BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291B08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 97,472,764 - 97,641,566
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkab2, Pde4dip
Upstream geneAnkrd35, Pias3, Polr3c, Zfp364, Cd160, Pdzk1, Gpr89, Gja8, 9230114J08Rik, Gja5, Acp6, Bcl9, Olfr1402, Chd1l, Fmo5
Downstream geneSec22b, EG433632, LOC100042975, Notch2, Adam30, LOC622561, Reg4, Hmgcs2, Phgdh, Zfp697, LOC100043461, Hsd3b4, LOC100043456, EG545555, LOC676433, Hsd3b5, LOC668543, Hsd3b2, Hsd3b3, Hsd3b6, LOC545556
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291B08.bB6Ng01-291B08.g
ACCGA088065GA088066
length1,160891
definitionB6Ng01-291B08.b B6Ng01-291B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,640,421 - 97,641,566)(97,472,764 - 97,473,653)
sequence
gaattctacatcttgatcagaatctcctggggcagccaggagaagacttt
gattccacattaggagaaacttgagcatagagacctcaaagtctgccccc
acagtgacacacttcctctaacaaggccacacccactccaacaaggccac
gcctcctaatagtgccattccacatggactgagcattcaaacacatgaga
gtctgtgggggccattcctattcaaaccaccacagatgttaatgtataaa
tgtgacaaaagaagttggatggataagccagaggctcttttttctgtgtg
tccattctcaacactccatcaatagtagtaagtgaatgaaataggggtgg
ataatgcctgcctggagggcttaaaaaggaactgctcagccttacttttt
ggatatcggatgctaatgaagggtcccacttgggaatgaaattctaagtt
cctctgtgagagctgatacagagtagaattctaccagatcttcccagcta
agcaagaaattcctttcatatcagaatatcatctcacacattcatttcgt
gaatcaaagtcccaacccatgcatgatgcacagctgtcttcttctatgtc
tttgtttctggtggtttctctgccaggaaacctttctctccgtctccacc
tggttaacgcctgtttgtcctttgagttttgactaaggcaccgagttttt
ccttttgtttgttaggatggtttctctaatcataaagcatattctaactc
agactccgtcgcaattacccttggccagtttatagcatctagtgtaatgt
agtatacaacctatactcagttaaatgttcagcagcaaatttgttgaaaa
ctcttgaagaccaactattcccgtagatcttgtggctctcctgccgtgac
taagtatccatcatgagtgacagattttaaagcaggtatctgtgtgttaa
cgatggagcaggaggaataaaattgtcactcaggcacttgactaaaccaa
agagatagaaagaaagggaaggaaaacagaagttttaaaaatactttttg
aatgggactaaattagaagaattgtgtcctaggtaaataataatggatga
gtgttcatggagtacgtcctatataacttcagggcttttctaaccttgta
acatgtctat
gaattccacagttctctccaggtccgagagttcatccttagcagtaagtg
gcagttggacctgctctggggcttacaaatgagcattgacaaggaccatt
ctcctttcttattacagttaacatttcattctgggaatggttgccagcat
atttgtttttgttgctaggcttgaatccattcgtagagtttggaataaag
tagtaagtcagtatttcttcatgaccttgtatgtgccagacacttcctga
tttctcttgtgagcgtcagagccatcagataatagctaatggtagctatt
atcctttgtatgaaaaagttaaaggtagggatggagggatggagagacca
ttgtataaattattcaggtataccaaccaacaccacaacaggaactagat
tggagctgaattagatttgacagcaaagccagcctcttttgtctcaagtt
gtctctttaaaagtaaatgtgttggttagtgttattaacttgaaaaaaaa
aattaggacaaccagagctatgagtctgagcacatttatggggaattatc
ttgaatatgttaattggcatatgaagacccatcttaaatgagcaggccat
tccctggccagggtatcctggactggatgaagtgggggaaagcatgctga
acacaaatgtgcactcgtaggatgtgctcaacagcttcagtgtcctgacg
tgttggcttccctggcataatggactgtcttccagaactgtgagccagaa
ataaaccttctctcccttacattggttttgatggggtgttttgccccaac
agtgagtgactgtgaaagactgagagccagtaagagccagcagccaccca
gatgaacgaatcactgtgtgtgcttctcttctctgcaggac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_97640421_97641566
seq2: B6Ng01-291B08.b_50_1209 (reverse)

seq1  ATAG-CATGTTACAAAGTTAGAAAAGCCCTGA--GTATATAGAACGTACT  47
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||   ||||||| |||||||
seq2  ATAGACATGTTACAAGGTTAGAAAAGCCCTGAAGTTATATAGGACGTACT  50

seq1  CCATGAACA-TCATTCATTATTATTTACTAGGGACACAATTC-TCTTAAT  95
      ||||||||| |||| |||||||||||||   ||||||||||| ||| | |
seq2  CCATGAACACTCATCCATTATTATTTACCTAGGACACAATTCTTCTAATT  100

seq1  TAGTCCCA-TCAAAAAGTATTTTTAAAAC-TCTG-TTTCCTTCCCTT--C  140
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||   
seq2  TAGTCCCATTCAAAAAGTATTTTTAAAACTTCTGTTTTCCTTCCCTTTCT  150

seq1  TTCTATCTCTTTGGTTTTGTC-AGTGCCTGAGTGACA--TTTTTTCCTCC  187
      ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||| |||||||
seq2  TTCTATCTCTTTGGTTTAGTCAAGTGCCTGAGTGACAATTTTATTCCTCC  200

seq1  TGCTCCATCGTTAACACACAGATACCTGCTTTAAAATCTGTCACTCATGA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCATCGTTAACACACAGATACCTGCTTTAAAATCTGTCACTCATGA  250

seq1  TGGATACTTAGTCACGGCAGGAGAGCCACAAGATCTACGGGAATAGTTGG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATACTTAGTCACGGCAGGAGAGCCACAAGATCTACGGGAATAGTTGG  300

seq1  TCTTCAAGAGTTTTCAACAAATTTGCTGCTGAACATTT-ACTGAGTATAG  336
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTTCAAGAGTTTTCAACAAATTTGCTGCTGAACATTTAACTGAGTATAG  350

seq1  GTTGTATACTACATTACACTAGATGCTATAAACTGGCCAAGGGTAATTGC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATACTACATTACACTAGATGCTATAAACTGGCCAAGGGTAATTGC  400

seq1  GACGGAGTCTGAGTTAGAATATGCTTTATGATTAGAGAAACCATCCTAAC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGAGTCTGAGTTAGAATATGCTTTATGATTAGAGAAACCATCCTAAC  450

seq1  AAACAAAAGGAAAAACTCGGTGCCTTAGTCAAAACTCAAAGGACAAACAG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAGGAAAAACTCGGTGCCTTAGTCAAAACTCAAAGGACAAACAG  500

seq1  GCGTTAACCAGGTGGAGACGGAGAGAAAGGTTTCCTGGCAGAGAAACCAC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTAACCAGGTGGAGACGGAGAGAAAGGTTTCCTGGCAGAGAAACCAC  550

seq1  CAGAAACAAAGACATAGAAGAAGACAGCTGTGCATCATGCATGGGTTGGG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACAAAGACATAGAAGAAGACAGCTGTGCATCATGCATGGGTTGGG  600

seq1  ACTTTGATTCACGAAATGAATGTGTGAGATGATATTCTGATATGAAAGGA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGATTCACGAAATGAATGTGTGAGATGATATTCTGATATGAAAGGA  650

seq1  ATTTCTTGCTTAGCTGGGAAGATCTGGTAGAATTCTACTCTGTATCAGCT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTGCTTAGCTGGGAAGATCTGGTAGAATTCTACTCTGTATCAGCT  700

seq1  CTCACAGAGGAACTTAGAATTTCATTCCCAAGTGGGACCCTTCATTAGCA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGAGGAACTTAGAATTTCATTCCCAAGTGGGACCCTTCATTAGCA  750

seq1  TCCGATATCCAAAAAGTAAGGCTGAGCAGTTCCTTTTTAAGCCCTCCAGG  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGATATCCAAAAAGTAAGGCTGAGCAGTTCCTTTTTAAGCCCTCCAGG  800

seq1  CAGGCATTATCCACCCCTATTTCATTCACTTACTACTATTGATGGAGTGT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATTATCCACCCCTATTTCATTCACTTACTACTATTGATGGAGTGT  850

seq1  TGAGAATGGACACACAGAAAAAAGAGCCTCTGGCTTATCCATCCAACTTC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATGGACACACAGAAAAAAGAGCCTCTGGCTTATCCATCCAACTTC  900

seq1  TTTTGTCACATTTATACATTAACATCTGTGGTGGTTTGAATAGGAATGGC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCACATTTATACATTAACATCTGTGGTGGTTTGAATAGGAATGGC  950

seq1  CCCCACAGACTCTCATGTGTTTGAATGCTCAGTCCATGTGGAATGGCACT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAGACTCTCATGTGTTTGAATGCTCAGTCCATGTGGAATGGCACT  1000

seq1  ATTAGGAGGCGTGGCCTTGTTGGAGTGGGTGTGGCCTTGTTAGAGGAAGT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAGGCGTGGCCTTGTTGGAGTGGGTGTGGCCTTGTTAGAGGAAGT  1050

seq1  GTGTCACTGTGGGGGCAGACTTTGAGGTCTCTATGCTCAAGTTTCTCCTA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACTGTGGGGGCAGACTTTGAGGTCTCTATGCTCAAGTTTCTCCTA  1100

seq1  ATGTGGAATCAAAGTCTTCTCCTGGCTGCCCCAGGAGATTCTGATCAAGA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAATCAAAGTCTTCTCCTGGCTGCCCCAGGAGATTCTGATCAAGA  1150

seq1  TGTAGAATTC  1146
      ||||||||||
seq2  TGTAGAATTC  1160

seq1: chr3_97472764_97473653
seq2: B6Ng01-291B08.g_69_959

seq1  GAATTCCACAGTTCTCTCCAGGTCCGAGAGTTCATCCTTAGCAGTAAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGTTCTCTCCAGGTCCGAGAGTTCATCCTTAGCAGTAAGTG  50

seq1  GCAGTTGGACCTGCTCTGGGGCTTACAAATGAGCATTGACAAGGACCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGGACCTGCTCTGGGGCTTACAAATGAGCATTGACAAGGACCATT  100

seq1  CTCCTTTCTTATTACAGTTAACATTTCATTCTGGGAATGGTTGCCAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCTTATTACAGTTAACATTTCATTCTGGGAATGGTTGCCAGCAT  150

seq1  ATTTGTTTTTGTTGCTAGGCTTGAATCCATTCGTAGAGTTTGGAATAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTTTGTTGCTAGGCTTGAATCCATTCGTAGAGTTTGGAATAAAG  200

seq1  TAGTAAGTCAGTATTTCTTCATGACCTTGTATGTGCCAGACACTTCCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGTCAGTATTTCTTCATGACCTTGTATGTGCCAGACACTTCCTGA  250

seq1  TTTCTCTTGTGAGCGTCAGAGCCATCAGATAATAGCTAATGGTAGCTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTGTGAGCGTCAGAGCCATCAGATAATAGCTAATGGTAGCTATT  300

seq1  ATCCTTTGTATGAAAAAGTTAAAGGTAGGGATGGAGGGATGGAGAGACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTGTATGAAAAAGTTAAAGGTAGGGATGGAGGGATGGAGAGACCA  350

seq1  TTGTATAAATTATTCAGGTATACCAACCAACACCACAACAGGAACTAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAAATTATTCAGGTATACCAACCAACACCACAACAGGAACTAGAT  400

seq1  TGGAGCTGAATTAGATTTGACAGCAAAGCCAGCCTCTTTTGTCTCAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTGAATTAGATTTGACAGCAAAGCCAGCCTCTTTTGTCTCAAGTT  450

seq1  GTCTCTTTAAAAGTAAATGTGTTGGTTAGTGTTATTAACTTGAAAAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTTAAAAGTAAATGTGTTGGTTAGTGTTATTAACTTGAAAAAAAA  500

seq1  AATTAGGACAACCAGAGCTATGAGTCTGAGCACATTTATGGGGAATTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGACAACCAGAGCTATGAGTCTGAGCACATTTATGGGGAATTATC  550

seq1  TTGAATATGTTAATTGGCATATGAAGACCCATCTTAAATGAGCAGGCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATATGTTAATTGGCATATGAAGACCCATCTTAAATGAGCAGGCCAT  600

seq1  TCCCTGGCCAGGGTATCCTGGACTGGATGAAGTGGGGGAAAGCATGCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGCCAGGGTATCCTGGACTGGATGAAGTGGGGGAAAGCATGCTGA  650

seq1  ACACAAATGTGCACTCGTAGGATGTGCTCAACAGCTTCAGTGTCCTGACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAATGTGCACTCGTAGGATGTGCTCAACAGCTTCAGTGTCCTGACG  700

seq1  TGTTGGCTTCCCTGGCATAATGGACTGTCTTCCAGAACTGTGAGCCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCTTCCCTGGCATAATGGACTGTCTTCCAGAACTGTGAGCCAGAA  750

seq1  ATAAACCTTCTCTCCCTTACATTGGTTTTGATGGGGTGTTTTGCCCCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCTTCTCTCCCTTACATTGGTTTTGATGGGGTGTTTTGCCCCAAC  800

seq1  AGTGAGTGACTGTGAAAGACTGAGAGCCAGGAAGAGCCAGCAGCCACCCA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTGACTGTGAAAGACTGAGAGCCAGTAAGAGCCAGCAGCCACCCA  850

seq1  GATGAACGAATCACTGTGTGTGCTTCTC-TCTCTGCAGGAC  890
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GATGAACGAATCACTGTGTGTGCTTCTCTTCTCTGCAGGAC  891