BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296N09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 78,064,728 - 78,178,304
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDnmt3a-ps1, EG626461, LOC667526, LOC626479
Downstream geneLOC100041691, LOC383883, LOC100041748, LOC100041716, LOC100041725, LOC100041766, Rapgef2, LOC100041741
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296N09.bB6Ng01-296N09.g
ACCGA092345GA092346
length1,1091,011
definitionB6Ng01-296N09.b B6Ng01-296N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,177,184 - 78,178,304)(78,064,728 - 78,065,738)
sequence
gaattcatcttagaaacaggaagcaacagtcttataccgattgcctgctt
ttagtactttatatcaattctactcacttttaagactataatggctgtat
tttccactgtatctccctttttttgtggcttttaatgacaggaaaggatc
acaatgtgacttccttctatttgtgaaattcctcagatacaacattattt
acaattttttttctgaatctgaatttttaagattttaggataatgtgggg
ttcattcttatagaagcataagcacactacaaacagaacgagagaataat
gggtttattttgacaaaataacctaaacttaaagtgagagatgtaaatcc
agacaactgaaattctttgcccatctttaatatactgctagttaccagtg
tttattgacccagcgtaaagataaggtttttgtctttaggtagctcagaa
tactaaatataaataaaatatttgttttcatagactcaaatgtagatgag
attaactgttttatgtagaccaaaaatggtgacacagaaagatgagaact
aagaaagttataatgtatgtaattttttattatatcaaaaatatctaaag
aagctaaccttataaagagaggggacttatttacctcatagttttggaat
attttgtgtagacttgtgtggtctcatttttgctagggattgcatgcatg
tgaatagtaactgaagcttgtgaaatgacaagaaagaggaagagaaagct
gggtaggaccaaacttgggcatttataatgaccctaccagtgaatcaggt
aagatcctttctagagcatttctctgatcctttggaccattcctagggtc
cactttttaaatgtctccatcttcaacatgccacctgggaggccaaagtt
ttaattactttgagcttgtcaggtctttgaaatgacacataaatcatagc
aagttgttgtaaagtctttaagaatatttataacgtcagtaaaggtaaat
ttttatgattttgataaagactctagcataggcatgtgctttcatagtgt
gaaatccatgtgagtctcaatcacatggctcagagcctatttattgagat
gtaattcat

gaattctcctatactggggcctagaaccttcacagcaccaagggcctctc
ctcccattgatggctgactagaccatcctctgctacatatgcagctagag
acagcagtcccaccatgtgatttctttgattggtggtttaggagctagag
aaagtacccaaggagctgaaggggtttacagccctttaggaggaccaaca
gtatgaactaaccagtacccccagcactccctgggactaaaccaccaacc
aaagaaatcccttgaattctaagtgacctccacagagctataattggatc
cttggctttgatgaggaaaagaatttcgggttgagcttatataacacata
gtgggagtttgattaatggatctttatatagctcttaagcagaagattag
gagaagagaatatacttgagaagaaatgcccagaagcaaagctataggtt
tctcaaagacttaaacttctgtttcttcacaataaccatacacactgatt
cagtgggagacttagtactactagtttcaaagggttgctagagttcctaa
atgaaatcacagtgtggcggctgaagtatgcataacaggactaaaatggc
tagagtaatgtgggaccgtgaaagacagcctgttttctggttgacctagg
tttaaaccctggagacccagcagataactctgcaagggatggaaggccca
tttgccatgctcccagacataggctcctggcacgaggctccagctcaata
attctgtggccatcagtcaagtagggtaacactccaagctcctggtattc
tgtctggactacacccccacagttacctgtcaacagccaggtaagccagc
ccactataaaaggggctacttgtaccctcctccttctcttaccactgcct
ctctttctcatgaatccctcttgacctcttgctccccccttctctccacc
tgggccatctccagccctgactctcttctctcttctctctctctcttctc
ttccccttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_78177184_78178304
seq2: B6Ng01-296N09.b_47_1155 (reverse)

seq1  ATGAATTTTACATTCTCAAATTAAATA-GCTCTGAGCAATGTGAATGAGA  49
      |||||  ||||| ||||||  |||||| ||||||||| |||||| |||||
seq2  ATGAA--TTACA-TCTCAA--TAAATAGGCTCTGAGCCATGTGATTGAGA  45

seq1  CTCACATGGATTTTCACACTATGAAAGCACATGCCCTAATGCTTAGGAGT  99
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||   ||| 
seq2  CTCACATGGA-TTTCACACTATGAAAGCACATGCC--TATGCT--AGAG-  89

seq1  TCTTTATTCAAAATCATAAAAATTTACCTTTACTGACGTTATAAATATTC  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTA-TCAAAATCATAAAAATTTACCTTTACTGACGTTATAAATATTC  138

seq1  TTAAAGACTTTACAACAACTTGCTATGATTTATGTGTCATTTCAAAGACC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTAAAGACTTTACAACAACTTGCTATGATTTATGTGTCATTTCAAAGA-C  187

seq1  CTGACAAGCTCAAAGTAATTAAAACTTTGGCCTCCCAGGTGGCATGTTGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAGCTCAAAGTAATTAAAACTTTGGCCTCCCAGGTGGCATGTTGA  237

seq1  AGATGGAGACATTTAAAAAGTGGACCCTAGGAATGGTCCAAAGGATCAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAGACATTTAAAAAGTGGACCCTAGGAATGGTCCAAAGGATCAGA  287

seq1  GAAATGCTCTAGAAAGGATCTTACCTGATTCACTGGTAGGGTCATTATAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCTCTAGAAAGGATCTTACCTGATTCACTGGTAGGGTCATTATAA  337

seq1  ATGCCCAAGTTTGGTCCTACCCAGCTTTCTCTTCCTCTTTCTTGTCATTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCAAGTTTGGTCCTACCCAGCTTTCTCTTCCTCTTTCTTGTCATTT  387

seq1  CACAAGCTTCAGTTACTATTCACATGCATGCAATCCCTAGCAAAAATGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCTTCAGTTACTATTCACATGCATGCAATCCCTAGCAAAAATGAG  437

seq1  ACCACACAAGTCTACACAAAATATTCCAAAACTATGAGGTAAATAAGTCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACAAGTCTACACAAAATATTCCAAAACTATGAGGTAAATAAGTCC  487

seq1  CCTCTCTTTATAAGGTTAGCTTCTTTAGATATTTTTGATATAATAAAAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTTATAAGGTTAGCTTCTTTAGATATTTTTGATATAATAAAAAA  537

seq1  TTACATACATTATAACTTTCTTAGTTCTCATCTTTCTGTGTCACCATTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATACATTATAACTTTCTTAGTTCTCATCTTTCTGTGTCACCATTTT  587

seq1  TGGTCTACATAAAACAGTTAATCTCATCTACATTTGAGTCTATGAAAACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTACATAAAACAGTTAATCTCATCTACATTTGAGTCTATGAAAACA  637

seq1  AATATTTTATTTATATTTAGTATTCTGAGCTACCTAAAGACAAAAACCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTATTTATATTTAGTATTCTGAGCTACCTAAAGACAAAAACCTT  687

seq1  ATCTTTACGCTGGGTCAATAAACACTGGTAACTAGCAGTATATTAAAGAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTACGCTGGGTCAATAAACACTGGTAACTAGCAGTATATTAAAGAT  737

seq1  GGGCAAAGAATTTCAGTTGTCTGGATTTACATCTCTCACTTTAAGTTTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAAGAATTTCAGTTGTCTGGATTTACATCTCTCACTTTAAGTTTAG  787

seq1  GTTATTTTGTCAAAATAAACCCATTATTCTCTCGTTCTGTTTGTAGTGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTGTCAAAATAAACCCATTATTCTCTCGTTCTGTTTGTAGTGTG  837

seq1  CTTATGCTTCTATAAGAATGAACCCCACATTATCCTAAAATCTTAAAAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCTTCTATAAGAATGAACCCCACATTATCCTAAAATCTTAAAAAT  887

seq1  TCAGATTCAGAAAAAAAATTGTAAATAATGTTGTATCTGAGGAATTTCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTCAGAAAAAAAATTGTAAATAATGTTGTATCTGAGGAATTTCAC  937

seq1  AAATAGAAGGAAGTCACATTGTGATCCTTTCCTGTCATTAAAAGCCACAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAGGAAGTCACATTGTGATCCTTTCCTGTCATTAAAAGCCACAA  987

seq1  AAAAAGGGAGATACAGTGGAAAATACAGCCATTATAGTCTTAAAAGTGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGGAGATACAGTGGAAAATACAGCCATTATAGTCTTAAAAGTGAG  1037

seq1  TAGAATTGATATAAAGTACTAAAAGCAGGCAATCGGTATAAGACTGTTGC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTGATATAAAGTACTAAAAGCAGGCAATCGGTATAAGACTGTTGC  1087

seq1  TTCCTGTTTCTAAGATGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTTTCTAAGATGAATTC  1109


seq1: chr3_78064728_78065738
seq2: B6Ng01-296N09.g_69_1079

seq1  GAATTCTCCTATACTGGGGCCTAGAACCTTCACAGCACCAAGGGCCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTATACTGGGGCCTAGAACCTTCACAGCACCAAGGGCCTCTC  50

seq1  CTCCCATTGATGGCTGACTAGACCATCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTGATGGCTGACTAGACCATCCTCTGCTACATATGCAGCTAGAG  100

seq1  ACAGCAGTCCCACCATGTGATTTCTTTGATTGGTGGTTTAGGAGCTAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTCCCACCATGTGATTTCTTTGATTGGTGGTTTAGGAGCTAGAG  150

seq1  AAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTTTACAGCCCTTTAGGAGGACCAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTTTACAGCCCTTTAGGAGGACCAACA  200

seq1  GTATGAACTAACCAGTACCCCCAGCACTCCCTGGGACTAAACCACCAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAACTAACCAGTACCCCCAGCACTCCCTGGGACTAAACCACCAACC  250

seq1  AAAGAAATCCCTTGAATTCTAAGTGACCTCCACAGAGCTATAATTGGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATCCCTTGAATTCTAAGTGACCTCCACAGAGCTATAATTGGATC  300

seq1  CTTGGCTTTGATGAGGAAAAGAATTTCGGGTTGAGCTTATATAACACATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTTTGATGAGGAAAAGAATTTCGGGTTGAGCTTATATAACACATA  350

seq1  GTGGGAGTTTGATTAATGGATCTTTATATAGCTCTTAAGCAGAAGATTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGTTTGATTAATGGATCTTTATATAGCTCTTAAGCAGAAGATTAG  400

seq1  GAGAAGAGAATATACTTGAGAAGAAATGCCCAGAAGCAAAGCTATAGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGAATATACTTGAGAAGAAATGCCCAGAAGCAAAGCTATAGGTT  450

seq1  TCTCAAAGACTTAAACTTCTGTTTCTTCACAATAACCATACACACTGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAGACTTAAACTTCTGTTTCTTCACAATAACCATACACACTGATT  500

seq1  CAGTGGGAGACTTAGTACTACTAGTTTCAAAGGGTTGCTAGAGTTCCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGAGACTTAGTACTACTAGTTTCAAAGGGTTGCTAGAGTTCCTAA  550

seq1  ATGAAATCACAGTGTGGCGGCTGAAGTATGCATAACAGGACTAAAATGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATCACAGTGTGGCGGCTGAAGTATGCATAACAGGACTAAAATGGC  600

seq1  TAGAGTAATGTGGGACCGTGAAAGACAGCCTGTTTTCTGGTTGACCTAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAATGTGGGACCGTGAAAGACAGCCTGTTTTCTGGTTGACCTAGG  650

seq1  TTTAAACCCTGGAGACCCAGCAGATAACTCTGCAAGGGATGGAAGGCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACCCTGGAGACCCAGCAGATAACTCTGCAAGGGATGGAAGGCCCA  700

seq1  TTTGCCATGCTCCCAGACATAGGCTCCTGGCACGAGGCTCCAGCTCAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCATGCTCCCAGACATAGGCTCCTGGCACGAGGCTCCAGCTCAATA  750

seq1  ATTCTGTGGCCATCAGTCAAGTAGGGTAACACTCCAAGCTCCTGGTATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTGGCCATCAGTCAAGTAGGGTAACACTCCAAGCTCCTGGTATTC  800

seq1  TGTCTGGACTACACCCCCACAGTTACCTGTCAACAGCCAGGTAAGCCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGGACTACACCCCCACAGTTACCTGTCAACAGCCAGGTAAGCCAGC  850

seq1  CCACTATAAAAGGGGCTACTTGTACCCTCCTCCTTCTCTTACCACTGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATAAAAGGGGCTACTTGTACCCTCCTCCTTCTCTTACCACTGCCT  900

seq1  CTCTTTCTCATGAATCCCTCTTGACCTCTTGCTCCCCC--TCTCTCCACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  CTCTTTCTCATGAATCCCTCTTGACCTCTTGCTCCCCCCTTCTCTCCACC  950

seq1  T-GGCCATCTCCAGCCTGTACTTCTCTTTCTTCTCTTCTCTTCTCTCTCT  997
      | ||||||||||||||   || ||||||   ||||||||| |||||||||
seq2  TGGGCCATCTCCAGCCCTGAC-TCTCTT--CTCTCTTCTC-TCTCTCTCT  996

seq1  TCTCTT-CTCTTCTC  1011
      |||||| | ||||||
seq2  TCTCTTCCCCTTCTC  1011


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |