BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293B23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 92,760,349 - 92,831,003
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC630994, 2310001H18Rik, Lce3f, Crct1, Lce1m
Upstream genePglyrp3, EG619750, Lor, A030004J04Rik, Sprr2a, LOC100042999, LOC545543, LOC100043005, LOC545545, LOC100042514, LOC619984, Sprr2b, Sprr2c, Sprr2d, Sprr2e, Sprr2f, Sprr2g, Sprr2h, Sprr2i, Sprr2j, LOC100043022, Sprr2k, Sprr1b, Sprr3, LOC100042575, Sprr1a, Sprr4, LOC100042581, Ivl, Smcp, Lce1a1, Lce1b, LOC620325, Lce1a2, Lce1c, Lce1d, LOC100043062, Lce1e, Lce1f, LOC668264, Lce1g, Lce1h, Lce1i, LOC545547, LOC631101, Kprp, Lce1l, 2310050C09Rik, Lce3a, Lce3b, Lce3c
Downstream geneEG229571, Crnn, EG229574, EG668300, LOC668304, Flg, LOC100042701, Hrnr, Rptn, EG383891, Tchh, Tchhl1, S100a11, S100a10, EG433623, Tdpoz2, Tdpoz1, LOC668325, LOC545550, EG436563, Tdpoz4, Tdpoz3, EG668341, LOC668344, EG668346, Tdpoz5, EG668353, EG668356
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293B23.bB6Ng01-293B23.g
ACCGA089580GA089581
length1,1651,136
definitionB6Ng01-293B23.b B6Ng01-293B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,760,349 - 92,761,540)(92,829,870 - 92,831,003)
sequence
gaattctctggagatggattgaatcctctggagattgattgcaaagagtt
gataatataaatgtgtatagtaggaatcaaatctagggcttcagcagcag
caacaagtactgctaagtaatgagccaactctacagcactattggtcaaa
ttatttggtagcttttttttttcattaaaactgtaggtaacaaatactca
aggatagtttgcaagatgatttaagtagatcagtctcacatattaaaagt
tataatgatttgttctcatcaaacaactgtcaacacagctcaacctccct
cttcaccagaaatcctatgatgagatgtctgagttccatgagatcttcat
ggggatttctatcatctcaacaaggtcttggatctactttgacatttttt
acctactcttctcctcattgaagttcaataatatagtcactggcttcatc
cagacatgacaggatactgtggattacatataaggtgaagcaaggttcac
atcaaaggcaatgcactaaagcttgatgacattacacatacgtagattac
aacatgtgatatatgactctgtatttacaactatatgtattcatattttc
acctctttcctaatagatcataatcaacccaagaaaaaaaatatcatagt
aacccatgctatggcttcacagacaagaccatggacaagatcttgtattt
aagaacatgaacagaataaacatgataaaggtgtgtgaagaacagcccca
tatcttctcattgtcaggcagacctgagtgaaaagtcagagacatcaaaa
tttcctggctctctactgatggtaattgtagtaggaacatggaaagatga
tgaatggatgatcctggctctgtcatcccctctgttgtgaaagcatcagc
atgcttgggctgttcatcacacatctaccaaggataaaagggctgctgcc
ctggatcattcagccacagcttcttctacacagacttctctctgactttg
cggtatctggtgagtactaactaggggaagagcttcagctaaaagggtag
agatgacagctgacttgacagtgaaggagcaatgtatcagagtgagcagc
aggatggaactccatgataagagaacgaggtaatgcaagcctctgtggtt
acatcaggaactgtg
gaattcaaacacccagtgtttgccaagcatccctaggtgaccaaggcaac
atgctgaggagaagtgacttcagtcacaatttccaattgaatcagactga
gtcaaggtcagaacctgctgtgccacagccacactggccctgtgggccct
cctccctctttgacaatgactccaagctctcattcttccactggttcttt
cttcatccaagaactatttgctgaatgctatgagctgtgtctggccttga
ggatactgtgatgaataagctgaggcacctgttcttatggaagctggggt
cagactttcagaaggtctccttggagttttaatgatggaagtaacatcat
taaacatgtggaagtaacaaccctgagctgggcagactctgaattcctca
aggaaagccggcaagcacagagcatgacagtcatttctctaagttttact
ctgtagcaggagtagctggggtctgtctgcgcaggtttcctaaacacagt
ccttggtaggaacctgaaaatcacattaagaaagcaaggctatccctaag
gggcagctacatctgggcagtttcagggatggtcatgcgacagaatttag
agggtgcagggagcataaaggtagatggttcttagaagatgttaagttat
tacgaagttgggtacttttgggggaatttgatttttattttcctttggga
atagcatggaagttattaaagttctaagtagctcagactcttcatctttt
agaaagatgggaagaatctgtagaaaatagggaatggggctggaaggaag
aaatccatgtgtatcattagatgtgaaggtggtggacaaggagaaaggca
agatggctcctaaccaatgttgggatcatttattgatagtgttgaggcaa
ctttcaggaggcactggtagtattgtacacaacgattgctgtgagcagtt
tgctctaaccacagcatgcccttttctaatgtcattctttttaactgcct
accatatgacatattagaattgagaagcctggggggtgtgcatgagttgg
agcctttcagtgctaacagcatggcccactcacccagctgagagttcagt
gcaatgggtgatgtcatgcaagagggctaagggtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_92760349_92761540
seq2: B6Ng01-293B23.b_43_1207

seq1  GAATTCTCTGGAGATGGATTGAATCCTCTGGAGATTGATTGCAAAGAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGAGATGGATTGAATCCTCTGGAGATTGATTGCAAAGAGTT  50

seq1  GATAATATAAATGTGTATAGTAGGAATCAAATCTAGGGCTTCAGCAGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATATAAATGTGTATAGTAGGAATCAAATCTAGGGCTTCAGCAGCAG  100

seq1  CAACAAGTACTGCTAAGTAATGAGCCAACTCTACAGCACTATTGGTCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGTACTGCTAAGTAATGAGCCAACTCTACAGCACTATTGGTCAAA  150

seq1  TTATTTGGTAGCTTTTTTTTTTCATTAAAACTGTAGGTAACAAATACTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGGTAGCTTTTTTTTTTCATTAAAACTGTAGGTAACAAATACTCA  200

seq1  AGGATAGTTTGCAAGATGATTTAAGTAGATCAGTCTCACATATTAAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGTTTGCAAGATGATTTAAGTAGATCAGTCTCACATATTAAAAGT  250

seq1  TATAATGATTTGTTCTCATCAAACAACTGTCAACACAGCTCAACCTCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGATTTGTTCTCATCAAACAACTGTCAACACAGCTCAACCTCCCT  300

seq1  CTTCACCAGAAATCCTATGATGAGATGTCTGAGTTCCATGAGATCTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCAGAAATCCTATGATGAGATGTCTGAGTTCCATGAGATCTTCAT  350

seq1  GGGGATTTCTATCATCTCAACAAGGTCTTGGATCTACTTTGACATTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTTCTATCATCTCAACAAGGTCTTGGATCTACTTTGACATTTTTT  400

seq1  ACCTACTCTTCTCCTCATTGAAGTTCAATAATATAGTCACTGGCTTCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACTCTTCTCCTCATTGAAGTTCAATAATATAGTCACTGGCTTCATC  450

seq1  CAGACATGACAGGATACTGTGGATTACATATAAGGTGAAGCAAGGTTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATGACAGGATACTGTGGATTACATATAAGGTGAAGCAAGGTTCAC  500

seq1  ATCAAAGGCAATGCACTAAAGCTTGATGACATTACACATACGTAGATTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGGCAATGCACTAAAGCTTGATGACATTACACATACGTAGATTAC  550

seq1  AACATGTGATATATGACTCTGTATTTACAACTATATGTATTCATATTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTGATATATGACTCTGTATTTACAACTATATGTATTCATATTTTC  600

seq1  ACCTCTTTCCTAATAGATCATAATCAACCCAAGAAAAAAAATATCATAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTTCCTAATAGATCATAATCAACCCAAGAAAAAAAATATCATAGT  650

seq1  AACCCATGCTATGGCTTCACAGACAAGACCATGGACAAGATCTTGTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATGCTATGGCTTCACAGACAAGACCATGGACAAGATCTTGTATTT  700

seq1  AAGAACATGAACAGAATAAACATGATAAAGGTGTGTGAAGAACAGCCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACATGAACAGAATAAACATGATAAAGGTGTGTGAAGAACAGCCCCA  750

seq1  TATCTTCTCATTGTCAGGCAGACCTGAGTGAAAAGTCAGAGACATCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCTCATTGTCAGGCAGACCTGAGTGAAAAGTCAGAGACATCAAAA  800

seq1  TTTCCTGGCTCTCTACTGATGGTAATTGTAGTAGGAACATGGAAAGATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGGCTCTCTACTGATGGTAATTGTAGTAGGAACATGGAAAGATGA  850

seq1  TGAATGGATGATCCTGGCTCTGTCATCCCCTCTGTTGTGAAAGCATCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGATGATCCTGGCTCTGTCATCCCCTCTGTTGTGAAAGCATCAGC  900

seq1  ATGCTTGGGCTGTTCATCACACATCTACCAAGGATAAAAGGGCTGCTGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGGGCTGTTCATCACACATCTACCAAGGATAAAAGGGCTGCTGCC  950

seq1  CTGGATCATTCAGCCACAGCTTCTTCTACACAGACTTCTTCTCCTGACTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  CTGGATCATTCAGCCACAGCTTCTTCTACACAGACTTC-TCT-CTGACTT  998

seq1  TGCGGTATCTGGTGAGTACCTAACTAGGGGAAGAGCCTCAGCTAAAAAGG  1050
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |
seq2  TGCGGTATCTGGTGAGTA-CTAACTAGGGGAAGAGCTTCAGCTAAAA--G  1045

seq1  GGTAGAGATGACAAGCTGAACTTGACCAAGGTGAAAGAAGCAATGGTATC  1100
      |||||||||||| ||||| |||||||    ||| ||| |||||| |||||
seq2  GGTAGAGATGAC-AGCTG-ACTTGAC---AGTG-AAGGAGCAAT-GTATC  1088

seq1  AAGAGTGAAGGCAGCAGGAAGTGGACCTCACAGGGACCAAGAGACAGGGA  1150
       |||||||  |||||||||  |||| ||| || |    ||||||  |   
seq2  -AGAGTGA--GCAGCAGGA--TGGAACTC-CATG--ATAAGAGAACG---  1127

seq1  GGGAAATGGACAAGAGCCTCTGTGGGTACATCAGGAACTGTG  1192
       || |||| |    ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGGTAATGCA----AGCCTCTGTGGTTACATCAGGAACTGTG  1165

seq1: chr3_92829870_92831003
seq2: B6Ng01-293B23.g_66_1201 (reverse)

seq1  TTACCCT--ACCCTCT--CATGACATCACCCATTCCACTG-ACTCTCAGC  45
      |||||||   ||||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  TTACCCTTAGCCCTCTTGCATGACATCACCCATTGCACTGAACTCTCAGC  50

seq1  TGGGTTGAGTGGG-CATGCTGTTAAGCACTGAAAGGCTCCAACTTCATGC  94
      |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  TGGG-TGAGTGGGCCATGCTGTT-AGCACTGAAAGGCTCCAAC-TCATG-  96

seq1  CACA-CCCCCAGGCTTCCTCAATTCTAATATGGTCAATATGGTAGGCAGT  143
      |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  CACACCCCCCAGGCTT-CTCAATTCTAATAT-GTC-ATATGGTAGGCAGT  143

seq1  T-AAAAGAATGACATTAGAAAA-GGCATGCTGTGGTTAGAGCAAACTGCT  191
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGAATGACATTAGAAAAGGGCATGCTGTGGTTAGAGCAAACTGCT  193

seq1  CACAGCAATCGTTGTGTACAATACTACCAGTGCCTCCCTGAAAGTTGCCT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACAGCAATCGTTGTGTACAATACTACCAGTGCCT-CCTGAAAGTTGCCT  242

seq1  CAACACTATCAATAAATGATCCCAACATTGGTTAGGAGCCATCTTGCC-T  290
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAACACTATCAATAAATGATCCCAACATTGGTTAGGAGCCATCTTGCCTT  292

seq1  TCTCCTTGTCCACCACCTTCACATCTAATGATACACATGGATTTCTTCCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGTCCACCACCTTCACATCTAATGATACACATGGATTTCTTCCT  342

seq1  TCCAGCCCCATTCCCTATTTTCTACAGATTCTTCCCATCTTTCTAAAAGA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCCCATTCCCTATTTTCTACAGATTCTTCCCATCTTTCTAAAAGA  392

seq1  TGAAGAGTCTGAGCTACTTAGAACTTTAATAACTTCCATGCTATTCCCAA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGTCTGAGCTACTTAGAACTTTAATAACTTCCATGCTATTCCCAA  442

seq1  AGGAAAATAAAAATCAAATTCCCCCAAAAGTACCCAACTTCGTAATAACT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAATAAAAATCAAATTCCCCCAAAAGTACCCAACTTCGTAATAACT  492

seq1  TAACATCTTCTAAGAACCATCTACCTTTATGCTCCCTGCACCCTCTAAAT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATCTTCTAAGAACCATCTACCTTTATGCTCCCTGCACCCTCTAAAT  542

seq1  TCTGTCGCATGACCATCCCTGAAACTGCCCAGATGTAGCTGCCCCTTAGG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCGCATGACCATCCCTGAAACTGCCCAGATGTAGCTGCCCCTTAGG  592

seq1  GATAGCCTTGCTTTCTTAATGTGATTTTCAGGTTCCTACCAAGGACTGTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCCTTGCTTTCTTAATGTGATTTTCAGGTTCCTACCAAGGACTGTG  642

seq1  TTTAGGAAACCTGCGCAGACAGACCCCAGCTACTCCTGCTACAGAGTAAA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAAACCTGCGCAGACAGACCCCAGCTACTCCTGCTACAGAGTAAA  692

seq1  ACTTAGAGAAATGACTGTCATGCTCTGTGCTTGCCGGCTTTCCTTGAGGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAGAAATGACTGTCATGCTCTGTGCTTGCCGGCTTTCCTTGAGGA  742

seq1  ATTCAGAGTCTGCCCAGCTCAGGGTTGTTACTTCCACATGTTTAATGATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAGTCTGCCCAGCTCAGGGTTGTTACTTCCACATGTTTAATGATG  792

seq1  TTACTTCCATCATTAAAACTCCAAGGAGACCTTCTGAAAGTCTGACCCCA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCCATCATTAAAACTCCAAGGAGACCTTCTGAAAGTCTGACCCCA  842

seq1  GCTTCCATAAGAACAGGTGCCTCAGCTTATTCATCACAGTATCCTCAAGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCATAAGAACAGGTGCCTCAGCTTATTCATCACAGTATCCTCAAGG  892

seq1  CCAGACACAGCTCATAGCATTCAGCAAATAGTTCTTGGATGAAGAAAGAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACACAGCTCATAGCATTCAGCAAATAGTTCTTGGATGAAGAAAGAA  942

seq1  CCAGTGGAAGAATGAGAGCTTGGAGTCATTGTCAAAGAGGGAGGAGGGCC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGAAGAATGAGAGCTTGGAGTCATTGTCAAAGAGGGAGGAGGGCC  992

seq1  CACAGGGCCAGTGTGGCTGTGGCACAGCAGGTTCTGACCTTGACTCAGTC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGCCAGTGTGGCTGTGGCACAGCAGGTTCTGACCTTGACTCAGTC  1042

seq1  TGATTCAATTGGAAATTGTGACTGAAGTCACTTCTCCTCAGCATGTTGCC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAATTGGAAATTGTGACTGAAGTCACTTCTCCTCAGCATGTTGCC  1092

seq1  TTGGTCACCTAGGGATGCTTGGCAAACACTGGGTGTTTGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCACCTAGGGATGCTTGGCAAACACTGGGTGTTTGAATTC  1136