BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298P20
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,825,816 - 83,961,968
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD930015E06Rik, Mnd1
Upstream geneFga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2, 1700028M03Rik, LOC100042007, LOC100042091, Sfrp2, LOC633522, Tlr2
Downstream geneTrim2, EG624713, 6330505N24Rik, Arfip1, EG667788, EG627369, Tigd4, Tmem154, LOC624889, Fbxw7, Dear1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298P20.bB6Ng01-298P20.g
ACCGA093954GA093955
length1,1591,060
definitionB6Ng01-298P20.b B6Ng01-298P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,825,816 - 83,826,977)(83,960,916 - 83,961,968)
sequence
gaattcccagtctatatggcttagttggggagtcccctctcccatataac
tacacatgataagcctttgtctaaatgttattgcttctctatggctccca
gctgcctcctctgggccccagcctgccccagtaccatccaagttcctgac
actctgagtcactgggtggggctgggggaggcgggagacacagatggggg
aatacagaagtcctctttagtgtgaatggttcctgtattgatttgaccca
ccccagtttcttagagttcttagaacacctccaacatttacctaatacac
cccaacattctccctaccgcattgcttctttcgtacacgcagcccgaact
atgccacatgtcatagcagacagcctgggcatacacattgccctcgattt
tgaggagccacccccactcaataactgagcctttttctgttatcaggcca
atgttttctgccagatagccttcctttataacaaacagactgcttgagaa
aggttctcagttctcagctggaagctagcatgccagagcctaacccactt
gttcaccagtatgccaaggcatgctgaacaccaggctcacactggcacaa
ctggatgccatatgaagagaatatgaaggcatgcttggtctgctaaaccc
tgagccagtgatgacaggcaagcccgagtaacaacctctatctcccaatt
tctacctactgtttgaccctacgagatcacctctgcttctcattatttaa
tcatcaacaaaagtaattttgaaatgcgatctcttagatgtctcaccctg
gaccaacactcttcaagctggagcctgcatcagactcacccagagggctc
ctcagcacagacagctgggcctctcccctgggagcttctgactcagtaga
gctggggtgggggttctgaagaactcagctggctgacagttccccaggta
aagctgagtctgcaggaaggtctaccctcagagcactgcccttggtgttt
cgcctcccaccacttgggccccgtccctccctgtaaagcctgtgatgcct
actggcttctcactgtccagccctgctctccactgggcagagccagaatt
gtgtagtgaacacatccctgtgactaacctgcctgagtatcattccgctt
cccacactc
gaattccatcccgaaaatgtatatgaagtgttggacatggtggtgtgttt
gtgaccgcagccctggggaagtagagtcaaagagaccctggatcttgctt
ccaggagattctagactactaggggtgctagaagctagagtgggagaagc
ctagtagactctggagtcactggggtcccagtccccccagccactgttcc
actagcatggcaacattcttccagcaccaccagctgctgagtggttggaa
gccatcattgacaggtgacatcctggggattggggacaccaggtaaacaa
gagtaagtgtgtgggcatgctagctgtcagaatgatcgggaacaaaatca
gacccacccacataggggacaagaacaccactgagaagagaaaggaaaca
tcactccgtctgagaactggctggggcctgtttggctgaaatatgacaga
ctgccagattgtagcctgctagttagctctgaaggttccccatctttgac
aagatgatacctctcatcttctgcagatgaaactcttgcttttaaagtag
ttaactgttcagctattccctcccacggcatacaagactcagagctcaca
gtctgaaaggttggggaaagatgtttgtggctcattcataagagtttgta
ttttaagtagctaggaatgattccagttcctttaaagcatggatttaaaa
ggtatttgcgagatgattataaagcaaactgcttgccttctagagacaag
gttccccggctaacccaccctgctgagcacacagcactcagattgtttct
ttccataagcccacacgcctctagggactgacacagctcattttacttct
cagctggtctgttcaccgtacaacagaagctctaattggttgactttttt
gctcaagtatttggactgactctgtgctttgacctcagtctttaaaacac
ataaattatgtgcatagatgagcaaccaaccaccccttcaccatcacctg
ggactttcagttaagaatttccagggtcctaatatagttgaccaaaaaga
aaaattgact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83825816_83826977
seq2: B6Ng01-298P20.b_46_1204

seq1  GAATTCCCAGTCTATATGGCTTAGTTGGGGAGTCCCCTCTCCCATATAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGTCTATATGGCTTAGTTGGGGAGTCCCCTCTCCCATATAAC  50

seq1  TACACATGATAAGCCTTTGTCTAAATGTTATTGCTTCTCTATGGCTCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATGATAAGCCTTTGTCTAAATGTTATTGCTTCTCTATGGCTCCCA  100

seq1  GCTGCCTCCTCTGGGCCCCAGCCTGCCCCAGTACCATCCAAGTTCCTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTCCTCTGGGCCCCAGCCTGCCCCAGTACCATCCAAGTTCCTGAC  150

seq1  ACTCTGAGTCACTGGGTGGGGCTGGGGGAGGCGGGAGACACAGATGGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGTCACTGGGTGGGGCTGGGGGAGGCGGGAGACACAGATGGGGG  200

seq1  AATACAGAAGTCCTCTTTAGTGTGAATGGTTCCTGTATTGATTTGACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGAAGTCCTCTTTAGTGTGAATGGTTCCTGTATTGATTTGACCCA  250

seq1  CCCCAGTTTCTTAGAGTTCTTAGAACACCTCCAACATTTACCTAATACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTTTCTTAGAGTTCTTAGAACACCTCCAACATTTACCTAATACAC  300

seq1  CCCAACATTCTCCCTACCGCATTGCTTCTTTCGTACACGCAGCCCGAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACATTCTCCCTACCGCATTGCTTCTTTCGTACACGCAGCCCGAACT  350

seq1  ATGCCACATGTCATAGCAGACAGCCTGGGCATACACATTGCCCTCGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACATGTCATAGCAGACAGCCTGGGCATACACATTGCCCTCGATTT  400

seq1  TGAGGAGCCACCCCCACTCAATAACTGAGCCTTTTTCTGTTATCAGGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGCCACCCCCACTCAATAACTGAGCCTTTTTCTGTTATCAGGCCA  450

seq1  ATGTTTTCTGCCAGATAGCCTTCCTTTATAACAAACAGACTGCTTGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCTGCCAGATAGCCTTCCTTTATAACAAACAGACTGCTTGAGAA  500

seq1  AGGTTCTCAGTTCTCAGCTGGAAGCTAGCATGCCAGAGCCTAACCCACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCTCAGTTCTCAGCTGGAAGCTAGCATGCCAGAGCCTAACCCACTT  550

seq1  GTTCACCAGTATGCCAAGGCATGCTGAACACCAGGCTCACACTGGCACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACCAGTATGCCAAGGCATGCTGAACACCAGGCTCACACTGGCACAA  600

seq1  CTGGATGCCATATGAAGAGAATATGAAGGCATGCTTGGTCTGCTAAACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGCCATATGAAGAGAATATGAAGGCATGCTTGGTCTGCTAAACCC  650

seq1  TGAGCCAGTGATGACAGGCAAGCCCGAGTAACAACCTCTATCTCCCAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAGTGATGACAGGCAAGCCCGAGTAACAACCTCTATCTCCCAATT  700

seq1  TCTACCTACTGTTTGACCCTACGAGATCACCTCTGCTTCTCATTATTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTACTGTTTGACCCTACGAGATCACCTCTGCTTCTCATTATTTAA  750

seq1  TCATCAACAAAAGTAATTTTGAAATGCGATCTCTTAGATGTCTCACCCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAACAAAAGTAATTTTGAAATGCGATCTCTTAGATGTCTCACCCTG  800

seq1  GACCAACACTCTTCAAGCTGGAGCCTGCATCAGACTCACCCAGAGGGCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACACTCTTCAAGCTGGAGCCTGCATCAGACTCACCCAGAGGGCTC  850

seq1  CTCAGCACAGACAGCTGGGCCTCTCCCCT-GGAGCTTCTGACTCAGTAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCACAGACAGCTGGGCCTCTCCCCTGGGAGCTTCTGACTCAGTAGA  900

seq1  GCT-GGGTGGGG--TCTG-AGAACTCAGCTGGCTGACAAGTTCCCAGGTA  945
      ||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||  | ||||||||
seq2  GCTGGGGTGGGGGTTCTGAAGAACTCAGCTGGCTGACAGTTCCCCAGGTA  950

seq1  AAGCTGAGTCTGCAGGAAGGTCTACCCTCAAGAAGCACTGCCTTGGGTGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| | |||| 
seq2  AAGCTGAGTCTGCAGGAAGGTCTACCCTCA--GAGCACTGCCCTTGGTGT  998

seq1  TTCG-CTCC--ACACTTGGCCCCGGTCCCTCCCTTGTAAGGCTGTGATG-  1041
      |||| ||||   ||||||| ||| ||||||||||   ||| |||||||| 
seq2  TTCGCCTCCCACCACTTGGGCCCCGTCCCTCCCTGTAAAGCCTGTGATGC  1048

seq1  CTACTGGCTTCTCACTGTCCAGCCCCTGCTCTCACTTGGGCAGAGCCCAG  1091
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||   
seq2  CTACTGGCTTCTCACTGTCCAG-CCCTGCTCTCCACTGGGCAGAGCCAGA  1097

seq1  ATTGTGGTAGTGACCACAACCCCCTTGTGACTAAACCCTGCTTTGAGGTT  1141
      ||||| ||||||| |||| |||   |||||||||  |||||  ||||   
seq2  ATTGT-GTAGTGAACACATCCC---TGTGACTAA--CCTGC-CTGAG---  1137

seq1  AATCATTCCGCTTCCC-CACTC  1162
       ||||||||||||||| |||||
seq2  TATCATTCCGCTTCCCACACTC  1159

seq1: chr3_83960916_83961968
seq2: B6Ng01-298P20.g_67_1126 (reverse)

seq1  AGTCA--TTTTCTTTTTGGTCAACCTATATTAG--ACCTG--AAATCTTT  44
      |||||  |||||||||||||||| |||||||||   ||||  || |||| 
seq2  AGTCAATTTTTCTTTTTGGTCAA-CTATATTAGGACCCTGGAAATTCTTA  49

seq1  ACTGAAAGTTCCCAGGTGATGGTGAA-GTGTGGTTGGTTGCTCATCTATG  93
      |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAG-TCCCAGGTGATGGTGAAGGGGTGGTTGGTTGCTCATCTATG  98

seq1  CACATAATTTATGTGTTTTAAAGACTGAGGTCAAAGCACAGAGTCAGT-C  142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACATAATTTATGTGTTTTAAAGACTGAGGTCAAAGCACAGAGTCAGTCC  148

seq1  AAATACTTGAGC-AAAAAGTCAACCAATTAGAGCTTCTGTTGTACGGTGA  191
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTGAGCAAAAAAGTCAACCAATTAGAGCTTCTGTTGTACGGTGA  198

seq1  ACAGACCAGCTGAGAAGTAAAATGAGCTGTGTCAGTCCCTAGAGGCGTGT  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACCAGCTGAGAAGTAAAATGAGCTGTGTCAGTCCCTAGAGGCGTGT  248

seq1  GGGCTTATGGAAAGAAACAATCTGAGTGCTGTGTGCTCAGCAGGGTGGGT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTATGGAAAGAAACAATCTGAGTGCTGTGTGCTCAGCAGGGTGGGT  298

seq1  TAGCCGGGGAACCTTGTCTCTAGAAGGCAAGCAGTTTGCTTTATAATCAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCGGGGAACCTTGTCTCTAGAAGGCAAGCAGTTTGCTTTATAATCAT  348

seq1  CTCGCAAATACCTTTTAAATCCATGCTTTAAAGGAACTGGAATCATTCCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGCAAATACCTTTTAAATCCATGCTTTAAAGGAACTGGAATCATTCCT  398

seq1  AGCTACTTAAAATACAAACTCTTATGAATGAGCCACAAACATCTTTCCCC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACTTAAAATACAAACTCTTATGAATGAGCCACAAACATCTTTCCCC  448

seq1  AACCTTTCAGACTGTGAGCTCTGAGTCTTGTATGCCGTGGGAGGGAATAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTCAGACTGTGAGCTCTGAGTCTTGTATGCCGTGGGAGGGAATAG  498

seq1  CTGAACAGTTAACTACTTTAAAAGCAAGAGTTTCATCTGCAGAAGATGAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAGTTAACTACTTTAAAAGCAAGAGTTTCATCTGCAGAAGATGAG  548

seq1  AGGTATCATCTTGTCAAAGATGGGGAACCTTCAGAGCTAACTAGCAGGCT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCATCTTGTCAAAGATGGGGAACCTTCAGAGCTAACTAGCAGGCT  598

seq1  ACAATCTGGCAGTCTGTCATATTTCAGCCAAACAGGCCCCAGCCAGTTCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTGGCAGTCTGTCATATTTCAGCCAAACAGGCCCCAGCCAGTTCT  648

seq1  CAGACGGAGTGATGTTTCCTTTCTCTTCTCAGTGGTGTTCTTGTCCCCTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGGAGTGATGTTTCCTTTCTCTTCTCAGTGGTGTTCTTGTCCCCTA  698

seq1  TGTGGGTGGGTCTGATTTTGTTCCCGATCATTCTGACAGCTAGCATGCCC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGGGTCTGATTTTGTTCCCGATCATTCTGACAGCTAGCATGCCC  748

seq1  ACACACTTACTCTTGTTTACCTGGTGTCCCCAATCCCCAGGATGTCACCT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTACTCTTGTTTACCTGGTGTCCCCAATCCCCAGGATGTCACCT  798

seq1  GTCAATGATGGCTTCCAACCACTCAGCAGCTGGTGGTGCTGGAAGAATGT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATGATGGCTTCCAACCACTCAGCAGCTGGTGGTGCTGGAAGAATGT  848

seq1  TGCCATGCTAGTGGAACAGTGGCTGGGGGGACTGGGACCCCAGTGACTCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGCTAGTGGAACAGTGGCTGGGGGGACTGGGACCCCAGTGACTCC  898

seq1  AGAGTCTACTAGGCTTCTCCCACTCTAGCTTCTAGCACCCCTAGTAGTCT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTACTAGGCTTCTCCCACTCTAGCTTCTAGCACCCCTAGTAGTCT  948

seq1  AGAATCTCCTGGAAGCAAGATCCAGGGTCTCTTTGACTCTACTTCCCCAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTCCTGGAAGCAAGATCCAGGGTCTCTTTGACTCTACTTCCCCAG  998

seq1  GGCTGCGGTCACAAACACACCACCATGTCCAACACTTCATATACATTTTC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCGGTCACAAACACACCACCATGTCCAACACTTCATATACATTTTC  1048

seq1  GGGATGGAATTC  1053
      ||||||||||||
seq2  GGGATGGAATTC  1060