BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300E10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 41,083,670 - 41,247,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666004
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2
Downstream genePpia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300E10.bB6Ng01-300E10.g
ACCGA094894GA094895
length1,169662
definitionB6Ng01-300E10.b B6Ng01-300E10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,246,344 - 41,247,509)(41,083,670 - 41,084,331)
sequence
gaattctctcaagatcgctcatcatttttactgaatgaagtgtactcaca
aaatgaggagaactgtcactttcaacagaagacatttggtcttgaaacaa
taaatgttctgggagattactctgggttctaggggcttctaggatctgtg
actaggtgagaaaaggagagtcctaattttattttgtaacccatttatcg
gaaacctttctcttaatatccatttgcttttatttatgtgtatatgtgtg
cccatggtgaccagagagcactgaatccttgggaactgaaattataggca
gttgtgagccacctggtgtgggtgctgaaaaccagtcctgaattctcttg
caagagtagcaagtactctcaaacaccgagtcatctctgcacacctcatt
tctagaactctcagggaaagagtgtttctgtttgttaacccaagatacct
ttattgaaatcatttaaggcttccagacatctccttatacattacagcag
tcacacacatacctcgaccccttgactgttttcaaacctttccctaggct
aataggcatgtacaaactttgtctttctgggcgtcactgcacgaggtaaa
ctaagcatgtccataccgcatctccttgggtgtcactgcaaggtcactag
tctctctttgacattctagccctacagattctgtgtgaacatctgattgg
tcctgcatacgttctttgaaagcagttcgaggagatgtttatcctcctaa
actaagagactgtgtcaagcttgcatttagcaaatgttagccctacactg
tcttcctccacctccctaccctctttcatttgatggaaaatgtgacatgg
agactctgaggacagtacacagtcatacagtcctgccactgtcttctcag
tgtgtagccaatgtggtttttcattacaactctagattagacatttgggt
agaaatattcactttgggccttttgaaaactgaagtcatactctgagaaa
aatctaggaaccaagggatttgactgtgaaatcatttgctataagtttat
cgtggagctgttgtgctactttttgtgtcaactttggacatatattagaa
ggagtcattttggaagagggaacagccattagaaaatatccaactgaatt
ggtagcttggggtgcattt
gaattccaggtaagtctgtggattagaagcttcctctttatgaattaagg
gaggacaagtgtcaggatgaggaaagatagggttctatcctaaagacaga
gaacccacgatggagtggtgggccagctgaaaggtttagagaaataaaaa
tgattgatgaaaagaataaagccagcatttggaagctgattatgggatgg
atccctgcatatggcaatcactagatggtccatccttttgtcacagctcc
aaattttgtctctgtaactcctttcatgggtgttttgttctcatttctaa
gaaagggtaaagtgtccacactttggtcttcgttcttcttgaatttcatg
cgtttggcaagttgtatcttatatcttgggtatcctaagtttctgggcta
atatccacttatcagtgagtacatattgaaggacccagatatagctctct
cttgtgaaactatgccggggcctagcaaacacagaagtggatgatcacag
tcagctattggatggatcacacggcccccaatggaggagctagagaaatt
acccaaggagctaaagggatctgcaaccctataggtggaacaacattatg
aactaaccagtaccccggagctcttgactctagctgcatatgtatcaaaa
gatggcctagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_41246344_41247509
seq2: B6Ng01-300E10.b_47_1215 (reverse)

seq1  AAATGCACCCCAAGCCTACCAATCTGGTTGGGATATTTTCTTAATTGCTG  50
      |||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||||| |||| ||||
seq2  AAATGCACCCCAAG-CTACCAATTCAGTT-GGATATTTTC-TAATGGCTG  47

seq1  TTCCCTCTTCCAAAATGACTC--TCT-ATATATGT-CAAAGTTGACACAA  96
      |||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTTCCAAAATGACTCCTTCTAATATATGTCCAAAGTTGACACAA  97

seq1  AAAGTAGCCAACACAGCT-CACGATAAACTTATAGCAAATGATTTCACAG  145
      ||||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAG-CACAACAGCTCCACGATAAACTTATAGCAAATGATTTCACAG  146

seq1  TCAAATCCC-TGGTTCCTAGATTTGTTCTCAGAGTATGACTTCAGTTTTC  194
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCCCTTGGTTCCTAGATTT-TTCTCAGAGTATGACTTCAGTTTTC  195

seq1  AAAAGGCCC-AAGTGAATATTTCTACCCAAATGTCTAATCTAGAGTTGTA  243
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGCCCAAAGTGAATATTTCTACCCAAATGTCTAATCTAGAGTTGTA  245

seq1  ATG-AAAACCACATTGGCTACACACTGAGAAGACAGTGGCAGGACTGTAT  292
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAACCACATTGGCTACACACTGAGAAGACAGTGGCAGGACTGTAT  295

seq1  GACTGTGTACTGTCCTCAGAGTCTCCATGTCACATTTTCCATCAAATGAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTACTGTCCTCAGAGTCTCCATGTCACATTTTCCATCAAATGAA  345

seq1  AGAGGGTAGGGAGGTGGAGGAAGACAGTGTAGGGCTAACATTTGCTAAAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTAGGGAGGTGGAGGAAGACAGTGTAGGGCTAACATTTGCTAAAT  395

seq1  GCAAGCTTGACACAGTCTCTTAGTTTAGGAGGATAAACATCTCCTCGAAC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTTGACACAGTCTCTTAGTTTAGGAGGATAAACATCTCCTCGAAC  445

seq1  TGCTTTCAAAGAACGTATGCAGGACCAATCAGATGTTCACACAGAATCTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCAAAGAACGTATGCAGGACCAATCAGATGTTCACACAGAATCTG  495

seq1  TAGGGCTAGAATGTCAAAGAGAGACTAGTGACCTTGCAGTGACACCCAAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTAGAATGTCAAAGAGAGACTAGTGACCTTGCAGTGACACCCAAG  545

seq1  GAGATGCGGTATGGACATGCTTAGTTTACCTCGTGCAGTGACGCCCAGAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCGGTATGGACATGCTTAGTTTACCTCGTGCAGTGACGCCCAGAA  595

seq1  AGACAAAGTTTGTACATGCCTATTAGCCTAGGGAAAGGTTTGAAAACAGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAGTTTGTACATGCCTATTAGCCTAGGGAAAGGTTTGAAAACAGT  645

seq1  CAAGGGGTCGAGGTATGTGTGTGACTGCTGTAATGTATAAGGAGATGTCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGGTCGAGGTATGTGTGTGACTGCTGTAATGTATAAGGAGATGTCT  695

seq1  GGAAGCCTTAAATGATTTCAATAAAGGTATCTTGGGTTAACAAACAGAAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCTTAAATGATTTCAATAAAGGTATCTTGGGTTAACAAACAGAAA  745

seq1  CACTCTTTCCCTGAGAGTTCTAGAAATGAGGTGTGCAGAGATGACTCGGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTTTCCCTGAGAGTTCTAGAAATGAGGTGTGCAGAGATGACTCGGT  795

seq1  GTTTGAGAGTACTTGCTACTCTTGCAAGAGAATTCAGGACTGGTTTTCAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGAGTACTTGCTACTCTTGCAAGAGAATTCAGGACTGGTTTTCAG  845

seq1  CACCCACACCAGGTGGCTCACAACTGCCTATAATTTCAGTTCCCAAGGAT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACACCAGGTGGCTCACAACTGCCTATAATTTCAGTTCCCAAGGAT  895

seq1  TCAGTGCTCTCTGGTCACCATGGGCACACATATACACATAAATAAAAGCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCTCTCTGGTCACCATGGGCACACATATACACATAAATAAAAGCA  945

seq1  AATGGATATTAAGAGAAAGGTTTCCGATAAATGGGTTACAAAATAAAATT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATATTAAGAGAAAGGTTTCCGATAAATGGGTTACAAAATAAAATT  995

seq1  AGGACTCTCCTTTTCTCACCTAGTCACAGATCCTAGAAGCCCCTAGAACC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTCTCCTTTTCTCACCTAGTCACAGATCCTAGAAGCCCCTAGAACC  1045

seq1  CAGAGTAATCTCCCAGAACATTTATTGTTTCAAGACCAAATGTCTTCTGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTAATCTCCCAGAACATTTATTGTTTCAAGACCAAATGTCTTCTGT  1095

seq1  TGAAAGTGACAGTTCTCCTCATTTTGTGAGTACACTTCATTCAGTAAAAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTGACAGTTCTCCTCATTTTGTGAGTACACTTCATTCAGTAAAAA  1145

seq1  TGATGAGCGATCTTGAGAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGCGATCTTGAGAGAATTC  1169

seq1: chr3_41083670_41084331
seq2: B6Ng01-300E10.g_69_730

seq1  GAATTCCAGGTAAGTCTGTGGATTAGAAGCTTCCTCTTTATGAATTAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTAAGTCTGTGGATTAGAAGCTTCCTCTTTATGAATTAAGG  50

seq1  GAGGACAAGTGTCAGGATGAGGAAAGATAGGGTTCTATCCTAAAGACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAAGTGTCAGGATGAGGAAAGATAGGGTTCTATCCTAAAGACAGA  100

seq1  GAACCCACGATGGAGTGGTGGGCCAGCTGAAAGGTTTAGAGAAATAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCACGATGGAGTGGTGGGCCAGCTGAAAGGTTTAGAGAAATAAAAA  150

seq1  TGATTGATGAAAAGAATAAAGCCAGCATTTGGAAGCTGATTATGGGATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGATGAAAAGAATAAAGCCAGCATTTGGAAGCTGATTATGGGATGG  200

seq1  ATCCCTGCATATGGCAATCACTAGATGGTCCATCCTTTTGTCACAGCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGCATATGGCAATCACTAGATGGTCCATCCTTTTGTCACAGCTCC  250

seq1  AAATTTTGTCTCTGTAACTCCTTTCATGGGTGTTTTGTTCTCATTTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTGTCTCTGTAACTCCTTTCATGGGTGTTTTGTTCTCATTTCTAA  300

seq1  GAAAGGGTAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAATTTCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAATTTCATG  350

seq1  CGTTTGGCAAGTTGTATCTTATATCTTGGGTATCCTAAGTTTCTGGGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGGCAAGTTGTATCTTATATCTTGGGTATCCTAAGTTTCTGGGCTA  400

seq1  ATATCCACTTATCAGTGAGTACATATTGAAGGACCCAGATATAGCTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCACTTATCAGTGAGTACATATTGAAGGACCCAGATATAGCTCTCT  450

seq1  CTTGTGAAACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAAACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCACAG  500

seq1  TCAGCTATTGGATGGATCACACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTATTGGATGGATCACACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATT  550

seq1  ACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATG  600

seq1  AACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAA  650

seq1  GATGGCCTAGTC  662
      ||||||||||||
seq2  GATGGCCTAGTC  662