BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299O21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 121,232,964 - 121,379,589
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik
Upstream gene2510027J23Rik, LOC435752, Tmem56, LOC668778, LOC668780, Alg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3
Downstream geneF3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117, LOC100043726, Bcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299O21.bB6Ng01-299O21.g
ACCGA094640GA094641
length1,1301,101
definitionB6Ng01-299O21.b B6Ng01-299O21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,378,438 - 121,379,589)(121,232,964 - 121,234,077)
sequence
gaattcccagtatcttatgaccttatacaggtaccttctgacctgggcca
tgctctgttcatggtcaaggctggcctcctgtgacgctctttgaaccttc
tcaacagctaggattaaatcaggccaagaacctgtcttaggacagggtgt
ggcaggctcagctggctgatgagagaaagagctaactaccctaagttgcc
aaagccaaaactagcaagtacctagttttttcaagcaactttacctgttg
tactggagagtcaactttaaattcaggagctcacacatgtaggtgcttgc
ttaagaattccatgggaattcctcttgagatgacatgcctagagctgagc
ctgacctcaaatgctaaagtggacctctgagctgtattggaggcactggt
tctgggatcaacacgaatgtatgtgtgaatatatctagtctttaatttgt
tcatggatttccttgtaaattctaatctagaggtccttttggcagcaggc
agggggttatccaccagagagaattcctcaaatatgggtttaagccaata
gaaagtctttattagtccactgacaataatactcagtgttggggaatctc
agtatagcactctcagtgagcctctcttaggatgagtttttaggcacaaa
aaccatgttcttggttaacatgcttcagccaacaggaatagttagttaaa
cagatgcggaactacagaagctaaaaaaacaggtctcatacatttagaga
ctttcccagaactatgctcacactgatgaattcagtctttgttgtcattt
tggtaggtaatgttgtctgtgtgctgagtgctatggcctggctggtactt
ccattatggagtcagttgcataaagttctggaaccctgttacaccattca
gttttctgggctccatctataaagttggggttctgaggactggtactggg
agagaaagaataaaacagagaggaacttctggtggggacgggtccctctg
ggatctatcatcagccacactggggagtcatcaagcactcccagtaaaaa
cactatcccttggcgaaggacttggaaaaaaaaagaaccattcgtctcct
tcttccacctcttctacttcgagttggctt
gaattcagagcttcaggcttgctttctgtttatgaatttcatacaagcat
aagcacaggctggtgtcctttctatttgcagggacagctctggatgcaag
cctggcatcttcccataagcctctttatctatccccagccagggccagca
ccatcagtaataatcctgtcctacacttggtcagttggtatatccatcac
aagacccagaagtgcagcagtgaacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacataccttgtcctgctttaaacaggtatctgaagct
aaaatttttgcagaagatgaaagaagccagtcagctaaaaaagaactctt
atgcctaacacagtgaagagaatctgggcatatggaaacctttagatttc
tcttacaaacaaagtgtactttctctgcagtttccagctcagggtgtgca
atgtctcagccggctaataattctttaggctgggaagggccatatgcgat
cttctctctaggcagcctgagagtttgagcagcagaggggcaagggagga
tcattaaataacattaacagcccaaggtcaaagctgcagacgcaggaggg
acagctgctccctatatttacataacagcagaactggagagaaatggcaa
ccaacgatagggaaggcaacaggactaggtaggtacacagacttctctga
gctccttaaagagagcttggagggccttatgagtggcagtagcagcagca
gcagcaataacaaacacatccaggcccagcctttctctgtgtatctaacc
acatctacgcaaaaccatttggaaagttaaaaattaaatgaatgcgtcct
ttacttggaagaacaaatgtggtttttacagtcaattcaaactaaagtct
tcttaacaaaggtaattactatcaggtagatattatagggcaacctgagt
gatcatactatacagcacacagcatgaccaacccggcatggggtgactca
tagcacagctttgacaagtgatgagctctaagaattagtgtcagactcag
ctctgagaaagactcctcgatgtcacgtcagggtctgtaaggtctacatc
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_121378438_121379589
seq2: B6Ng01-299O21.b_48_1177 (reverse)

seq1  AAGCAAACTCGAAGGTAGAAGGAGGGGTGGAGGGAAGGGAGACGGATTGT  50
      |||| |||||||| |||||   || |||||| |  | ||||||| || | 
seq2  AAGCCAACTCGAA-GTAGA---AGAGGTGGAAG--AAGGAGACGAATGG-  43

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTCCAGGTTCCTCTGCCAGGGAATTAGTGTTTTT  100
            || |||||||||||| || | ||  | |||||  ||||||||||
seq2  ------TTCTTTTTTTTTCCAAGTCCTTCGCCAAGGGA--TAGTGTTTTT  85

seq1  ACTGGGAAGTGCCTTTGATGACT-CCCAGTGTGGCTGATGATAGATCCCA  149
      |||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGG-AGTGC--TTGATGACTCCCCAGTGTGGCTGATGATAGATCCCA  132

seq1  GAAGGGACCCGGTCCCCACCAGAGTTTCCTCTCTGGTTTTATTCTTTCTT  199
      | |||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |
seq2  G-AGGGACCC-GTCCCCACCAGAAGTTCCTCTCT-GTTTTATTCTTTC-T  178

seq1  CTCCCAGTACCAGTCCTCAGAACCCCAACTTTTATAGATGGAGCCCAGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTACCAGTCCTCAGAACCCCAAC-TTTATAGATGGAGCCCAGAA  227

seq1  AACTGAATGGTGTAACAGGGTTCCAGAACTTTATGCAACTGACTCCATAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATGGTGTAACAGGGTTCCAGAACTTTATGCAACTGACTCCATAA  277

seq1  TGGAAGTACCAGCCAGGCCATAGCACTCAGCACACAGACAACATTACCTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTACCAGCCAGGCCATAGCACTCAGCACACAGACAACATTACCTA  327

seq1  CCAAAATGACAACAAAGACTGAATTCATCAGTGTGAGCATAGTTCTGGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATGACAACAAAGACTGAATTCATCAGTGTGAGCATAGTTCTGGGA  377

seq1  AAGTCTCTAAATGTATGAGACCTGTTTTTTTAGCTTCTGTAGTTCCGCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCTAAATGTATGAGACCTGTTTTTTTAGCTTCTGTAGTTCCGCAT  427

seq1  CTGTTTAACTAACTATTCCTGTTGGCTGAAGCATGTTAACCAAGAACATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAACTAACTATTCCTGTTGGCTGAAGCATGTTAACCAAGAACATG  477

seq1  GTTTTTGTGCCTAAAAACTCATCCTAAGAGAGGCTCACTGAGAGTGCTAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTGCCTAAAAACTCATCCTAAGAGAGGCTCACTGAGAGTGCTAT  527

seq1  ACTGAGATTCCCCAACACTGAGTATTATTGTCAGTGGACTAATAAAGACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGATTCCCCAACACTGAGTATTATTGTCAGTGGACTAATAAAGACT  577

seq1  TTCTATTGGCTTAAACCCATATTTGAGGAATTCTCTCTGGTGGATAACCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTGGCTTAAACCCATATTTGAGGAATTCTCTCTGGTGGATAACCC  627

seq1  CCTGCCTGCTGCCAAAAGGACCTCTAGATTAGAATTTACAAGGAAATCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGCTGCCAAAAGGACCTCTAGATTAGAATTTACAAGGAAATCCA  677

seq1  TGAACAAATTAAAGACTAGATATATTCACACATACATTCGTGTTGATCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAATTAAAGACTAGATATATTCACACATACATTCGTGTTGATCCC  727

seq1  AGAACCAGTGCCTCCAATACAGCTCAGAGGTCCACTTTAGCATTTGAGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAGTGCCTCCAATACAGCTCAGAGGTCCACTTTAGCATTTGAGGT  777

seq1  CAGGCTCAGCTCTAGGCATGTCATCTCAAGAGGAATTCCCATGGAATTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCAGCTCTAGGCATGTCATCTCAAGAGGAATTCCCATGGAATTCT  827

seq1  TAAGCAAGCACCTACATGTGTGAGCTCCTGAATTTAAAGTTGACTCTCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAGCACCTACATGTGTGAGCTCCTGAATTTAAAGTTGACTCTCCA  877

seq1  GTACAACAGGTAAAGTTGCTTGAAAAAACTAGGTACTTGCTAGTTTTGGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAACAGGTAAAGTTGCTTGAAAAAACTAGGTACTTGCTAGTTTTGGC  927

seq1  TTTGGCAACTTAGGGTAGTTAGCTCTTTCTCTCATCAGCCAGCTGAGCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAACTTAGGGTAGTTAGCTCTTTCTCTCATCAGCCAGCTGAGCCT  977

seq1  GCCACACCCTGTCCTAAGACAGGTTCTTGGCCTGATTTAATCCTAGCTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACCCTGTCCTAAGACAGGTTCTTGGCCTGATTTAATCCTAGCTGT  1027

seq1  TGAGAAGGTTCAAAGAGCGTCACAGGAGGCCAGCCTTGACCATGAACAGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGTTCAAAGAGCGTCACAGGAGGCCAGCCTTGACCATGAACAGA  1077

seq1  GCATGGCCCAGGTCAGAAGGTACCTGTATAAGGTCATAAGATACTGGGAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCCCAGGTCAGAAGGTACCTGTATAAGGTCATAAGATACTGGGAA  1127

seq1  TTC  1152
      |||
seq2  TTC  1130

seq1: chr3_121232964_121234077
seq2: B6Ng01-299O21.g_66_1166

seq1  GAATTCAGAGCTTCAGGCTTGCTTTCTGTTTATGAATTTCATACAAGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCTTCAGGCTTGCTTTCTGTTTATGAATTTCATACAAGCAT  50

seq1  AAGCACAGGCTGGTGTCCTTTCTATTTGCAGGGACAGCTCTGGATGCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAGGCTGGTGTCCTTTCTATTTGCAGGGACAGCTCTGGATGCAAG  100

seq1  CCTGGCATCTTCCCATAAGCCTCTTTATCTATCCCCAGCCAGGGCCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCATCTTCCCATAAGCCTCTTTATCTATCCCCAGCCAGGGCCAGCA  150

seq1  CCATCAGTAATAATCCTGTCCTACACTTGGTCAGTTGGTATATCCATCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGTAATAATCCTGTCCTACACTTGGTCAGTTGGTATATCCATCAC  200

seq1  AAGACCCAGAAGTGCAGCAGTGAACACACACACACACACACACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCAGAAGTGCAGCAGTGAACACACACACACACACACACACACACA  250

seq1  CACACACACACACACATACCTTGTCCTGCTTTAAACAGGTATCTGAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACATACCTTGTCCTGCTTTAAACAGGTATCTGAAGCT  300

seq1  AAAATTTTTGCAGAAGATGAAAGAAGCCAGTCAGCTAAAAAAGAACTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTTGCAGAAGATGAAAGAAGCCAGTCAGCTAAAAAAGAACTCTT  350

seq1  ATGCCTAACACAGTGAAGAGAATCTGGGCATATGGAAACCTTTAGATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAACACAGTGAAGAGAATCTGGGCATATGGAAACCTTTAGATTTC  400

seq1  TCTTACAAACAAAGTGTACTTTCTCTGCAGTTTCCAGCTCAGGGTGTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACAAACAAAGTGTACTTTCTCTGCAGTTTCCAGCTCAGGGTGTGCA  450

seq1  ATGTCTCAGCCGGCTAATAATTCTTTAGGCTGGGAAGGGCCATATGCGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAGCCGGCTAATAATTCTTTAGGCTGGGAAGGGCCATATGCGAT  500

seq1  CTTCTCTCTAGGCAGCCTGAGAGTTTGAGCAGCAGAGGGGCAAGGGAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTCTAGGCAGCCTGAGAGTTTGAGCAGCAGAGGGGCAAGGGAGGA  550

seq1  TCATTAAATAACATTAACAGCCCAAGGTCAAAGCTGCAGACGCAGGAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAAATAACATTAACAGCCCAAGGTCAAAGCTGCAGACGCAGGAGGG  600

seq1  ACAGCTGCTCCCTATATTTACATAACAGCAGAACTGGAGAGAAATGGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGCTCCCTATATTTACATAACAGCAGAACTGGAGAGAAATGGCAA  650

seq1  CCAACGATAGGGAAGGCAACAGGACTAGGTAGGTACACAGACTTCTCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACGATAGGGAAGGCAACAGGACTAGGTAGGTACACAGACTTCTCTGA  700

seq1  GCTCCTTAAAGAGAGCTTGGAGGGCCTTATGAGTGGCAGTAGCAGCAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTTAAAGAGAGCTTGGAGGGCCTTATGAGTGGCAGTAGCAGCAGCA  750

seq1  GCAGCAATAACAAACACATCCAGGCCCAGCCTTTCTCTGTGTATCTAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAATAACAAACACATCCAGGCCCAGCCTTTCTCTGTGTATCTAACC  800

seq1  ACATCTACGCAAAACCATTTGGAAAGTTAAAAATTAAATGAATGCGTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTACGCAAAACCATTTGGAAAGTTAAAAATTAAATGAATGCGTCCT  850

seq1  TTACTTGGAAAGAACAAATGTGGTTTTTACAGTCAATTCAAACTAAAGTC  900
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTGG-AAGAACAAATGTGGTTTTTACAGTCAATTCAAACTAAAGTC  899

seq1  TTCTTAACAAAGGTAATTACTATCAGGTAGATATTATAGGGCAACCTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAACAAAGGTAATTACTATCAGGTAGATATTATAGGGCAACCTGAG  949

seq1  TGAATCATTAACTATACAGCACACAGCATGACCCAACCCGGCAT-GGGTG  999
      || |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TG-ATCAT--ACTATACAGCACACAGCATGA-CCAACCCGGCATGGGGTG  995

seq1  ACTTCATTAGCACAGCCTTTGAACAAAGTGAATGAAGCTCTAAGAATAAG  1049
      || ||| |||||||| ||||||   ||||| ||| |||||||||||| ||
seq2  AC-TCA-TAGCACAG-CTTTGA--CAAGTG-ATG-AGCTCTAAGAATTAG  1038

seq1  TGTCAAGACTCAGCTCTGAG--AGACTCCTCGGATGTCACGGCAGGGTCT  1097
      |||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  TGTC-AGACTCAGCTCTGAGAAAGACTCCTC-GATGTCACGTCAGGGTCT  1086

seq1  GGTAGGGTCTACCATCG  1114
       ||| |||||| |||||
seq2  -GTAAGGTCTA-CATCG  1101