BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308F07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,240,538 - 83,379,797
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700028M03Rik, LOC100042007
Upstream geneNpy2r, LOC100041940, EG633285, Lrat, Fgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2
Downstream geneLOC100042091, Sfrp2, LOC633522, Tlr2, D930015E06Rik, Mnd1, Trim2, EG624713, 6330505N24Rik, Arfip1, EG667788
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308F07.bB6Ng01-308F07.g
ACCGA100860GA100861
length1,1411,118
definitionB6Ng01-308F07.b B6Ng01-308F07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,378,634 - 83,379,797)(83,240,538 - 83,241,655)
sequence
gaattcatatgactttgagggcctgcctcaaattgtctcctgttataact
tcccacaaagctggagacaataattaaaatgtctcttcagtgcccagcaa
ggaagagaggagctgtccctgtttttctgccaaagccatttgcagccaga
caggaccatgaacacacctaggtgggaggtagaacgcacagttgaaattt
tcctgctaaagttggcatctcctattcatgctctccagagcaccattcct
ccggagaacctataaaagtaggccgggaggtcccacttcacaaagaaatg
gcgcctcagagaagtcaggcacttgaccacatgtctcccagtgacatttg
tggtgagcggcagaatctgttataattagttctgagtgaacggaaagact
gtacctggttgcgtaagcagcagatgtgtactagaaattcagagactcag
cctcagccaggtcttcagactggtttcagttaaagaagaatagagcctcc
tctcagaatccaaggggattgttccaagactgcctgctggtaccaccaac
tgtggacattcaagtttcttgtatgaaatggcataatggtttcacgtcac
cccacggaaatctttctgatgccttaaattatagagtccctataattccc
ggtagaatctaattaccgtgagaatagttgttgtgccatattgcttagag
aatagcagcagaagaaaaacaaagtctgtgtatccaccacttcttactga
cataacatttatggatgcttttttttttttgtggtcgcttgaatccttgc
atatggagaccacagatctggagggccaaatgtagtctgatttgagaagg
aagcttcaacatgatatttgtgaggtttcatcatttgtaattttcttcta
agtagattttccccaattataatttaaacattcatgcttctaatctttta
agctgtaatttaatttaatgtgaatgaattcatcagtttgttcaatataa
ctactacctaatagtctttcttccctcggtgtttgtcgtttctctctgtg
tgttttatgacttctgagtagactcaggtgattagtcagagagagatctg
ccattgtgtctagtgacttgatggtaacttagtcatcgtga
gaattccatccttggacaagggctgaccttgagtagagcaaaagagaggc
agtgaagccagcagagctttaggcgatcttatgggctcaggacacataag
ttatagtggagatgccaaaacatctaggacttcagagaccaagatcttgg
agataggaaatccaaataaataagcccagcatttagtggttttcccctca
gaggaatttcccaaatattaatatgttcagacaaggactctgtaaccaag
taactttttaaaaacagagcagtatttctagaagtctccgaagggagggg
tgggactgactgaaggcttaaagattcagaaaccttaaagaacaggatct
gagaaatatccccggttctctgtaagacttctaaaaaggtacaatgtggg
acggaatcaaccaaacccctgagaactgaaagtcagactagagtgactaa
tactgactgaagtaaagttacagattcatcttgttgcccatgaaatcatg
aaaagccccagccatggacaacatgccgtcatctagaccagtggattgca
accccttcgacaaacctctgtctccaaaaatatttacattgaccttcatg
ttagtatcaaaattacagctatgaagtagcaataaaaaacgatttgatgg
ttgggtcaccacagtatgagatattatactaaagggtcacagcatcagga
aagttgagaagcactggcttagaacttttggttttacaacctaacatttg
tttaaaactgtgaggtgagggaacccttatctattaatggtaggatttaa
gtaggtccaaccactacggaattcatacttaacctcctgaattcaaagca
aaaactaaaactaaaaatagagttactgtactagccagctgtaccactca
aaggactatgtatacatggttaaaggtttgcttgtactcgaaaggctctg
aagtcaacatatcacaaagaatacccacacatccatgcttgctgtagcac
tgatcatagagcaagttatgaatgtatgagctaggtgagcattgcactga
gtccaaaaatgagcacaataatacacaggtagagcttaactcattcatga
aattattgtcatttttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83378634_83379797
seq2: B6Ng01-308F07.b_43_1183 (reverse)

seq1  TCACGATGACTAAGTTCCCATTTCAAGCTCACTTAGGACACAAT-GCAGA  49
      |||||||||||||||| |||  ||||| |||||   |||||||| |||||
seq2  TCACGATGACTAAGTTACCA--TCAAG-TCACT--AGACACAATGGCAGA  45

seq1  TCTTCTTCCTCTTGGAATTAATTCACCTTGAGTCTACCTCAGAAGTTCAT  99
      |||     ||||  || |  | ||||| |||||||| |||||||| ||||
seq2  TCT-----CTCTCTGACT--AATCACC-TGAGTCTA-CTCAGAAG-TCAT  85

seq1  AAAACACACAGAGAAGAAAAGGACAAACACCGGAGGGAAAGGAAAGGAAC  149
      ||||||||||||||   ||| |||||||||| |||||||  |||||  ||
seq2  AAAACACACAGAGA--GAAACGACAAACACC-GAGGGAA--GAAAG--AC  128

seq1  TATTAGGTAGTAGTTATATTGAACAAAACTTGATGAATTCATTCACATTT  199
      |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||
seq2  TATTAGGTAGTAGTTATATTGAACAAA--CTGATGAATTCATTCACA-TT  175

seq1  AAATTAAATTACAGCTTAAAAGATTAGAAGCATGAATGTTTTAATTATAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAATTAAATTACAGCTTAAAAGATTAGAAGCATGAATGTTTAAATTATAA  225

seq1  TTGGGGAAAATCTACTTAGAAGAAAATTACAAATGATGAAACCTCACAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGAAAATCTACTTAGAAGAAAATTACAAATGATGAAACCTCACAAA  275

seq1  TATCATGTTGAAGCTTCCTTCTCAAATCAGACTACATTTGGCCCTCCAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGTTGAAGCTTCCTTCTCAAATCAGACTACATTTGGCCCTCCAGA  325

seq1  TCTGTGGTCTCCATATGCAAGGATTCAAGCGACCAC-AAAAAAAAAAAGC  398
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGTGGTCTCCATATGCAAGGATTCAAGCGACCACAAAAAAAAAAAAGC  375

seq1  ATCCATAAATGTTATGTCAGTAAGAAGTGGTGGATACACAGACTTTGTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATAAATGTTATGTCAGTAAGAAGTGGTGGATACACAGACTTTGTTT  425

seq1  TTCTTCTGCTGCTATTCTCTAAGCAATATGGCACAACAACTATTCTCACG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGCTGCTATTCTCTAAGCAATATGGCACAACAACTATTCTCACG  475

seq1  GTAATTAGATTCTACCGGGAATTATAGGGACTCTATAATTTAAGGCATCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTAGATTCTACCGGGAATTATAGGGACTCTATAATTTAAGGCATCA  525

seq1  GAAAGATTTCCGTGGGGTGACGTGAAACCATTATGCCATTTCATACAAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTTCCGTGGGGTGACGTGAAACCATTATGCCATTTCATACAAGA  575

seq1  AACTTGAATGTCCACAGTTGGTGGTACCAGCAGGCAGTCTTGGAACAATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAATGTCCACAGTTGGTGGTACCAGCAGGCAGTCTTGGAACAATC  625

seq1  CCCTTGGATTCTGAGAGGAGGCTCTATTCTTCTTTAACTGAAACCAGTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGATTCTGAGAGGAGGCTCTATTCTTCTTTAACTGAAACCAGTCT  675

seq1  GAAGACCTGGCTGAGGCTGAGTCTCTGAATTTCTAGTACACATCTGCTGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCTGGCTGAGGCTGAGTCTCTGAATTTCTAGTACACATCTGCTGC  725

seq1  TTACGCAACCAGGTACAGTCTTTCCGTTCACTCAGAACTAATTATAACAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGCAACCAGGTACAGTCTTTCCGTTCACTCAGAACTAATTATAACAG  775

seq1  ATTCTGCCGCTCACCACAAATGTCACTGGGAGACATGTGGTCAAGTGCCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCCGCTCACCACAAATGTCACTGGGAGACATGTGGTCAAGTGCCT  825

seq1  GACTTCTCTGAGGCGCCATTTCTTTGTGAAGTGGGACCTCCCGGCCTACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCTGAGGCGCCATTTCTTTGTGAAGTGGGACCTCCCGGCCTACT  875

seq1  TTTATAGGTTCTCCGGAGGAATGGTGCTCTGGAGAGCATGAATAGGAGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGGTTCTCCGGAGGAATGGTGCTCTGGAGAGCATGAATAGGAGAT  925

seq1  GCCAACTTTAGCAGGAAAATTTCAACTGTGCGTTCTACCTCCCACCTAGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACTTTAGCAGGAAAATTTCAACTGTGCGTTCTACCTCCCACCTAGG  975

seq1  TGTGTTCATGGTCCTGTCTGGCTGCAAATGGCTTTGGCAGAAAAACAGGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCATGGTCCTGTCTGGCTGCAAATGGCTTTGGCAGAAAAACAGGG  1025

seq1  ACAGCTCCTCTCTTCCTTGCTGGGCACTGAAGAGACATTTTAATTATTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCCTCTCTTCCTTGCTGGGCACTGAAGAGACATTTTAATTATTGT  1075

seq1  CTCCAGCTTTGTGGGAAGTTATAACAGGAGACAATTTGAGGCAGGCCCTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCTTTGTGGGAAGTTATAACAGGAGACAATTTGAGGCAGGCCCTC  1125

seq1  AAAGTCATATGAATTC  1164
      ||||||||||||||||
seq2  AAAGTCATATGAATTC  1141

seq1: chr3_83240538_83241655
seq2: B6Ng01-308F07.g_64_1181

seq1  GAATTCCATCCTTGGACAAGGGCTGACCTTGAGTAGAGCAAAAGAGAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCCTTGGACAAGGGCTGACCTTGAGTAGAGCAAAAGAGAGGC  50

seq1  AGTGAAGCCAGCAGAGCTTTAGGCGATCTTATGGGCTCAGGACACATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGCCAGCAGAGCTTTAGGCGATCTTATGGGCTCAGGACACATAAG  100

seq1  TTATAGTGGAGATGCCAAAACATCTAGGACTTCAGAGACCAAGATCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTGGAGATGCCAAAACATCTAGGACTTCAGAGACCAAGATCTTGG  150

seq1  AGATAGGAAATCCAAATAAATAAGCCCAGCATTTAGTGGTTTTCCCCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGAAATCCAAATAAATAAGCCCAGCATTTAGTGGTTTTCCCCTCA  200

seq1  GAGGAATTTCCCAAATATTAATATGTTCAGACAAGGACTCTGTAACCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATTTCCCAAATATTAATATGTTCAGACAAGGACTCTGTAACCAAG  250

seq1  TAACTTTTTAAAAACAGAGCAGTATTTCTAGAAGTCTCCGAAGGGAGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTTTAAAAACAGAGCAGTATTTCTAGAAGTCTCCGAAGGGAGGGG  300

seq1  TGGGACTGACTGAAGGCTTAAAGATTCAGAAACCTTAAAGAACAGGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTGACTGAAGGCTTAAAGATTCAGAAACCTTAAAGAACAGGATCT  350

seq1  GAGAAATATCCCCGGTTCTCTGTAAGACTTCTAAAAAGGTACAATGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATATCCCCGGTTCTCTGTAAGACTTCTAAAAAGGTACAATGTGGG  400

seq1  ACGGAATCAACCAAACCCCTGAGAACTGAAAGTCAGACTAGAGTGACTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAATCAACCAAACCCCTGAGAACTGAAAGTCAGACTAGAGTGACTAA  450

seq1  TACTGACTGAAGTAAAGTTACAGATTCATCTTGTTGCCCATGAAATCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACTGAAGTAAAGTTACAGATTCATCTTGTTGCCCATGAAATCATG  500

seq1  AAAAGCCCCAGCCATGGACAACATGCCGTCATCTAGACCAGTGGATTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCCCAGCCATGGACAACATGCCGTCATCTAGACCAGTGGATTGCA  550

seq1  ACCCCTTCGACAAACCTCTGTCTCCAAAAATATTTACATTGACCTTCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTCGACAAACCTCTGTCTCCAAAAATATTTACATTGACCTTCATG  600

seq1  TTAGTATCAAAATTACAGCTATGAAGTAGCAATAAAAAACGATTTGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATCAAAATTACAGCTATGAAGTAGCAATAAAAAACGATTTGATGG  650

seq1  TTGGGTCACCACAGTATGAGATATTATACTAAAGGGTCACAGCATCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCACCACAGTATGAGATATTATACTAAAGGGTCACAGCATCAGGA  700

seq1  AAGTTGAGAAGCACTGGCTTAGAACTTTTGGTTTTACAACCTAACATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGAGAAGCACTGGCTTAGAACTTTTGGTTTTACAACCTAACATTTG  750

seq1  TTTAAAACTGTGAGGTGAGGGAACCCTTATCTATTAATGGTAGGATTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACTGTGAGGTGAGGGAACCCTTATCTATTAATGGTAGGATTTAA  800

seq1  GTAGGTCCAACCACTACGGAATTCATACTTAACCTCCTGAATTCAAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTCCAACCACTACGGAATTCATACTTAACCTCCTGAATTCAAAGCA  850

seq1  AAAACTAAAACTAAAAATAGAGTTACTGTACTAGCCAGCTGTACCACTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAAAACTAAAAATAGAGTTACTGTACTAGCCAGCTGTACCACTCA  900

seq1  AAGGACTATGTATACATGGTT-AAGGTTTGCTTGTACTCGAAGGGCTCTG  949
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGGACTATGTATACATGGTTAAAGGTTTGCTTGTACTCGAAAGGCTCTG  950

seq1  AAGTCAACATATCACAAAG-ATACCCACACATCCATGCTTGCTGTAGCAC  998
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAACATATCACAAAGAATACCCACACATCCATGCTTGCTGTAGCAC  1000

seq1  TGATCATAAGAGCAAAGTTATGAATGTTATGAGCTAGGTGAGCATTGGCA  1048
      ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||   
seq2  TGATCAT-AGAGC-AAGTTATGAATG-TATGAGCTAGGTGAGCATTG--C  1045

seq1  ACTGAGTCCAAAAAATGAGGCACA--TATACACA-GTAGAGTTTTACTCA  1095
      ||||||||| |||||||| |||||   ||||||| |||||| || |||||
seq2  ACTGAGTCC-AAAAATGA-GCACAATAATACACAGGTAGAGCTTAACTCA  1093

seq1  -TCATGAAATTA-TGTCATTTTTCA  1118
       ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCATGAAATTATTGTCATTTTTCA  1118