BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285P14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 23,417,344 - 23,556,050
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039548
Upstream geneLOC675593, LOC100040378, LOC623751
Downstream geneEG635702, EG665189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285P14.bB6Ng01-285P14.g
ACCGA084287GA084288
length1,1911,105
definitionB6Ng01-285P14.b B6Ng01-285P14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,554,865 - 23,556,050)(23,417,344 - 23,418,447)
sequence
gaattcttctctttaggttaagaaattggcttctgtgcatatagctttgg
taattcaataatgcaaaaccttaaagtgaaaatcaatacatacttatgtc
taattgcacttataataatttttaatcccttctgaatgagatgtgagaat
tggagttaccttatatcttttcaaggatgattcaaatgagatagtaattc
agttagacaattggctgtatcatcatgaacattgtccctagatgtaagac
tataatgctgtaatgatgaacttcataggcctgcagtgctacatccactc
cagtagtgccaagcgcgacaggccctgaaaacctggaccctggcctgagg
caaaaagttcacggaaatttagtctcctggaattgtggcatcctgtataa
agaatgctccaatgtccttgctttagttggtaaacggatatgtgtgcttt
cccttaatagtgctttattacaagtgctcttaaggattgatattttgaca
tatagctaaattagattctaggcagtccttgatccgaccttgggcatgga
tagctaagtcactgcccttcacagaaatttaccattatctaggaagaagg
aagtttgtgacctaaagaggaaccagagtagatacttagaactatagata
gctgagttacacccatacacaagtatttagaatggcctagggggaaggtg
gactatacaatagactagagtaggaactatggcaagggcacgaagccctt
gcccctggcttctaagattaagtggaccttagtggagctgtttttgatcc
cagttgttaacattgagttttactgcagttggttcctgccagttcgtgtt
tgcattcctctgttttgtgtaagaatccagtaacatctttgtactttgct
ggtgtgtcacccaacttccctattttcttctgtataaaaagttgatgctt
gattgacaaattaaattcagatccactcacccttgtgcctagtctgtctt
gtcaattcccgccaactcttgcccaccttgaccaggagaaccatttccac
aacagaacaaggaccaagggtgtggcgggcactgcagttagagagtacag
gtgtaagtagaaaggtaactatagcaatatattcagttctgagtttaatg
catgtatggctctgtggaagtgatctatacaacaaagttga
gaattcaccatcccatgtgtgctaggcaagaactttgtgctctacattta
gcccttaccaatgttatttttatgccatatttattgtgaaatattttatt
ctatgtttctctaggtcccaaataaagccctgttaaaaactctcctttaa
gcttacatgtcactgatgacgtgagaatatggatgggaatctgttggtat
gaaaagatagagccatgaatctgttcatctcacccatcagtgagaaatat
gagcagtacacaaatataaaaaataagtactttttaggttccttggaggg
taatgccttaatgtttatggtttaaaattattgtttaagtaataatgtct
aatgataactgtttatgtggaaattttagaacaaatagctgtatttgtga
tgttaatctaatggtgtatatgacacatttagatgttcagagggcagaac
ctcaaaagtttttcatgcttaacagaaaaagtgtcaaggggagtcagagt
taactactcagaaaagtattcagaagtaagatttgttcatttaaacccat
ttacaaggctggataaattaagaaaatatggtaattactgaattgcttta
tttaacaaattgacaaatcaagacatatgctggcaaggctgttatgtgag
ttcagataattagcagtaacattgttttggcttctaatcttaataatcat
tattgaaatatttaatagagaaatcaaggccagtgatcaatctgtttttg
ttttgatttactattcaagaaactgatatgagtgtcagttatgcccagtt
aaatctctggcatgaacgtcaatactaaggcataaatgaaaatgcattta
taacagacaggaataccaagccattgacccttaatctatctttattaatt
tcaaccacatggtttttctatccttttgactctgatataacttctagcac
aaatatctcaaaatgcaattcaatgattatgtcattttaataagatttga
agcccatgagagcaatccatataatcatcagtcttcttgacttcttggct
gcattctcaatcaccgtttgcccataaaggccagtgtttttcttgcccaa
ttcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_23554865_23556050
seq2: B6Ng01-285P14.b_41_1231 (reverse)

seq1  TCAACTTTGTTGTATAGATCACTT-CACAGAG-CATACATGCATATAACA  48
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||  
seq2  TCAACTTTGTTGTATAGATCACTTCCACAGAGCCATACATGCAT-TAAAC  49

seq1  TCAGAACTG-ATATATGGCTCTAGGTACC--TCTACTTTACA-CTGTA--  92
      ||||||||| |||||| ||| ||| ||||  ||||| ||||| |||||  
seq2  TCAGAACTGAATATATTGCTATAGTTACCTTTCTAC-TTACACCTGTACT  98

seq1  CTCTAACTGCAGTGCC--GCACACCCTTTTGGTCCCTTGTCTG-TGTGG-  138
      ||||||||||||||||   |||||||  ||||||| |  |||| ||||| 
seq2  CTCTAACTGCAGTGCCCGCCACACCC--TTGGTCCTTGTTCTGTTGTGGA  146

seq1  AATGGGTCT-CTGGTCAAGGTGGGCAAGGAGTTGGCGGGAATTGACAAGA  187
      ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTCTCCTGGTCAAGGTGGGCAA-GAGTTGGCGGGAATTGACAAGA  195

seq1  CAGACTAGGCACAAGGGTGAGTGGATCTGAATTTAATTTGTCAAATCAAG  237
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGACTAGGCACAAGGGTGAGTGGATCTGAATTTAATTTGTC-AATCAAG  244

seq1  CATCAAACTTTTTATACAGAAGAAAATAGGGAAGTTGGGTGACACACCAG  287
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATC-AACTTTTTATACAGAAGAAAATAGGGAAGTTGGGTGACACACCAG  293

seq1  CAAAGTACAAAGATGTTACTGGATTCTTACACAAAACAGAGGAATGCAAA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTACAAAGATGTTACTGGATTCTTACACAAAACAGAGGAATGCAAA  343

seq1  CACGAACTGGCAGGAACCAACTGCAGTAAAACTCAATGTTAACAACTGGG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGAACTGGCAGGAACCAACTGCAGTAAAACTCAATGTTAACAACTGGG  393

seq1  ATCAAAAACAGCTCCACCTAAGGTCCACTTAATCTTAGAAGCCAGGGGCA  437
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAACAGCTCCA-CTAAGGTCCACTTAATCTTAGAAGCCAGGGGCA  442

seq1  AGGGCTTCGTGCCCTTGCCATAGTTCCTACTCTAGTCTATTGTATAGTCC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTCGTGCCCTTGCCATAGTTCCTACTCTAGTCTATTGTATAGTCC  492

seq1  ACCTTCCCCCTAGGCCATTCTAAATACTTGTGTATGGGTGTAACTCAGCT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCCCCTAGGCCATTCTAAATACTTGTGTATGGGTGTAACTCAGCT  542

seq1  ATCTATAGTTCTAAGTATCTACTCTGGTTCCTCTTTAGGTCACAAACTTC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAGTTCTAAGTATCTACTCTGGTTCCTCTTTAGGTCACAAACTTC  592

seq1  CTTCTTCCTAGATAATGGTAAATTTCTGTGAAGGGCAGTGACTTAGCTAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCTAGATAATGGTAAATTTCTGTGAAGGGCAGTGACTTAGCTAT  642

seq1  CCATGCCCAAGGTCGGATCAAGGACTGCCTAGAATCTAATTTAGCTATAT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCCCAAGGTCGGATCAAGGACTGCCTAGAATCTAATTTAGCTATAT  692

seq1  GTCAAAATATCAATCCTTAAGAGCACTTGTAATAAAGCACTATTAAGGGA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAATATCAATCCTTAAGAGCACTTGTAATAAAGCACTATTAAGGGA  742

seq1  AAGCACACATATCCGTTTACCAACTAAAGCAAGGACATTGGAGCATTCTT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACACATATCCGTTTACCAACTAAAGCAAGGACATTGGAGCATTCTT  792

seq1  TATACAGGATGCCACAATTCCAGGAGACTAAATTTCCGTGAACTTTTTGC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGGATGCCACAATTCCAGGAGACTAAATTTCCGTGAACTTTTTGC  842

seq1  CTCAGGCCAGGGTCCAGGTTTTCAGGGCCTGTCGCGCTTGGCACTACTGG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCCAGGGTCCAGGTTTTCAGGGCCTGTCGCGCTTGGCACTACTGG  892

seq1  AGTGGATGTAGCACTGCAGGCCTATGAAGTTCATCATTACAGCATTATAG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATGTAGCACTGCAGGCCTATGAAGTTCATCATTACAGCATTATAG  942

seq1  TCTTACATCTAGGGACAATGTTCATGATGATACAGCCAATTGTCTAACTG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACATCTAGGGACAATGTTCATGATGATACAGCCAATTGTCTAACTG  992

seq1  AATTACTATCTCATTTGAATCATCCTTGAAAAGATATAAGGTAACTCCAA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTATCTCATTTGAATCATCCTTGAAAAGATATAAGGTAACTCCAA  1042

seq1  TTCTCACATCTCATTCAGAAGGGATTAAAAATTATTATAAGTGCAATTAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACATCTCATTCAGAAGGGATTAAAAATTATTATAAGTGCAATTAG  1092

seq1  ACATAAGTATGTATTGATTTTCACTTTAAGGTTTTGCATTATTGAATTAC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGTATGTATTGATTTTCACTTTAAGGTTTTGCATTATTGAATTAC  1142

seq1  CAAAGCTATATGCACAGAAGCCAATTTCTTAACCTAAAGAGAAGAATTC  1186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTATATGCACAGAAGCCAATTTCTTAACCTAAAGAGAAGAATTC  1191

seq1: chr3_23417344_23418447
seq2: B6Ng01-285P14.g_68_1172

seq1  GAATTCACCATCCCATGTGTGCTAGGCAAGAACTTTGTGCTCTACATTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATCCCATGTGTGCTAGGCAAGAACTTTGTGCTCTACATTTA  50

seq1  GCCCTTACCAATGTTATTTTTATGCCATATTTATTGTGAAATATTTTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTACCAATGTTATTTTTATGCCATATTTATTGTGAAATATTTTATT  100

seq1  CTATGTTTCTCTAGGTCCCAAATAAAGCCCTGTTAAAAACTCTCCTTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTTCTCTAGGTCCCAAATAAAGCCCTGTTAAAAACTCTCCTTTAA  150

seq1  GCTTACATGTCACTGATGACGTGAGAATATGGATGGGAATCTGTTGGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACATGTCACTGATGACGTGAGAATATGGATGGGAATCTGTTGGTAT  200

seq1  GAAAAGATAGAGCCATGAATCTGTTCATCTCACCCATCAGTGAGAAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGATAGAGCCATGAATCTGTTCATCTCACCCATCAGTGAGAAATAT  250

seq1  GAGCAGTACACAAATATAAAAAATAAGTACTTTTTAGGTTCCTTGGAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGTACACAAATATAAAAAATAAGTACTTTTTAGGTTCCTTGGAGGG  300

seq1  TAATGCCTTAATGTTTATGGTTTAAAATTATTGTTTAAGTAATAATGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCTTAATGTTTATGGTTTAAAATTATTGTTTAAGTAATAATGTCT  350

seq1  AATGATAACTGTTTATGTGGAAATTTTAGAACAAATAGCTGTATTTGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATAACTGTTTATGTGGAAATTTTAGAACAAATAGCTGTATTTGTGA  400

seq1  TGTTAATCTAATGGTGTATATGACACATTTAGATGTTCAGAGGGCAGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATCTAATGGTGTATATGACACATTTAGATGTTCAGAGGGCAGAAC  450

seq1  CTCAAAAGTTTTTCATGCTTAACAGAAAAAGTGTCAAGGGGAGTCAGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAGTTTTTCATGCTTAACAGAAAAAGTGTCAAGGGGAGTCAGAGT  500

seq1  TAACTACTCAGAAAAGTATTCAGAAGTAAGATTTGTTCATTTAAACCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTACTCAGAAAAGTATTCAGAAGTAAGATTTGTTCATTTAAACCCAT  550

seq1  TTACAAGGCTGGATAAATTAAGAAAATATGGTAATTACTGAATTGCTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGGCTGGATAAATTAAGAAAATATGGTAATTACTGAATTGCTTTA  600

seq1  TTTAACAAATTGACAAATCAAGACATATGCTGGCAAGGCTGTTATGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAAATTGACAAATCAAGACATATGCTGGCAAGGCTGTTATGTGAG  650

seq1  TTCAGATAATTAGCAGTAACATTGTTTTGGCTTCTAATCTTAATAATCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATAATTAGCAGTAACATTGTTTTGGCTTCTAATCTTAATAATCAT  700

seq1  TATTGAAATATTTAATAGAGAAATCAAGGCCAGTGATCAATCTGTTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAAATATTTAATAGAGAAATCAAGGCCAGTGATCAATCTGTTTTTG  750

seq1  TTTTGATTTACTATTCAAGAAACTGATATGAGTGTCAGTTATGCCCAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATTTACTATTCAAGAAACTGATATGAGTGTCAGTTATGCCCAGTT  800

seq1  AAATCTCTGGCATGAACGTCAATACTAAGGCATAAATGAAAATGCATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCTGGCATGAACGTCAATACTAAGGCATAAATGAAAATGCATTTA  850

seq1  TAACAGACAGGAATACCAAGCCATTGACCCTTAATCTATCTTTATTAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGACAGGAATACCAAGCCATTGACCCTTAATCTATCTTTATTAATT  900

seq1  TCAACCACATGGTTTTTCTATCCTTTTGACTCTGATATAACTTCTAGCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCACATGGTTTTTCTATCCTTTTGACTCTGATATAACTTCTAGCAC  950

seq1  AAATATCTCAAAATGCAATTCAAATGATTATTGTCATTTTAATAAGATTT  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  AAATATCTCAAAATGCAATTC-AATGATTA-TGTCATTTTAATAAGA-TT  997

seq1  TGAAGCCAATGAGAGCAATCCAATTATTATCATCAGTCTTC-TGACTTCT  1049
      ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  TGAAGCCCATGAGAGCAATCCA--TATAATCATCAGTCTTCTTGACTTCT  1045

seq1  TGGGCTGCA-TCTC-ATCACC-TTTGCCCTTAAAAGCCAGTGTTTT--CT  1094
      | ||||||| |||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||   |
seq2  T-GGCTGCATTCTCAATCACCGTTTGCCCATAAAGGCCAGTGTTTTTCTT  1094

seq1  GCCC-ATTCTA  1104
      |||| ||||||
seq2  GCCCAATTCTA  1105