BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294H10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 155,499,284 - 155,628,763
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTnni3k, Fpgt, Lrrc44, EG383956, Scp2-ps1, EG668902
Downstream geneLOC624519, LOC100040901, 4930570G19Rik, Negr1, LOC100041152, LOC668853
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294H10.bB6Ng01-294H10.g
ACCGA090582GA090583
length1,148894
definitionB6Ng01-294H10.b B6Ng01-294H10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,627,618 - 155,628,763)(155,499,284 - 155,500,394)
sequence
gaattcagtgatgtaccattcctgggttgtcatttattctgatgggccgc
tatagtaaagcaaatgcattggcctcactatattcctgtaaggaatcctg
gggccacactcctgtaacgcctcaggagtaaatacttataaccatcctcg
tgtgaataacttctcacccctcattctgttaataatcatctaaccattaa
tgtctaatctttcacacatgatcctatcaagatccctgtgctcaccaatg
ctcatgtcattatctcctcatccatgttctcagaatcaatgccttgtcca
cattcctatgagcaacacctctcccgtaacctgggatcaaactttgatac
aagcagcagttaatatccccacagacatgctcccatgatcaaccctttac
atatgctctggtatttagaacaaacccttcggctcactgagttagattga
gaaggaatggattctctttttgttgtttccagttgctgtagggtaaatag
atatttattttcatctccctaggaaagctcacagcacagcaagcagaaat
taaagagcccagtgtgctctgagcacaactgtgatctctatctttcttta
acccaaaggtaaacccaatccttaaaattcttgaggacaagactggagat
atggctcaatgcttaagagtattggctacttgtccaaagacccttgattc
aattctgagcacccacatggcattttacaactgtctataactccagttac
tggagatcgaatgcctttttctggcttctgcgggaatatcaaagtataaa
caatattttcttttgttgaaagtctaaacagagatgttttgagaaagtca
actgtcttagaaggatttaatagcctacaattaagaaattaagatttggg
gtttattctatggtatcagtatttgtctacagaatattataggattgaga
aatagcttaggggtgcattttgtttcccaacacatatattttgatttgaa
gtattttccttatattcagtatgtttattaattatggagtgctagatata
acccttcaaattttagagtattcagtatacaagacttgcttaacacactt
ttaaaatttaaattatatcaattttgtatttcctctgacagacaattt

gaattcctacatgcaacaaacacatctctatatcaaagagagacatttcc
tcagaggaaagggttggaaaattattttccaagaaagtggacacaagaaa
taaaatggtgtcgctatacaaatatctaacaaaatagacctcaaaccaaa
attactcaaatgaggtaggaaaggacacttcatactcctcaaataaaaag
tgtaccaagataatttttaataaatatttcatttaagcttctaataaata
cagttaaagaactgagtacgtgaagcaacatgaaaattgtccctttcaga
aataatattacataaaatagaaaatctaaaaaatattattgtctatcttc
cagaaaaatgaatttaaagatgatattttaaagaataaatgtcaacaaat
tacataatgcagtgaactaatataactattacataatgcagtgagcatgg
gactagagtgagaaattatgactacagttacaataattaaatcatcaatt
atttttgaattcccagaaatagaagtatgaccatatgttgtcagtgaatg
cggtgaaaaatcaagtatatttacaaatttagaaaaacagaggtgtgatg
aagacaacctgattctatgactctttattaagcttatgtcaagtaaaata
atcatgtggttagaaaattctcactttactttgaatgtataaaccaaaat
ttcatattacatggaaaattacataagacatgtacttcattatagaaatg
gaaaactgtttttgtatcacaaagtaataccacacagtaaaagaagttag
taggaattatgaacatctcacattcatctcagtaattttcaaaaattgtt
aggtaaattccaaaagtacctcgtgattgaattgagattctaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_155627618_155628763
seq2: B6Ng01-294H10.b_47_1194 (reverse)

seq1  AAATTGTCTGTCAGAG--AATACAAAA-TGATATATTTAATGTTTTAAAA  47
      ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || |  ||||||||
seq2  AAATTGTCTGTCAGAGGAAATACAAAATTGATATAATTTAAATTTTAAAA  50

seq1  GTGGTGTT-AGCAAGTC-TGTATACTGAATACTCTAAAATTTTGAGGGTT  95
      || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  GT-GTGTTAAGCAAGTCTTGTATACTGAATACTCTAAAATTTGAAGGGTT  99

seq1  ATATCTAGCACTCCATATTTAATTAAACATACTGAATATAAGG-AAATAC  144
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATATCTAGCACTCCATAATTAA-TAAACATACTGAATATAAGGAAAATAC  148

seq1  TTCAAATTCAAAATATATTGTGTTGGGAAACAAAATGCA-CCCTAAGCTA  193
      |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTCAAA-TCAAAATATA-TGTGTTGGGAAACAAAATGCACCCCTAAGCTA  196

seq1  TTTTCTCAATCCTATAATATTCTGTAGACAAATACTGATACCATAGAATA  243
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTCTCAATCCTATAATATTCTGTAGACAAATACTGATACCATAGAATA  245

seq1  AACCCCAAATCTTAATTTCTTAATTGTAGGCTATTAAATCCTTCTAAGAC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCAAATCTTAATTTCTTAATTGTAGGCTATTAAATCCTTCTAAGAC  295

seq1  AGTTGACTTTCTCAAAACATCTCTGTTTAGACTTTCAACAAAAGAAAATA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGACTTTCTCAAAACATCTCTGTTTAGACTTTCAACAAAAGAAAATA  345

seq1  TTGTTTATACTTTGATATTCCCGCAGAAGCCAGAAAAAGGCATTCGATCT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATACTTTGATATTCCCGCAGAAGCCAGAAAAAGGCATTCGATCT  395

seq1  CCAGTAACTGGAGTTATAGACAGTTGTAAAATGCCATGTGGGTGCTCAGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAACTGGAGTTATAGACAGTTGTAAAATGCCATGTGGGTGCTCAGA  445

seq1  ATTGAATCAAGGGTCTTTGGACAAGTAGCCAATACTCTTAAGCATTGAGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAATCAAGGGTCTTTGGACAAGTAGCCAATACTCTTAAGCATTGAGC  495

seq1  CATATCTCCAGTCTTGTCCTCAAGAATTTTAAGGATTGGGTTTACCTTTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTCCAGTCTTGTCCTCAAGAATTTTAAGGATTGGGTTTACCTTTG  545

seq1  GGTTAAAGAAAGATAGAGATCACAGTTGTGCTCAGAGCACACTGGGCTCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAAGAAAGATAGAGATCACAGTTGTGCTCAGAGCACACTGGGCTCT  595

seq1  TTAATTTCTGCTTGCTGTGCTGTGAGCTTTCCTAGGGAGATGAAAATAAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCTGCTTGCTGTGCTGTGAGCTTTCCTAGGGAGATGAAAATAAA  645

seq1  TATCTATTTACCCTACAGCAACTGGAAACAACAAAAAGAGAATCCATTCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATTTACCCTACAGCAACTGGAAACAACAAAAAGAGAATCCATTCC  695

seq1  TTCTCAATCTAACTCAGTGAGCCGAAGGGTTTGTTCTAAATACCAGAGCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAATCTAACTCAGTGAGCCGAAGGGTTTGTTCTAAATACCAGAGCA  745

seq1  TATGTAAAGGGTTGATCATGGGAGCATGTCTGTGGGGATATTAACTGCTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAAGGGTTGATCATGGGAGCATGTCTGTGGGGATATTAACTGCTG  795

seq1  CTTGTATCAAAGTTTGATCCCAGGTTACGGGAGAGGTGTTGCTCATAGGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATCAAAGTTTGATCCCAGGTTACGGGAGAGGTGTTGCTCATAGGA  845

seq1  ATGTGGACAAGGCATTGATTCTGAGAACATGGATGAGGAGATAATGACAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGACAAGGCATTGATTCTGAGAACATGGATGAGGAGATAATGACAT  895

seq1  GAGCATTGGTGAGCACAGGGATCTTGATAGGATCATGTGTGAAAGATTAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTGGTGAGCACAGGGATCTTGATAGGATCATGTGTGAAAGATTAG  945

seq1  ACATTAATGGTTAGATGATTATTAACAGAATGAGGGGTGAGAAGTTATTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAATGGTTAGATGATTATTAACAGAATGAGGGGTGAGAAGTTATTC  995

seq1  ACACGAGGATGGTTATAAGTATTTACTCCTGAGGCGTTACAGGAGTGTGG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGAGGATGGTTATAAGTATTTACTCCTGAGGCGTTACAGGAGTGTGG  1045

seq1  CCCCAGGATTCCTTACAGGAATATAGTGAGGCCAATGCATTTGCTTTACT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGATTCCTTACAGGAATATAGTGAGGCCAATGCATTTGCTTTACT  1095

seq1  ATAGCGGCCCATCAGAATAAATGACAACCCAGGAATGGTACATCACTGAA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCGGCCCATCAGAATAAATGACAACCCAGGAATGGTACATCACTGAA  1145

seq1  TTC  1146
      |||
seq2  TTC  1148


seq1: chr3_155499284_155500394
seq2: B6Ng01-294H10.g_67_1175

seq1  GAATTCCTACATGCAACAAACACATCTCTATATCAAAGAGAGACATTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACATGCAACAAACACATCTCTATATCAAAGAGAGACATTTCC  50

seq1  TCAGAGGAAAGGGTTGGAAAATTATTTTCCAAGAAAGTGGACACAAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGAAAGGGTTGGAAAATTATTTTCCAAGAAAGTGGACACAAGAAA  100

seq1  TAAAATGGTGTCGCTATACAAATATCTAACAAAATAGACCTCAAACCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGGTGTCGCTATACAAATATCTAACAAAATAGACCTCAAACCAAA  150

seq1  ATTACTCAAATGAGGTAGGAAAGGACACTTCATACTCCTCAAATAAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCAAATGAGGTAGGAAAGGACACTTCATACTCCTCAAATAAAAAG  200

seq1  TGTACCAAGATAATTTTTAATAAATATTTCATTTAAGCTTCTAATAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCAAGATAATTTTTAATAAATATTTCATTTAAGCTTCTAATAAATA  250

seq1  CAGTTAAAGAACTGAGTACGTGAAGCAACATGAAAATTGTCCCTTTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAAGAACTGAGTACGTGAAGCAACATGAAAATTGTCCCTTTCAGA  300

seq1  AATAATATTACATAAAATAGAAAATCTAAAAAATATTATTGTCTATCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATATTACATAAAATAGAAAATCTAAAAAATATTATTGTCTATCTTC  350

seq1  CAGAAAAATGAATTTAAAGATGATATTTTAAAGAATAAATGTCAACAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAATGAATTTAAAGATGATATTTTAAAGAATAAATGTCAACAAAT  400

seq1  TACATAATGCAGTGAACTAATATAACTATTACATAATGCAGTGAGCATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATGCAGTGAACTAATATAACTATTACATAATGCAGTGAGCATGG  450

seq1  GACTAGAGTGAGAAATTATGACTACAGTTACAATAATTAAATCATCAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGAGTGAGAAATTATGACTACAGTTACAATAATTAAATCATCAATT  500

seq1  ATTTTTGAATTCCCAGAAATAGAAGTATGACCATATGTTGTCAGTGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGAATTCCCAGAAATAGAAGTATGACCATATGTTGTCAGTGAATG  550

seq1  CGGTGAAAAATCAAGTATATTTACAAATTTAGAAAAACAGAGGTGTGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGAAAAATCAAGTATATTTACAAATTTAGAAAAACAGAGGTGTGATG  600

seq1  AAGACAACCTGATTCTATGACTCTTTATTAAGCTTATGTCAAGTAAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAACCTGATTCTATGACTCTTTATTAAGCTTATGTCAAGTAAAATA  650

seq1  ATCATGTGGTTAGAAAATTCTCACTTTACTTTGAATGTATAAACCAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTGGTTAGAAAATTCTCACTTTACTTTGAATGTATAAACCAAAAT  700

seq1  TTCATATTACATGGAAAATTACATAAGACATGTACTTCATTATAGAAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTACATGGAAAATTACATAAGACATGTACTTCATTATAGAAATG  750

seq1  GAAAACTGTTTTTGTATCACAAAGTAATACCACACAGTAAAAGAAGTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTGTTTTTGTATCACAAAGTAATACCACACAGTAAAAGAAGTTAG  800

seq1  TAGGAATTATGAACATCTCACATTCATCTCAGTAATTTTCAAAAATTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATTATGAACATCTCACATTCATCTCAGTAATTTTCAAAAATTGTT  850

seq1  AGGTAAATTCCAAAAGTACCTCGTGATTGAATTGAGATTCTAAG--GGCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
seq2  AGGTAAATTCCAAAAGTACCTCGTGATTGAATTGAGATTCTAAGNNNNNN  900

seq1  TTTCTTTTGCTTATTGAAGAACATCAAGAAAAGATTTAACCCATAATGGT  948
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  NNNNNNNNNNNTATTGAAGAACATCAAGAAAAGATTTAACCCATAATGGT  950

seq1  TTTCTTGTAAGATAATGAAGAGCAAGATGTCCTGTTT-CACTTCAGGAGC  997
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||   |
seq2  TTTCTTGTAAGATAATGAAGAGC-AGATGTCCTGTTTCCACTTCAGAGCC  999

seq1  TCCATCCATGGCAACTTGATATGATTAAGACAGGGAAGGACAGGAGTGAA  1047
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| 
seq2  TCCATCCAT-GCAACTTGATATGA-TAAGACAGGGAAGGAACAGAGTGAG  1047

seq1  GCAAAACTTCAGTTTGTTGTTTTTTT-GTAGATGGTCTTAGGATTCTCTA  1096
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||   ||||| 
seq2  GCAAACCTTCAGTTTGTTGTTTTTTTGGTAGATTGTC-TAG--ATCTCT-  1093

seq1  AAACAAG-AGAAAAGA  1111
      ||||||| ||||||||
seq2  AAACAAGAAGAAAAGA  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |