BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291H22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 109,385,286 - 109,498,945
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVav3
Upstream geneWdr47, LOC100043166, Clcc1, Gpsm2, 4921525H12Rik, Stxbp3a, Fndc7, Prpf38b, 4921515J06Rik, B430201A12Rik, 4930443G12Rik, Slc25a24
Downstream geneNtng1, LOC100043181, LOC100043183, Prmt6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291H22.bB6Ng01-291H22.g
ACCGA088363GA088364
length1,1161,119
definitionB6Ng01-291H22.b B6Ng01-291H22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,497,823 - 109,498,945)(109,385,286 - 109,386,403)
sequence
gaattctccaataaatagaccatgtagcatcctaaagctgtccttatgtg
catctcctaactcattcaaattcctaccacaaatcatttccaagcgccaa
acaactccagttgggaatattcacagtggtacttattccactccttcagc
tcagctttctacaatttgcttttcctcttgataggatataataattgaca
ggaacaatggtgggctcatggtttcagagtgactagggaagacatgatgc
tgagaacacatggtggggcttcattacattgtggcatacaggaagccaag
aagacataacaaagccaggggtgtgctatcatcgtctaatactcacctct
agtaatctacttttattaacaagcttcacttctgtctaagttagtatttc
tactgctgcgaagaaacaccatgaccaaggaaattcttataaaggcaaac
atttacttggagctggcttacaagttcagagtttcagtccattttcatca
aggcagaagcatggcagcatcaaggcaggcatgatgcaggaggagctgag
agttcttcatcttcatctgaaggctgctagaagactggcttccaggcagc
taggaccagggtcttaaagctcacgcccacagtgatacacctactccaac
aaggccacacctccaagtagtgttactccctaagccaagcatattcaaac
caccacaacctccactggaaaactaatacttattggttgatgacacagta
tatgcactacatactggaacataccactccgtttctgcagcacagccagc
caaaaatgggcatctagatttaccaggtcatctgctttcacttatgctag
tacacataaattatattcacacagactattgttatacctaatttattaga
aaattagttgctttggttagcaataatcccctgtggaccgagggtagaca
ttctgtaaacctattagatggtgattttggcagagtactgtgagcacaaa
gaaaaactatatctagattagagtatctgaaattcaaaacaaataagctc
tgcttccatgatcataataaacgagagcaggtaattatcttagcataggt
cacaattcagcactca
gaattcctttaatcccagaatgtaggaggcagaggccactgtgacttcaa
agtcagcctggtctacatagcgagtactaagacacccagagctccataat
gaaagcctgatttgaaaaaaataaacaaggaagttgtataatcatagaaa
tattcatatttcttttattgtctgattgctaagcatcttttacaatcttt
agattatcttcactaaaagatacaaccaagagagatgtttgagagtgatt
tgttttggtttcaattgttagtctctgtgattttaataaagacaatgaaa
attctcattgaaaactgtgggattattttgtagatttctaacacaaccca
agaacgatgagagctatgtgtttgtgctatggcttgtctgcacatgtaga
acattctactagtaattagaccttgtctttttatatcatgttaataatgg
tttcactggttttccttgttctgtcctaggctaagaatttttgtttaaac
ctgagtgcttttataaatgcaatgtgtgtcagatgcaaattctggtagct
cttttgaatcacttaaatatagctggatgctttcttcagtttgtacctct
cttcctgagacagatgttggtatcaggaaaacaacactgtaacagacaga
tcaattatttcaggaacacggaggtgctgggtctttttcaagaacatgag
atcataaatctcaagcaaacccaagcactgctgtaatatttttcacctca
agtggcactcaaggtcaaagttaccaattacattttaatactcaggttta
aaattttcctcctacctaagtattggagatttaagattgatttctgattg
catgtatatctgtgtgtcagagcatgtggtctttatatcaagtttatatt
tctagacttttgtatacatttgtggaactcatgactatgtgagtccttag
tcatgagctttacaaaaaagtctggttgttattcttgttgtgctgtttaa
agattagaaagagcgttgggaaatgctttggtagctctcggttgcagctt
aagctgcttatgttgtactggtgaataacttggcatgtagtgaacagaat
aatgtttccaagtgtatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_109497823_109498945
seq2: B6Ng01-291H22.b_45_1160 (reverse)

seq1  TGAGTGCTGAA-TGTGACCCTATGCCTAAGATAATTACCTTGCTCTCCGT  49
      ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||
seq2  TGAGTGCTGAATTGTGA-CCTATG-CTAAGATAATTACC-TGCTCT-CGT  46

seq1  TTATATTGGATCATGGAAGGCAGAGCTTATTTGTTTTGGAATTCAGATTA  99
      |||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||
seq2  TTAT-TATGATCATGGAA-GCAGAGCTTATTTGTTTTGAATTTCAGA-TA  93

seq1  CTCTAATCTAGATATAGTTTTTCTTTGTGCTCACAGTACTTCTGCCAAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCTAATCTAGATATAGTTTTTCTTTGTGCTCACAGTAC-TCTGCCAAAA  142

seq1  TCACCATCTAATAGGTTTACAGAATGTCTTACCCTCGGTCCACAGGGGAT  199
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATCTAATAGGTTTACAGAATGTC-TACCCTCGGTCCACAGGGGAT  191

seq1  TATTGCTAACC-AAGCAACTAATTTTCTAATAAATTAGGTATAACAATAG  248
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTAACCAAAGCAACTAATTTTCTAATAAATTAGGTATAACAATAG  241

seq1  TCTGTGTGAATATAATTTATGTGTACTAGCATAAGTGAAAGCAGATGACC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGAATATAATTTATGTGTACTAGCATAAGTGAAAGCAGATGACC  291

seq1  TGGTAAATCTAGATGCCCATTTTTGGCTGGCTGTGCTGCAGAAACGGAGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAATCTAGATGCCCATTTTTGGCTGGCTGTGCTGCAGAAACGGAGT  341

seq1  GGTATGTTCCAGTATGTAGTGCATATACTGTGTCATCAACCAATAAGTAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTTCCAGTATGTAGTGCATATACTGTGTCATCAACCAATAAGTAT  391

seq1  TAGTTTTCCAGTGGAGGTTGTGGTGGTTTGAATATGCTTGGCTTAGGGAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTCCAGTGGAGGTTGTGGTGGTTTGAATATGCTTGGCTTAGGGAG  441

seq1  TAACACTACTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTATCACTGTGGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTACTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTGTATCACTGTGGG  491

seq1  CGTGAGCTTTAAGACCCTGGTCCTAGCTGCCTGGAAGCCAGTCTTCTAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGCTTTAAGACCCTGGTCCTAGCTGCCTGGAAGCCAGTCTTCTAGC  541

seq1  AGCCTTCAGATGAAGATGAAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCATCATGCCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTCAGATGAAGATGAAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCATCATGCCTG  591

seq1  CCTTGATGCTGCCATGCTTCTGCCTTGATGAAAATGGACTGAAACTCTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATGCTGCCATGCTTCTGCCTTGATGAAAATGGACTGAAACTCTGA  641

seq1  ACTTGTAAGCCAGCTCCAAGTAAATGTTTGCCTTTATAAGAATTTCCTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAAGCCAGCTCCAAGTAAATGTTTGCCTTTATAAGAATTTCCTTG  691

seq1  GTCATGGTGTTTCTTCGCAGCAGTAGAAATACTAACTTAGACAGAAGTGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTGTTTCTTCGCAGCAGTAGAAATACTAACTTAGACAGAAGTGA  741

seq1  AGCTTGTTAATAAAAGTAGATTACTAGAGGTGAGTATTAGACGATGATAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTTAATAAAAGTAGATTACTAGAGGTGAGTATTAGACGATGATAG  791

seq1  CACACCCCTGGCTTTGTTATGTCTTCTTGGCTTCCTGTATGCCACAATGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCCTGGCTTTGTTATGTCTTCTTGGCTTCCTGTATGCCACAATGT  841

seq1  AATGAAGCCCCACCATGTGTTCTCAGCATCATGTCTTCCCTAGTCACTCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCCCCACCATGTGTTCTCAGCATCATGTCTTCCCTAGTCACTCT  891

seq1  GAAACCATGAGCCCACCATTGTTCCTGTCAATTATTATATCCTATCAAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCATGAGCCCACCATTGTTCCTGTCAATTATTATATCCTATCAAGA  941

seq1  GGAAAAGCAAATTGTAGAAAGCTGAGCTGAAGGAGTGGAATAAGTACCAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGCAAATTGTAGAAAGCTGAGCTGAAGGAGTGGAATAAGTACCAC  991

seq1  TGTGAATATTCCCAACTGGAGTTGTTTGGCGCTTGGAAATGATTTGTGGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATATTCCCAACTGGAGTTGTTTGGCGCTTGGAAATGATTTGTGGT  1041

seq1  AGGAATTTGAATGAGTTAGGAGATGCACATAAGGACAGCTTTAGGATGCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTTGAATGAGTTAGGAGATGCACATAAGGACAGCTTTAGGATGCT  1091

seq1  ACATGGTCTATTTATTGGAGAATTC  1123
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTCTATTTATTGGAGAATTC  1116

seq1: chr3_109385286_109386403
seq2: B6Ng01-291H22.g_65_1183

seq1  GAATTCCTTTAATCCCAGAATGTAGGAGGCAGAGGCCACTGTGACTTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTAATCCCAGAATGTAGGAGGCAGAGGCCACTGTGACTTCAA  50

seq1  AGTCAGCCTGGTCTACATAGCGAGTACTAAGACACCCAGAGCTCCATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCCTGGTCTACATAGCGAGTACTAAGACACCCAGAGCTCCATAAT  100

seq1  GAAAGCCTGATTTGAAAAAAATAAACAAGGAAGTTGTATAATCATAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCTGATTTGAAAAAAATAAACAAGGAAGTTGTATAATCATAGAAA  150

seq1  TATTCATATTTCTTTTATTGTCTGATTGCTAAGCATCTTTTACAATCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATATTTCTTTTATTGTCTGATTGCTAAGCATCTTTTACAATCTTT  200

seq1  AGATTATCTTCACTAAAAGATACAACCAAGAGAGATGTTTGAGAGTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATCTTCACTAAAAGATACAACCAAGAGAGATGTTTGAGAGTGATT  250

seq1  TGTTTTGGTTTCAATTGTTAGTCTCTGTGATTTTAATAAAGACAATGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGGTTTCAATTGTTAGTCTCTGTGATTTTAATAAAGACAATGAAA  300

seq1  ATTCTCATTGAAAACTGTGGGATTATTTTGTAGATTTCTAACACAACCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCATTGAAAACTGTGGGATTATTTTGTAGATTTCTAACACAACCCA  350

seq1  AGAACGATGAGAGCTATGTGTTTGTGCTATGGCTTGTCTGCACATGTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGATGAGAGCTATGTGTTTGTGCTATGGCTTGTCTGCACATGTAGA  400

seq1  ACATTCTACTAGTAATTAGACCTTGTCTTTTTATATCATGTTAATAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTACTAGTAATTAGACCTTGTCTTTTTATATCATGTTAATAATGG  450

seq1  TTTCACTGGTTTTCCTTGTTCTGTCCTAGGCTAAGAATTTTTGTTTAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGGTTTTCCTTGTTCTGTCCTAGGCTAAGAATTTTTGTTTAAAC  500

seq1  CTGAGTGCTTTTATAAATGCAATGTGTGTCAGATGCAAATTCTGGTAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGCTTTTATAAATGCAATGTGTGTCAGATGCAAATTCTGGTAGCT  550

seq1  CTTTTGAATCACTTAAATATAGCTGGATGCTTTCTTCAGTTTGTACCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAATCACTTAAATATAGCTGGATGCTTTCTTCAGTTTGTACCTCT  600

seq1  CTTCCTGAGACAGATGTTGGTATCAGGAAAACAACACTGTAACAGACAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGAGACAGATGTTGGTATCAGGAAAACAACACTGTAACAGACAGA  650

seq1  TCAATTATTTCAGGAACACGGAGGTGCTGGGTCTTTTTCAAGAACATGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTATTTCAGGAACACGGAGGTGCTGGGTCTTTTTCAAGAACATGAG  700

seq1  ATCATAAATCTCAAGCAAACCCAAGCACTGCTGTAATATTTTTCACCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAATCTCAAGCAAACCCAAGCACTGCTGTAATATTTTTCACCTCA  750

seq1  AGTGGCACTCAAGGTCAAAGTTACCAATTACATTTTAATACTCAGGTTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCACTCAAGGTCAAAGTTACCAATTACATTTTAATACTCAGGTTTA  800

seq1  AAATTTTCCTCCTACCTAAGTATTGGAGATTTAAGATTGATTTCTGATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCCTCCTACCTAAGTATTGGAGATTTAAGATTGATTTCTGATTG  850

seq1  CATGTATATCTGTGTGTCAGAGCATGTGGTCTTTATATCAAGTTTATATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATATCTGTGTGTCAGAGCATGTGGTCTTTATATCAAGTTTATATT  900

seq1  TCTAGACTTTTGTATACATTTGTGGAACTCATGACTATGTGAGTCCTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGACTTTTGTATACATTTGTGGAACTCATGACTATGTGAGTCCTTAG  950

seq1  TCATGAGCTTTACAAAAAAGTCTGGTTGTTATTCTTTGTTGTGCTGTTTA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCATGAGCTTTACAAAAAAGTCTGGTTGTTATTC-TTGTTGTGCTGTTTA  999

seq1  AAGATTAGATAGAGCGGTTGGGAAATGCTTTGGTAGCTCTCGGTTGCAAG  1050
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGATTAGAAAGAGC-GTTGGGAAATGCTTTGGTAGCTCTCGGTTGC-AG  1047

seq1  CTTAAGCTGCTTATG-TGTACT-GTG-ATAACCTTGCATGGTAAGTGAAC  1097
      ||||||||||||||| |||||| ||| ||||| | |||||   |||||||
seq2  CTTAAGCTGCTTATGTTGTACTGGTGAATAACTTGGCATG--TAGTGAAC  1095

seq1  AG-ATAATG--TCCAAGTGTATGA  1118
      || ||||||  |||||||||||||
seq2  AGAATAATGTTTCCAAGTGTATGA  1119