTTTAGTAAGAGGAGCTTGGCTTTGTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACTCTTACCTCTGATGGCTTTAGTAAGAGGAGCTTGGCTTTGTGAG  100

seq1  GTTCATCTGTACTAGTAAGGTAGCTTGATAGTTTTTTTGTTTTTTAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCTGTACTAGTAAGGTAGCTTGATAGTTTTTTTGTTTTTTAAATA  150

seq1  CAGAATAGAAAGAGGAGAAAATTCTAAAAACAAGAAATGTTACTTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAGAAAGAGGAGAAAATTCTAAAAACAAGAAATGTTACTTTCAGA  200

seq1  ATAACTATTTCAAGATGTGATGATCCTAAAAATCAAAAGACTGGACGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTATTTCAAGATGTGATGATCCTAAAAATCAAAAGACTGGACGCAT  250

seq1  GGCTGAAATCCTAAGTCTAACTTTCCTTAGCTGTCCAGTTGGTGAGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAAATCCTAAGTCTAACTTTCCTTAGCTGTCCAGTTGGTGAGAAGT  300

seq1  GTATTAAGGTGTGTTATGATTCTCAGGTGCTGATCAAGCAACATTTATCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAGGTGTGTTATGATTCTCAGGTGCTGATCAAGCAACATTTATCG  350

seq1  ATGTCAGTAAAGGTCTACCAATGGTGTTCTGTGCATGGACATGAAATAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTAAAGGTCTACCAATGGTGTTCTGTGCATGGACATGAAATAAC  400

seq1  CAATCATACAATGGACATGAAATAGCCAGAGGGCAGCTGTCTATTATGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATACAATGGACATGAAATAGCCAGAGGGCAGCTGTCTATTATGTC  450

seq1  GACATTGTCCTTCCTAACAGTCTGACTTTGTTCCTCCTAGACCCACCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGTCCTTCCTAACAGTCTGACTTTGTTCCTCCTAGACCCACCCTT  500

seq1  TCTGTCTCTTTCTAAATCCGCCCCGCTCAGTACTTCCTAATACCCCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTTTCTAAATCCGCCCCGCTCAGTACTTCCTAATACCCCTTGA  550

seq1  GGATCCGGTGTCAGAGAGAGAGTTCCAGTTCTCCAGAGCCATCCCTGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCGGTGTCAGAGAGAGAGTTCCAGTTCTCCAGAGCCATCCCTGATA  600

seq1  GCCTCGCCTGTGCCCTTTGCCTTTTGACAGGAGAAGCCATGGAAATGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCGCCTGTGCCCTTTGCCTTTTGACAGGAGAAGCCATGGAAATGTAT  650

seq1  CCACAAGAGAAAAGTAAGGCTCTTCCTGCAGGAGAGGTAGAGATTGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGAGAAAAGTAAGGCTCTTCCTGCAGGAGAGGTAGAGATTGTTTT  700

seq1  TGAACATATTTAGTCCCTTTTGCTTCTCAAAATAAACATCTTTGTGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATATTTAGTCCCTTTTGCTTCTCAAAATAAACATCTTTGTGCTCA  750

seq1  GTTACAAGCTTTCCAAGATGTTACAAGGGGAAGGGAGACTCTTGCCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAAGCTTTCCAAGATGTTACAAGGGGAAGGGAGACTCTTGCCAAAA  800

seq1  AAACTTAAGCCCAGCCAGACAGGAATACGAAAATTTTGCTGCCTGTGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAAGCCCAGCCAGACAGGAATACGAAAATTTTGCTGCCTGTGGAA  850

seq1  ACACGTGACCAGGCAGGACTTTGGCATAGAAAGCTGTCATGTGTGCTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTGACCAGGCAGGACTTTGGCATAGAAAGCTGTCATGTGTGCTTAA  900

seq1  ATAACCGCAGCAGAGTCTTAGGGTGGCTCAGGGTACACAGGCACAGTGGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  ATAACCGCAGCAGAGTCTTAGGGTGGCTCA-GGTACCCAGGCACAGTGGG  949

seq1  GCTCATCCAGC-TTCTTTGATGGGTCCATTCAATGACAGCTCCCAGC-AC  998
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||
seq2  GCTCATCCAGCTTTCTTTGATGGGTCCATTCAATGACAGCTCCAGGCAAC  999

seq1  ACGCTCGACTATTTAT-AGAATGTTCAAATCCAACTA-GACAAACTTCGG  1046
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  ACGCTCGACTATTTATAAGAATGTTCAAATCC-ACTAGGACAAACTTCGG  1048

seq1  TTTTGATAATTGGAGGGGTAAAGAGAGGCTTTCATCT-CTCTCTT-CTCC  1094
       |||||||  ||||||| ||||||   || ||||||| ||||||| ||||
seq2  -TTTGATA--TGGAGGGCTAAAGAAGAGCCTTCATCTCCTCTCTTCCTCC  1095

seq1  TGTTTTTATTCTGCTTCCAGTTAACTCTTGACAAAAGGCTT  1135
      ||||||   ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TGTTTTATATCTGCTT-CAGTTAACT-TTGAC-AAAGGCTT  1133