BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280J06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 116,554,574 - 116,585,490
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrrs1
Upstream geneDph5, LOC626061, Slc30a7, Extl2, Vcam1, Gpr88, Cdc14a, Rtcd1, Dbt, LOC100043702, LOC100043705, Lrrc39, A930028L21Rik, Sass6, Hiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250
Downstream genePalmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908, D3Bwg0562e, 4833424O15Rik, EG668759, Snx7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280J06.bB6Ng01-280J06.g
ACCGA080270GA080271
length401960
definitionB6Ng01-280J06.b B6Ng01-280J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,585,084 - 116,585,490)(116,554,574 - 116,555,533)
sequence
cactcaggagtcatcacatggccttaagagactccgttctgccttaagta
gatgaacagggaaagggcaatacggtaattctggttccacaattccaaga
ggcaagcagcggtttactttccgataagctatctacaagttgtagcgctg
ccaaagtcgtcactctacttttagccctgtcttgctcatactgccatact
aagatgggaagtattactctgcacaccccacactcaagtactaattgatg
gctcttacgagtcgtaaagtagtgtaaaacctcactcactcaacaatgtc
tagaaagtgccccttaagcatcaagttctgccaggcttggtggttggtgg
tacgtacctgtcatctaagcacttgggaaggtaaaacggggggggggggg
g
gaattcttgttctgttccccagtttagtcagctcaccacttctaccccat
cattatgcctcaccagtgctgttcttggatgtccttattcggtttctcgt
tttaacctgtgtttcctggctggctgtttcgactaagtgcagaatggatt
tgctgcccttagttggatactattgtcctgtcaggatcctacacaggtat
ctgccattggaaagcacttagatacttttgggggagaagctttttgctgt
tataaggacacaacatgggagaagaacctttctcttgtggtgttaaagag
taggtctgttccaggaccattcccactcaagtcggggagacacatggtcc
ccccacccccatgttttccatctcagatgcccatcttcctaaccactggg
aaattccctctcagaaaaacacaccaaacactaggattttcttggcttcc
acacctttatgtagaagtccctgtaaccaagaagccatcatttacactgg
ttagtccattttggtctgttcgctgaactggggctcctgggagccagcag
cttgtcttacctctatgctttccatcagtcaaacataaattctgtaactt
tgaagggttacttaattgaggaaagaaaaagattactagggaggtggcta
aatgagctgccagagctttggttatagatgttgtcttggttaggtaatgt
tttgtgctttaaacaaatctgttacctcctgttcttattctaacaatgtg
tagtctctttccagtactggagactacttttactctttagctactaaaga
cccttcaagtgagatgagtcatctcataagtaaatgaccctttcttgtgt
tgttgacccaagactatcaaggagccgtttctgatgtgatagcctggaat
tctcagcgggacaggttttatagggaatggggagttaattgaaaggggtc
cagtccgaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_116585084_116585490
seq2: B6Ng01-280J06.b_50_456 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCCCCCCGTTTTACCTTCCCAAGTGCTTAGATGACAGGTACGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCCCCGTTTTACCTTCCCAAGTGCTTAGATGACAGGTACGT  50

seq1  ACCACCAACCACCAAGCCTGGCAGAACTTGATGCTTAAGGGGCACTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAACCACCAAGCCTGGCAGAACTTGATGCTTAAGGGGCACTTTCT  100

seq1  AGACATTGTTGAGTGAGTGAGGTTTTACACTACTTTACGACTCGTAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGTTGAGTGAGTGAGGTTTTACACTACTTTACGACTCGTAAGAG  150

seq1  CCATCAATTAGTACTTGAGTGTGGGGTGTGCAGAGTAATACTTCCCATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAATTAGTACTTGAGTGTGGGGTGTGCAGAGTAATACTTCCCATCT  200

seq1  TAGTATGGCAGTATGAGCAAGACAGGGCTAAAAGTAGAGTGACGACTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGGCAGTATGAGCAAGACAGGGCTAAAAGTAGAGTGACGACTTTG  250

seq1  GCAGCGCTACAACTTGTAGATAGCTTATCGGAAAGTAAACCGCTGCTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCGCTACAACTTGTAGATAGCTTATCGGAAAGTAAACCGCTGCTTGC  300

seq1  CTCTTGGAATTGTGGAACCAGAATTACCGTATTGCCCTTTCCCTGTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGAATTGTGGAACCAGAATTACCGTATTGCCCTTTCCCTGTTCAT  350

seq1  CTACTTAAGGCAGAACGGAGTCTCTTAAGGCCATGTGATGACTCCTGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTAAGGCAGAACGGAGTCTCTTAAGGCCATGTGATGACTCCTGAGT  400

seq1  GGAATTC  407
      |||||||
seq2  GGAATTC  407

seq1: chr3_116554574_116555533
seq2: B6Ng01-280J06.g_71_1030

seq1  GAATTCTTGTTCTGTTCCCCAGTTTAGTCAGCTCACCACTTCTACCCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTCTGTTCCCCAGTTTAGTCAGCTCACCACTTCTACCCCAT  50

seq1  CATTATGCCTCACCAGTGCTGTTCTTGGATGTCCTTATTCGGTTTCTCGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGCCTCACCAGTGCTGTTCTTGGATGTCCTTATTCGGTTTCTCGT  100

seq1  TTTAACCTGTGTTTCCTGGCTGGCTGTTTCGACTAAGTGCAGAATGGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACCTGTGTTTCCTGGCTGGCTGTTTCGACTAAGTGCAGAATGGATT  150

seq1  TGCTGCCCTTAGTTGGATACTATTGTCCTGTCAGGATCCTACACAGGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCCTTAGTTGGATACTATTGTCCTGTCAGGATCCTACACAGGTAT  200

seq1  CTGCCATTGGAAAGCACTTAGATACTTTTGGGGGAGAAGCTTTTTGCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTGGAAAGCACTTAGATACTTTTGGGGGAGAAGCTTTTTGCTGT  250

seq1  TATAAGGACACAACATGGGAGAAGAACCTTTCTCTTGTGGTGTTAAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGACACAACATGGGAGAAGAACCTTTCTCTTGTGGTGTTAAAGAG  300

seq1  TAGGTCTGTTCCAGGACCATTCCCACTCAAGTCGGGGAGACACATGGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTGTTCCAGGACCATTCCCACTCAAGTCGGGGAGACACATGGTCC  350

seq1  CCCCACCCCCATGTTTTCCATCTCAGATGCCCATCTTCCTAACCACTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCATGTTTTCCATCTCAGATGCCCATCTTCCTAACCACTGGG  400

seq1  AAATTCCCTCTCAGAAAAACACACCAAACACTAGGATTTTCTTGGCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCCTCTCAGAAAAACACACCAAACACTAGGATTTTCTTGGCTTCC  450

seq1  ACACCTTTATGTAGAAGTCCCTGTAACCAAGAAGCCATCATTTACACTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTTATGTAGAAGTCCCTGTAACCAAGAAGCCATCATTTACACTGG  500

seq1  TTAGTCCATTTTGGTCTGTTCGCTGAACTGGGGCTCCTGGGAGCCAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCCATTTTGGTCTGTTCGCTGAACTGGGGCTCCTGGGAGCCAGCAG  550

seq1  CTTGTCTTACCTCTATGCTTTCCATCAGTCAAACATAAATTCTGTAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTACCTCTATGCTTTCCATCAGTCAAACATAAATTCTGTAACTT  600

seq1  TGAAGGGTTACTTAATTGAGGAAAGAAAAAGATTACTAGGGAGGTGGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGGTTACTTAATTGAGGAAAGAAAAAGATTACTAGGGAGGTGGCTA  650

seq1  AATGAGCTGCCAGAGCTTTGGTTATAGATGTTGTCTTGGTTAGGTAATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTGCCAGAGCTTTGGTTATAGATGTTGTCTTGGTTAGGTAATGT  700

seq1  TTTGTGCTTTAAACAAATCTGTTACCTCCTGTTCTTATTCTAACAATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCTTTAAACAAATCTGTTACCTCCTGTTCTTATTCTAACAATGTG  750

seq1  TAGTCTCTTTCCAGTACTGGAGACTAC-TTTACTCTTTAGCTACTAAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCTTTCCAGTACTGGAGACTACTTTTACTCTTTAGCTACTAAAGA  800

seq1  CCCTCAAAGTGAGATGAGTCATCTCATAAGTAAATGACCC-TTCTTGTGT  848
      ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCCTTCAAGTGAGATGAGTCATCTCATAAGTAAATGACCCTTTCTTGTGT  850

seq1  TGTTGAACCCCAAAGACTATCAAGGAGCCGTTTCTGATGTGATAGCCTGG  898
      ||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGA---CCCAAGACTATCAAGGAGCCGTTTCTGATGTGATAGCCTGG  897

seq1  AATCCTCAGCGGGACAAGGTTTTATAGGGAAT-GGGAG-TAAATGAGAGG  946
      ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||
seq2  AATTCTCAGCGGGAC-AGGTTTTATAGGGAATGGGGAGTTAATTGAAAGG  946

seq1  GGTCCAGTCTGACA  960
      ||||||||| ||||
seq2  GGTCCAGTCCGACA  960