BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295D16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 143,995,386 - 144,145,886
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC545572, Hs2st1
Upstream gene1700001N15Rik, EG668889, EG621809, LOC100039938, LOC100039952, Lmo4
Downstream geneSep15, LOC435761, Sh3glb1, LOC668890, Clca1, Clca2, Clca4, EG622139, AI747448, Clca6, Clca3, Clca5, Odf2l, Col24a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295D16.bB6Ng01-295D16.g
ACCGA091150GA091151
length1,1371,160
definitionB6Ng01-295D16.b B6Ng01-295D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,144,760 - 144,145,886)(143,995,386 - 143,996,547)
sequence
gaattctgggggcttttcagaggatatctaaatacaggagcccccaacag
aggttggccggtttgttaagcagttgtgcacaaagaagagatgagaagaa
gttagataccctgatggcaaagatcaaacttgctgcaaggaacttgacac
gccgaatcagcacaaagttgtctaaggttatcttcacacacacacccctc
cttttttcttttccactttgtgttaggggcttgaaagggtggaagaagag
gtgcagagaaaggtggagaaagaagaacccacaaagtagccagaggtccg
gttacagagacctcaacccaggctgtgaaccctcagtcacacaccttccc
aagcaggttcactaagtgggactaagtgttcacatacatgacccctgagg
gacaaatattcctattaataaacataaaatccttctgaacacacaaaaga
gaccctgggcctccttcatatgaagtcagatttctgtttagcaagcattg
acttctttatcaaaaatgtggccccagaattcttactactccttgaaagg
cttggccatatgagcatgtctgtctcctctcccttccatccttccatttg
ctcatggggaatagagtcaaggcctggcatcctgctccatctgtcttagc
taacaggatcaacacagtttaaatctcagcagcgtgctgagcgccctctc
caagtgagtagacagaattctctgtagtaggactgctgtccagaaccaga
ggtagtttgtcagatgacagatctaggtctaagatgcgtgcttacaaatt
gatggtctaagtttcttatgtgtgatattggagaggaaagcatacctaga
agggatttgtctcaggagctgaggagggtcagcctgaaatctgactcaat
catttttaaatctgcatagtaacatgattaccagagttttccttcggtgt
gttcagtcattcagtcaataactaattgattcctcctaccacaagtatac
cctttgcaatgctctgagcgtgaagcggccagtgaatgcttgctcagtgt
ctcacagcttctcccccttccatgctgctcagtgtctcacaagcatctcc
cccccttcccatgcctgcttcagtgatctcacagctc
gaattcagtaattcagtcaaccccgttctgcatattgacacaggaggtgt
aactcacagcgagtcaattgttatgcatcactgcataatcacttctgtca
tccatccctgtccttctccatcaaggctgtggcaggcaggcagcggaggc
tgcatatttccccagagagtgagtgtgcacagggactgtgctgtggaacc
agcctcctcggcaggataacaagtccattctgtctgacggacagctccag
tcttgtcttgttgctttgttttgttgttgctgttgttgctgttgttgttg
ttgttgttgctgctgctgctgttgttattcctagtgtgaagggaatcaag
ccccccaccccccatattttgcctttgtccctgacactcccctgctcagc
cttactcaggagcactggccttctgactccagcaggtcacacttcacacc
cccactgagtcatcccttgatgttatttctttagcgtctcaccctcttct
agctctaaaatacctctgagatggtctctagccactagccattcaagcct
ttcccctgagctggctcaaacctgccattccaaccttgtttcccactaag
gtccaattcagctttctgggacagaaagctggtgtcctcagtggtctggt
gtctttggtcccctgaagaactgcaacctgccctggaccccagtgtgtac
acactctgtgctttaaccaagggtcagtccaatcctcaccatggctggaa
cccacagtatcctgtccttctctgcactcacgcctgtgcccctgacagtg
ggtgacttgcactcatgcctgcacccctgacagggggtgacttgcatcta
cacctgctctcctgacagtgggtgacttgtactcatgcctgcacctctga
tagtgggtgacttgcactcacacctacgcccctgacagtgggtgacttgc
actcatgcctatgcccctgacagtgggtgactgtcctttctcactcacat
atggatcacatgactaatttcattggttgtgtatcagcaccctctttggg
gaacggtggttctctgaagccagtgacatccttcattgtatatttgtctc
catgagaaaccacggacaagcatttaactgaaccttcactgttctctctc
agaaagaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_144144760_144145886
seq2: B6Ng01-295D16.b_49_1185 (reverse)

seq1  GAGCTGTGAGA-CACTG-AGCA-GCATGGGA--GGGGGGAGAAGC-TGTG  44
      ||||||||||| ||||| |||| ||||||||  ||||||||| || ||||
seq2  GAGCTGTGAGATCACTGAAGCAGGCATGGGAAGGGGGGGAGATGCTTGTG  50

seq1  AGACACTGAGCAGCATGGGAGGGGGGAGAAGCTGTGAGACACTGAGC-AG  93
      |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGACACTGAGCAGCAT-GGAAGGGGGAGAAGCTGTGAGACACTGAGCAAG  99

seq1  CA-TCACTGGCCGCTTCACGCTCAGAGCATTGCAA--GGTATAC-TGTGG  139
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||
seq2  CATTCACTGGCCGCTTCACGCTCAGAGCATTGCAAAGGGTATACTTGTGG  149

seq1  TAGGAGGAATCAATTAGTTA-TGACTGAATGACTGAACACACCGAAGGAA  188
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGAATCAATTAGTTATTGACTGAATGACTGAACACACCGAAGGAA  199

seq1  AACTCTGGTAATCATGTTACTATGCAGATTTAAAAATGATTGAGTCAGAT  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGTAATCATGTTACTATGCAGATTTAAAAATGATTGAGTCAGAT  249

seq1  TTCAGGCTGACCCTCCTCAGCTCCTGAGACAAATCCCTTCTAGGTATGCT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGCTGACCCTCCTCAGCTCCTGAGACAAATCCCTTCTAGGTATGCT  299

seq1  TTCCTCTCCAATATCACACATAAGAAACTTAGACCATCAATTTGTAAGCA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCCAATATCACACATAAGAAACTTAGACCATCAATTTGTAAGCA  349

seq1  CGCATCTTAGACCTAGATCTGTCATCCTGACAAACTACCTCTGGTTCTGG  388
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATCTTAGACCTAGATCTGTCAT-CTGACAAACTACCTCTGGTTCTGG  398

seq1  ACAGCAGTCCTACTACAGAGAATTCTGTCTACTCACTTGGAGAGGGCGCT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTCCTACTACAGAGAATTCTGTCTACTCACTTGGAGAGGGCGCT  448

seq1  CAGCACGCTGCTGAGATTTAAACTGTGTTGATCCTGTTAGCTAAGACAGA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACGCTGCTGAGATTTAAACTGTGTTGATCCTGTTAGCTAAGACAGA  498

seq1  TGGAGCAGGATGCCAGGCCTTGACTCTATTCCCCATGAGCAAATGGAAGG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCAGGATGCCAGGCCTTGACTCTATTCCCCATGAGCAAATGGAAGG  548

seq1  ATGGAAGGGAGAGGAGACAGACATGCTCATATGGCCAAGCCTTTCAAGGA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGGGAGAGGAGACAGACATGCTCATATGGCCAAGCCTTTCAAGGA  598

seq1  GTAGTAAGAATTCTGGGGCCACATTTTTGATAAAGAAGTCAATGCTTGCT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAAGAATTCTGGGGCCACATTTTTGATAAAGAAGTCAATGCTTGCT  648

seq1  AAACAGAAATCTGACTTCATATGAAGGAGGCCCAGGGTCTCTTTTGTGTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAATCTGACTTCATATGAAGGAGGCCCAGGGTCTCTTTTGTGTG  698

seq1  TTCAGAAGGATTTTATGTTTATTAATAGGAATATTTGTCCCTCAGGGGTC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAGGATTTTATGTTTATTAATAGGAATATTTGTCCCTCAGGGGTC  748

seq1  ATGTATGTGAACACTTAGTCCCACTTAGTGAACCTGCTTGGGAAGGTGTG  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGAACACTTAGTCCCACTTAGTGAACCTGCTTGGGAAGGTGTG  798

seq1  TGACTGAGGGTTCACAGCCTGGGTTGAGGTCTCTGTAACCGGACCTCTGG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAGGGTTCACAGCCTGGGTTGAGGTCTCTGTAACCGGACCTCTGG  848

seq1  CTACTTTGTGGGTTCTTCTTTCTCCACCTTTCTCTGCACCTCTTCTTCCA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTGTGGGTTCTTCTTTCTCCACCTTTCTCTGCACCTCTTCTTCCA  898

seq1  CCCTTTCAAGCCCCTAACACAAAGTGGAAAAGAAAAAAGGAGGGGTGTGT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCAAGCCCCTAACACAAAGTGGAAAAGAAAAAAGGAGGGGTGTGT  948

seq1  GTGTGAAGATAACCTTAGACAACTTTGTGCTGATTCGGCGTGTCAAGTTC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAGATAACCTTAGACAACTTTGTGCTGATTCGGCGTGTCAAGTTC  998

seq1  CTTGCAGCAAGTTTGATCTTTGCCATCAGGGTATCTAACTTCTTCTCATC  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGCAAGTTTGATCTTTGCCATCAGGGTATCTAACTTCTTCTCATC  1048

seq1  TCTTCTTTGTGCACAACTGCTTAACAAACCGGCCAACCTCTGTTGGGGGC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTGTGCACAACTGCTTAACAAACCGGCCAACCTCTGTTGGGGGC  1098

seq1  TCCTGTATTTAGATATCCTCTGAAAAGCCCCCAGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTATTTAGATATCCTCTGAAAAGCCCCCAGAATTC  1137

seq1: chr3_143995386_143996547
seq2: B6Ng01-295D16.g_68_1227

seq1  GAATTCAGTAATTCAGTCAACCCCGTTCTGCATATTGACACAGGAGGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAATTCAGTCAACCCCGTTCTGCATATTGACACAGGAGGTGT  50

seq1  AACTCACAGCGAGTCAATTGTTATGCATCACTGCATAATCACTTCTGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACAGCGAGTCAATTGTTATGCATCACTGCATAATCACTTCTGTCA  100

seq1  TCCATCCCTGTCCTTCTCCATCAAGGCTGTGGCAGGCAGGCAGCGGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCCTGTCCTTCTCCATCAAGGCTGTGGCAGGCAGGCAGCGGAGGC  150

seq1  TGCATATTTCCCCAGAGAGTGAGTGTGCACAGGGACTGTGCTGTGGAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATTTCCCCAGAGAGTGAGTGTGCACAGGGACTGTGCTGTGGAACC  200

seq1  AGCCTCCTCGGCAGGATAACAAGTCCATTCTGTCTGACGGACAGCTCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCCTCGGCAGGATAACAAGTCCATTCTGTCTGACGGACAGCTCCAG  250

seq1  TCTTGTCTTGTTGCTTTGTTTTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGTTGTTGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTTGTTGCTTTGTTTTGTTGTTGCTGTTGTTGCTGTTGTTGTTG  300

seq1  TTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTATTCCTAGTGTGAAGGGAATCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGTTGTTATTCCTAGTGTGAAGGGAATCAAG  350

seq1  CCCCCCACCCCCCATATTTTGCCTTTGTCCCTGACACTCCCCTGCTCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACCCCCCATATTTTGCCTTTGTCCCTGACACTCCCCTGCTCAGC  400

seq1  CTTACTCAGGAGCACTGGCCTTCTGACTCCAGCAGGTCACACTTCACACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCAGGAGCACTGGCCTTCTGACTCCAGCAGGTCACACTTCACACC  450

seq1  CCCACTGAGTCATCCCTTGATGTTATTTCTTTAGCGTCTCACCCTCTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGAGTCATCCCTTGATGTTATTTCTTTAGCGTCTCACCCTCTTCT  500

seq1  AGCTCTAAAATACCTCTGAGATGGTCTCTAGCCACTAGCCATTCAAGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAAAATACCTCTGAGATGGTCTCTAGCCACTAGCCATTCAAGCCT  550

seq1  TTCCCCTGAGCTGGCTCAAACCTGCCATTCCAACCTTGTTTCCCACTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGAGCTGGCTCAAACCTGCCATTCCAACCTTGTTTCCCACTAAG  600

seq1  GTCCAATTCAGCTTTCTGGGACAGAAAGCTGGTGTCCTCAGTGGTCTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAATTCAGCTTTCTGGGACAGAAAGCTGGTGTCCTCAGTGGTCTGGT  650

seq1  GTCTTTGGTCCCCTGAAGAACTGCAACCTGCCCTGGACCCCAGTGTGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTGGTCCCCTGAAGAACTGCAACCTGCCCTGGACCCCAGTGTGTAC  700

seq1  ACACTCTGTGCTTTAACCAAGGGTCAGTCCAATCCTCACCATGGCTGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTGTGCTTTAACCAAGGGTCAGTCCAATCCTCACCATGGCTGGAA  750

seq1  CCCACAGTATCCTGTCCTTCTCTGCACTCACGCCTGTGCCCCTGACAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGTATCCTGTCCTTCTCTGCACTCACGCCTGTGCCCCTGACAGTG  800

seq1  GGTGACTTGCACTCATGCCTGCACCCCTGACAGGGGGTGACTTGCATCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACTTGCACTCATGCCTGCACCCCTGACAGGGGGTGACTTGCATCTA  850

seq1  CACCTGCTCTCCTGACAGTGGGTGACTTGTACTCATGCCTGCACCTCTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCTCTCCTGACAGTGGGTGACTTGTACTCATGCCTGCACCTCTGA  900

seq1  TAGTGGGTGACTTGCACTCACACCTACGCCCCTGACAGTGGGTGACTTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGGTGACTTGCACTCACACCTACGCCCCTGACAGTGGGTGACTTGC  950

seq1  ACTCATGCCTATGCCCCTGACAGTGGGTGACTGTCCTTTCTCACCTCACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTCATGCCTATGCCCCTGACAGTGGGTGACTGTCCTTTCTCA-CTCACA  999

seq1  TATGGATCACATGACTAAATTTCATTGGTTTGTGTATTCAGCCACCCTCC  1050
      |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||| 
seq2  TATGGATCACATGACT-AATTTCATTGG-TTGTGTA-TCAG-CACCCTCT  1045

seq1  TTGGGGAACGTTGGTTTCTCTGAGGCCAGTGACATCC-TCA-TGTATATT  1098
      |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  TTGGGGAACGGTGG-TTCTCTGAAGCCAGTGACATCCTTCATTGTATATT  1094

seq1  TGTCT-CATGAGAA--CACAGACCAAAGGGCATTTTACTGACCCTTCCAC  1145
      ||||| ||||||||  ||| ||| |    |||||| ||||| |||| |||
seq2  TGTCTCCATGAGAAACCACGGACAA----GCATTTAACTGAACCTT-CAC  1139

seq1  TG---TCTCTCAG-AAGAAAG  1162
      ||   |||||||| |||||||
seq2  TGTTCTCTCTCAGAAAGAAAG  1160