BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282H04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 154,999,919 - 155,108,269
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040810, LOC100040829, Tyw3, Cryz, BC007180, Tnni3k, Fpgt, Lrrc44, EG383956
Downstream geneScp2-ps1, EG668902, LOC624519, LOC100040901
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282H04.bB6Ng01-282H04.g
ACCGA081662GA081663
length1,1321,121
definitionB6Ng01-282H04.b B6Ng01-282H04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,999,919 - 155,001,049)(155,107,146 - 155,108,269)
sequence
gaattcttaggcttcccatttcttagctgtccaaaatttataaaatttga
gcttggtagtccataaaatgttttgcacccagtcacctctgactcctgtg
atcatcgcatataaactttcattaaacatatttattgagtaacttgaggt
aactcactcactatctgggagggggctacactgccctgtgtgtcacattg
cctagtgggcttaaataattttgaggttgagcattcaagcatccacatta
attcaggttgctgtaataaaacccctcagacaagataaacacaagtaaca
gagaagtatttttgatagttctgagttctgggaagttgtggtctaaggcc
agaagtttacatctctatgagaacccacaccccttcttcaagtatgggac
attatttctgagtccctcaactcctttataatgttttgaatacttttcat
ggtcatgaaacacttatcactgaactatgtccccaatggtccacatctgg
atactactgcaagccatattagctgtcagaatgtgaactctgaatggaca
caggcacccagagcatcgtaagttaggataatatttgtgaactctcactt
ggaatctaatgcatataagcatgctgatcttaaatttcagaatttattta
tgtcatatgtccctctcaacttcatagtgtctgagtccagtcaatgttgc
ctatatctgtatcaatgtaagttaatccatttagatttggacaacctacc
agagttcacctttctgaaaaggatggactcttcctatcccagtgtccttc
aaagccagtctcacaaatatgcatctgaaagtgggtcaatgtttagaata
tacagataactaaaacaactaaacatgataatagacatcccagtttcaaa
atggactatggaactgaagagatagtttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaga
tggtaaaaaaaaaaaaagggtttcaacatccttagccatcagaaaaaaac
atgcagattttaactattttgagatcgcatttttatccatgaaagaaata
gtagataagagtacagtgcagttgtggaaggatgatagaaaagaagacac
ttcactccttggtgggagtataactatcatca

gaattcagaatgtttcagaaatatatagaaaagaaaaaaaaatctccctt
aatgttgcattaagaaaagctttaaagaggaaatgtcatttaatcagccc
ctgaataatcatttgtttgagtactcacattgattacagcaagggcgtag
tgaatgtgtgctataaagtcaataggttatataaagctttatgaggaaat
acaatggcaaataaaaccatgtctctggaattttgccatatgtcttgaag
actaggcaattatatctgatatcacagttttcatttaggaggtgatagca
tcattgccttctccacctcctagaagcagtatcttatattaatacacaat
caggacagaccatataaccttgtttatgtagagggaagagtagcaacctc
tgaagaaatagatccggtgtaagagagcaagcccagcacccagggaagct
caatgtgatggctgaattcatcaggatttctgattgctctctatcgggaa
ctcagttatttctaaggacactgggtttcatccccccaaccccccagaga
caacagcgtgaggtatgggaggcagcacaggaaagctgtgtagacaaaca
tgcttaatatctgaaacacaaatacaaggattcaagctatttgttagatt
ttgagccaaaacccatgtgtacgtgtatgtgtcccgagagaatggtgcta
tgtggggaggttttagaaccactgggaactgggtgctaactgacactgac
cttggttgatatctgagatgttgaagaagtaggttttgagtatagcctgg
cccttcgtcttgtgccttgctctgctttctcacacatcgaatgtcagcaa
gcagcttcctgctcccaacaccacaggcctgggctgaactttcatcatgt
tctgcatggtgatgtaccacattgacttaaaccagaaatcagaaaaaata
aacctttcccttcttggagtggcttctttttgggtgtctgggttacagca
agaaacataagtagaatgctaccacagccttggttagcatggaaatttaa
ggtgagaaggcagaacgattaaagaaaacaaacaaaaccatacaaaacag
caaggaaacaacacgtcactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_154999919_155001049
seq2: B6Ng01-282H04.b_46_1177

seq1  GAATTCTTAGGCTTCCCATTTCTTAGCTGTCAAAAATTAATAAAATTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
seq2  GAATTCTTAGGCTTCCCATTTCTTAGCTGTCCAAAATTTATAAAATTTGA  50

seq1  GCTTGGTAGTCCATAAAATGTTTTGCACCCAGTCACCTCTGACTCCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTAGTCCATAAAATGTTTTGCACCCAGTCACCTCTGACTCCTGTG  100

seq1  ATCATCGCATATAAACTTTCATTAAACATATTTATTGAGTAACTTGAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCGCATATAAACTTTCATTAAACATATTTATTGAGTAACTTGAGGT  150

seq1  AACTCACTCACTATCTGGGAGGGGGCTACACTGCCCTGTGTGTCACATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTCACTATCTGGGAGGGGGCTACACTGCCCTGTGTGTCACATTG  200

seq1  CCTAGTGGGCTTAAATAATTTTGAGGTTGAGCATTCAAGCATCCACATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTGGGCTTAAATAATTTTGAGGTTGAGCATTCAAGCATCCACATTA  250

seq1  ATTCAGGTTGCTGTAATAAAACCCCTCAGACAAGATAAACACAAGTAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGTTGCTGTAATAAAACCCCTCAGACAAGATAAACACAAGTAACA  300

seq1  GAGAAGTATTTTTGATAGTTCTGAGTTCTGGGAAGTTGTGGTCTAAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGTATTTTTGATAGTTCTGAGTTCTGGGAAGTTGTGGTCTAAGGCC  350

seq1  AGAAGTTTACATCTCTATGAGAACCCACACCCCTTCTTCAAGTATGGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTTACATCTCTATGAGAACCCACACCCCTTCTTCAAGTATGGGAC  400

seq1  ATTATTTCTGAGTCCCTCAACTCCTTTATAATGTTTTGAATACTTTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTCTGAGTCCCTCAACTCCTTTATAATGTTTTGAATACTTTTCAT  450

seq1  GGTCATGAAACACTTATCACTGAACTATGTCCCCAATGGTCCACATCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATGAAACACTTATCACTGAACTATGTCCCCAATGGTCCACATCTGG  500

seq1  ATACTACTGCAAGCCATATTAGCTGTCAGAATGTGAACTCTGAATGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACTGCAAGCCATATTAGCTGTCAGAATGTGAACTCTGAATGGACA  550

seq1  CAGGCACCCAGAGCATCGTAAGTTAGGATAATATTTGTGAACTCTCACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACCCAGAGCATCGTAAGTTAGGATAATATTTGTGAACTCTCACTT  600

seq1  GGAATCTAATGCATATAAGCATGCTGATCTTAAATTTCAGAATTTATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTAATGCATATAAGCATGCTGATCTTAAATTTCAGAATTTATTTA  650

seq1  TGTCATATGTCCCTCTCAACTTCATAGTGTCTGAGTCCAGTCAATGTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATATGTCCCTCTCAACTTCATAGTGTCTGAGTCCAGTCAATGTTGC  700

seq1  CTATATCTGTATCAATGTAAGTTAATCCATTTAGATTTGGACAACCTACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCTGTATCAATGTAAGTTAATCCATTTAGATTTGGACAACCTACC  750

seq1  AGAGTTCACCTTTCTGAAAAGGATGGACTCTTCCTATCCCAGTGTCCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCACCTTTCTGAAAAGGATGGACTCTTCCTATCCCAGTGTCCTTC  800

seq1  AAAGCCAGTCTCACAAATATGCATCTGAAAGTGGGTCAATGTTTAGAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGTCTCACAAATATGCATCTGAAAGTGGGTCAATGTTTAGAATA  850

seq1  TACAGATAACTAAAACAACTAAACATGATAATAGACATCCCAGTTTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATAACTAAAACAACTAAACATGATAATAGACATCCCAGTTTCAAA  900

seq1  ATGGACTATGGAACTGAAGAGATAGTTTGT---AAAAAAAAAAAAAAAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  ATGGACTATGGAACTGAAGAGATAGTTTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAGA  950

seq1  TGGTAAAAAAAAAAAAAGGG-TTCAACACCCTTAGCCATCAG--AAAAAC  994
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||
seq2  TGGTAAAAAAAAAAAAAGGGTTTCAACATCCTTAGCCATCAGAAAAAAAC  1000

seq1  ATGCAGATTTAAACTATTTTGAGATCGCA-TTTTATCCATGAAAG-AATA  1042
      |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  ATGCAGATTTTAACTATTTTGAGATCGCATTTTTATCCATGAAAGAAATA  1050

seq1  GTTAAGATAAAGAGTACAAGTGGCAGTTGTTGGGAAAGATGGATAG-AAA  1091
      ||  |||| |||||||| ||| ||||||||  |||| ||| ||||| |||
seq2  GT--AGAT-AAGAGTAC-AGT-GCAGTTGT--GGAAGGAT-GATAGAAAA  1092

seq1  GAAGACAC-TCACTCC-TGGTGGGAGTATAAACTATCCATCA  1131
      |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||
seq2  GAAGACACTTCACTCCTTGGTGGGAGTAT-AACTAT-CATCA  1132


seq1: chr3_155107146_155108269
seq2: B6Ng01-282H04.g_64_1184 (reverse)

seq1  AAGTGGACGTGTTGTTTCTTTGCTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTT  50
      |||| ||||||||||||| |||||| |||||| | |||||| ||||||||
seq2  AAGT-GACGTGTTGTTTCCTTGCTG-TTTTGTATGGTTTTG-TTTGTTTT  47

seq1  TCTTTTAATCTGTCTGCCTTCTCACCTTTAAATTTCCAATGCTAACCAAG  100
         |||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  --CTTTAATCGTTCTGCCTTCTCACC-TTAAATTTCC-ATGCTAACCAAG  93

seq1  GCTGTGGTAGCATTCTACTTATGTTTCTTGCTGTAA-CCAGACACCCAAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCTGTGGTAGCATTCTACTTATGTTTCTTGCTGTAACCCAGACACCCAAA  143

seq1  AAGAAGCCACT-CAAGA--GGGAAGGTTTATTTTTTCTGATTTCTGGTTT  196
      ||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCCACTCCAAGAAGGGAAAGGTTTATTTTTTCTGATTTCTGGTTT  193

seq1  AAGTCAATGTGGTACATCACCATGCAGAACATGATGAAAGTTCAGCCCAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAATGTGGTACATCACCATGCAGAACATGATGAAAGTTCAGCCCAG  243

seq1  GCCTGTGGTGTTGGGAGCAGGAAGCTGCTTGCTGACATTCGATGTGTGAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGGTGTTGGGAGCAGGAAGCTGCTTGCTGACATTCGATGTGTGAG  293

seq1  AAAGCAGAGCAAGGCACAAGACGAAGGGCCAGGCTATACTCAAAACCTAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGAGCAAGGCACAAGACGAAGGGCCAGGCTATACTCAAAACCTAC  343

seq1  TTCTTCAACATCTCAGATATCAACCAAGGTCAGTGTCAGTTAGCACCCAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAACATCTCAGATATCAACCAAGGTCAGTGTCAGTTAGCACCCAG  393

seq1  TTCCCAGTGGTTCTAAAACCTCCCCACATAGCACCATTCTCTCGGGACAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGTGGTTCTAAAACCTCCCCACATAGCACCATTCTCTCGGGACAC  443

seq1  ATACACGTACACATGGGTTTTGGCTCAAAATCTAACAAATAGCTTGAATC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACGTACACATGGGTTTTGGCTCAAAATCTAACAAATAGCTTGAATC  493

seq1  CTTGTATTTGTGTTTCAGATATTAAGCATGTTTGTCTACACAGCTTTCCT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATTTGTGTTTCAGATATTAAGCATGTTTGTCTACACAGCTTTCCT  543

seq1  GTGCTGCCTCCCATACCTCACGCTGTTGTCTCTGGGGGGTTGGGGGGATG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCTCCCATACCTCACGCTGTTGTCTCTGGGGGGTTGGGGGGATG  593

seq1  AAACCCAGTGTCCTTAGAAATAACTGAGTTCCCGATAGAGAGCAATCAGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAGTGTCCTTAGAAATAACTGAGTTCCCGATAGAGAGCAATCAGA  643

seq1  AATCCTGATGAATTCAGCCATCACATTGAGCTTCCCTGGGTGCTGGGCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGATGAATTCAGCCATCACATTGAGCTTCCCTGGGTGCTGGGCTT  693

seq1  GCTCTCTTACACCGGATCTATTTCTTCAGAGGTTGCTACTCTTCCCTCTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTACACCGGATCTATTTCTTCAGAGGTTGCTACTCTTCCCTCTA  743

seq1  CATAAACAAGGTTATATGGTCTGTCCTGATTGTGTATTAATATAAGATAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACAAGGTTATATGGTCTGTCCTGATTGTGTATTAATATAAGATAC  793

seq1  TGCTTCTAGGAGGTGGAGAAGGCAATGATGCTATCACCTCCTAAATGAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTAGGAGGTGGAGAAGGCAATGATGCTATCACCTCCTAAATGAAA  843

seq1  ACTGTGATATCAGATATAATTGCCTAGTCTTCAAGACATATGGCAAAATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGATATCAGATATAATTGCCTAGTCTTCAAGACATATGGCAAAATT  893

seq1  CCAGAGACATGGTTTTATTTGCCATTGTATTTCCTCATAAAGCTTTATAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGACATGGTTTTATTTGCCATTGTATTTCCTCATAAAGCTTTATAT  943

seq1  AACCTATTGACTTTATAGCACACATTCACTACGCCCTTGCTGTAATCAAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATTGACTTTATAGCACACATTCACTACGCCCTTGCTGTAATCAAT  993

seq1  GTGAGTACTCAAACAAATGATTATTCAGGGGCTGATTAAATGACATTTCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTACTCAAACAAATGATTATTCAGGGGCTGATTAAATGACATTTCC  1043

seq1  TCTTTAAAGCTTTTCTTAATGCAACATTAAGGGAGATTTTTTTTTCTTTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAGCTTTTCTTAATGCAACATTAAGGGAGATTTTTTTTTCTTTT  1093

seq1  CTATATATTTCTGAAACATTCTGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATTTCTGAAACATTCTGAATTC  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |