BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308L13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 75,066,394 - 75,198,336
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSerpini2, Wdr49
Upstream geneLOC667434, LOC100041551, EG667459, BC050789
Downstream genePdcd10, Serpini1, Golph4, Fstl5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308L13.bB6Ng01-308L13.g
ACCGA101149GA101150
length1,1371,053
definitionB6Ng01-308L13.b B6Ng01-308L13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,197,195 - 75,198,336)(75,066,394 - 75,067,441)
sequence
gaattcactgtgacagattaagtctgggagttcttgtggaaatctggatt
cgctataccagcctcaaagctcgaagcctgcataggactgctgttcaccc
ataattccatttgatcacaagtaaataaagcacaaattcaagttcaaaag
tagttctcacactctgatcttaatcctcgggagactcaaatctttgggga
atctgagatgtcaagagtatttttcttgtcagtttttcacaggtttacaa
tagatctttctagaggctacatgatgtatggagacctaattgatctggac
attaagggaatgtatgctcttgtattttgttttaacagttaatactttac
ttatgcaatgtagcaaatatataggttttattgggtatagatgaaagcta
ttttgattgaacaatgatttataaaactgtagagaaatctcaagaccaaa
agttttgagaaccacagggatagaatggtgggtagagtacttgatgtcaa
tttccaaaatgtgtgtctaagaggatcaaggaatcataatgcagccctct
ccaagggttgcctttataaggctggccgctgatctcttcaaagcaattcc
ctgactgtactgctatttactggaaacattctgctttgaggaatcttact
ttcttactaacttctaagaaatcctttctcttttgttttaaacgtgtgtc
gggatagacgtttataaatctgggatatagccaatgggttctactctctg
tctccttttgtgccatctttaaggcttttgttttgtctggatttgacgat
gatcttctctcctattgtagattttgcattctgcccacatttcaatgtta
tttcattccagctgggcttcagagtggaagcctcaccttggcttcccata
aaagcagcttgcaatatttctgcaaatttatttatgtctgtgtcgacttt
ccttttcttcccccccccccccccaactctctctaagagaatgtgctaag
ctacacagagtctatttaaaaggcactgcatgttcttcacagccagccag
agacctatgtgacctgctgaggagacccttggaagtcattttgagagtaa
gtaactgagtgactcagcggctgcagccagtgttcat

gaattctaaagtaatattcaggcatttataatgtatggacacctttaaac
gatggtggggaaaatagagaggaagagaaaaaatagctgtacatcagttg
tcagagcaaatagaataatgtcatatacttaaagtctaagacctgtgaaa
cacagttgacctttgataaattactgagcacctaaatcaatggaaaacta
tcaccaactattgcaccattgaaggagactataaaattattggccttata
aacttgattatatttacaggttaatgacctcatttaacacagatcaaaga
gaatgaatatgcatgactgctaatcagcaatgagaaaaacatttaatttc
ttaaaatagaaccttggaacccagatgatcgggtgaatcagttggattga
accagccctctagaaattctaactctattctagcactgttttgtagctgt
ctttgactacattgtgggttctttcttccacccttttctacccttttcct
tcacccctttcaaaccctatcagtagataggagagataaaaatagagatg
aagggagcaatgttatctctagactaatttctgctatttgggggcattaa
gttacttgttaaagtttcctcttcctgtcaggatatctaattttttcttc
ttgttgtttattctttgtgcacaattaattaacaaactgtgcccaacagc
aaccaatgaacaaccaacaacaaccttacacccacaactacaccaccacc
ttacctctcaggaccctagcatttgtaccctctgaaaagtccccagagtt
ccaaatatcacacacaatcacagaaactgtctgcagctggcaaaaccatg
cccctgctagagcatgagttaaattatagtcagctgctgcagacaatctg
aaccagccccgtatgccacatctgggaattaaaatgaaaaacatattccc
taataatatttctgtgttttcaatggaaccaaaactacaaaattatcaac
tctactagctcttcttctcctgatgtcaaaacccaatgtcagagaagaga
gag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_75197195_75198336
seq2: B6Ng01-308L13.b_48_1184 (reverse)

seq1  ATGAACACTGCCTGCAGCCCGCTGAGTCACTTCAGTTACTTTAACTCTCA  50
      |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||
seq2  ATGAACACTGGCTGCAG-CCGCTGAGTCAC-TCAGTTACTT--ACTCTCA  46

seq1  AAATGGCTTTCCAGGGGTCTTCCTCAGCAGGTCACATAAGGTCTCTGGCT  100
      ||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAATGAC-TTCCAAGGGTC-TCCTCAGCAGGTCACAT-AGGTCTCTGGCT  93

seq1  GGCTGTG-AGAACATGCAGTGC--TTTTAATAGACTCTGTGTAGCTTAGC  147
      ||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGAAGAACATGCAGTGCCTTTTAAATAGACTCTGTGTAGCTTAGC  143

seq1  ACATTCTCTTAGAGAGGAGTT-GGGGGGGGGGGGGGAAGAAAAGGAAAAG  196
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACATTCTCTTAGAGA-GAGTTGGGGGGGGGGGGGGGAAGAAAAGG-AAAG  191

seq1  TCGACACAGACATAAATAAATTTGCAGAAATATTGCAAGCTGCTTTTATG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACACAGACATAAATAAATTTGCAGAAATATTGCAAGCTGCTTTTATG  241

seq1  GGAAGCCAAGGTGAGGCTTCCACTCTGAAGCCCAGCTGGAATGAAATAAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCAAGGTGAGGCTTCCACTCTGAAGCCCAGCTGGAATGAAATAAC  291

seq1  ATTGAAATGTGGGCAGAATGCAAAATCTACAATAGGAGAGAAGATCATCG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAATGTGGGCAGAATGCAAAATCTACAATAGGAGAGAAGATCATCG  341

seq1  TCAAATCCAGACAAAACAAAAGCCTTAAAGATGGCACAAAAGGAGACAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCCAGACAAAACAAAAGCCTTAAAGATGGCACAAAAGGAGACAGA  391

seq1  GAGTAGAACCCATTGGCTATATCCCAGATTTATAAACGTCTATCCCGACA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGAACCCATTGGCTATATCCCAGATTTATAAACGTCTATCCCGACA  441

seq1  CACGTTTAAAACAAAAGAGAAAGGATTTCTTAGAAGTTAGTAAGAAAGTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTTAAAACAAAAGAGAAAGGATTTCTTAGAAGTTAGTAAGAAAGTA  491

seq1  AGATTCCTCAAAGCAGAATGTTTCCAGTAAATAGCAGTACAGTCAGGGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCTCAAAGCAGAATGTTTCCAGTAAATAGCAGTACAGTCAGGGAA  541

seq1  TTGCTTTGAAGAGATCAGCGGCCAGCCTTATAAAGGCAACCCTTGGAGAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGAAGAGATCAGCGGCCAGCCTTATAAAGGCAACCCTTGGAGAG  591

seq1  GGCTGCATTATGATTCCTTGATCCTCTTAGACACACATTTTGGAAATTGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCATTATGATTCCTTGATCCTCTTAGACACACATTTTGGAAATTGA  641

seq1  CATCAAGTACTCTACCCACCATTCTATCCCTGTGGTTCTCAAAACTTTTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGTACTCTACCCACCATTCTATCCCTGTGGTTCTCAAAACTTTTG  691

seq1  GTCTTGAGATTTCTCTACAGTTTTATAAATCATTGTTCAATCAAAATAGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGAGATTTCTCTACAGTTTTATAAATCATTGTTCAATCAAAATAGC  741

seq1  TTTCATCTATACCCAATAAAACCTATATATTTGCTACATTGCATAAGTAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTATACCCAATAAAACCTATATATTTGCTACATTGCATAAGTAA  791

seq1  AGTATTAACTGTTAAAACAAAATACAAGAGCATACATTCCCTTAATGTCC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTAACTGTTAAAACAAAATACAAGAGCATACATTCCCTTAATGTCC  841

seq1  AGATCAATTAGGTCTCCATACATCATGTAGCCTCTAGAAAGATCTATTGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAATTAGGTCTCCATACATCATGTAGCCTCTAGAAAGATCTATTGT  891

seq1  AAACCTGTGAAAAACTGACAAGAAAAATACTCTTGACATCTCAGATTCCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGTGAAAAACTGACAAGAAAAATACTCTTGACATCTCAGATTCCC  941

seq1  CAAAGATTTGAGTCTCCCGAGGATTAAGATCAGAGTGTGAGAACTACTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATTTGAGTCTCCCGAGGATTAAGATCAGAGTGTGAGAACTACTTT  991

seq1  TGAACTTGAATTTGTGCTTTATTTACTTGTGATCAAATGGAATTATGGGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTGAATTTGTGCTTTATTTACTTGTGATCAAATGGAATTATGGGT  1041

seq1  GAACAGCAGTCCTATGCAGGCTTCGAGCTTTGAGGCTGGTATAGCGAATC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCAGTCCTATGCAGGCTTCGAGCTTTGAGGCTGGTATAGCGAATC  1091

seq1  CAGATTTCCACAAGAACTCCCAGACTTAATCTGTCACAGTGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTCCACAAGAACTCCCAGACTTAATCTGTCACAGTGAATTC  1137


seq1: chr3_75066394_75067441
seq2: B6Ng01-308L13.g_66_1118

seq1  GAATTCTAAAGTAATATTCAGGCATTTATAATGTATGGACACCTTTAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAGTAATATTCAGGCATTTATAATGTATGGACACCTTTAAAC  50

seq1  GATGGTGGGGAAAATAGAGAGGAAGAGAAAAAATAGCTGTACATCAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGGGGAAAATAGAGAGGAAGAGAAAAAATAGCTGTACATCAGTTG  100

seq1  TCAGAGCAAATAGAATAATGTCATATACTTAAAGTCTAAGACCTGTGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCAAATAGAATAATGTCATATACTTAAAGTCTAAGACCTGTGAAA  150

seq1  CACAGTTGACCTTTGATAAATTACTGAGCACCTAAATCAATGGAAAACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTGACCTTTGATAAATTACTGAGCACCTAAATCAATGGAAAACTA  200

seq1  TCACCAACTATTGCACCATTGAAGGAGACTATAAAATTATTGGCCTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAACTATTGCACCATTGAAGGAGACTATAAAATTATTGGCCTTATA  250

seq1  AACTTGATTATATTTACAGGTTAATGACCTCATTTAACACAGATCAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGATTATATTTACAGGTTAATGACCTCATTTAACACAGATCAAAGA  300

seq1  GAATGAATATGCATGACTGCTAATCAGCAATGAGAAAAACATTTAATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATATGCATGACTGCTAATCAGCAATGAGAAAAACATTTAATTTC  350

seq1  TTAAAATAGAACCTTGGAACCCAGATGATCGGGTGAATCAGTTGGATTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATAGAACCTTGGAACCCAGATGATCGGGTGAATCAGTTGGATTGA  400

seq1  ACCAGCCCTCTAGAAATTCTAACTCTATTCTAGCACTGTTTTGTAGCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCCTCTAGAAATTCTAACTCTATTCTAGCACTGTTTTGTAGCTGT  450

seq1  CTTTGACTACATTGTGGGTTCTTTCTTCCACCCTTTTCTACCCTTTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTACATTGTGGGTTCTTTCTTCCACCCTTTTCTACCCTTTTCCT  500

seq1  TCACCCCTTTCAAACCCTATCAGTAGATAGGAGAGATAAAAATAGAGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCTTTCAAACCCTATCAGTAGATAGGAGAGATAAAAATAGAGATG  550

seq1  AAGGGAGCAATGTTATCTCTAGACTAATTTCTGCTATTTGGGGGCATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAGCAATGTTATCTCTAGACTAATTTCTGCTATTTGGGGGCATTAA  600

seq1  GTTACTTGTTAAAGTTTCCTCTTCCTGTCAGGATATCTAATTTTTTCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTGTTAAAGTTTCCTCTTCCTGTCAGGATATCTAATTTTTTCTTC  650

seq1  TTGTTGTTTATTCTTTGTGCACAATTAATTAACAAACTGTGCCCAACAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTTTATTCTTTGTGCACAATTAATTAACAAACTGTGCCCAACAGC  700

seq1  AACCAATGAACAACCAACAACAACCTTACACCCACAACTACACCACCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATGAACAACCAACAACAACCTTACACCCACAACTACACCACCACC  750

seq1  TTACCTCTCAGGACCCTAGCATTTGTACCCTCTGAAAAGTCCCCAGAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCTCAGGACCCTAGCATTTGTACCCTCTGAAAAGTCCCCAGAGTT  800

seq1  CCAAATATCACACACAATCACAGAAACTGTCTGCAGCTGGCAAAACCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATATCACACACAATCACAGAAACTGTCTGCAGCTGGCAAAACCATG  850

seq1  CCCCTGCTAGAGCATGAGTTAAATTATAGTCAGCTGCTGCAGACAATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCTAGAGCATGAGTTAAATTATAGTCAGCTGCTGCAGACAATCTG  900

seq1  AACCAGCCCCGTATGCCACATCT-GGAATTAAAATG-AAAACATATTCC-  947
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| 
seq2  AACCAGCCCCGTATGCCACATCTGGGAATTAAAATGAAAAACATATTCCC  950

seq1  -TATAATATTTCTGTGTTTTTCAATGGAACCAAAACTACAAAATTATC-A  995
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAATAATATTTCTGTG-TTTTCAATGGAACCAAAACTACAAAATTATCAA  999

seq1  CTCTACTAGCTC-TCTTCTCCTGATGTCAAAAACCCAAATGTC--AGGAG  1042
      |||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||  || ||
seq2  CTCTACTAGCTCTTCTTCTCCTGATGTCAAAA--CCCAATGTCAGAGAAG  1047

seq1  AGAGAG  1048
      ||||||
seq2  AGAGAG  1053


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |