BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-294G17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 23,994,711 - 24,078,128
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG635702
Upstream geneLOC100039548
Downstream geneEG665189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294G17.bB6Ng01-294G17.g
ACCGA090552GA090553
length9671,146
definitionB6Ng01-294G17.b B6Ng01-294G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,994,711 - 23,995,671)(24,076,985 - 24,078,128)
sequence
gaattccaacatgtctgcacacacagatctagaatacaattaaacccacc
cacccacacactccattctgtcacaatgtatagtctataagataaggaat
ttaatagcaatatatagccatttttttctttctcttgttattgaagaatc
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cacatacacacacacatatatatatgtatatattgtatatataggcacat
acaccccacaataggcaatattttttatatactaaccatgaatatatgat
tttttagtgtattgaaataagaattatgtttgaatttatatataat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_23994711_23995671
seq2: B6Ng01-294G17.b_46_1012

seq1  GAATTCCAACATGTCTGCACACACAGATCTAGAATACAATTAAACCCACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CACCCACACACTCCATTCTGTCACAATGTATAGTCTATAAGATAAGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGCAATATATAGCCATTTTTTTCTTTCTCTTGTTATTGAAGAATC  150

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTCCTTGACTCTATATAGCTTCATAAACAGCATAAAGCATCTACT  200

seq1  GTCAGTGGTTTTACCTAATTACCTACTAATATTTCTCAGAGTCATCCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGGTTTTACCTAATTACCTACTAATATTTCTCAGAGTCATCCTAC  250

seq1  AACCGAAGCAAATAACTTTTCTCCTCTTACTTTCTTAATTTTATTCATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGAAGCAAATAACTTTTCTCCTCTTACTTTCTTAATTTTATTCATCC  300

seq1  CGAAAGTGAAGATTCAATGTAATTGAGCCAGTTACCATAGACAATATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAGTGAAGATTCAATGTAATTGAGCCAGTTACCATAGACAATATATA  350

seq1  TTGCTATATATTTTCCAAACTGTCTCAAATAATTTTAAAGGAGCATACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATATATTTTCCAAACTGTCTCAAATAATTTTAAAGGAGCATACAT  400

seq1  TATTTTTTACTCAATGGCTGTTTGTTTACTTCTCCTTCAAGAAGAAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTACTCAATGGCTGTTTGTTTACTTCTCCTTCAAGAAGAAGGAG  450

seq1  GTGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGAGGAAGAACTCAGAGAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGAGGAAGAACTCAGAGAGCAA  500

seq1  TAATAATTCACAGGAACAAATGTAGTTTCATTATAATGTAGTTTCAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATTCACAGGAACAAATGTAGTTTCATTATAATGTAGTTTCAATAT  550

seq1  TATGAAATGTAGTTTCATAATAAAGGGGATAGGCAATATGGATCACTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAATGTAGTTTCATAATAAAGGGGATAGGCAATATGGATCACTGGT  600

seq1  TAAGAGCCCTTGCTATTCTTGCAGAGGATCTGTGTTTCA-TTCCTGTGGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAGAGCCCTTGCTATTCTTGCAGAGGATCTGTGTTTCATTTCCTGTGGC  650

seq1  ATACCCATGATTCCAA-TTTCAGAGAATCCAAAGCCCTCTTCCAGATTCC  698
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCATGATTCCAATTTTCAGAGAATCCAAAGCCCTCTTCCAGATTCC  700

seq1  ATGGGCATATACAGACACA-GAGGTTCACATAAATAAAAAT-AAACATTA  746
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGGGCATATACAGACACAGGAGGTTCACATAAATAAAAATAAAACATTA  750

seq1  TCTAAATAAAATTTTATAAAGCTATATTGAAACAATACATAAATAGTATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||
seq2  TCTAAATAAAATTTTATAAAGCTATATTGAAACTATACTTAATTAGTATA  800

seq1  CTTTGTAAAAAATATCCAAAATTATACATTGC-AAAAATATTTTCTCACT  845
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAAAAAATATCCAAAATTATACTTTGCAAAAAATATTTTCTCACT  850

seq1  ATAAAATATTGTATTACGTTTTTACTATTCTATTATTTCTGAACCTATGT  895
      | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||
seq2  A-AAAATATTGAATTACGTTTTTACTA-TCTATTAATTCAGAACCTATGT  898

seq1  TAATAAAAAATTAAAACATTGGTT-ATTCTATGAGC-TTAAAGGTGTTTA  943
      ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TAATAAAAAATTAAAAACTTGGTTCATTCTATGAGCTTTAAAGGTGGTTA  948

seq1  AAACGGAC-TCTTACTCCC  961
      || | ||| ||||||||||
seq2  AACCCGACTTCTTACTCCC  967


seq1: chr3_24076985_24078128
seq2: B6Ng01-294G17.g_64_1209 (reverse)

seq1  ATTAT-TATATATTCAAACATTAAATTCTTATTTCATTACACTAAAAAAT  49
      ||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATTATATATAAATTCAAACAT--AATTCTTATTTCAATACACTAAAAAAT  48

seq1  CATAATATCATGGTAAGTAATAT-AAAAATATTGCCTATTGT-GGGTGTA  97
      ||||   ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  CATATATTCATGGTTAGT-ATATAAAAAATATTGCCTATTGTGGGGTGTA  97

seq1  TGTGCCTATATATAC-ATATATACATATATATATGTGTGTGTGTATGTGT  146
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTATATATACAATATATACATATATATATGTGTGTGTGTATGTGT  147

seq1  -CTGTGAATATAATTGTATATATATATATATATATGTATATATATATATG  195
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAATATAATTGTATATATATATATATATATGTATATATATATATG  197

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTCTGTATGTGTGTATATGTCTCTATGTATATATATT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTCTGTATGTGTGTATATGTCTCTATGTATATATATT  247

seq1  TAGAAATATATACATGTTATATATTTTTATATTTATATATATTATATTTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATATATACATGTTATATATTTTTATATTTATATATATTATATTTA  297

seq1  GTAGGATATTGACCTTCACAGAGGAGAAGTTTGTTTGTTTAATATGAATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGATATTGACCTTCACAGAGGAGAAGTTTGTTTGTTTAATATGAATT  347

seq1  ATGGACTATTATAACTATTTAACCGTACTTACCTGGTGATGTCAAGCCTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTATTATAACTATTTAACCGTACTTACCTGGTGATGTCAAGCCTC  397

seq1  TTAGATATCCAACAACATTAGACACTGTTTTAAACTGTGTGACTGTCTGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATCCAACAACATTAGACACTGTTTTAAACTGTGTGACTGTCTGT  447

seq1  ACCTGCAAACTGACAGTTCTCTTTTCTGTAAAAGAAGAAATTGAAAAAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCAAACTGACAGTTCTCTTTTCTGTAAAAGAAGAAATTGAAAAAAA  497

seq1  CTTACTTTTCTATATTCTAGTGTGTGTTCCCCTCTAAATATTAGAATTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTTTCTATATTCTAGTGTGTGTTCCCCTCTAAATATTAGAATTTG  547

seq1  TTTATTTAGAACCATCAGCAAAATAATTCCATGAAATTCAATTTTTCTCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAGAACCATCAGCAAAATAATTCCATGAAATTCAATTTTTCTCA  597

seq1  CATAGCTAAAGTTATACTTTTTGTTGACAAGCATTAACAATGTTTTAGAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTAAAGTTATACTTTTTGTTGACAAGCATTAACAATGTTTTAGAC  647

seq1  AGACACTGTTTTAGGTATGTTAATTCATGATGACTTGGAGACTACTGCTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTGTTTTAGGTATGTTAATTCATGATGACTTGGAGACTACTGCTT  697

seq1  GCTTCCTGCATTTGAAAGCCATGGAGAGACATCTCTATACCTCATATTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGCATTTGAAAGCCATGGAGAGACATCTCTATACCTCATATTTG  747

seq1  TTATAGCACCGGCTCCAAATCAAGAACACGCAGGTAATTGTTGCTGTTGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCACCGGCTCCAAATCAAGAACACGCAGGTAATTGTTGCTGTTGC  797

seq1  TGAGAAAGTTATACTTTGCAGAAGGAGACAGAGGATAAAGGGAAGATACA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGTTATACTTTGCAGAAGGAGACAGAGGATAAAGGGAAGATACA  847

seq1  GCTGATTCTGTAAAAGTTAATACTTTCCTGTCTTCATAAAAGGACAGCAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTCTGTAAAAGTTAATACTTTCCTGTCTTCATAAAAGGACAGCAC  897

seq1  ACATTTTCTCTGTGGGACTCGCTGTTATATTAAGAGTTGAAAAGAATATA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCTCTGTGGGACTCGCTGTTATATTAAGAGTTGAAAAGAATATA  947

seq1  TAAAATATTTTACAAGTTAACATCTCTAATTTCCATTTTCAAATATATAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTTTACAAGTTAACATCTCTAATTTCCATTTTCAAATATATAC  997

seq1  CCTATTTTCACAGATTGTATAATAAAGCCATACTAATTTCTCTACTTTTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTTCACAGATTGTATAATAAAGCCATACTAATTTCTCTACTTTTT  1047

seq1  TGTTTAAAATATTTTATGTATTTTATGTATTGCATGCATGTGTTTTTGTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAAATATTTTATGTATTTTATGTATTGCATGCATGTGTTTTTGTG  1097

seq1  TATCACATGTGTGCACTGCCCATGAAGGACAACAGAAGGCATTGAATTC  1144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACATGTGTGCACTGCCCATGAAGGACAACAGAAGGCATTGAATTC  1146


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