BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288C08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 50,902,591 - 51,075,490
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcrn4l, Elf2
Upstream geneLOC100039628, LOC639469, Slc7a11, EG621304, LOC100039667
Downstream geneA630062H14, 4930583H14Rik, LOC669130, Ndufc1, Narg1, Rab33b, Setd7, LOC100039684, Mgst2, Maml3, LOC433587, LOC100039788, LOC671890, Olfr1398-ps1, Foxo1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288C08.bB6Ng01-288C08.g
ACCGA085885GA085886
length1,142743
definitionB6Ng01-288C08.b B6Ng01-288C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,074,341 - 51,075,490)(50,902,591 - 50,903,332)
sequence
gaattcaaagccagcctgagtaagcttaatgataccctatctgaaataaa
aaataaaacagggctgaggatatagcttagtggtagactgcttgcctgct
gtatacgaggccctaagttcaatccctttaaacacctatctctagtacat
acctgcatgtatgtataacacgaacactttttaagctgctggattattct
agttatttctcttttatgcatgtttaagtaacatgtgtattataaatgag
taaatatttttgaagttaaaaaaaagattgtttttattgaggtaaggtct
tgtgctagctagcccatgctgtctaacctaaaacttctgaaaattgggat
ttcaggcataaagtaactgtgcctagctaagtgttagtttactaatacaa
taactatctgtagataacatattcaaagtctttttgagattctcagtaat
ttgaatgcagaagtgttttctgttttggctgtcatttgatacagttgcta
gccacctgtgggtattgaatttttgagatttgactgggaaattctatttt
gaaagtttttatattgattacatgctggcatggcagtattttggatatgt
taggttaaacaaaagatactaatttcaggatggtagacctcttccccttt
tagggccattaatatcccttttgtacttttaaaatatggctaaaagaatt
taaaattatggcatatacttaattggctaactttggattagaaagttatt
ttaattgccttcttatgttttataaagcagtatttggttgatggtcaagg
aagacagatgtgaagatgaaagaccccggtccccttctttactgcagtgg
tttgggtctctgtcactaccctgtctggaggcattagaggatgtccttag
tcagtgcagaacttgagtggtgacctaggaagtacgcgttcggtgctgtg
ttaaggggaaaccactgacacctaatgaagtattctcattttccattgct
ctcaaactccattgctagtaagtttattctgacttgagaacgctgcttag
agcttggatccaatgccagcgtctctttgcaagcctggagtatgctcttg
tcgaccttattacaagtttggatatttggtaccagctgttga
gaattcttcctcaagggcttaccgaaccagctcaagctatggttcacaat
aggatagtcgtaggttggaggtgtttatgcatgtgctcacacgggtgtgc
agagggagagagctcaccaccaacatggattcccaccccaccccccaagg
accacagtccccgagaggtgcccttccctctgtgcttgtactaaaggcat
gtgcatctttgcccagcattctcacctcggctggcggtttttgaggctac
acaacatccctttccaacacctccactctcgtgtcctccatacagagtgc
tcctccacaccacgtatctgagtgatgagccctgtcttccagctgaagaa
ctgcatctcacagaatttcctgttctaacactagaatacttttaaaagct
tgagcatcgactcgaagtgtactagtatgaatttggattggaagataatt
agtgttacttcagaaaccatgaagtacggtgtgagggaaacaaggcctat
tctgaagaatgtcagcactattggccagtgggacaaaaacaaaatcgact
tcaaggaaatgaatatatttttaatgcttgtagaaacattgttcacataa
ttaaaacaatgtaagaaatttccaccaggcttggtggcttaccccatact
cccttgaaaaactgaggaagaaagagcctgagtgtgagccagcataaata
agaaactaaataaataaataggaaagggagagagggagggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_51074341_51075490
seq2: B6Ng01-288C08.b_52_1193 (reverse)

seq1  TCAACAGCTGTTACAAAATA-CCAAACTTGGTAATTAAGTCTGACAAGAG  49
      |||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||| 
seq2  TCAACAGCTGGTACCAAATATCCAAACTT-GTAATAAGGTC-GACAAGA-  47

seq1  GCATACCTCCCAGCTTTGCAAAGAGAACGCTGGCAATGGAT-CTAGCTCT  98
      ||||||   ||||  |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||
seq2  GCATAC--TCCAGGCTTGCAAAGAG-ACGCTGGCATTGGATCCAAGCTCT  94

seq1  TAGCAGCGTTCTCAAGTCAGAAATAAACTTTACTAGCAATGGAGTTTGAG  148
       ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCGTTCTCAAGTCAG-AATAAAC-TTACTAGCAATGGAGTTTGAG  142

seq1  AGCAATGGAAAAATGAGAAATACTTCATTAGGTGTCAGTGGTTTCCCCTA  198
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCAATGG-AAAATGAG-AATACTTCATTAGGTGTCAGTGGTTTCCCCTT  190

seq1  AACACAGCACCGTAACGCGTACTTCCTAGGTCACCACTCAAGTTCTGCAC  248
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGCACCG-AACGCGTACTTCCTAGGTCACCACTCAAGTTCTGCAC  239

seq1  TGACTAAGGACATCCTCTAATGCCTCCAGACAGGGTAGTGACAGAGACCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAAGGACATCCTCTAATGCCTCCAGACAGGGTAGTGACAGAGACCC  289

seq1  AAACCACTGCAGTAAAGAAGGGGACCGGGGTCTTTCATCTTCACATCTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACTGCAGTAAAGAAGGGGACCGGGGTCTTTCATCTTCACATCTGT  339

seq1  CTTCCTTGACCATCAACC-AATACTGCTTTATAAAACATAAGAAGGCAAT  397
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTGACCATCAACCAAATACTGCTTTATAAAACATAAGAAGGCAAT  389

seq1  TAAAATAACTTTCTAATCCAAAGTTAGCCAATTAAGTATATGCCATAATT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAACTTTCTAATCCAAAGTTAGCCAATTAAGTATATGCCATAATT  439

seq1  TTAAATTCTTTTAGCCATATTTTAAAAGTACAAAAGGGATATTAATGGCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTCTTTTAGCCATATTTTAAAAGTACAAAAGGGATATTAATGGCC  489

seq1  CTAAAAGGGGAAGAGGTCTACCATCCTGAAATTAGTATCTTTTGTTTAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAGGGGAAGAGGTCTACCATCCTGAAATTAGTATCTTTTGTTTAAC  539

seq1  CTAACATATCCAAAATACTGCCATGCCAGCATGTAATCAATATAAAAACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATATCCAAAATACTGCCATGCCAGCATGTAATCAATATAAAAACT  589

seq1  TTCAAAATAGAATTTCCCAGTCAAATCTCAAAAATTCAATACCCACAGGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATAGAATTTCCCAGTCAAATCTCAAAAATTCAATACCCACAGGT  639

seq1  GGCTAGCAACTGTATCAAATGACAGCCAAAACAGAAAACACTTCTGCATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGCAACTGTATCAAATGACAGCCAAAACAGAAAACACTTCTGCATT  689

seq1  CAAATTACTGAGAATCTCAAAAAGACTTTGAATATGTTATCTACAGATAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTACTGAGAATCTCAAAAAGACTTTGAATATGTTATCTACAGATAG  739

seq1  TTATTGTATTAGTAAACTAACACTTAGCTAGGCACAGTTACTTTATGCCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTATTAGTAAACTAACACTTAGCTAGGCACAGTTACTTTATGCCT  789

seq1  GAAATCCCAATTTTCAGAAGTTTTAGGTTAGACAGCATGGGCTAGCTAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCCAATTTTCAGAAGTTTTAGGTTAGACAGCATGGGCTAGCTAGC  839

seq1  ACAAGACCTTACCTCAATAAAAACAATCTTTTTTTTAACTTCAAAAATAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACCTTACCTCAATAAAAACAATCTTTTTTTTAACTTCAAAAATAT  889

seq1  TTACTCATTTATAATACACATGTTACTTAAACATGCATAAAAGAGAAATA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCATTTATAATACACATGTTACTTAAACATGCATAAAAGAGAAATA  939

seq1  ACTAGAATAATCCAGCAGCTTAAAAAGTGTTCGTGTTATACATACATGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAATAATCCAGCAGCTTAAAAAGTGTTCGTGTTATACATACATGCA  989

seq1  GGTATGTACTAGAGATAGGTGTTTAAAGGGATTGAACTTAGGGCCTCGTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTACTAGAGATAGGTGTTTAAAGGGATTGAACTTAGGGCCTCGTA  1039

seq1  TACAGCAGGCAAGCAGTCTACCACTAAGCTATATCCTCAGCCCTGTTTTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCAGGCAAGCAGTCTACCACTAAGCTATATCCTCAGCCCTGTTTTA  1089

seq1  TTTTTTATTTCAGATAGGGTATCATTAAGCTTACTCAGGCTGGCTTTGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTATTTCAGATAGGGTATCATTAAGCTTACTCAGGCTGGCTTTGAA  1139

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1142

seq1: chr3_50902591_50903332
seq2: B6Ng01-288C08.g_68_810

seq1  GAATTCTTCCTCAAGGGCTTACCGAACCAGCTCAAGCTATGGTTCACAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTCAAGGGCTTACCGAACCAGCTCAAGCTATGGTTCACAAT  50

seq1  AGGATAGTCGTAGGTTGGAGGTGTTTATGCATGTGCTCACACGGGTGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGTCGTAGGTTGGAGGTGTTTATGCATGTGCTCACACGGGTGTGC  100

seq1  AGAGGGAGAGAGCTCACCACCAACATGGATTCCCACCCCACCCCCCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAGAGAGCTCACCACCAACATGGATTCCCACCCCACCCCCCAAGG  150

seq1  ACCACAGTCCCCGAGAGGTGCCCTTCCCTCTGTGCTTGTACTAAAGGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGTCCCCGAGAGGTGCCCTTCCCTCTGTGCTTGTACTAAAGGCAT  200

seq1  GTGCATCTTTGCCCAGCATTCTCACCTCGGCTGGCGGTTTTTGAGGCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCTTTGCCCAGCATTCTCACCTCGGCTGGCGGTTTTTGAGGCTAC  250

seq1  ACAACATCCCTTTCCAACACCTCCACTCTCGTGTCCTCCATACAGAGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATCCCTTTCCAACACCTCCACTCTCGTGTCCTCCATACAGAGTGC  300

seq1  TCCTCCACACCACGTATCTGAGTGATGAGCCCTGTCTTCCAGCTGAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCACACCACGTATCTGAGTGATGAGCCCTGTCTTCCAGCTGAAGAA  350

seq1  CTGCATCTCACAGAATTTCCTGTTCTAACACTAGAATACTTTTAAAAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATCTCACAGAATTTCCTGTTCTAACACTAGAATACTTTTAAAAGCT  400

seq1  TGAGCATCGACTCGAAGTGTACTAGTATGAATTTGGATTGGAAGATAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATCGACTCGAAGTGTACTAGTATGAATTTGGATTGGAAGATAATT  450

seq1  AGTGTTACTTCAGAAACCATGAAGTACGGTGTGAGGGAAACAAGGCCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTACTTCAGAAACCATGAAGTACGGTGTGAGGGAAACAAGGCCTAT  500

seq1  TCTGAAGAATGTCAGCACTATTGGCCAGTGGGACAAAAACAAAATCGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGAATGTCAGCACTATTGGCCAGTGGGACAAAAACAAAATCGACT  550

seq1  TCAAGGAAATGAATATATTTTTAATGCTTGTAGAAACATTGTTCACATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAAATGAATATATTTTTAATGCTTGTAGAAACATTGTTCACATAA  600

seq1  TTAAAACAATGTAAGAAATTTCCACCAGGCTTGGTGGCTTACCCCATACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACAATGTAAGAAATTTCCACCAGGCTTGGTGGCTTACCCCATACT  650

seq1  CCCTTGAAAAACTGAGGAAGAAAGAGCCTGAGTGTGAGCCAGCATAAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGAAAAACTGAGGAAGAAAGAGCCTGAGTGTGAGCCAGCATAAATA  700

seq1  AGAAACTAAATAAATAAATAGG-AAGGGAGAGAGGGAGGGAGG  742
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTAAATAAATAAATAGGAAAGGGAGAGAGGGAGGGAGG  743