BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292M14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 25,222,042 - 25,385,866
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNlgn1
Upstream geneEG635702, EG665189, LOC100039592
Downstream geneLOC621017, LOC229152
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292M14.bB6Ng01-292M14.g
ACCGA089334GA089335
length1,1151,020
definitionB6Ng01-292M14.b B6Ng01-292M14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,384,747 - 25,385,866)(25,222,042 - 25,223,061)
sequence
gaattctctcaatttctttctctctaataagaatatgaccttccagaaag
ttatggataaacctcaaggcagaaatacccacataaaatggcatcaacta
cctcttactgagctaagaggtggtatttttctctttatctgaaactttgg
ggacaccctttcctaatctaccaggatgaaaagtatcttgtagtgagaaa
ttattttcaggcagtgagacaggttttgagtgattattacctctttcata
tgccttgtaagtgtgatagatggcgcaagctttagtgacacatttaaaaa
gtcactaacacaaactcattaaagcatgacagaaaacaaaagaaatctaa
cagcacagttctggggccagtcagtgtgcttgaggacagtggaagcaaca
gttcacacaacttttctttgctctatggcggggatgagggggataatttt
cctctttttttcattgcacataaccttcctctttccatttcttcaaccta
tctaagcctgctcacctcacagagccaaatggttttatgcttactccctc
ttaaatagtcaaatcatcataatattcagaggaggaaactatagcccaga
ggaaattcttgacaactccaatggggaaggttttggcagtacaaagattc
gaaatccaattttactggatttctaattcactttcaattgcgctactgtg
tcttttaataattcctgttaaactgtgttcttcccaggttttgtgtttgg
gtattttgtagagctaaggccagaatctagattacttccattgactccca
aacacatccctctacacatcatgtcatcagcaaacggattttcaatgaaa
ataaaaggagttttcacagactcagtgaaaatgatcaataattgggccta
gcaagtttctaacagagtacctatgaggtcatatgtcataaacctttcca
tcagcatatgccagttcatactctgtacattgatcacgtcattactcttt
attttacatttataatagatttagtgtgtgcacatgtgtatttaagtcag
acaatagctgtgtgagtaattctcctcctttattcacattgtgttctgct
gatcaaacccaaggt

gaattcataagaaaacatatgaattgcttctttaccaatgagctactgta
gttccctgcccccaaccatgtctccttggtatttatttctatgctgaaag
ctgcttagtatgaaatagtgcaaatatctagttaaagaatttattattgt
ttccctagttttgtatcaggttagatctgctatagagttgaggcaaaggc
agtgagaggaccacatggtgaacacctaagtcatccatgtgactgcattt
gggaataaggcctgtaagggataactgaggttagaaaatacttcagtaag
ggcaggacactctggaagggttgatgtctcaataaagagacacatcagac
atgctttattcagtgaaaatgcagaatgaggccacaacaaaaagataaca
atctgaaggccacctcatgggaaaagaaacaaacaaacaaaacaacccaa
cgttcaacattatgaaagtgaatttccatgttaaaattgtgatagaaatt
agtgttgaattacaatgagaattaagatccaagaagctgatcacaaacta
tgagcactacctgactcgagaaaagtttgtcacacagaaacctccacagt
caatctgcgagcttaagtttaatttgggtgcagccacaatttgcttataa
tttcccaacactaacttccttgtcttttctacaccaccttagcttatgaa
ctaagtgtttttgtctgccctggtgtatacatactgaaaacccgtgccct
cacatgatgctataagagactgttgtctttggacaactgatatgagttaa
gggcctttatgtaacttctggaacatgcttcctgcttcactctaccttgt
aggagaggaagaagttataaatagcctagaaaagggcttttcccaaggtt
cataacatgatgggattttgatcttgaaattttaatcttcaaaactgtat
ttatgttgcttataaatttcccactgtacagtactctagtatagcactct
gagatgactaagctgcttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_25384747_25385866
seq2: B6Ng01-292M14.b_45_1159 (reverse)

seq1  ACCTGGGGTTTGATCAGCAGAACACAAATGTGATAAAAGGA-GAGAATTA  49
      |||| |||||||||||||||||||| |||||||  |||||| ||||||| 
seq2  ACCTTGGGTTTGATCAGCAGAACAC-AATGTGAATAAAGGAGGAGAATT-  48

seq1  ACTCACACAAGCTATTGTCTGACTTAAATACACATGTGCACACACTAAAT  99
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAC-AGCTATTGTCTGACTTAAATACACATGTGCACACACTAAAT  97

seq1  CTATTAATAAATGTAAAATAAAAGAGTAAATGACGTGATCAATGTACAGA  149
      ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTATT-ATAAATGTAAAAT-AAAGAGT-AATGACGTGATCAATGTACAGA  144

seq1  GTATGAACTGGCATATGCTGATGGAAAGGTTTATGACATATGACCTCATA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAACTGGCATATGCTGATGGAAAGGTTTATGACATATGACCTCATA  194

seq1  GGTACTCTGTTAGAAACTTGCTAGGCCCAATTATTGATCATTTTCACTGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTCTGTTAGAAACTTGCTAGGCCCAATTATTGATCATTTTCACTGA  244

seq1  GTCTGTGAAAACTCCTTTTATTTTCATTGAAAATCCGTTTGCTGATGACA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGAAAACTCCTTTTATTTTCATTGAAAATCCGTTTGCTGATGACA  294

seq1  TGATGTGTAGAGGGATGTGTTTGGGAGTCAATGGAAGTAATCTAGATTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGTAGAGGGATGTGTTTGGGAGTCAATGGAAGTAATCTAGATTCT  344

seq1  GGCCTTAGCTCTACAAAATACCCAAACACAAAACCTGGGAAGAACACAGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTAGCTCTACAAAATACCCAAACACAAAACCTGGGAAGAACACAGT  394

seq1  TTAACAGGAATTATTAAAAGACACAGTAGCGCAATTGAAAGTGAATTAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGGAATTATTAAAAGACACAGTAGCGCAATTGAAAGTGAATTAGA  444

seq1  AATCCAGTAAAATTGGATTTCGAATCTTTGTACTGCCAAAACCTTCCCCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGTAAAATTGGATTTCGAATCTTTGTACTGCCAAAACCTTCCCCA  494

seq1  TTGGAGTTGTCAAGAATTTCCTCTGGGCTATAGTTTCCTCCTCTGAATAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTTGTCAAGAATTTCCTCTGGGCTATAGTTTCCTCCTCTGAATAT  544

seq1  TATGATGATTTGACTATTTAAGAGGGAGTAAGCATAAAACCATTTGGCTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGATTTGACTATTTAAGAGGGAGTAAGCATAAAACCATTTGGCTC  594

seq1  TGTGAGGTGAGCAGGCTTAGATAGGTTGAAGAAATGGAAAGAGGAAGGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGTGAGCAGGCTTAGATAGGTTGAAGAAATGGAAAGAGGAAGGTT  644

seq1  ATGTGCAATGAAAAAAAGAGGAAAATTATCCCCCTCATCCCCGCCATAGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAATGAAAAAAAGAGGAAAATTATCCCCCTCATCCCCGCCATAGA  694

seq1  GCAAAGAAAAGTTGTGTGAACTGTTGCTTCCACTGTCCTCAAGCACACTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAAAAGTTGTGTGAACTGTTGCTTCCACTGTCCTCAAGCACACTG  744

seq1  ACTGGCCCCAGAACTGTGCTGTTAGATTTCTTTTGTTTTCTGTCATGCTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCCCAGAACTGTGCTGTTAGATTTCTTTTGTTTTCTGTCATGCTT  794

seq1  TAATGAGTTTGTGTTAGTGACTTTTTAAATGTGTCACTAAAGCTTGCGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGTTTGTGTTAGTGACTTTTTAAATGTGTCACTAAAGCTTGCGCC  844

seq1  ATCTATCACACTTACAAGGCATATGAAAGAGGTAATAATCACTCAAAACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCACACTTACAAGGCATATGAAAGAGGTAATAATCACTCAAAACC  894

seq1  TGTCTCACTGCCTGAAAATAATTTCTCACTACAAGATACTTTTCATCCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCACTGCCTGAAAATAATTTCTCACTACAAGATACTTTTCATCCTG  944

seq1  GTAGATTAGGAAAGGGTGTCCCCAAAGTTTCAGATAAAGAGAAAAATACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTAGGAAAGGGTGTCCCCAAAGTTTCAGATAAAGAGAAAAATACC  994

seq1  ACCTCTTAGCTCAGTAAGAGGTAGTTGATGCCATTTTATGTGGGTATTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTAGCTCAGTAAGAGGTAGTTGATGCCATTTTATGTGGGTATTTC  1044

seq1  TGCCTTGAGGTTTATCCATAACTTTCTGGAAGGTCATATTCTTATTAGAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGAGGTTTATCCATAACTTTCTGGAAGGTCATATTCTTATTAGAG  1094

seq1  AGAAAGAAATTGAGAGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAATTGAGAGAATTC  1115


seq1: chr3_25222042_25223061
seq2: B6Ng01-292M14.g_65_1084

seq1  GAATTCATAAGAAAACATATGAATTGCTTCTTTACCAATGAGCTACTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAGAAAACATATGAATTGCTTCTTTACCAATGAGCTACTGTA  50

seq1  GTTCCCTGCCCCCAACCATGTCTCCTTGGTATTTATTTCTATGCTGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCCTGCCCCCAACCATGTCTCCTTGGTATTTATTTCTATGCTGAAAG  100

seq1  CTGCTTAGTATGAAATAGTGCAAATATCTAGTTAAAGAATTTATTATTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTAGTATGAAATAGTGCAAATATCTAGTTAAAGAATTTATTATTGT  150

seq1  TTCCCTAGTTTTGTATCAGGTTAGATCTGCTATAGAGTTGAGGCAAAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAGTTTTGTATCAGGTTAGATCTGCTATAGAGTTGAGGCAAAGGC  200

seq1  AGTGAGAGGACCACATGGTGAACACCTAAGTCATCCATGTGACTGCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGGACCACATGGTGAACACCTAAGTCATCCATGTGACTGCATTT  250

seq1  GGGAATAAGGCCTGTAAGGGATAACTGAGGTTAGAAAATACTTCAGTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAAGGCCTGTAAGGGATAACTGAGGTTAGAAAATACTTCAGTAAG  300

seq1  GGCAGGACACTCTGGAAGGGTTGATGTCTCAATAAAGAGACACATCAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGACACTCTGGAAGGGTTGATGTCTCAATAAAGAGACACATCAGAC  350

seq1  ATGCTTTATTCAGTGAAAATGCAGAATGAGGCCACAACAAAAAGATAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTATTCAGTGAAAATGCAGAATGAGGCCACAACAAAAAGATAACA  400

seq1  ATCTGAAGGCCACCTCATGGGAAAAGAAACAAACAAACAAAACAACCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAGGCCACCTCATGGGAAAAGAAACAAACAAACAAAACAACCCAA  450

seq1  CGTTCAACATTATGAAAGTGAATTTCCATGTTAAAATTGTGATAGAAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCAACATTATGAAAGTGAATTTCCATGTTAAAATTGTGATAGAAATT  500

seq1  AGTGTTGAATTACAATGAGAATTAAGATCCAAGAAGCTGATCACAAACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGAATTACAATGAGAATTAAGATCCAAGAAGCTGATCACAAACTA  550

seq1  TGAGCACTACCTGACTCGAGAAAAGTTTGTCACACAGAAACCTCCACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACTACCTGACTCGAGAAAAGTTTGTCACACAGAAACCTCCACAGT  600

seq1  CAATCTGCGAGCTTAAGTTTAATTTGGGTGCAGCCACAATTTGCTTATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGCGAGCTTAAGTTTAATTTGGGTGCAGCCACAATTTGCTTATAA  650

seq1  TTTCCCAACACTAACTTCCTTGTCTTTTCTACACCACCTTAGCTTATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAACACTAACTTCCTTGTCTTTTCTACACCACCTTAGCTTATGAA  700

seq1  CTAAGTGTTTTTGTCTGCCCTGGTGTATACATACTGAAAACCCGTGCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGTTTTTGTCTGCCCTGGTGTATACATACTGAAAACCCGTGCCCT  750

seq1  CACATGATGCTATAAGAGACTGTTGTCTTTGGACAACTGATATGAGTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGATGCTATAAGAGACTGTTGTCTTTGGACAACTGATATGAGTTAA  800

seq1  GGGCCTTTATGTAACTTCTGGAACATGCTTCCTGCTTCACTCTACCTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTTATGTAACTTCTGGAACATGCTTCCTGCTTCACTCTACCTTGT  850

seq1  AGGAGAGGAAGAAGTTATAAATAGCCTAGAAAAGGGCTTTT-CCAAGGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGAGAGGAAGAAGTTATAAATAGCCTAGAAAAGGGCTTTTCCCAAGGTT  900

seq1  CATAACATGATGGGATTTTGATCTTGAAATTTTAATCTTCAAAACTGTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATGATGGGATTTTGATCTTGAAATTTTAATCTTCAAAACTGTAT  950

seq1  TTATGTTGCTTATAAATTTCCCACTGTACAGTACTCTAGTTATAGCACTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTATGTTGCTTATAAATTTCCCACTGTACAGTACTCTAG-TATAGCACTC  999

seq1  TGAGATGACTAAGCTGCTTAT  1020
      |||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGACTAAGCTGCTTAT  1020


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |