BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296A20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 40,813,819 - 40,929,773
singlet/doubletdoublet
Overlap genePgrmc2
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2
Downstream geneEG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296A20.bB6Ng01-296A20.g
ACCGA091760GA091761
length1,1351,099
definitionB6Ng01-296A20.b B6Ng01-296A20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,928,637 - 40,929,773)(40,813,819 - 40,814,925)
sequence
gaattctttcttaaattcacatagggcaagcgttcttccctttcaaccaa
aaggaatgtaatcaatacactgactacaatccataactgccaatttgttt
ctaagattttctctaagaatgtatagagaggccaccctaaccaagagtaa
gccttgtcaacaaaagcattttgtaaggggttatcttagctagttttaac
cactccgaaccactaaatcttgagtttaattaagttgtgtcttccactat
agccacttttagtgaaaagacttcctgtgattcttcatttcagtacttca
taaaaagactgttgagaacaatcactcagcctttgtaacaggaactataa
acatctgtccacatagtgcagctaatgtgaatactcatctatcaattgca
aatgttgtcattcctttgcaaaaatttaaattccagactcactaggggat
catggttttgaaacactggcttaattcagccaccaaaacagccccttttt
gtcctgatcctcttccttgcactgtccctgtcacagtaggagagaactga
ggaagcagggtccttattcatacccataggcttgtttacagcctctatct
gctgtctccaaatcccctttcaaagaccacagccttattaataacatcgc
taaagaggccttaccaggctttcctagtactccagacaatttttagcccc
gtggctcttcccaatttaaaaacaaaatgaatctcgcaaacagaattgaa
atgtcaaattttactaccatctggatttgaagactgcaaagaaaactcgg
ttcggggtgttttatttttgtagccagagtgaatgtattacagtacattt
gttttcagaccatttacctctcaatgtctttgcatgtcactccgggggaa
taaggtactgaagtgaaaaagaagaagccatccagaaaattccaagaaga
acctataacgttcagtcgttccagccaaaataatgaaggttcatcttcat
cgtcatcacgaggataaacctgatgtgttcactgactaaatttagagcca
tgaatggtgatacaactcggttcagctcctctgaggggtacatcgataca
tgaagagaacataagggaattataggagcagctta
gaattcacagtgcctcctacaagaaaatacccaacaaaaattggtatccc
tgttcataaaaagggagttcttaagaaacatactaaaaaaacaaaacaaa
aaaacctagcaacttagttgtagtagcagagaggactccgtactctacag
taaggagtagagtagaacaggatggaagtaagcgagtgccatgtgttatc
tatggcaactgctcactgatgaagctcccccactaagcaaatgtgtgtgc
ctgtgttccaactaatgaagagagcttgtgtgccagttactgatgagagc
agactttggccttgtgcatatagcttgctgatttgtaaactgtttctatc
acacacacacaagtgagccacacagtcctgcatgacaaaccagaatctat
ggtgatgaaaccagcaccctggctattggggaaggagaagccgaaaacag
gataggtagaggcatgaaaggagctttgagggggctagtggtctctctga
gaggtacttacacagttctatttatcatcagtgattgtcaggtgaaataa
tgagagtggcatttgatagaagattcaagatcactagaaagatatcatag
gagagacagaacaaaaacagtccttaaaggatgagaatttacacgatggg
ggaaacattctaaataggaattggaagcagacacaagacacttagaaaag
gcaccacacttattagaaaataataaagtaaatgagaaaatgcgtgtgca
acatgggtgattaaaggcctgataaggaaccaggagaaagtttttgcttc
attctctagtgatgggttgcaaatggtgagtgaggatatctggataggct
ggagacttgtttctaaaaccccctcggaagctccacggacaggaaggaag
aatgggcccctccctgcctctgccccacaggctcctcctgctacattatc
ttgcacatgtccactgcagtcatctgtacccttgggcagcattgctaggg
gcaaaggtcattcattctggagggagaaaagatctagactggctacatct
actactggaggctaaccaacacactgcatctcatccagcggacaatatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_40928637_40929773
seq2: B6Ng01-296A20.b_44_1178 (reverse)

seq1  TAAGCTGCTCCTATA--TCCTTTATG-TCTCTTCATGTATCGGATTGTAA  47
      |||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||||   ||| |
seq2  TAAGCTGCTCCTATAATTCCCTTATGTTCTCTTCATGTATCG--ATGT-A  47

seq1  CCCCTCAGAGGAGCTGAACCGAGTTGTTAATCCACATTCATGGCTCTAAA  97
      |||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||
seq2  CCCCTCAGAGGAGCTGAACCGAGTTGT--ATCACCATTCATGGCTCTAAA  95

seq1  TTTAGTCAGTGAACACATCAGGTTTATCCTCGTGATGACGATGAAGATGA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCAGTGAACACATCAGGTTTATCCTCGTGATGACGATGAAGATGA  145

seq1  ACCTTCATTATTTTGGCTGGAACGACTGAACGTTATAGGTTCTTCTTGGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCATTATTTTGGCTGGAACGACTGAACGTTATAGGTTCTTCTTGGA  195

seq1  ATTTTCTGGATGGCTTCTTCTTTTTCACTTCAGTACCTTATTCCCCCGGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTGGATGGCTTCTTCTTTTTCACTTCAGTACCTTATTCCCCCGGA  245

seq1  GTGACATGCAAAGACATTGAGAGGTAAATGGTCTGAAAACAAATGTACTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATGCAAAGACATTGAGAGGTAAATGGTCTGAAAACAAATGTACTG  295

seq1  TAATACATTCACTCTGGCTACAAAAATAAAACACCCCGAACCGAGTTTTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACATTCACTCTGGCTACAAAAATAAAACACCCCGAACCGAGTTTTC  345

seq1  TTTGCAGTCTTCAAATCCAGATGGTAGTAAAATTTGACATTTCAATTCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGTCTTCAAATCCAGATGGTAGTAAAATTTGACATTTCAATTCTG  395

seq1  TTTGCGAGATTCATTTTGTTTTTAAATTGGGAAGAGCCACGGGGCTAAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCGAGATTCATTTTGTTTTTAAATTGGGAAGAGCCACGGGGCTAAAA  445

seq1  ATTGTCTGGAGTACTAGGAAAGCCTGGTAAGGCCTCTTTAGCGATGTTAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTGGAGTACTAGGAAAGCCTGGTAAGGCCTCTTTAGCGATGTTAT  495

seq1  TAATAAGGCTGTGGTCTTTGAAAGGGGATTTGGAGACAGCAGATAGAGGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGGCTGTGGTCTTTGAAAGGGGATTTGGAGACAGCAGATAGAGGC  545

seq1  TGTAAACAAGCCTATGGGTATGAATAAGGACCCTGCTTCCTCAGTTCTCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAACAAGCCTATGGGTATGAATAAGGACCCTGCTTCCTCAGTTCTCT  595

seq1  CCTACTGTGACAGGGACAGTGCAAGGAAGAGGATCAGGACAAAAAGGGGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGTGACAGGGACAGTGCAAGGAAGAGGATCAGGACAAAAAGGGGC  645

seq1  TGTTTTGGTGGCTGAATTAAGCCAGTGTTTCAAAACCATGATCCCCTAGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGGTGGCTGAATTAAGCCAGTGTTTCAAAACCATGATCCCCTAGT  695

seq1  GAGTCTGGAATTTAAATTTTTGCAAAGGAATGACAACATTTGCAATTGAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGGAATTTAAATTTTTGCAAAGGAATGACAACATTTGCAATTGAT  745

seq1  AGATGAGTATTCACATTAGCTGCACTATGTGGACAGATGTTTATAGTTCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGTATTCACATTAGCTGCACTATGTGGACAGATGTTTATAGTTCC  795

seq1  TGTTACAAAGGCTGAGTGATTGTTCTCAACAGTCTTTTTATGAAGTACTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACAAAGGCTGAGTGATTGTTCTCAACAGTCTTTTTATGAAGTACTG  845

seq1  AAATGAAGAATCACAGGAAGTCTTTTCACTAAAAGTGGCTATAGTGGAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGAATCACAGGAAGTCTTTTCACTAAAAGTGGCTATAGTGGAAG  895

seq1  ACACAACTTAATTAAACTCAAGATTTAGTGGTTCGGAGTGGTTAAAACTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACTTAATTAAACTCAAGATTTAGTGGTTCGGAGTGGTTAAAACTA  945

seq1  GCTAAGATAACCCCTTACAAAATGCTTTTGTTGACAAGGCTTACTCTTGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGATAACCCCTTACAAAATGCTTTTGTTGACAAGGCTTACTCTTGG  995

seq1  TTAGGGTGGCCTCTCTATACATTCTTAGAGAAAATCTTAGAAACAAATTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGTGGCCTCTCTATACATTCTTAGAGAAAATCTTAGAAACAAATTG  1045

seq1  GCAGTTATGGATTGTAGTCAGTGTATTGATTACATTCCTTTTGGTTGAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTATGGATTGTAGTCAGTGTATTGATTACATTCCTTTTGGTTGAAA  1095

seq1  GGGAAGAACGCTTGCCCTATGTGAATTTAAGAAAGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAACGCTTGCCCTATGTGAATTTAAGAAAGAATTC  1135

seq1: chr3_40813819_40814925
seq2: B6Ng01-296A20.g_65_1163

seq1  GAATTCACAGTGCCTCCTACAAGAAAATACCCAACAAAAATTGGTATCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGTGCCTCCTACAAGAAAATACCCAACAAAAATTGGTATCCC  50

seq1  TGTTCATAAAAAGGGAGTTCTTAAGAAACATACTAAAAAAACAAAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATAAAAAGGGAGTTCTTAAGAAACATACTAAAAAAACAAAACAAA  100

seq1  AAAACCTAGCAACTTAGTTGTAGTAGCAGAGAGGACTCCGTACTCTACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTAGCAACTTAGTTGTAGTAGCAGAGAGGACTCCGTACTCTACAG  150

seq1  TAAGGAGTAGAGTAGAACAGGATGGAAGTAAGCGAGTGCCATGTGTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGAGTAGAGTAGAACAGGATGGAAGTAAGCGAGTGCCATGTGTTATC  200

seq1  TATGGCAACTGCTCACTGATGAAGCTCCCCCACTAAGCAAATGTGTGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCAACTGCTCACTGATGAAGCTCCCCCACTAAGCAAATGTGTGTGC  250

seq1  CTGTGTTCCAACTAATGAAGAGAGCTTGTGTGCCAGTTACTGATGAGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTCCAACTAATGAAGAGAGCTTGTGTGCCAGTTACTGATGAGAGC  300

seq1  AGACTTTGGCCTTGTGCATATAGCTTGCTGATTTGTAAACTGTTTCTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGGCCTTGTGCATATAGCTTGCTGATTTGTAAACTGTTTCTATC  350

seq1  ACACACACACAAGTGAGCCACACAGTCCTGCATGACAAACCAGAATCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACAAGTGAGCCACACAGTCCTGCATGACAAACCAGAATCTAT  400

seq1  GGTGATGAAACCAGCACCCTGGCTATTGGGGAAGGAGAAGCCGAAAACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGAAACCAGCACCCTGGCTATTGGGGAAGGAGAAGCCGAAAACAG  450

seq1  GATAGGTAGAGGCATGAAAGGAGCTTTGAGGGGGCTAGTGGTCTCTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTAGAGGCATGAAAGGAGCTTTGAGGGGGCTAGTGGTCTCTCTGA  500

seq1  GAGGTACTTACACAGTTCTATTTATCATCAGTGATTGTCAGGTGAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTACTTACACAGTTCTATTTATCATCAGTGATTGTCAGGTGAAATAA  550

seq1  TGAGAGTGGCATTTGATAGAAGATTCAAGATCACTAGAAAGATATCATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTGGCATTTGATAGAAGATTCAAGATCACTAGAAAGATATCATAG  600

seq1  GAGAGACAGAACAAAAACAGTCCTTAAAGGATGAGAATTTACACGATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACAGAACAAAAACAGTCCTTAAAGGATGAGAATTTACACGATGGG  650

seq1  GGAAACATTCTAAATAGGAATTGGAAGCAGACACAAGACACTTAGAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACATTCTAAATAGGAATTGGAAGCAGACACAAGACACTTAGAAAAG  700

seq1  GCACCACACTTATTAGAAAATAATAAAGTAAATGAGAAAATGCGTGTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACACTTATTAGAAAATAATAAAGTAAATGAGAAAATGCGTGTGCA  750

seq1  ACATGGGTGATTAAAGGCCTGATAAGGAACCAGGAGAAAGTTTTTGCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGTGATTAAAGGCCTGATAAGGAACCAGGAGAAAGTTTTTGCTTC  800

seq1  ATTCTCTAGTGATGGGTTGCAAATGGTGAGTGAGGATATCTGGATAGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTAGTGATGGGTTGCAAATGGTGAGTGAGGATATCTGGATAGGCT  850

seq1  GGAGACTTGTTTCTAAAACCCCCTCGGAAGCTCCACGGACAGGAAGGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTTGTTTCTAAAACCCCCTCGGAAGCTCCACGGACAGGAAGGAAG  900

seq1  AATGGGCCCCTCCCTGCCTCTGCCCCACAGGCTCCTCCTGCTACATTATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCCCCTCCCTGCCTCTGCCCCACAGGCTCCTCCTGCTACATTATC  950

seq1  TTGCACATGTCCACTGCAGTCATCTGTAACCTTGGGCAGCATTGCTAGGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACATGTCCACTGCAGTCATCTGTACCCTTGGGCAGCATTGCTAGGG  1000

seq1  GCAAAGGTCATTCATTCTGGAAGGGAGAAAAAGATCTAGACTGGTTACAA  1050
      |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |
seq2  GCAAAGGTCATTCATTCTGG-AGGGAG-AAAAGATCTAGACTGGCTAC-A  1047

seq1  TCTACTACTGGAAGGCTAACCAAACAACAC-CTGCATCTCATCCAAGCGG  1099
      ||||||||||| ||||||||    |||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TCTACTACTGG-AGGCTAAC----CAACACACTGCATCTCATCC-AGCGG  1091

seq1  ACAATATC  1107
      ||||||||
seq2  ACAATATC  1099