BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305F06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 120,694,782 - 120,811,418
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream gene2510027J23Rik, LOC435752, Tmem56, LOC668778, LOC668780, Alg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305F06.bB6Ng01-305F06.g
ACCGA098645GA098646
length1,0911,091
definitionB6Ng01-305F06.b B6Ng01-305F06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,810,319 - 120,811,418)(120,694,782 - 120,696,004)
sequence
gaattctctctctttttttttttttgaaaatgatttgtcttacacactca
acttcaaatatcaggtctacattccataaacttaagcttgctgagtttag
ggccattacccccagtgcacactgggatatatatgatcagataagtagca
gagcatggagaatagtttacttagtaactttctgggttgaaaatgtattg
tcaaaaattatcctaaaagtaaaaattacctacaattctttaccaaatca
atagcccttattttgataaacctcccacagagatgaagaccacttagatc
tgcagttcttttgtgggttggtaccgctttgggagttgaatggccctttc
ataagggttgcatatcagatatcctacatattggatatttacattacggc
tcacaacagtagcaaaattacagttatgtagcagcaataaaaataatgtt
atgattcgggggtcaccacaacatgaggaactgtattaaagtgtggcaac
attaggaaggttgagaaccactgccttaagatgatgctacattcagttac
agcactcagccatgcaaccgggaggaccatgagttctccatcaaagaggc
cttgacaagcgggtgtcaaacacatgctcaagtgatcttgcttggaaagg
ccccggcggatagaaggtccccagtcaatatttcctcagtggttaaactg
aagaagcagctgggtgcttttaaaagggagggttttgatgctagtggcaa
aagccaaactcacgtgttaaggaacccacagtgtagaggatacgtgagtt
agtgtgtgagcagctcagtcttacatctagctcagcctctgctgcaaact
ttggtctgtggtcaagttggtggaggctggggtgaggtcagccgcctctc
tgtaagggaagcatggtttgtggttaaccaaaggtgatttttctttttca
tgcttagtctttatgcagaggtgtagtatacacagcaggaaaagagaccc
tccggcagggtttctgaaacgcctcgctctagtttgcttgcaccctggtg
gtccctacagcgagcttttaaagtgcctgctattgatctgt
gaattctaggctagccagggctaatagtgagaccttgtcttaaacaaata
aaacaaacaaacaaaaaatcagagcattaagctagaattaatccctctct
acatagaagaaacaaagacaaaagacctcagagggagaagtgaatagcag
tgttgtgagagcactgggctgtttgtgagcttgtttgagtttgtgtagca
tactttaaaggtggtccatgagtctctgtctctgtctctctgtctctctc
cctgtctctatctctgtctctctctgtctctctctgtgtctctgtctctg
tctctgtttctctctctctctctctcttcctctctctctctctccctccc
cccccccagtcttgcttttgcctggcctaggagaattgaagatagccttt
cacaatgaaactcgagaaccagaaagttccgttaatgaattacactcacc
attcaggctcagcaatgccaattctatagcaatgtctgcagagctctaga
aaggagaaagtacttctcagctcagtgatcttatcctggtaactaaacaa
gtggcggggacagggagacaccacttagtatttctcgaagacaagttaat
ttcataacaaattttgaaatcagcaacattttcacgtgataataaattag
aagtgtaatttatctcatatatgcgtggtttgtttaacatggaaacatct
attaaatgtgattcatcagctcaacaaactgaaggaaagtaaggatccag
ggagatggttcaagagttaaggcttttgctgcacaagcaagagaactgga
gttcagattcccagaatccattatagatgctggctgggcagggaagcctg
cctgtaattctagcttaagaaggtagagagacaatggatccctcattctt
ccatgccaaactcatcaggaaactgaatactgggtggctcagtgagcatt
ggttagcttctgtgggcattgtgtgctctgtggcattggtggctctggtg
gccattgtggctcagtgagcatggtagcctcttgtgagcattggtgcgct
cctgtgaccactgctgggcctttgtgggcatttgtgggctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_120810319_120811418
seq2: B6Ng01-305F06.b_47_1137 (reverse)

seq1  ACAGATCATTAAGGCCAAGCACTTTAAAAGCTCTGCTGTAGGGACCA-CA  49
      |||||||| ||    || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  ACAGATCAATA---GCAGGCACTTTAAAAGCTC-GCTGTAGGGACCACCA  46

seq1  GGGTGGCAAAGCAAACTAGAGCGAGGCCGTTTCAGGAACCCTGCCCGGAG  99
      |||||   |||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||
seq2  GGGTG--CAAGCAAACTAGAGCGAGG-CGTTTCAGAAACCCTG-CCGGAG  92

seq1  GGTCTCTTTTTCCCTGCTGTGTATACTACACCTCTGCAT-AAGACTAAGC  148
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGTCTCTTTT--CCTGCTGTGTATACTACACCTCTGCATAAAGACTAAGC  140

seq1  ATGAAAAAG-AAAATCACCTTTTGTTAACCACAAACCATGCTTCCCTTTA  197
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATGAAAAAGAAAAATCACCTTTGGTTAACCACAAACCATGCTTCCC-TTA  189

seq1  CAGAGAGGCGGCTGACCTCACCCCAGCCTCCACCAACTTGACCACAGACC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGCGGCTGACCTCACCCCAGCCTCCACCAACTTGACCACAGACC  239

seq1  AAAGTTTGCAGCAGAGGCTGAGCTAGATGTAAGACCTGAGCTGCTCACAC  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGCAGCAGAGGCTGAGCTAGATGTAAGA-CTGAGCTGCTCACAC  288

seq1  ACTAACTCACGTATCCTCTACACTGTGGGTTCCTTAACACGTGAGTTTGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTCACGTATCCTCTACACTGTGGGTTCCTTAACACGTGAGTTTGG  338

seq1  CTTTTGCCACTAGCATCAAAACCCTCCCTTTTAAAAGCACCCAGCTGCTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCCACTAGCATCAAAACCCTCCCTTTTAAAAGCACCCAGCTGCTT  388

seq1  CTTCAGTTTAACCACTGAGGAAATATTGACTGGGGACCTTCTATCCGCCG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTTTAACCACTGAGGAAATATTGACTGGGGACCTTCTATCCGCCG  438

seq1  GGGCCTTTCCAAGCAAGATCACTTGAGCATGTGTTTGACACCCGCTTGTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTTCCAAGCAAGATCACTTGAGCATGTGTTTGACACCCGCTTGTC  488

seq1  AAGGCCTCTTTGATGGAGAACTCATGGTCCTCCCGGTTGCATGGCTGAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTCTTTGATGGAGAACTCATGGTCCTCCCGGTTGCATGGCTGAGT  538

seq1  GCTGTAACTGAATGTAGCATCATCTTAAGGCAGTGGTTCTCAACCTTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAACTGAATGTAGCATCATCTTAAGGCAGTGGTTCTCAACCTTCCT  588

seq1  AATGTTGCCACACTTTAATACAGTTCCTCATGTTGTGGTGACCCCCGAAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGCCACACTTTAATACAGTTCCTCATGTTGTGGTGACCCCCGAAT  638

seq1  CATAACATTATTTTTATTGCTGCTACATAACTGTAATTTTGCTACTGTTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACATTATTTTTATTGCTGCTACATAACTGTAATTTTGCTACTGTTG  688

seq1  TGAGCCGTAATGTAAATATCCAATATGTAGGATATCTGATATGCAACCCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCGTAATGTAAATATCCAATATGTAGGATATCTGATATGCAACCCT  738

seq1  TATGAAAGGGCCATTCAACTCCCAAAGCGGTACCAACCCACAAAAGAACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAGGGCCATTCAACTCCCAAAGCGGTACCAACCCACAAAAGAACT  788

seq1  GCAGATCTAAGTGGTCTTCATCTCTGTGGGAGGTTTATCAAAATAAGGGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTAAGTGGTCTTCATCTCTGTGGGAGGTTTATCAAAATAAGGGC  838

seq1  TATTGATTTGGTAAAGAATTGTAGGTAATTTTTACTTTTAGGATAATTTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATTTGGTAAAGAATTGTAGGTAATTTTTACTTTTAGGATAATTTT  888

seq1  TGACAATACATTTTCAACCCAGAAAGTTACTAAGTAAACTATTCTCCATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATACATTTTCAACCCAGAAAGTTACTAAGTAAACTATTCTCCATG  938

seq1  CTCTGCTACTTATCTGATCATATATATCCCAGTGTGCACTGGGGGTAATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTACTTATCTGATCATATATATCCCAGTGTGCACTGGGGGTAATG  988

seq1  GCCCTAAACTCAGCAAGCTTAAGTTTATGGAATGTAGACCTGATATTTGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAACTCAGCAAGCTTAAGTTTATGGAATGTAGACCTGATATTTGA  1038

seq1  AGTTGAGTGTGTAAGACAAATCATTTTCAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGTGTGTAAGACAAATCATTTTCAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAA  1088

seq1  TTC  1100
      |||
seq2  TTC  1091

seq1: chr3_120694782_120696004
seq2: B6Ng01-305F06.g_69_1159

seq1  GAATTCTAGGCTAGCCAGGGCTAATAGTGAGACCTTGTCTTAAACAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGCTAGCCAGGGCTAATAGTGAGACCTTGTCTTAAACAAATA  50

seq1  AAACAAACAAACAAAAAATCAGAGCATTAAGCTAGAATTAATCCCTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAACAAAAAATCAGAGCATTAAGCTAGAATTAATCCCTCTCT  100

seq1  ACATAGAAGAAACAAAGACAAAAGACCTCAGAGGGAGAAGTGAATAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAAGAAACAAAGACAAAAGACCTCAGAGGGAGAAGTGAATAGCAG  150

seq1  TGTTGTGAGAGCACTGGGCTGTTTGTGAGCTTGTTTGAGTTTGTGTAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAGAGCACTGGGCTGTTTGTGAGCTTGTTTGAGTTTGTGTAGCA  200

seq1  TACTTTAAAGGTGGTCCATGAGTCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAAAGGTGGTCCATGAGTCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTC  250

seq1  CCTGTCTCTATCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGTGTCTCTGTCTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCTATCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGTGTCTCTGTCTCTG  300

seq1  TCTCTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCC  350

seq1  CCCCCCCAGTCTTGCTTTTGCCTGGCCTAGGAGAATTGAAGATAGCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCAGTCTTGCTTTTGCCTGGCCTAGGAGAATTGAAGATAGCCTTT  400

seq1  CACAATGAAACTCGAGAACCAGAAAGTTCCGTTAATGAATTACACTCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGAAACTCGAGAACCAGAAAGTTCCGTTAATGAATTACACTCACC  450

seq1  ATTCAGGCTCAGCAATGCCAATTCTATAGCAATGTCTGCAGAGCTCTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGCTCAGCAATGCCAATTCTATAGCAATGTCTGCAGAGCTCTAGA  500

seq1  AAGGAGAAAGTACTTCTCAGCTCAGTGATCTTATCCTGGTAACTAAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAAGTACTTCTCAGCTCAGTGATCTTATCCTGGTAACTAAACAA  550

seq1  GTGGCGGGGACAGGGAGACACCACTTAGTATTTCTCGAAGACAAGTTAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGGGGACAGGGAGACACCACTTAGTATTTCTCGAAGACAAGTTAAT  600

seq1  TTCATAACAAATTTTGAAATCAGCAACATTTTCACGTGATAATAAATTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAACAAATTTTGAAATCAGCAACATTTTCACGTGATAATAAATTAG  650

seq1  AAGTGTAATTTATCTCATATATGCGTGGTTTGTTTAACATGGAAACATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTAATTTATCTCATATATGCGTGGTTTGTTTAACATGGAAACATCT  700

seq1  ATT-AATGTGATTCATCAGCTCAACAAACTGAAGGAAAGTAAGGATCCAG  749
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGTGATTCATCAGCTCAACAAACTGAAGGAAAGTAAGGATCCAG  750

seq1  GGAGATGGTTCAAGAGTTAAGGCTTTTGCTGCACAAGCAAGAGAACTGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGTTCAAGAGTTAAGGCTTTTGCTGCACAAGCAAGAGAACTGGA  800

seq1  GTTCAGATTCCCAGAATCCA-TATAGATGCTGGCTGGGCAGGGAAGCCTG  848
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGATTCCCAGAATCCATTATAGATGCTGGCTGGGCAGGGAAGCCTG  850

seq1  CCTGTAATTCTAGCTTAGGAAGGTAGAGAGACAATGGATTCCTCATTCTT  898
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTGTAATTCTAGCTTAAGAAGGTAGAGAGACAATGGATCCCTCATTCTT  900

seq1  CCATGCCAAACTCATCAGGAAACTGAATACTGGTGGGCTCAGTGAGCATT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CCATGCCAAACTCATCAGGAAACTGAATACTGGGTGGCTCAGTGAGCATT  950

seq1  GG-TAGGCTCTGTGGGCATTGGTGTGCTCTGTGGGCATTGGTGGGCTCT-  996
      || |||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| 
seq2  GGTTAGCTTCTGTGGGCATT-GTGTGCTCTGT-GGCATTGGT-GGCTCTG  997

seq1  GTGGGCATTGGTGGGCTCAGTGAGCATTGGTAGGCTC-TGTGAGCATTGG  1045
      |||| |||||   ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||
seq2  GTGGCCATTG--TGGCTCAGTGAGCA-TGGTAGCCTCTTGTGAGCATTGG  1044

seq1  TGCGCT-CTGTGAGCACTGGTGGG-CTTTGTGGGCATTGGTGGGCTCTGT  1093
      |||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||   
seq2  TGCGCTCCTGTGACCACTGCTGGGCCTTTGTGGGCATTTGTGGGCTC---  1091

seq1  GAGCATTGGTGCACTCTGTGAGCATTGGTGAGCTCTATGAGCACTGGTGG  1143
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1091

seq1  GCTCTGTGGGCATTGGTGGGCTCAGTGAGCATTGGAAGGCTCTGTGAGCA  1193
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1091

seq1  TTGGTGGACTTTGTGGGCATTGGTGGGCTC  1223
                                    
seq2  ------------------------------  1091