BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299C15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 21,730,728 - 21,901,049
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665094, LOC100040325, 7530428D23Rik, LOC100039465
Downstream geneLOC100040353, Tbl1xr1, LOC545506, LOC675593, LOC100040378, LOC623751
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299C15.bB6Ng01-299C15.g
ACCGA094081GA094082
length1,1471,053
definitionB6Ng01-299C15.b B6Ng01-299C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,730,728 - 21,731,855)(21,899,979 - 21,901,049)
sequence
gaattcaattccaatccgttgtgatgcttgaacactagtcccagaaacac
cagttctaccagaggaagggcaatgtttctccagttgtgggcactatact
gaggagtcatgtgaccagctccatgtatcacaggagccacagtccccagg
gtaggcccagtgcctacagaaaggtactaatgattccttagttacagaca
tttgcaagataaggacagagtcaggtcctaagaagtaagtttgctatgga
gtctcaactttcctttatgaaagaggctattttctatttgggtagcatta
aaacctcacagccccacaatctgcttccctcctagaagcatgggctgcct
tagaatgctatggatgtgggacatgaggtaaacacttgccacatctcctg
gtgatatattattgacccatgtgtccctgaatactggccaatgtcctaac
agtgtattccatatagacatggtggaaaactagattgggttctttgttct
tctcctttgttctgtgatgacgatgatgaagatgtcaggaatacagagga
aatgggtagacttccattccccagcaaattaccatccctgtggccaatgc
tgcttacgcagcctctgaaaacccaggaattgggagccttgctggtggtc
tccaattcacactcagttaactcatactggcttttgccatgaatcacaaa
cacagaaacaggcacaggacacccaccgagagctgagcttcctcacctgg
gtagctgattagtccaaaacctagctggaccataatggggaagggaccaa
aggaagcttgtcatgaacctcagctttctcctcctgatgacagatggagc
gtggtgagtttctgcactgtaagtcactcactggtgatcctgtcaggtta
gacactcaagggtcaaatgttcgaccactaagcaataggatacaactaaa
gaaaatgcattaacaaaatctgaaacaattacaacatgcaacatttacta
tgcttcttgggaattgcttaaatttttatttactccatcattagccacaa
taggtagggaacttcttggtggcccatggaataagagaaaacctgaaggc
tataaaaggtaccaaattgggggcggtggtgcaccatggcctttaat

gaattctccatatttatactggagagaaagaaggtttcaaaatatcagta
ctatgacattgacataaagcattgtgacaacagaatacaatagaatactt
tgatattaaaagatacctatctattgatctattatctatcaatatatata
tatatatctttggatatccaaataaaaaggaaatacgtatctaaattcca
gtagaagagttctatctctccttacttccccaagtgcttaaaaatctggt
gaatcactttttgagtcattaactattggttcacaaaaacatggagtttg
aaaggtaggtatttaaattctgatttttttttcctacaatgaagagcaat
acaaaactgtaggtctcatcatcaactatacagaaataagcaacccaaag
gtggagggtcctgggaagtacacagcgaacagctgaacttggtgaaaact
tagaagtctagagttgtgttctagaaactatggtgatagcattttcctgg
ccagtaaaccagcttccactggttgggcatagtctgatttagttggtagt
ttcatgtaaatacaggagttcttgcattttctccacagtcatcactcagc
atgctcacaaaataccccaaggtcacttttcatcctatgaaaataaactt
agtttactaacaaacaagtaaaatatatttgtgcagtcttttgtcttacc
tgtaagatggggaaaagtaactatgtcaacttcgcagagttgtaatagta
acaagagttaatatgtgaaaaatctccgtatagaatatgctgtgagagtt
tactgctgcagggcagtggtggtgcacgcctttactcccagcactcggga
ggcagaggcaggcgcatttctgagtttgaggacagcctggtctacaagtg
agttccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtctcaaaacaaaa
caaaacaaacaaacaaaaacaaaacaaaaaaggagagttactgctatttt
ttagcagatcagaaaatagattagtacatgtcttgtttggaatcatcaca
gcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_21730728_21731855
seq2: B6Ng01-299C15.b_43_1189

seq1  GAATTCAATTCCAATCCGTTGTGATGCTTGAACACTAGTCCCAGAAACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCCAATCCGTTGTGATGCTTGAACACTAGTCCCAGAAACAC  50

seq1  CAGTTCTACCAGAGGAAGGGCAATGTTTCTCCAGTTGTGGGCACTATACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTACCAGAGGAAGGGCAATGTTTCTCCAGTTGTGGGCACTATACT  100

seq1  GAGGAGTCATGTGACCAGCTCCATGTATCACAGGAGCCACAGTCCCCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGTCATGTGACCAGCTCCATGTATCACAGGAGCCACAGTCCCCAGG  150

seq1  GTAGGCCCAGTGCCTACAGAAAGGTACTAATGATTCCTTAGTTACAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCCCAGTGCCTACAGAAAGGTACTAATGATTCCTTAGTTACAGACA  200

seq1  TTTGCAAGATAAGGACAGAGTCAGGTCCTAAGAAGTAAGTTTGCTATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAGATAAGGACAGAGTCAGGTCCTAAGAAGTAAGTTTGCTATGGA  250

seq1  GTCTCAACTTTCCTTTATGAAAGAGGCTATTTTCTATTTGGGTAGCATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAACTTTCCTTTATGAAAGAGGCTATTTTCTATTTGGGTAGCATTA  300

seq1  AAACCTCACAGCCCCACAATCTGCTTCCCTCCTAGAAGCATGGGCTGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCACAGCCCCACAATCTGCTTCCCTCCTAGAAGCATGGGCTGCCT  350

seq1  TAGAATGCTATGGATGTGGGACATGAGGTAAACACTTGCCACATCTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGCTATGGATGTGGGACATGAGGTAAACACTTGCCACATCTCCTG  400

seq1  GTGATATATTATTGACCCATGTGTCCCTGAATACTGGCCAATGTCCTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATATTATTGACCCATGTGTCCCTGAATACTGGCCAATGTCCTAAC  450

seq1  AGTGTATTCCATATAGACATGGTGGAAAACTAGATTGGGTTCTTTGTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATTCCATATAGACATGGTGGAAAACTAGATTGGGTTCTTTGTTCT  500

seq1  TCTCCTTTGTTCTGTGATGACGATGATGAAGATGTCAGGAATACAGAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTGTTCTGTGATGACGATGATGAAGATGTCAGGAATACAGAGGA  550

seq1  AATGGGTAGACTTCCATTCCCCAGCAAATTACCATCCCTGTGGCCAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTAGACTTCCATTCCCCAGCAAATTACCATCCCTGTGGCCAATGC  600

seq1  TGCTTACGCAGCCTCTGAAAACCCAGGAATTGGGAGCCTTGCTGGTGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACGCAGCCTCTGAAAACCCAGGAATTGGGAGCCTTGCTGGTGGTC  650

seq1  TCCAATTCACACTCAGTTAACTCATACTGGCTTTTGCCATGAATCACAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATTCACACTCAGTTAACTCATACTGGCTTTTGCCATGAATCACAAA  700

seq1  CACAGAAACAGGCACAGGACACCCACCGAGAGCTGAGCTTCCTCACCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAACAGGCACAGGACACCCACCGAGAGCTGAGCTTCCTCACCTGG  750

seq1  GTAGCTGATTAGTCCAAAACCTAGCTGGACCATAATGGGGAAGGGACCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGATTAGTCCAAAACCTAGCTGGACCATAATGGGGAAGGGACCAA  800

seq1  AGGAAGCTTGTCATGAACCTCAGCTTTCTCCTCCTGATGACAGATGGAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTTGTCATGAACCTCAGCTTTCTCCTCCTGATGACAGATGGAGC  850

seq1  GTGGTGAGTTTCTGCACTGTAAGTCACTCACTGGTGATCCTGTCAGGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAGTTTCTGCACTGTAAGTCACTCACTGGTGATCCTGTCAGGTTA  900

seq1  GACACTCAAGGGTCAAATGTTCGACCACTAAGCAATAGGATACAACTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTCAAGGGTCAAATGTTCGACCACTAAGCAATAGGATACAACTAAA  950

seq1  GAAAATGCATTAACAAAATCTGAAACAATTAC-ACATGCAACATTAACTA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  GAAAATGCATTAACAAAATCTGAAACAATTACAACATGCAACATTTACTA  1000

seq1  TGC-TCTTGGGAATTGCT--AAATTTTATTTACTCCATCATTAG-CAC-A  1044
      ||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  TGCTTCTTGGGAATTGCTTAAATTTTTATTTACTCCATCATTAGCCACAA  1050

seq1  TAGGTA-GGAACTTCT--GTG--CCAT-GAATA--AGAAAAACTGAA-GC  1085
      |||||| |||||||||  |||  |||| |||||  |||||| ||||| ||
seq2  TAGGTAGGGAACTTCTTGGTGGCCCATGGAATAAGAGAAAACCTGAAGGC  1100

seq1  TATAAAAAGTTACCAATTGGGCGTGGTG--GCA-CAT-GCCTTTAAT  1128
      ||||||| ||  | ||||||| | ||||  ||| ||| |||||||||
seq2  TATAAAAGGTACCAAATTGGGGGCGGTGGTGCACCATGGCCTTTAAT  1147


seq1: chr3_21899979_21901049
seq2: B6Ng01-299C15.g_65_1117 (reverse)

seq1  GGCTGTGGATTGATTCCAAAC-AGACATGGTACTAATCTTATTTTCTGAT  49
      |||||||   ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  GGCTGTG--ATGATTCCAAACAAGACAT-GTACTAATC-TATTTTCTGAT  46

seq1  CTGCTTAAAAAATAGCAGTAAACTCTTCTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTG  99
      |||| |||||||||||||| |||||| ||||||          | |||||
seq2  CTGC-TAAAAAATAGCAGT-AACTCTCCTTTTT----------TGTTTTG  84

seq1  TTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTAT  149
      ||||||  ||||||| | || || | ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTG--TTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTAT  132

seq1  AGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGTCCTCAAACT  199
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCAC-TTGTAGACCAGGCTGTCCTCAAACT  181

seq1  CAGAAATGCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGAGTAAAGGCGTGCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGAGTAAAGGCGTGCA  231

seq1  CCACCACTGCCCTGCAGCAGTAAACTCTCACAGCATATTCTATACGGAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACTGCCCTGCAGCAGTAAACTCTCACAGCATATTCTATACGGAGA  281

seq1  TTTTTCACATATTAACTCTTGTTACTATTACAACTCTGCGAAGTTGACAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCACATATTAACTCTTGTTACTATTACAACTCTGCGAAGTTGACAT  331

seq1  AGTTACTTTTCCCCATCTTACAGGTAAGACAAAAGACTGCACAAATATAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTTTTCCCCATCTTACAGGTAAGACAAAAGACTGCACAAATATAT  381

seq1  TTTACTTGTTTGTTAGTAAACTAAGTTTATTTTCATAGGATGAAAAGTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTGTTTGTTAGTAAACTAAGTTTATTTTCATAGGATGAAAAGTGA  431

seq1  CCTTGGGGTATTTTGTGAGCATGCTGAGTGATGACTGTGGAGAAAATGCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGGTATTTTGTGAGCATGCTGAGTGATGACTGTGGAGAAAATGCA  481

seq1  AGAACTCCTGTATTTACATGAAACTACCAACTAAATCAGACTATGCCCAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCCTGTATTTACATGAAACTACCAACTAAATCAGACTATGCCCAA  531

seq1  CCAGTGGAAGCTGGTTTACTGGCCAGGAAAATGCTATCACCATAGTTTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGAAGCTGGTTTACTGGCCAGGAAAATGCTATCACCATAGTTTCT  581

seq1  AGAACACAACTCTAGACTTCTAAGTTTTCACCAAGTTCAGCTGTTCGCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACAACTCTAGACTTCTAAGTTTTCACCAAGTTCAGCTGTTCGCTG  631

seq1  TGTACTTCCCAGGACCCTCCACCTTTGGGTTGCTTATTTCTGTATAGTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTCCCAGGACCCTCCACCTTTGGGTTGCTTATTTCTGTATAGTTG  681

seq1  ATGATGAGACCTACAGTTTTGTATTGCTCTTCATTGTAGGAAAAAAAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAGACCTACAGTTTTGTATTGCTCTTCATTGTAGGAAAAAAAAAT  731

seq1  CAGAATTTAAATACCTACCTTTCAAACTCCATGTTTTTGTGAACCAATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTTAAATACCTACCTTTCAAACTCCATGTTTTTGTGAACCAATAG  781

seq1  TTAATGACTCAAAAAGTGATTCACCAGATTTTTAAGCACTTGGGGAAGTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGACTCAAAAAGTGATTCACCAGATTTTTAAGCACTTGGGGAAGTA  831

seq1  AGGAGAGATAGAACTCTTCTACTGGAATTTAGATACGTATTTCCTTTTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGATAGAACTCTTCTACTGGAATTTAGATACGTATTTCCTTTTTA  881

seq1  TTTGGATATCCAAAGATATATATATATATATTGATAGATAATAGATCAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATATCCAAAGATATATATATATATATTGATAGATAATAGATCAAT  931

seq1  AGATAGGTATCTTTTAATATCAAAGTATTCTATTGTATTCTGTTGTCACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGTATCTTTTAATATCAAAGTATTCTATTGTATTCTGTTGTCACA  981

seq1  ATGCTTTATGTCAATGTCATAGTACTGATATTTTGAAACCTTCTTTCTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTATGTCAATGTCATAGTACTGATATTTTGAAACCTTCTTTCTCT  1031

seq1  CCAGTATAAATATGGAGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATAAATATGGAGAATTC  1053


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |