BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298P24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 94,663,395 - 94,823,605
singlet/doubletdoublet
Overlap genePogz, Psmb4, Selenbp1, Rfx5, Pik4cb, Zfp687
Upstream geneEG668341, LOC668344, EG668346, Tdpoz5, EG668353, EG668356, LOC668359, LOC100042761, LOC433624, LOC668367, LOC433625, LOC100043188, EG383977, EG245290, EG668385, EG212727, Them4, Them5, Gm659, Rorc, Lingo4, Tdrkh, Oaz3, Mrpl9, LOC668403, 2310007A19Rik, Tnrc4, Snx27, LOC100043228, EG668409, Tuft1, LOC100042793, BC021767, Selenbp2, LOC100042801, Cgn
Downstream genePsmd4, Pip5k1a, Vps72, Tmod4, Scnm1, Lysmd1, Tnfaip8l2, LOC668436, Sema6c, Gabpb2, Mllt11, Cdc42se1, Gm128, Bnipl, Prune, 4930504E06Rik, Anxa9, Lass2, Setdb1, LOC100043294, 4930558C23Rik, LOC277589, LOC668448, LOC100043305, Arnt, Ctsk, Ctss, LOC100043312, Hormad1, Golph3l, EG668457, Ensa, Mcl1, Adamtsl4, Ecm1, Tars2, 4930535B03Rik, LOC100043327, Prpf3, Mrps21, LOC100042889, Gm129, BC028528, Aph1a, Car14, Anp32e, LOC100042897, LOC100042898, EG668224, Plekho1, EG668222, Vps45
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298P24.bB6Ng01-298P24.g
ACCGA093962GA093963
length1,0271,124
definitionB6Ng01-298P24.b B6Ng01-298P24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,663,395 - 94,664,412)(94,822,470 - 94,823,605)
sequence
gaattcaactcagaacctctggaagagcagcagtcagtcctcttaactgc
tgagccatctctctagctcctgtaaagtgctagatttacagttgtatata
catgcacacatttttgtttggtttgtttttgagccttggtctactgtttt
caaggttggcttcaaacttgccatagcaacagggatggccttgaaatgct
caccatcctgctgtcgtgatcacaggcaagactgcaagcctggcttgtgc
agtgctgagatttgaaacaaagtccttacacatgctgggcaagcactctg
ccaactatgctacatttccagccttttgtaatgcttttgataaccattat
ttgagtaacatgttaacaatagattataaaaaggtacgttgaaatttcac
ttctcagagctacagtgagcactggatataaatgtgcatatactacctgt
acttaaggtgggtggagagtattggctgggtttggagccagcctgggcta
tataacaaggcggtctcagaaaacatctccaacaaggccacaaatcccat
tccttcttcaactgttctattaactgcaagccaagcattaacattgttat
gcttataggagccattctcacccgagccaccacatttggtatttcctata
gaagactgtcttgtgttatttggcatcaaactaaatgagaacctttctca
aacagcaacaaagtagtttagggccagtgagatggtttcagtgagcaagt
aaaagggcacttgctgctaaagctggagaatgcctcccacactcaagctc
acacactcatgctcacacactcacacacatacacactcacacacatacac
atacaaccacacacagagatacacacacacacacatttatcagtaaatgt
aaaaaaaaagtttaaagaggattagctaacaacaaattaccttctaacaa
aagaattttacttaaaatatggaaagtctccctttttggctctgctgatt
cggggggagaggaagtatgtgggtacc
gaattctcttcttgccaccttgaacacttggacttgccctggatgatgcc
cagacttttccctcctccaatcttcgcacacaccctagatcctcttcata
actgccttcatctttggggacaaggtctttctggaactcacttctgattc
tgctgcagcctattccatgtactgggaatacagggatctgtgacttttct
ctgctctcatttcttcttgtggtgtagaattggagctcgggtcttagacc
tgtttaggaaggcttcgtcactgagctatggccccaaatcaatctgtctc
tgggaagactctttttagaaatttattatttttgcggtttttatctgaat
gtatgtatgcatactgtgtgtgtgtgtggtaagagaagggcagaagagag
tgctggatcacttggaaaactggagttatagtcagttgtaaactgccatg
taggtgctgggaatcaaacctgggtcctctacaaagcagcaagtgacctt
aacaacagatccatctttccagctgtttttcttaaacttagagacagcct
ctctctcgctggatagcccaagttggactaaaacttgtggtcttttggcc
ttagccttccagtgctgggtttacaggcacatgccaccacatccatcttt
ccttcttctccttttatttatctacttacttacttatttatttttgtgta
gctctggctgtcttggaaaccaggctgcctgtctcctgagtgcaccacca
catccggtaggcatgaaagacttttagaacagccttcagctcacccatga
gctgacttaccccctcctatctgctaacccctgtttcacacttccatctt
aagaacccttctgtactcctttcctggaatgttcttgacccagatagctt
gggaaatcaggcagctcttcaaggacacttactagcaatcttattcagaa
agtctaattcacccatcctatgtacaagctacaccctcacatgcttcttc
ttgtccttccctgcttgaatttagttttgatttaaatgtcctgattgaaa
tttttccagccaaatagtggcttaatccacggatgtgcttataaatatac
ctgatgaaaatatttttctcacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_94663395_94664412
seq2: B6Ng01-298P24.b_49_1070

seq1  GAATTCAACTCAGAACCTCTGGAAGAGCAGCAGTCAGTCCTCTTAACTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTCAGAACCTCTGGAAGAGCAGCAGTCAGTCCTCTTAACTGC  50

seq1  TGAGCCATCTCTCTAGCTCCTGTAAAGTGCTAGATTTACAGTTGTATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCATCTCTCTAGCTCCTGTAAAGTGCTAGATTTACAGTTGTATATA  100

seq1  CATGCACACATTTTTGTTTGGTTTGTTTTTGAGCCTTGGTCTACTGTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACACATTTTTGTTTGGTTTGTTTTTGAGCCTTGGTCTACTGTTTT  150

seq1  CAAGGTTGGCTTCAAACTTGCCATAGCAACAGGGATGGCCTTGAAATGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTGGCTTCAAACTTGCCATAGCAACAGGGATGGCCTTGAAATGCT  200

seq1  CACCATCCTGCTGTCGTGATCACAGGCAAGACTGCAAGCCTGGCTTGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCCTGCTGTCGTGATCACAGGCAAGACTGCAAGCCTGGCTTGTGC  250

seq1  AGTGCTGAGATTTGAAACAAAGTCCTTACACATGCTGGGCAAGCACTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGAGATTTGAAACAAAGTCCTTACACATGCTGGGCAAGCACTCTG  300

seq1  CCAACTATGCTACATTTCCAGCCTTTTGTAATGCTTTTGATAACCATTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTATGCTACATTTCCAGCCTTTTGTAATGCTTTTGATAACCATTAT  350

seq1  TTGAGTAACATGTTAACAATAGATTATAAAAAGGTACGTTGAAATTTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTAACATGTTAACAATAGATTATAAAAAGGTACGTTGAAATTTCAC  400

seq1  TTCTCAGAGCTACAGTGAGCACTGGATATAAATGTGCATATACTACCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGAGCTACAGTGAGCACTGGATATAAATGTGCATATACTACCTGT  450

seq1  ACTTAAGGTGGGTGGAGAGTATTGGCTGGGTTTGGAGCCAGCCTGGGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGGTGGGTGGAGAGTATTGGCTGGGTTTGGAGCCAGCCTGGGCTA  500

seq1  TATAACAAGGCGGTCTCAGAAAACATCTCCAACAAGGCCACAAATCCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAAGGCGGTCTCAGAAAACATCTCCAACAAGGCCACAAATCCCAT  550

seq1  TCCTTCTTCAACTGTTCTATTAACTGCAAGCCAAGCATTAACATTGTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTTCAACTGTTCTATTAACTGCAAGCCAAGCATTAACATTGTTAT  600

seq1  GCTTATAGGAGCCATTCTCACCCGAGCCACCACATTTGGTATTTCCTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATAGGAGCCATTCTCACCCGAGCCACCACATTTGGTATTTCCTATA  650

seq1  GAAGACTGTCTTGTGTTATTTGGCATCAAACTAAATGAGAACCTTTCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTGTCTTGTGTTATTTGGCATCAAACTAAATGAGAACCTTTCTCA  700

seq1  AACAGCAACAAAGTAGTTTAGGGCCAGTGAGATGG-TTCAGTGAGCAAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AACAGCAACAAAGTAGTTTAGGGCCAGTGAGATGGTTTCAGTGAGCAAGT  750

seq1  -AAAGGGCACTTGCTGCT-AAGCTGGAG-ATGCCTCCCACACTCAAGCTC  796
       ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGCACTTGCTGCTAAAGCTGGAGAATGCCTCCCACACTCAAGCTC  800

seq1  ACACACTCATGCTCACACACTCACACACATACACACTCACACACATACAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTCATGCTCACACACTCACACACATACACACTCACACACATACAC  850

seq1  ATACAACCACACACAGAGATACACACACACACACATTTATCAGTAAATGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACCACACACAGAGATACACACACACACACATTTATCAGTAAATGT  900

seq1  AAAAAAAAAGTTTAAAAGAGGATTAGCTAACAACAAATTACCTTCTTACA  946
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAAAAAAGTTT-AAAGAGGATTAGCTAACAACAAATTACCTTCTAACA  949

seq1  AAAAGATTTTACTTAAAATATGGAAAGTCTTCCCTTTTTGGCTCTGCTGA  996
      |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATTTTACTTAAAATATGGAAAGTC-TCCCTTTTTGGCTCTGCTGA  998

seq1  TTC-GGGGGAGA-GAAGTATGTGG  1018
      ||| |||||||| |||||||||||
seq2  TTCGGGGGGAGAGGAAGTATGTGG  1022

seq1: chr3_94822470_94823605
seq2: B6Ng01-298P24.g_68_1191 (reverse)

seq1  GTGTGAGGAAAAATATTTTAATTCAGGTAATATTTAATAAGCACCATCTG  50
      |||||| |||||||||||| | |||||| |||||| ||||||| |||| |
seq2  GTGTGA-GAAAAATATTTTCA-TCAGGT-ATATTT-ATAAGCA-CATCCG  45

seq1  TGATTTAAG-CACTATTTTTGGCTGGGAAAAATTTCAAACCAGGGACATT  99
      ||  ||||| |||||  ||||||| ||||||||||||| |   |||||  
seq2  TGGATTAAGCCACTA--TTTGGCT-GGAAAAATTTCAATC--AGGACA--  88

seq1  TTTAAATTCAAAAACTAAATTTCAAAGCAGGGAAGGACAAGAAGAAGCAT  149
      |||||||   |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAT--CAAAACTAAATT--CAAGCAGGGAAGGACAAGAAGAAGCAT  134

seq1  GTGAGGGTTGTAGC-TGTACATAGGATGGGTGAATAAGACTTTTCTG-AT  197
      ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||
seq2  GTGAGGG-TGTAGCTTGTACATAGGATGGGTGAATTAGAC-TTTCTGAAT  182

seq1  AAGATTGCTAGTAAGTGGTCCCTGAAGAGCTGCCTGATTTCCC-AGCTAT  246
      |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGATTGCTAGTAAGT-GTCCTTGAAGAGCTGCCTGATTTCCCAAGCTAT  231

seq1  CTGGGTCAAGAACATTCCAGGAAGGAGGTACAG-AGGGTTCTT-AGATGG  294
      ||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| ||||||
seq2  CTGGGTCAAGAACATTCCAGGAAAGGAGTACAGAAGGGTTCTTAAGATGG  281

seq1  AAGTGTGAAACAGGGGTTAGCAGATAGGA-GGGGTAAGTCAGCTCATGGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAAACAGGGGTTAGCAGATAGGAGGGGGTAAGTCAGCTCATGGG  331

seq1  TGAGCTGAAGGCTGTTCTAAAAGTCTTTCATGCCTACCGGATGTGGTGGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGAAGGCTGTTCTAAAAGTCTTTCATGCCTACCGGATGTGGTGGT  381

seq1  GCACTCAGGAGACAGGCAGCCTGGTTTCCAAGACAGCCAGAGCTACACAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAGGAGACAGGCAGCCTGGTTTCCAAGACAGCCAGAGCTACACAA  431

seq1  AAATAAATAAGTAAGTAAGTAGATAAATAAAAGGAGAAGAAGGAAAGATG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAGTAAGTAAGTAGATAAATAAAAGGAGAAGAAGGAAAGATG  481

seq1  GATGTGGTGGCATGTGCCTGTAAACCCAGCACTGGAAGGCTAAGGCCAAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGTGGCATGTGCCTGTAAACCCAGCACTGGAAGGCTAAGGCCAAA  531

seq1  AGACCACAAGTTTTAGTCCAACTTGGGCTATCCAGCGAGAGAGAGGCTGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACAAGTTTTAGTCCAACTTGGGCTATCCAGCGAGAGAGAGGCTGT  581

seq1  CTCTAAGTTTAAGAAAAACAGCTGGAAAGATGGATCTGTTGTTAAGGTCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGTTTAAGAAAAACAGCTGGAAAGATGGATCTGTTGTTAAGGTCA  631

seq1  CTTGCTGCTTTGTAGAGGACCCAGGTTTGATTCCCAGCACCTACATGGCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGCTTTGTAGAGGACCCAGGTTTGATTCCCAGCACCTACATGGCA  681

seq1  GTTTACAACTGACTATAACTCCAGTTTTCCAAGTGATCCAGCACTCTCTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACAACTGACTATAACTCCAGTTTTCCAAGTGATCCAGCACTCTCTT  731

seq1  CTGCCCTTCTCTTACCACACACACACACAGTATGCATACATACATTCAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTTCTCTTACCACACACACACACAGTATGCATACATACATTCAGA  781

seq1  TAAAAACCGCAAAAATAATAAATTTCTAAAAAGAGTCTTCCCAGAGACAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACCGCAAAAATAATAAATTTCTAAAAAGAGTCTTCCCAGAGACAG  831

seq1  ATTGATTTGGGGCCATAGCTCAGTGACGAAGCCTTCCTAAACAGGTCTAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTTGGGGCCATAGCTCAGTGACGAAGCCTTCCTAAACAGGTCTAA  881

seq1  GACCCGAGCTCCAATTCTACACCACAAGAAGAAATGAGAGCAGAGAAAAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCGAGCTCCAATTCTACACCACAAGAAGAAATGAGAGCAGAGAAAAG  931

seq1  TCACAGATCCCTGTATTCCCAGTACATGGAATAGGCTGCAGCAGAATCAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATCCCTGTATTCCCAGTACATGGAATAGGCTGCAGCAGAATCAG  981

seq1  AAGTGAGTTCCAGAAAGACCTTGTCCCCAAAGATGAAGGCAGTTATGAAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGTTCCAGAAAGACCTTGTCCCCAAAGATGAAGGCAGTTATGAAG  1031

seq1  AGGATCTAGGGTGTGTGCGAAGATTGGAGGAGGGAAAAGTCTGGGCATCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTAGGGTGTGTGCGAAGATTGGAGGAGGGAAAAGTCTGGGCATCA  1081

seq1  TCCAGGGCAAGTCCAAGTGTTCAAGGTGGCAAGAAGAGAATTC  1136
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCAAGTCCAAGTGTTCAAGGTGGCAAGAAGAGAATTC  1124