BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-297A06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 111,668,808 - 111,770,805
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC625585
Upstream geneLOC100043190, LOC668712
Downstream geneEG229746, LOC668717
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297A06.bB6Ng01-297A06.g
ACCGA092481GA092482
length1,1601,136
definitionB6Ng01-297A06.b B6Ng01-297A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,668,808 - 111,669,975)(111,769,667 - 111,770,805)
sequence
gaattcactacttccctatttttactacctaataatttatttccaagatg
tcttcaatgaagcaaaactgtatcacatataaaaccaatcctatttgaac
aattttacaccgtcatgcttgggagtgcaagatataaccggaaaatgaat
gttataattcagatttcccctcgaagaaaattttaacacagtcatttatg
aatatcattttaaaactttcagctaatcctaagtaagttctgagggtcgt
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gactttgtgccttggcatccttgtgcatttttgttctgtgtcttctctcc
tagctgtcatgaatcgaatggatttcttcttcatcaccctcaagaatgtt
ctttctggactatagccagacctatggcaacagagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_111668808_111669975
seq2: B6Ng01-297A06.b_48_1207

seq1  GAATTCACTACTTCCCTATTTTTACTACCTAATAATTTATTTCCAAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GTTATAATTCAGATTTCCCCTCGAAGAAAATTTTAACACAGTCATTTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAATTCAGATTTCCCCTCGAAGAAAATTTTAACACAGTCATTTATG  200

seq1  AATATCATTTTAAAACTTTCAGCTAATCCTAAGTAAGTTCTGAGGGTCGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CTTCAGATTTCTGCATGCATGTGGAAAGTGCAGTATCATACGTTTATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTATTTGTAAATTAAATTCCTAGGGCAAACAAATTTATCAGGAGCT  350

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATAGTAATGAAAATATAGCTCTTACAAGATTATTAGCATTTTAAA  400

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TCAATGCAAATTAGAAAAGAGAGGATGTGATGAAAAAGATACAGATATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGCAAATTAGAAAAGAGAGGATGTGATGAAAAAGATACAGATATAT  500

seq1  TAAAGTTTTAGAGAATAGAAAACCCTTTCAAAAGCTTCAATAGTTCTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTTTTAGAGAATAGAAAACCCTTTCAAAAGCTTCAATAGTTCTTCA  550

seq1  GTCAAAACAGTATAAGAGGAATCTAGAAATTTGAATAAATTAGCCACACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AAGTGATAGAATAGCTTTGACTTGCAAAATATCTCTTAATGGGAGTAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATAGAATAGCTTTGACTTGCAAAATATCTCTTAATGGGAGTAGAT  650

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAACTATGGAGGAGAAAGTTAAACTGAAATGTTGCCCCCCAAAAT  700

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAAAACCAAAATCATAACAACAACAAAACAGAAACAACAATGAGA  750

seq1  GAGAGATAAACTGAGGTAAAATTTGTTAAAATTATTCAGTGTTGGATCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATAAACTGAGGTAAAATTTGTTAAAATTATTCAGTGTTGGATCCC  800

seq1  TGATCATAGTTGACATATTGATAGAAATATAGTTGGGGAACCAAATAACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATAGTTGACATATTGATAGAAATATAGTTGGGGAACCAAATAACG  850

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTTATGGTTTATATTCAGCCCCATATGTCAGAGGATGATACATCA  900

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGATTCACATACCTAGATTTAGATGCCCAGAGATCCATATTCTA  950

seq1  TCAAACATTAGAGTTTGAAAGTATATCATGTGATCATATAATTTAATATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAAACATTAGAGTTTGAAAGTATATCATGTGATCATATAA-TTAATATA  999

seq1  GGCAGCTAGATTTCATTTATGAATTCTGCCTTTTTCAATTTATTCATAGT  1050
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCAGCTAGATTTCATTTATGAATTCTGCCTTTTTCAATTTATTCATAGT  1048

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      |||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGACCCACTATAT-AACGATAG-TAATAGGGTTTAAAGAGAAAATAGA-T  1095

seq1  GAATAATATTTATTGTATAGATAACCCTGTATATTTTCTAATGATATCTA  1150
      | || ||||||||||||||||  | |||||||| ||||||   |||||||
seq2  GGATTATATTTATTGTATAGAATAGCCTGTATA-TTTCTATGAATATCTA  1144

seq1  TCTTGAAAACCCTTAGAA  1168
      ||||| ||   |||||||
seq2  TCTTGGAA--GCTTAGAA  1160


seq1: chr3_111769667_111770805
seq2: B6Ng01-297A06.g_66_1201 (reverse)

seq1  ACTCTGTTGCCATTAGTCCTGCTATAAGTCAGAAAGAACA-TCTTGAGGG  49
      |||||||||||||  |||  ||||||   ||||||||||| |||||||||
seq2  ACTCTGTTGCCATAGGTCTGGCTATAGTCCAGAAAGAACATTCTTGAGGG  50

seq1  TGATGAAGAAGAAATCCATTCGATTCATGACAGCTAGGAGAGAAGACACA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAGAAGAAATCCATTCGATTCATGACAGCTAGGAGAGAAGACACA  100

seq1  GAACAAAAATGCACCAAGGATGCCAAGGCACAAAGTCAGAAACCTGCTTT  149
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAACAAAAATGCA-CAAGGATGCCAAGGCACAAAGTCAGAAA-CTGCTTT  148

seq1  CAACACTAACCTATGTCCTTCTTTCAAATACCTCTCCCCAAAATAATCCA  199
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACTAA-CTATGTCC-TCTTTCAAATACCTCTCCCCAAAATAATCCA  196

seq1  AAATTAGGAATCTGTCATAGGACCAATTTAGAGAGTATATCCTAGTACTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGGAATCTGTCATAGGACCAATTTAGAGAGTATATCCTAGTACTG  246

seq1  GGGATCACATTGTTTTTCAGTGATTGGATTTGCTAGCTATGTATCAAGGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCACATTGTTTTTCAGTGATTGGATTTGCTAGCTATGTATCAAGGC  296

seq1  TTTCATGTACAGTTGTTCAGGGAACAGTTTATACCCAGATCACAAAGGAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTACAGTTGTTCAGGGAACAGTTTATACCCAGATCACAAAGGAA  346

seq1  GCCAAAGAAAAATATAGATTATAAGACCCAACTTAGATGATTGAGGGACC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAGAAAAATATAGATTATAAGACCCAACTTAGATGATTGAGGGACC  396

seq1  AAGACATAGTGATATAACACAGTTATATGGTAAAATGCTTTACAAAATTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATAGTGATATAACACAGTTATATGGTAAAATGCTTTACAAAATTC  446

seq1  CTATGATTCCCTAAGGCTTGATATCCTATAAATAAACAAAAATTTCAGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATTCCCTAAGGCTTGATATCCTATAAATAAACAAAAATTTCAGAA  496

seq1  AGAAATTTGGTCTTGTATGTTTAAAATCTTTAAAATTCCCAAAAAGCTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTGGTCTTGTATGTTTAAAATCTTTAAAATTCCCAAAAAGCTTA  546

seq1  TTATCTCATAAGATGGTTGTTGCCTAAGTATATTCATTTGAAAACAGTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCATAAGATGGTTGTTGCCTAAGTATATTCATTTGAAAACAGTCA  596

seq1  TTTTGAAACATATAGGTTTGATTTATGACATATCTATTCAGAGAAGGAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAACATATAGGTTTGATTTATGACATATCTATTCAGAGAAGGAAG  646

seq1  TATTGATAGTATAGATTCAGTAAGTTCAATTTATGTTCTATACTGCCATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATAGTATAGATTCAGTAAGTTCAATTTATGTTCTATACTGCCATT  696

seq1  GCATTTTCTGTTTTGTCTAGGGTTCTATCATTGTTATGTTGTAATTAAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCTGTTTTGTCTAGGGTTCTATCATTGTTATGTTGTAATTAAAG  746

seq1  CAAAAAAAAAAATGTAAAATGGTAAGAAAGGTATTACCATGATGTATTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATTTACTGTATATATTTCTATAAGTTAAATTTAAACGTTTAAACTTCCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TACTTACTCTACAATAAGAATGTTTTCATATGCTATGAGACTAATTCCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GAATTTGTCAACATATTAATATAGTCTCATTTCCTAAGTGTTTTTCAGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CCATGTTCATATTTATAAACATGAGTCACAGGTTAAATCTCCATTTGAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTCATATTTATAAACATGAGTCACAGGTTAAATCTCCATTTGAAA  1046

seq1  AGCTTCATTACAGGTTCATTGAATTCTGTTCATTTGAAATTGTCTAAAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATTACAGGTTCATTGAATTCTGTTCATTTGAAATTGTCTAAAAG  1096

seq1  AGCATTGGTAACATTAACTAAACAAGCACCTGTTGAATTC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGGTAACATTAACTAAACAAGCACCTGTTGAATTC  1136


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