BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300B10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 123,173,084 - 123,270,940
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrss12, EG668804, Ndst3
Upstream geneBcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2, Synpo2, Sec24d, G430022H21Rik
Downstream geneLOC100043333, EG668809, Tram1l1, LOC100043740, 1700006A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300B10.bB6Ng01-300B10.g
ACCGA094754GA094755
length1,0381,131
definitionB6Ng01-300B10.b B6Ng01-300B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,269,917 - 123,270,940)(123,173,084 - 123,174,223)
sequence
gaattcaaccccagttagttaaataactgtaagaagaaggcaaggaagag
gaagattgggaccatacaataacatgttaatggtagctgccattttgttt
tccctgaagctatactgaagtatctcttaatgtcagagggaaataaatgg
gagaacttcttccaagtctcagattggtgggtcagtgacaaagatgactt
aagaagctatgagtgaatgtcacgagagaggttcaagtcactggccatag
aattttgtctagtagaagagattcaaggaggagtacagaaaaggaagtgt
taagagatgtcagatctgtgctgctgagctgttagaacactgttataaat
aagaaatgatggttcttcaaactcgtaggagcatcgatgactacagtcct
ataaatagatattactcactatgcaattgctatgcgacaggctatgctgc
gagtttctttatgactgtgatgacaactgtaaggtcggtcttactcatga
tgtttgttctagataaaatccccgagagttgaaaaccttcaaagatctca
gagccacagtttcttacatgataggcaggacaaagttacagacataacga
tattgtttatcagcaaaggaaataggaaagcatccaggaagaaaataacc
agagaggaacatgccacagtagggtgagaggaggaaatgtgtgatgtcaa
gttaaaggaaacaagaataaatctttgaggaaactattttattttatttt
gatttctgttgtttttaagatttttttccagtctgtaataattttagcaa
ctcttaatttggtggtcatatatataatttcaagactgaccattttggta
attggatagtcagctgaggggactcctctcttggggaagacttcttctcc
cactctctggattctctttctcgcctggagatctctgtctcgaggtgggg
aagcctttgagactccatccctttcatgttaggctggcctgttagaagtc
atccttgctttagggttgtacaaagtcatatgattttg
gaattctgttaaatagttagactaaaaattattttgtgtaagttgctttt
taaattttttcctttttaaaaaatttccctgtccattaaaaaaaatctta
caaaatttacaatgaaaacttcctagatatatggaattgattgaccagag
agggaagtttgttaacagatgggcaagttaagcccactaggaaccttgtt
cttgattccaccctgttagagagaaacagtcttgacttggggctccatca
atagaggattttgttttcactcatgttgtactctgttaaaaggcagagct
aaaacacagatgtgaaataagaagagaagaaagaaaacagtactgatggt
gttttggctggactaggttagacagagcatctgtcctcaattcaaaatac
cccaggaagctctaacacactagatgtccagggcctattggtagctgcca
tttagacatagtagaattctgggaaagcgatattaaccgtcagcctcagt
tttcttatctgtaaaattgatgttgtaacttcatgaagttgcagggagag
attaaataagttaatatgcacagcgctcttaggccaatgccaagcaagtc
attaggagtcatcgcagatcgggagtcactggtgatggaggggactgcct
tccagatagacccagtacactgatcagtaaaatgagttcctatagccaga
ggccaagtctcacaaactggtatgtgcagttaaagagccagtcctttata
tcctaaagtgtatatgcttatctggcctacctaccttgtctacttcaagt
agtggccaagtgtgggtcagatggtggtgtttatttggcctcgtctatct
ataatgagtgcatccactttgattagtgaagggaacacattggaataagg
gtcagacacagaaatgagactaggcagtgttcctcgggacttgctgtcac
caaggtcaattggcttcgcacagaaccagccagtgcattattgttattat
cacacagtgttcccgtacgctttctcttgtggtcaagcatgaaggtgtga
ccccgagcttcagcatgaacttgcagcctagtgtgaaattattcataggt
aagactgagcacacatgcctcactgaattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_123269917_123270940
seq2: B6Ng01-300B10.b_47_1084 (reverse)

seq1  CAAAATCATA--GCTTTGTA-AAACCTAAA-CAAGGATGAC-TCTAACA-  44
      ||||||||||   ||||||| || |||||| |||||||||| ||||||| 
seq2  CAAAATCATATGACTTTGTACAACCCTAAAGCAAGGATGACTTCTAACAG  50

seq1  GACAGGCTAACATGAAA-GGATGGAGTCTC-AAGGCTT-CCCACCTCGAG  91
      | ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  GCCAGCCTAACATGAAAGGGATGGAGTCTCAAAGGCTTCCCCACCTCGAG  100

seq1  ACAGAGATCTCCAGGCGAGAAAG-GAATCCAGAGAGTGGGAGAAGAAGTC  140
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGATCTCCAGGCGAGAAAGAGAATCCAGAGAGTGGGAGAAGAAGTC  150

seq1  TTCCCC-AGGGAGGAGTCCCCTCAGCTGACTATCCAA-TACC-AAATGGT  187
      |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  TTCCCCAAGAGAGGAGTCCCCTCAGCTGACTATCCAATTACCAAAATGGT  200

seq1  CAGTCTTGAAATTATATATATGACCACCAAATTAAGAGTTGCT-AAATTA  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGTCTTGAAATTATATATATGACCACCAAATTAAGAGTTGCTAAAATTA  250

seq1  TTACAGACTGGAAAAAAATCTTAAAAACAACAGAAATCAAAATAAAATAA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGACTGGAAAAAAATCTTAAAAACAACAGAAATCAAAATAAAATAA  300

seq1  AATAGTTTCCTCAAAGATTTATTCTTGTTTCCTTTAACTTGACATCACAC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTTCCTCAAAGATTTATTCTTGTTTCCTTTAACTTGACATCACAC  350

seq1  ATTTCCTCCTCTCACCCTACTGTGGCATGTTCCTCTCTGGTTATTTTCTT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTCCTCTCACCCTACTGTGGCATGTTCCTCTCTGGTTATTTTCTT  400

seq1  CCTGGATGCTTTCCTATTTCCTTTGCTGATAAACAATATCGTTATGTCTG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATGCTTTCCTATTTCCTTTGCTGATAAACAATATCGTTATGTCTG  450

seq1  TAACTTTGTCCTGCCTATCATGTAAGAAACTGTGGCTCTGAGATCTTTGA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTGTCCTGCCTATCATGTAAGAAACTGTGGCTCTGAGATCTTTGA  500

seq1  AGGTTTTCAACTCTCGGGGATTTTATCTAGAACAAACATCATGAGTAAGA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTCAACTCTCGGGGATTTTATCTAGAACAAACATCATGAGTAAGA  550

seq1  CCGACCTTACAGTTGTCATCACAGTCATAAAGAAACTCGCAGCATAGCCT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACCTTACAGTTGTCATCACAGTCATAAAGAAACTCGCAGCATAGCCT  600

seq1  GTCGCATAGCAATTGCATAGTGAGTAATATCTATTTATAGGACTGTAGTC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCATAGCAATTGCATAGTGAGTAATATCTATTTATAGGACTGTAGTC  650

seq1  ATCGATGCTCCTACGAGTTTGAAGAACCATCATTTCTTATTTATAACAGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGATGCTCCTACGAGTTTGAAGAACCATCATTTCTTATTTATAACAGT  700

seq1  GTTCTAACAGCTCAGCAGCACAGATCTGACATCTCTTAACACTTCCTTTT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAACAGCTCAGCAGCACAGATCTGACATCTCTTAACACTTCCTTTT  750

seq1  CTGTACTCCTCCTTGAATCTCTTCTACTAGACAAAATTCTATGGCCAGTG  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTCCTCCTTGAATCTCTTCTACTAGACAAAATTCTATGGCCAGTG  800

seq1  ACTTGAACCTCTCTCGTGACATTCACTCATAGCTTCTTAAGTCATCTTTG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAACCTCTCTCGTGACATTCACTCATAGCTTCTTAAGTCATCTTTG  850

seq1  TCACTGACCCACCAATCTGAGACTTGGAAGAAGTTCTCCCATTTATTTCC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACCCACCAATCTGAGACTTGGAAGAAGTTCTCCCATTTATTTCC  900

seq1  CTCTGACATTAAGAGATACTTCAGTATAGCTTCAGGGAAAACAAAATGGC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGACATTAAGAGATACTTCAGTATAGCTTCAGGGAAAACAAAATGGC  950

seq1  AGCTACCATTAACATGTTATTGTATGGTCCCAATCTTCCTCTTCCTTGCC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTACCATTAACATGTTATTGTATGGTCCCAATCTTCCTCTTCCTTGCC  1000

seq1  TTCTTCTTACAGTTATTTAACTAACTGGGGTTGAATTC  1024
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTACAGTTATTTAACTAACTGGGGTTGAATTC  1038

seq1: chr3_123173084_123174223
seq2: B6Ng01-300B10.g_65_1195

seq1  GAATTCTGTTAAATAGTTAGACTAAAAATTATTTTGTGTAAGTTGCTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTAAATAGTTAGACTAAAAATTATTTTGTGTAAGTTGCTTTT  50

seq1  TAAATTTTTTCCTTTTTAAAAAATTTCCCTGTCCATTAAAAAAAATCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTTTCCTTTTTAAAAAATTTCCCTGTCCATTAAAAAAAATCTTA  100

seq1  CAAAATTTACAATGAAAACTTCCTAGATATATGGAATTGATTGACCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTTACAATGAAAACTTCCTAGATATATGGAATTGATTGACCAGAG  150

seq1  AGGGAAGTTTGTTAACAGATGGGCAAGTTAAGCCCACTAGGAACCTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGTTTGTTAACAGATGGGCAAGTTAAGCCCACTAGGAACCTTGTT  200

seq1  CTTGATTCCACCCTGTTAGAGAGAAACAGTCTTGACTTGGGGCTCCATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTCCACCCTGTTAGAGAGAAACAGTCTTGACTTGGGGCTCCATCA  250

seq1  ATAGAGGATTTTGTTTTCACTCATGTTGTACTCTGTTAAAAGGCAGAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGATTTTGTTTTCACTCATGTTGTACTCTGTTAAAAGGCAGAGCT  300

seq1  AAAACACAGATGTGAAATAAGAAGAGAAGAAAGAAAACAGTACTGATGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACAGATGTGAAATAAGAAGAGAAGAAAGAAAACAGTACTGATGGT  350

seq1  GTTTTGGCTGGACTAGGTTAGACAGAGCATCTGTCCTCAATTCAAAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGCTGGACTAGGTTAGACAGAGCATCTGTCCTCAATTCAAAATAC  400

seq1  CCCAGGAAGCTCTAACACACTAGATGTCCAGGGCCTATTGGTAGCTGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAAGCTCTAACACACTAGATGTCCAGGGCCTATTGGTAGCTGCCA  450

seq1  TTTAGACATAGTAGAATTCTGGGAAAGCGATATTAACCGTCAGCCTCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACATAGTAGAATTCTGGGAAAGCGATATTAACCGTCAGCCTCAGT  500

seq1  TTTCTTATCTGTAAAATTGATGTTGTAACTTCATGAAGTTGCAGGGAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTATCTGTAAAATTGATGTTGTAACTTCATGAAGTTGCAGGGAGAG  550

seq1  ATTAAATAAGTTAATATGCACAGCGCTCTTAGGCCAATGCCAAGCAAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAAGTTAATATGCACAGCGCTCTTAGGCCAATGCCAAGCAAGTC  600

seq1  ATTAGGAGTCATCGCAGATCGGGAGTCACTGGTGATGGAGGGGACTGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAGTCATCGCAGATCGGGAGTCACTGGTGATGGAGGGGACTGCCT  650

seq1  TCCAGATAGACCCAGTACACTGATCAGTAAAATGAGTTCCTATAGCCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATAGACCCAGTACACTGATCAGTAAAATGAGTTCCTATAGCCAGA  700

seq1  GGCCAAGTCTCACAAACTGGTATGTGCAGTTAAAGAGCCAGTCCTTTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGTCTCACAAACTGGTATGTGCAGTTAAAGAGCCAGTCCTTTATA  750

seq1  TCCTAAAGTGTATATGCTTATCTGGCCTACCTACCTTGTCTACTTCAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAGTGTATATGCTTATCTGGCCTACCTACCTTGTCTACTTCAAGT  800

seq1  AGTGGCCAAGTGTGGGTCAGATGGTGGTGTTTATTTGGCCTCGTCTATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCAAGTGTGGGTCAGATGGTGGTGTTTATTTGGCCTCGTCTATCT  850

seq1  ATAATGAGTGCATCCACTTTGATTAGTGAAGGGAACACATTGG-ATAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATAATGAGTGCATCCACTTTGATTAGTGAAGGGAACACATTGGAATAAGG  900

seq1  GTCAGACACAG-AATGAGACTAGGCAGTGTTCCTCGGGACTTGCTGTCAC  948
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGACACAGAAATGAGACTAGGCAGTGTTCCTCGGGACTTGCTGTCAC  950

seq1  CAAGGTCAAATGGCTTCGCACAGAACCAGCCAGTGCATTATTGTTA-TAT  997
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAAGGTCAATTGGCTTCGCACAGAACCAGCCAGTGCATTATTGTTATTAT  1000

seq1  CACAACAGTGTTTCCCGTACGCTTTCTC-TGTGGTCAAGGCATGAAAGGT  1046
      ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||
seq2  CAC-ACAGTG-TTCCCGTACGCTTTCTCTTGTGGTCAA-GCATG-AAGGT  1046

seq1  GTGAACCCCCGGAGCTTCAGCATGAAACTGGCAGGCTAGTGTGAAAATTA  1096
      ||||   ||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||
seq2  GTGA---CCCCGAGCTTCAGCATG-AACTTGCAGCCTAGTGTG-AAATTA  1091

seq1  TTTCCATAAGGGAAGGACAGAGCACACATGGCTCACTGAATTCA  1140
      ||  ||||  || | ||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  TT--CATA--GGTAAGACTGAGCACACATGCCTCACTGAATTCA  1131