BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281F01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,866,074 - 119,004,495
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281F01.bB6Ng01-281F01.g
ACCGA080826GA080827
length1681,108
definitionB6Ng01-281F01.b B6Ng01-281F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,866,074 - 118,866,241)(119,003,393 - 119,004,495)
sequence
atgtggtagaccaaaagaaccaattcttgaaaggggaggggtcagattca
tcacttgtgtggtggcatgcataaagatggcccagtttacgggaatgcca
gggcaatgaggagtgggtgggtgggtgaataccctcatagaagtagggag
aaggggataggaaggggg

gaattctctcttgcctaatcaagaaagggctttgtggagctcttatatcc
atctttcaatgtccacctgtgactattccttgtctagtaaacttttagcc
caagttcacctaacatgagggtgaagggaataaagtgttttaaaaatata
tcttactgagatccaaaccacatttggccaattggaataacattatcaat
tttccaaggcatccaatgaactaccatccagaagtgtctttgcagcagga
gatccactgcactttgttgatgatgtgatttaatgatctgcgcttacaac
tcaaaaggctgtaccctgtaggacaagcctcactccccccaccctttcct
gtatctttcatttacaaattgagttcctactgcaatcagatctcaaaaat
ggcctgaaacaaaaagtgatgatgatggtgtttgtggtgctggtgctggt
agtgatggggataaagatccatatagagatatagcacctctagcatgtca
tgtgagtccagaaataaattgagtgagtccacctctgacatatagagcca
aagataggtgactggtctttcacatcttcaaagacagtactgttgatagc
tccaacttcctatgagcaaaaatacagttctaaaaagagttcagtggcca
cagagttcataaaccaacaggttcctgggagcatcgtggctgtgactgta
gtttatggaagcttaaacattttgctccataggcagtagaaatttctagt
aaaataatttctcatcttcctgggtcagatcacagtgtagcatcatttac
cacatgtagcctccatcactcttcagtgacaggttgtggttagagggtct
gcttgacttattgggcatgctcggctcctctcatgatggaagtaaagcaa
gaaaagtaaactatacatccacacatagctatcgtatgactaacctctgt
aatttaggcagtctttttcagcagagtcaacacagctggggttgagtgaa
tttatcatatcatttgctaaaacatcacattatggtgttgatctcaagaa
ggagaaccaaggtccaaaatgctcgaggaaggaaagttctacggagtatc
cagcacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118866074_118866241
seq2: B6Ng01-281F01.b_51_218

seq1  ATGTGGTAGACCAAAAGAACCAATTCTTGAAAGGGGAGGGGTCAGATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTAGACCAAAAGAACCAATTCTTGAAAGGGGAGGGGTCAGATTCA  50

seq1  TCACTTGTGTGGTGGCATGCATAAAGATGGCCCAGTTTACGGGAATGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGTGTGGTGGCATGCATAAAGATGGCCCAGTTTACGGGAATGCCA  100

seq1  GGGCAATGAGGAGTGGGTGGGTGGGTGAATACCCTCATAGAAGTAGGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAATGAGGAGTGGGTGGGTGGGTGAATACCCTCATAGAAGTAGGGAG  150

seq1  AAGGGGATAGGAAGGGGG  168
      ||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGATAGGAAGGGGG  168


seq1: chr3_119003393_119004495
seq2: B6Ng01-281F01.g_65_1172 (reverse)

seq1  GTGTGCTGATTACTCCTGTAG-ACTTTCCT--CTCGAGGCATTTT-GAC-  45
      ||||||||  |||||| |||| ||||||||  ||||| ||||||| ||| 
seq2  GTGTGCTGGATACTCC-GTAGAACTTTCCTTCCTCGA-GCATTTTGGACC  48

seq1  -TTGTTCTCCTTC-TGTGATCAACA-CACTATGTGATGTTTTAGCAAATG  92
       | |||||||||| || |||||||| ||  ||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTCTCCTTCTTGAGATCAACACCATAATGTGATGTTTTAGCAAATG  98

seq1  ATATGATAAATCAACTC-ACCCCAGCTGTGTTGACTCTGCTGAAAAAGAC  141
      |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATAAATTCACTCAACCCCAGCTGTGTTGACTCTGCTGAAAAAGAC  148

seq1  TGCCTAAAATTACAGAGTTTAGTCATACGATAGCTATTGTGTGGATGTAT  191
      ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGCCT-AAATTACAGAGGTTAGTCATACGATAGCTA-TGTGTGGATGTAT  196

seq1  AGTTTACTTTTCTTGCTTTACTTCCATCATGAGAGGAGCCGAGCATGCCC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACTTTTCTTGCTTTACTTCCATCATGAGAGGAGCCGAGCATGCCC  246

seq1  AATAGTTCAAGCAGACCCTCTAACCACAACCTGTCACTGAAGAGTGATGG  291
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTCAAGCAGACCCTCTAACCACAACCTGTCACTGAAGAGTGATGG  296

seq1  AGGCTACATGTGGTAAATGATGCTACACTGTGATCTGACCCAGGAAGATG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACATGTGGTAAATGATGCTACACTGTGATCTGACCCAGGAAGATG  346

seq1  AGAAATTATTTTACTAGAAATTTCTACTGCCTATGGAGCAAAATGTTTAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTATTTTACTAGAAATTTCTACTGCCTATGGAGCAAAATGTTTAA  396

seq1  GCTTCCATAAACTACAGTCACAGCCACGATGCTCCCAGGAACCTGTTGGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCATAAACTACAGTCACAGCCACGATGCTCCCAGGAACCTGTTGGT  446

seq1  TTATGAACTCTGTGGCCACTGAACTCTTTTTAGAACTGTATTTTTGCTCA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAACTCTGTGGCCACTGAACTCTTTTTAGAACTGTATTTTTGCTCA  496

seq1  TAGGAAGTTGGAGCTATCAACAGTACTGTCTTTGAAGATGTGAAAGACCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGTTGGAGCTATCAACAGTACTGTCTTTGAAGATGTGAAAGACCA  546

seq1  GTCACCTATCTTTGGCTCTATATGTCAGAGGTGGACTCACTCAATTTATT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTATCTTTGGCTCTATATGTCAGAGGTGGACTCACTCAATTTATT  596

seq1  TCTGGACTCACATGACATGCTAGAGGTGCTATATCTCTATATGGATCTTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACTCACATGACATGCTAGAGGTGCTATATCTCTATATGGATCTTT  646

seq1  ATCCCCATCACTACCAGCACCAGCACCACAAACACCATCATCATCACTTT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCATCACTACCAGCACCAGCACCACAAACACCATCATCATCACTTT  696

seq1  TTGTTTCAGGCCATTTTTGAGATCTGATTGCAGTAGGAACTCAATTTGTA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCAGGCCATTTTTGAGATCTGATTGCAGTAGGAACTCAATTTGTA  746

seq1  AATGAAAGATACAGGAAAGGGTGGGGGGAGTGAGGCTTGTCCTACAGGGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGATACAGGAAAGGGTGGGGGGAGTGAGGCTTGTCCTACAGGGT  796

seq1  ACAGCCTTTTGAGTTGTAAGCGCAGATCATTAAATCACATCATCAACAAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTTTTGAGTTGTAAGCGCAGATCATTAAATCACATCATCAACAAA  846

seq1  GTGCAGTGGATCTCCTGCTGCAAAGACACTTCTGGATGGTAGTTCATTGG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTGGATCTCCTGCTGCAAAGACACTTCTGGATGGTAGTTCATTGG  896

seq1  ATGCCTTGGAAAATTGATAATGTTATTCCAATTGGCCAAATGTGGTTTGG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTGGAAAATTGATAATGTTATTCCAATTGGCCAAATGTGGTTTGG  946

seq1  ATCTCAGTAAGATATATTTTTAAAACACTTTATTCCCTTCACCCTCATGT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGTAAGATATATTTTTAAAACACTTTATTCCCTTCACCCTCATGT  996

seq1  TAGGTGAACTTGGGCTAAAAGTTTACTAGACAAGGAATAGTCACAGGTGG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAACTTGGGCTAAAAGTTTACTAGACAAGGAATAGTCACAGGTGG  1046

seq1  ACATTGAAAGATGGATATAAGAGCTCCACAAAGCCCTTTCTTGATTAGGC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAAAGATGGATATAAGAGCTCCACAAAGCCCTTTCTTGATTAGGC  1096

seq1  AAGAGAGAATTC  1103
      ||||||||||||
seq2  AAGAGAGAATTC  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |