BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305G08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 45,658,170 - 45,824,602
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC671801
Upstream geneLOC676484, LOC100039296, Pcdh10, LOC100039282, LOC433580
Downstream geneEG241989
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305G08.bB6Ng01-305G08.g
ACCGA098697GA098698
length1,1421,107
definitionB6Ng01-305G08.b B6Ng01-305G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,658,170 - 45,659,309)(45,823,500 - 45,824,602)
sequence
gaattcttacacaggttaaataaggagtctctctatcatacatatatcaa
atatatgtatgtgagtatgtatatgtctgtttctatgggcatacctatgt
attacatatattcctatataatttaagtattgtttaaaaaaaaacttttc
ctgtactctaatatgatatgcaccagtggtgctctgatatttacaaattt
atgaaatcagggaatgatatcaaccttctatccagttaatgactaattaa
attttctcttaaggtgtagaacctttctcctgaggagcagcagataaaat
ctttaattcttcagtattcacatttcccagtgaggctatctatggctttt
tttcataataagtgacttaccagcagtatttgctgaagactttatgtcat
ctgacctcttttgattatcattgcaaatgatattgtcatctttgccaaat
atatctacatagttgtcaatcatgatttggataattgacatctgtaacaa
caaggcaaaaacaagatcctctgtcattttacagagtttacaaaattgaa
atcaataaaaaattgaaatataaatgttgaggaaaatagcagttactacg
agcaaatatgaacttgtgaaacgaatcctctgtgaaatggagactctaag
ttctttgcaattaacttaacctggttaaaatttcatacatattgcaaaaa
aaatggaggaactactaaagcaaggtaagatatcagagctgatatgctgc
caaaataaccatgtgtggatcaaattaatgacttcaaagggtttcttgaa
ttggtgattatttgccatgatgtgaggaggaggtggagtttcactgtgac
agtttgcatgggatgctggtcttattccaggcatcacaatatacgatacc
atttttgtgacaccttttaagtgttttaagtggcttggtttccctggagg
aagtatgccattggttagaatttatgtttactgaagccaggtgtcatttg
cagtgtactctctgtgcttcatgttgttgcctaagatgagagccatgcct
cctcttctgcagccatgctctctgtcatgactttgaaggactgtaatctc
tctacagcctctaaggtccaaaataaaacaattatttctatg

gaattcttaatgtgaaaataattcaccagacttcacatggataatagata
tagctaagtaacagaaaaatacttgaatacttggagagatagaaatctgt
caataagcatgatagtccataaaaagcacacatctgctacttcagataaa
gagggtaaaactctgtttaattatcaacctgtatatttcctgtataaaaa
gagtgttatttatacctttcagacttttcatcacttgaggaaaattcttg
aataatttctttggaggcagaagtttgtgcttaattgttgctctttagaa
actggaacaaggacaaagaaagtgtctaaatatctggctaaggtattaat
gaaataaaagtactgaataaaccaatgactactacagattacaggctcag
gcaagagaagaccaaagcaaacatataaaggcttgtattcaggctaacat
gcagactttgtttaccctaagcattacactgattgtaagcaacaataagc
tatgcccagagactgctttcctgccacagacttactcttaagacacagtt
aaagcacccatttagactcacttgctgcttctttcctttgtaaaggacaa
tgaacatgaatgaatagttgaggtgtttatgaaacccagggttgtcttaa
aaaaccttgacaaatttgaaacactaaaaatatttgctggcaagcaagtg
tgggtgacacaactgtaaaagctcagaaataaaacaccaaaaatatttag
gaagatctgcatttagacacctttacaagccacatcgacttcacacttca
cttgacggagcagcagctggaatcgtggaggtatgcttttagaaaagtaa
gggagatacatgccctgaaaatacttggttgaacctggaggccaggcaga
ttaatgcataattactatgactttacaaatcaaagttcgaggaattattt
tattttttcagttaattctacagtctctatggtccaatgggtagaacaag
gttttttcatttctgtttcatttcagctcacaggttaacagttgatgtct
gtgctgaatactttatttcaactgaagaagggtagagtcatctgagaggg
agcaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_45658170_45659309
seq2: B6Ng01-305G08.b_45_1186

seq1  GAATTCTTACACAGGTTAAATAAGGAGTCTCTCTATCATACATATATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACACAGGTTAAATAAGGAGTCTCTCTATCATACATATATCAA  50

seq1  ATATATGTATGTGAGTATGTATATGTCTGTTTCTATGGGCATACCTATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTATGTGAGTATGTATATGTCTGTTTCTATGGGCATACCTATGT  100

seq1  ATTACATATATTCCTATATAATTTAAGTATTGTTTAAAAAAAAACTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATATATTCCTATATAATTTAAGTATTGTTTAAAAAAAAACTTTTC  150

seq1  CTGTACTCTAATATGATATGCACCAGTGGTGCTCTGATATTTACAAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTCTAATATGATATGCACCAGTGGTGCTCTGATATTTACAAATTT  200

seq1  ATGAAATCAGGGAATGATATCAACCTTCTATCCAGTTAATGACTAATTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATCAGGGAATGATATCAACCTTCTATCCAGTTAATGACTAATTAA  250

seq1  ATTTTCTCTTAAGGTGTAGAACCTTTCTCCTGAGGAGCAGCAGATAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTCTTAAGGTGTAGAACCTTTCTCCTGAGGAGCAGCAGATAAAAT  300

seq1  CTTTAATTCTTCAGTATTCACATTTCCCAGTGAGGCTATCTATGGCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATTCTTCAGTATTCACATTTCCCAGTGAGGCTATCTATGGCTTTT  350

seq1  TTTCATAATAAGTGACTTACCAGCAGTATTTGCTGAAGACTTTATGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAATAAGTGACTTACCAGCAGTATTTGCTGAAGACTTTATGTCAT  400

seq1  CTGACCTCTTTTGATTATCATTGCAAATGATATTGTCATCTTTGCCAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTCTTTTGATTATCATTGCAAATGATATTGTCATCTTTGCCAAAT  450

seq1  ATATCTACATAGTTGTCAATCATGATTTGGATAATTGACATCTGTAACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACATAGTTGTCAATCATGATTTGGATAATTGACATCTGTAACAA  500

seq1  CAAGGCAAAAACAAGATCCTCTGTCATTTTACAGAGTTTACAAAATTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAAAAACAAGATCCTCTGTCATTTTACAGAGTTTACAAAATTGAA  550

seq1  ATCAATAAAAAATTGAAATATAAATGTTGAGGAAAATAGCAGTTACTACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATAAAAAATTGAAATATAAATGTTGAGGAAAATAGCAGTTACTACG  600

seq1  AGCAAATATGAACTTGTGAAACGAATCCTCTGTGAAATGGAGACTCTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATATGAACTTGTGAAACGAATCCTCTGTGAAATGGAGACTCTAAG  650

seq1  TTCTTTGCAATTAACTTAACCTGGTTAAAATTTCATACATATTGCAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGCAATTAACTTAACCTGGTTAAAATTTCATACATATTGCAAAAA  700

seq1  AAATGGAGGAACTACTAAAGCAAGGTAAGATATCAGAGCTGATATGCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAGGAACTACTAAAGCAAGGTAAGATATCAGAGCTGATATGCTGC  750

seq1  CAAAATAACCATGTGTGGATCAAATTAATGACTTCAAAGGGTTTCTTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAACCATGTGTGGATCAAATTAATGACTTCAAAGGGTTTCTTGAA  800

seq1  TTGGTGATTATTTGCCATGATGTGAGGAGGAGGTGGAGTTTCACTGTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATTATTTGCCATGATGTGAGGAGGAGGTGGAGTTTCACTGTGAC  850

seq1  AGTTTGCATGGGATGCTGGTCTTATTCCAGGCATCACAATATACGATACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGCATGGGATGCTGGTCTTATTCCAGGCATCACAATATACGATACC  900

seq1  ATTTTTGTGACACCTTTTAAGTGTTTTAAGTGGCTTGGTTT-CCTGGAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTTTTGTGACACCTTTTAAGTGTTTTAAGTGGCTTGGTTTCCCTGGAGG  950

seq1  AAGTATGCCATTGGTTAGAATTTATGTTTACTGAAGCCAGGTGTCATTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGCCATTGGTTAGAATTTATGTTTACTGAAGCCAGGTGTCATTTG  1000

seq1  CAGTGTACTCTCTGTGCTTCATGTTTGTTGCCTAAGATGAGAGCCATG-C  1048
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGTGTACTCTCTGTGCTTCATG-TTGTTGCCTAAGATGAGAGCCATGCC  1049

seq1  TCCTCTTCCTGCAGCCATGCTCCTCTGTCATGACTTTGAAGGACTGTAAT  1098
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTT-CTGCAGCCATGCT-CTCTGTCATGACTTTGAAGGACTGTAAT  1097

seq1  CTCTCTACAG-CTCTAA-GTCCCAAAT-AAACATTTATTTCTATG  1140
      |||||||||| |||||| |||| |||| ||||| |||||||||||
seq2  CTCTCTACAGCCTCTAAGGTCCAAAATAAAACAATTATTTCTATG  1142


seq1: chr3_45823500_45824602
seq2: B6Ng01-305G08.g_68_1174 (reverse)

seq1  GTTTGCT-CCTCTCAGATGACTCTACCCTCTGTCAGGTTGAAATAAAAGT  49
      ||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||
seq2  GTTTGCTCCCTCTCAGATGACTCTACCCTTCTTCA-GTTGAAAT-AAAGT  48

seq1  ATTCAGCACAGACATCAACTGTTACCCTGTGAGCTGAAAATGAAACAGAA  99
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATTCAGCACAGACATCAACTGTTAACCTGTGAGCTG-AAATGAAACAGAA  97

seq1  ATGAAAAAACC-TGTTCTA-CCATTGGA-CATAGAGACTGTAG-ATTAAC  145
      ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  ATGAAAAAACCTTGTTCTACCCATTGGACCATAGAGACTGTAGAATTAAC  147

seq1  TG-AAAAATAAAATAATTCCTCGAACTTTGATTTGTAAAGTCATAGTAAT  194
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAATAAAATAATTCCTCGAACTTTGATTTGTAAAGTCATAGTAAT  197

seq1  TATGCATTAATCTGCCTGGCCTCCAGGTTCAACCAAGTATTTTCAGGGCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATTAATCTGCCTGGCCTCCAGGTTCAACCAAGTATTTTCAGGGCA  247

seq1  TGTATCT-CCTTACTTTTCTAAAAGCATACCTCCACGATTCCAGCTGCTG  293
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTCCCTTACTTTTCTAAAAGCATACCTCCACGATTCCAGCTGCTG  297

seq1  CTCCGTCAAGTGAAGTGTGAAGTCGATGTGGCTTGTAAAGGTGTCTAAAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGTCAAGTGAAGTGTGAAGTCGATGTGGCTTGTAAAGGTGTCTAAAT  347

seq1  GCAGATCTTCCTAAATATTTTTGGTGTTTTATTTCTGAGCTTTTACAGTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTTCCTAAATATTTTTGGTGTTTTATTTCTGAGCTTTTACAGTT  397

seq1  GTGTCACCCACACTTGCTTGCCAGCAAATATTTTTAGTGTTTCAAATTTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACCCACACTTGCTTGCCAGCAAATATTTTTAGTGTTTCAAATTTG  447

seq1  TCAAGGTTTTTTAAGACAACCCTGGGTTTCATAAACACCTCAACTATTCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTTTTTTAAGACAACCCTGGGTTTCATAAACACCTCAACTATTCA  497

seq1  TTCATGTTCATTGTCCTTTACAAAGGAAAGAAGCAGCAAGTGAGTCTAAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTTCATTGTCCTTTACAAAGGAAAGAAGCAGCAAGTGAGTCTAAA  547

seq1  TGGGTGCTTTAACTGTGTCTTAAGAGTAAGTCTGTGGCAGGAAAGCAGTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCTTTAACTGTGTCTTAAGAGTAAGTCTGTGGCAGGAAAGCAGTC  597

seq1  TCTGGGCATAGCTTATTGTTGCTTACAATCAGTGTAATGCTTAGGGTAAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCATAGCTTATTGTTGCTTACAATCAGTGTAATGCTTAGGGTAAA  647

seq1  CAAAGTCTGCATGTTAGCCTGAATACAAGCCTTTATATGTTTGCTTTGGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTGCATGTTAGCCTGAATACAAGCCTTTATATGTTTGCTTTGGT  697

seq1  CTTCTCTTGCCTGAGCCTGTAATCTGTAGTAGTCATTGGTTTATTCAGTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTGCCTGAGCCTGTAATCTGTAGTAGTCATTGGTTTATTCAGTA  747

seq1  CTTTTATTTCATTAATACCTTAGCCAGATATTTAGACACTTTCTTTGTCC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATTTCATTAATACCTTAGCCAGATATTTAGACACTTTCTTTGTCC  797

seq1  TTGTTCCAGTTTCTAAAGAGCAACAATTAAGCACAAACTTCTGCCTCCAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCCAGTTTCTAAAGAGCAACAATTAAGCACAAACTTCTGCCTCCAA  847

seq1  AGAAATTATTCAAGAATTTTCCTCAAGTGATGAAAAGTCTGAAAGGTATA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTATTCAAGAATTTTCCTCAAGTGATGAAAAGTCTGAAAGGTATA  897

seq1  AATAACACTCTTTTTATACAGGAAATATACAGGTTGATAATTAAACAGAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACACTCTTTTTATACAGGAAATATACAGGTTGATAATTAAACAGAG  947

seq1  TTTTACCCTCTTTATCTGAAGTAGCAGATGTGTGCTTTTTATGGACTATC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCCTCTTTATCTGAAGTAGCAGATGTGTGCTTTTTATGGACTATC  997

seq1  ATGCTTATTGACAGATTTCTATCTCTCCAAGTATTCAAGTATTTTTCTGT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATTGACAGATTTCTATCTCTCCAAGTATTCAAGTATTTTTCTGT  1047

seq1  TACTTAGCTATATCTATTATCCATGTGAAGTCTGGTGAATTATTTTCACA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAGCTATATCTATTATCCATGTGAAGTCTGGTGAATTATTTTCACA  1097

seq1  TTAAGAATTC  1103
      ||||||||||
seq2  TTAAGAATTC  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |