BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294H15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 148,979,718 - 149,085,375
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG381483
Upstream geneLOC100040354, Lphn2, LOC100040368, LOC668893
Downstream geneLOC100040620, LOC100040633
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294H15.bB6Ng01-294H15.g
ACCGA090592GA090593
length1,1721,090
definitionB6Ng01-294H15.b B6Ng01-294H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,084,199 - 149,085,375)(148,979,718 - 148,980,804)
sequence
gaattcagaaaggagggtgtgtgacctaacgttctgctctgcattaaagg
atgtgttttatggtgagaactgtccaagccaagcctgatcagattctgaa
ataagtactcacacaaactcctttgttttcacatgacaggcagaccatgt
ctatccttgactctgaagtctagtgggttactgtcagtgaaagaagtaat
attatcataatcaatagcattattatatcctctgtggtggagattaaata
atccacaagacatactatagaatttgaatgatggttttcataaaccaatc
attatttacatacttagagaggcaagtttgtttatttacttatattcact
cactcagtcagtcattcagtcagtctgtgtgcttgagatcaggtctcatg
tagccctgactgtccttgaacttgctcgatagtctagggtgactctggtc
ttctgatttgcctggttaacctctcaagggttgggactccaggtatgagc
caccgcagcgactcatactgttctgaagatcaaacccagtggctcatgca
tgcttggcaggagctttaccaattgagctgcactcccagcccccaagatg
cttacatccaccaggtttactgatatccatggttcaagagtctcagaaac
ataaagcccaaaccttctcaaggtttaatctcagataaaagctcttgttg
gaaagattacatggactttgaaacttacacaagcttgaaaactgccccaa
atgttggacttctctgaggacatatatttaaagatataacaataatactt
cgatacaaaattgaagtgagtgcctgtaacatatgtgcctttcaccttat
tttttctagtaatacatcaaagcaaccgagttggttttcaaaaatgagga
gggaagtggaatttcatctgaaacttaaaagcacctgagttcaggacttt
gtggatttatattttcatgttttaaaaataacacattttttttcagtttt
ttttttctcccaaagagtgcaggccccagtcccatgcacagcatggcaag
gcatttcggaaggacagagcccggaataacagaaccgggagtctgtctat
gtctaggaaggatgggggagagtatccagcaatgtgtgctggactgttcc
aattccaagcagtatcaaggaa

gaattcaacataagtatgatatgatatgttcaacgtgaattgataagtaa
ggactttctaggtgtgcacacaaggtagaatcagatgggtgcacgaggca
gaaaggtttggtcttagaatggtggctaagtggggactggagatgtagct
cagtctgtagcgtgctgcaaaacacgctaaaggtcccgagttcaaacatc
agctctgcataaaatgtagcatattgctgcatgcctgtaatcttggcact
tggtaggtggaatcagtcatttcagaagttcaaggtcatatcctgagttc
catagtgagttcatgggtagtcccagaagcacacatggcctgcctgtgtg
catagaacaagaataaataacgtaaagtaaaattgactattttgaagaaa
gctgttctttaggattttccacccattactactttttcaataggcttggc
tacaaactcccaaattcagtgattcccctgcctcagtctcccaagtagct
gagattacaggtgcatgccactgcacctggctcctactgtcttcagaatt
tgaaattacttttcaacttccaaacaatagcactttaatagactaagtct
aatccaggtaacaacttgattcacatagtgatgtgtgtgtgtttacatat
ataagactgctagacagtggtggcacacgcctttaatcccagcacttggg
aggcagaggcaggcagatttctgagtttgaggccagcttggtctacagag
tgagttccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtcttgaaaaac
aaaaaaacaaaacaaaacaaaaacacaaatataaaaccacgactgtaaaa
ccctagtaataaatagtgtccttttaatctgtagtgtggcggagaaggtt
ttagcaagatacaagtggcaataagttcccaatgacattaaagcaagatt
tcatcggctgaatgcaaatgaacatattacgagtaaatagagaagtgtaa
acattccacgaaaaagtcgagaatttaaaacaatatcagtgtagaagggg
gaaagttcattggtcattcctctccatctggagaataggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_149084199_149085375
seq2: B6Ng01-294H15.b_50_1221 (reverse)

seq1  TTCCTTGATTACTGCTTGGAAATGGGACAGCCCAGCCACAACATGTGCTT  50
      |||||||| |||||||||||| ||| |||| |||| ||| |||| ||| |
seq2  TTCCTTGA-TACTGCTTGGAATTGGAACAGTCCAG-CAC-ACAT-TGC-T  45

seq1  TGATAC-CTCCCCCATCCTTCTAAAGACATAAGAACAGACTCCGGGTTCT  99
       ||||| ||||||||||||||   |||||||   ||||||||| ||||||
seq2  GGATACTCTCCCCCATCCTTC-CTAGACATA--GACAGACTCCCGGTTCT  92

seq1  GTTATT-CGGGCTCTGGTTCTT-CGGAATGCC-TGCCATGCTGTGCATGG  146
      |||||| |||||||| || ||| || |||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTATTCCGGGCTCT-GTCCTTCCGAAATGCCTTGCCATGCTGTGCATGG  141

seq1  GACTGGGGCCTGCACTCTTTGGGGAGAAAAAAAAAACCTGAAAAAAATGT  196
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  GACTGGGGCCTGCACTCTTT-GGGAGAAAAAAAAAACTGAAAAAAAATGT  190

seq1  G-TATTTTTAAAACATGAAAATATAAATCCACAAAGTCCTGAACTCAGGT  245
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTTAAAACATGAAAATATAAATCCACAAAGTCCTGAACTCAGGT  240

seq1  GCTTTTAAGTTTCAGATGAAATTCCACCTCCCTCCTCATTTTTGAAAACC  295
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTAAGTTTCAGATGAAATTCCACTTCCCTCCTCATTTTTGAAAACC  290

seq1  AACTCGGTTGCTTTGATGTATTACTAGAAAAAATAAGGTGAAAGGCACAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCGGTTGCTTTGATGTATTACTAGAAAAAATAAGGTGAAAGGCACAT  340

seq1  ATGTTACAGGCACTCACTTCAATTTTGTATCGAAGTATTATTGTTATATC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACAGGCACTCACTTCAATTTTGTATCGAAGTATTATTGTTATATC  390

seq1  TTTAAATATATGTCCTCAGAGAAGTCCAACATTTGGGGCAGTTTTCAAGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATATATGTCCTCAGAGAAGTCCAACATTTGGGGCAGTTTTCAAGC  440

seq1  TTGTGTAAGTTTCAAAGTCCATGTAATCTTTCCAACAAGAGCTTTTATCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAAGTTTCAAAGTCCATGTAATCTTTCCAACAAGAGCTTTTATCT  490

seq1  GAGATTAAACCTTGAGAAGGTTTGGGCTTTATGTTTCTGAGACTCTTGAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTAAACCTTGAGAAGGTTTGGGCTTTATGTTTCTGAGACTCTTGAA  540

seq1  CCATGGATATCAGTAAACCTGGTGGATGTAAGCATCTTGGGGGCTGGGAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGATATCAGTAAACCTGGTGGATGTAAGCATCTTGGGGGCTGGGAG  590

seq1  TGCAGCTCAATTGGTAAAGCTCCTGCCAAGCATGCATGAGCCACTGGGTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTCAATTGGTAAAGCTCCTGCCAAGCATGCATGAGCCACTGGGTT  640

seq1  TGATCTTCAGAACAGTATGAGTCGCTGCGGTGGCTCATACCTGGAGTCCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTCAGAACAGTATGAGTCGCTGCGGTGGCTCATACCTGGAGTCCC  690

seq1  AACCCTTGAGAGGTTAACCAGGCAAATCAGAAGACCAGAGTCACCCTAGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTGAGAGGTTAACCAGGCAAATCAGAAGACCAGAGTCACCCTAGA  740

seq1  CTATCGAGCAAGTTCAAGGACAGTCAGGGCTACATGAGACCTGATCTCAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCGAGCAAGTTCAAGGACAGTCAGGGCTACATGAGACCTGATCTCAA  790

seq1  GCACACAGACTGACTGAATGACTGACTGAGTGAGTGAATATAAGTAAATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACAGACTGACTGAATGACTGACTGAGTGAGTGAATATAAGTAAATA  840

seq1  AACAAACTTGCCTCTCTAAGTATGTAAATAATGATTGGTTTATGAAAACC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACTTGCCTCTCTAAGTATGTAAATAATGATTGGTTTATGAAAACC  890

seq1  ATCATTCAAATTCTATAGTATGTCTTGTGGATTATTTAATCTCCACCACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCAAATTCTATAGTATGTCTTGTGGATTATTTAATCTCCACCACA  940

seq1  GAGGATATAATAATGCTATTGATTATGATAATATTACTTCTTTCACTGAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATATAATAATGCTATTGATTATGATAATATTACTTCTTTCACTGAC  990

seq1  AGTAACCCACTAGACTTCAGAGTCAAGGATAGACATGGTCTGCCTGTCAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACCCACTAGACTTCAGAGTCAAGGATAGACATGGTCTGCCTGTCAT  1040

seq1  GTGAAAACAAAGGAGTTTGTGTGAGTACTTATTTCAGAATCTGATCAGGC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAACAAAGGAGTTTGTGTGAGTACTTATTTCAGAATCTGATCAGGC  1090

seq1  TTGGCTTGGACAGTTCTCACCATAAAACACATCCTTTAATGCAGAGCAGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTGGACAGTTCTCACCATAAAACACATCCTTTAATGCAGAGCAGA  1140

seq1  ACGTTAGGTCACACACCCTCCTTTCTGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTAGGTCACACACCCTCCTTTCTGAATTC  1172


seq1: chr3_148979718_148980804
seq2: B6Ng01-294H15.g_67_1156

seq1  GAATTCAACATAAGTATGATATGATATGTTCAACGTGAATTGATAAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATAAGTATGATATGATATGTTCAACGTGAATTGATAAGTAA  50

seq1  GGACTTTCTAGGTGTGCACACAAGGTAGAATCAGATGGGTGCACGAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTCTAGGTGTGCACACAAGGTAGAATCAGATGGGTGCACGAGGCA  100

seq1  GAAAGGTTTGGTCTTAGAATGGTGGCTAAGTGGGGACTGGAGATGTAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTTTGGTCTTAGAATGGTGGCTAAGTGGGGACTGGAGATGTAGCT  150

seq1  CAGTCTGTAGCGTGCTGCAAAACACGCTAAAGGTCCCGAGTTCAAACATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGTAGCGTGCTGCAAAACACGCTAAAGGTCCCGAGTTCAAACATC  200

seq1  AGCTCTGCATAAAATGTAGCATATTGCTGCATGCCTGTAATCTTGGCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGCATAAAATGTAGCATATTGCTGCATGCCTGTAATCTTGGCACT  250

seq1  TGGTAGGTGGAATCAGTCATTTCAGAAGTTCAAGGTCATATCCTGAGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGTGGAATCAGTCATTTCAGAAGTTCAAGGTCATATCCTGAGTTC  300

seq1  CATAGTGAGTTCATGGGTAGTCCCAGAAGCACACATGGCCTGCCTGTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGAGTTCATGGGTAGTCCCAGAAGCACACATGGCCTGCCTGTGTG  350

seq1  CATAGAACAAGAATAAATAACGTAAAGTAAAATTGACTATTTTGAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAACAAGAATAAATAACGTAAAGTAAAATTGACTATTTTGAAGAAA  400

seq1  GCTGTTCTTTAGGATTTTCCACCCATTACTACTTTTTCAATAGGCTTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCTTTAGGATTTTCCACCCATTACTACTTTTTCAATAGGCTTGGC  450

seq1  TACAAACTCCCAAATTCAGTGATTCCCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACTCCCAAATTCAGTGATTCCCCTGCCTCAGTCTCCCAAGTAGCT  500

seq1  GAGATTACAGGTGCATGCCACTGCACCTGGCTCCTACTGTCTTCAGAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTACAGGTGCATGCCACTGCACCTGGCTCCTACTGTCTTCAGAATT  550

seq1  TGAAATTACTTTTCAACTTCCAAACAATAGCACTTTAATAGACTAAGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTACTTTTCAACTTCCAAACAATAGCACTTTAATAGACTAAGTCT  600

seq1  AATCCAGGTAACAACTTGATTCACATAGTGATGTGTGTGTGTTTACATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGGTAACAACTTGATTCACATAGTGATGTGTGTGTGTTTACATAT  650

seq1  ATAAGACTGCTAGACAGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACTGCTAGACAGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGG  700

seq1  AGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCTTGGTCTACAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCTTGGTCTACAGAG  750

seq1  TGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAAC  800

seq1  AAAAAAACAAAACAAAACAAAAACACAAATATAAAACCACGACTGTAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACAAAACAAAACAAAAACACAAATATAAAACCACGACTGTAAAA  850

seq1  CCCTAGTAATAAATAGTGTCC-TTTAATCTGTAGTGTGGCGGAGAAGGTT  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGTAATAAATAGTGTCCTTTTAATCTGTAGTGTGGCGGAGAAGGTT  900

seq1  TTAGCAAGATACAAGTGGCAATAAGTTCCCAATGACATTAAAGCAAGATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAAGATACAAGTGGCAATAAGTTCCCAATGACATTAAAGCAAGATT  950

seq1  TCATCGGCTGAATGCAAATGAACATAATTACGAGTAAATAGAGAAGTGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCGGCTGAATGCAAATGAACAT-ATTACGAGTAAATAGAGAAGTGTA  999

seq1  AACAATTCACGAAAAAGTTCGAGAA-TTAAAACAATATCAGTGTAG-AGG  1047
      |||| | |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  AACATTCCACGAAAAAG-TCGAGAATTTAAAACAATATCAGTGTAGAAGG  1048

seq1  GGGAAAGTTCATTTGTCATT-CTCT-CATCTGGAGAATAGGC  1087
      ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGTTCATTGGTCATTCCTCTCCATCTGGAGAATAGGC  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |