BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309G15
Chromosome6 (Build37)3 (Build37)
Map Location 89,364,710 - 89,365,789116,889,492 - 116,890,289
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneChchd6
Upstream geneEefsec, Ruvbl1, Sec61a1, 4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2, Gpr175, 4933427D06Rik, Gm1965, LOC100043153, LOC100043159, EG624483, EG624491, LOC665547, EG624537, Gm839, 4930512J16Rik, Plxna1
Downstream geneTxnrd3, V1r-ps1, V1rb7, V1rb9, V1r-ps2, V1r-ps3, V1ra6, V1ra5, V1rb4, V1r-ps4, V1ra2, V1rb8, V1ra4, V1ra3, V1rb2, V1rb1, V1ra1, LOC625050, V1ra7, V1ra8, V1rb3, LOC100043191, V1r-ps5, V1ra9, BC048671, Chst13, Uroc1, Zxdc, Ccdc37
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309G15.bB6Ng01-309G15.g
ACCGA101661GA101662
length1,0841,028
definitionB6Ng01-309G15.b B6Ng01-309G15.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,364,710 - 89,365,789)(116,889,492 - 116,890,289)
sequence
gaattctttcccaaaaggagcaaacagttgcaggaacaagaagcaggaag
ataaattcaatgctcaattcatcccctccctcccttttcccatcctatcc
atggtgatggtgctatccacatttagggcaagtcttccctcttcaggtag
actctactcaaaggcaacacacagaggtgtcttccaggtaactttaaatt
cagtgaagccgacagtgaagagtaaccatgcaggataccaaaacagacca
tatactggattataagtcaagcttccaagagatttcactttcctgttctc
aagtcactaattagcaaactgaacttgagagcaagcataccaaaagtaga
aaatcctccaatgtttagaaaatcatcaatatatttcttcaagaaaagaa
atctgaatttaaaattttaaaaattgaactaaattgcaatgaaaatacat
cagttcagaacttaaaatgctgtagcaaagctatatgctcaagagagaat
tcctaggcatgaccacagataaaagaaaggaaataaagctgggtgtggta
agcttatccactgctcatccacagcgagctgttctgaagaaatgtgttgt
taacaacatcatgtgaacagtagtagagcagcttattatttctctcttaa
atcagccaaatcacacgatgcaaaccctgatggcatgtgttaatcacttg
gtgtggcctcctgatgcaactgagacacaccatctataagatggcagcag
ccactgtccaggtcatagagcacactacattatggctgatttttttcttt
gtaaagtagaatgagcacacattaaaataatgaccaacagtagcctcata
tacagagcactaaaccagcagcaccaccactttgtgatcaccaaacatgg
tgtgctgtacacagatgcctgtgctgttgtctcactggctgctcagagtc
tgtgtgcactgacatgcaatgctgtagaagtaagtgttcagtccctctgt
gctgcttctggacttactgctcatgagttccaaagttgttaaaggtgctg
cctaaatagtcacatgatgccacttgccattctt
gaattcaagtcaaacactctggtagagacaggtgaaagtgaagtggtctg
gggagctgagtcttctgagacatagtggattgagacatgaagtcctggca
gagtggcatcacagttttgcctactgctttcaaggtgggggttaataggt
atgagagatctcagtgcacccaacacacaacagaaaccttccctccctcc
ctccctccctcctcccctccaacctgtggcagcctaaacttgggtgggtg
ctccatggcagtgcagggaaacctttctctacttcagtattcagcatcag
aaccttgagtgggaggaagcaggatgaggctcgaagagaaaggatcttgg
cactgcccaaatggaagtggctcatactgctactgctgtcacctccactg
cgctggattgccttttccttggaatagtgataggctggcatcattggcat
cctttaccaccagagtcagggaccatcacaaaaccaaaaccaaaaccaaa
ccaaacccaacccaacccaacccaacccaacccaacccaacccaacccaa
aactgaggatataacccttatcctaaatgtgagctgcataagtccaggat
ctgtgattccaaaataaaaaaggaaaacaaaaaagaatccacctaatatg
tcatttgcctctttcagcttttgccgacagatataatgttacattgtgtt
ttatgctgtcttttcctttcccatcatgatggatttgtattcccttagac
tgtgagccaaaacagacttcctcacttgagttttttcccagatattttgt
cacagtattgagaaagctattaatatacccagtgaacactctatcttatg
gctgttttaaaagtttttattcagaaaaaaaaatgtcaaattgattgaac
atagattcaccttttgcatatctccaagcttggtaagtagcacagggtga
gaagagaaatatctttgtaaaatcattgtaagaatgatattcaaatggga
ttgaactgaatgaaaatattaatgggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_89364710_89365789
seq2: B6Ng01-309G15.b_42_1125

seq1  GAATTCTTTCCCAAAAGGAGCAAACAGTTGCAGGAACAAGAAGCAGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCCAAAAGGAGCAAACAGTTGCAGGAACAAGAAGCAGGAAG  50

seq1  ATAAATTCAATGCTCAATTCATCCCCTCCCTCCCTTTTCCCATCCTATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTCAATGCTCAATTCATCCCCTCCCTCCCTTTTCCCATCCTATCC  100

seq1  ATGGTGATGGTGCTATCCACATTTAGGGCAAGTCTTCCCTCTTCAGGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATGGTGCTATCCACATTTAGGGCAAGTCTTCCCTCTTCAGGTAG  150

seq1  ACTCTACTCAAAGGCAACACACAGAGGTGTCTTCCAGGTAACTTTAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTACTCAAAGGCAACACACAGAGGTGTCTTCCAGGTAACTTTAAATT  200

seq1  CAGTGAAGCCGACAGTGAAGAGTAACCATGCAGGATACCAAAACAGACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAGCCGACAGTGAAGAGTAACCATGCAGGATACCAAAACAGACCA  250

seq1  TATACTGGATTATAAGTCAAGCTTCCAAGAGATTTCACTTTCCTGTTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGGATTATAAGTCAAGCTTCCAAGAGATTTCACTTTCCTGTTCTC  300

seq1  AAGTCACTAATTAGCAAACTGAACTTGAGAGCAAGCATACCAAAAGTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACTAATTAGCAAACTGAACTTGAGAGCAAGCATACCAAAAGTAGA  350

seq1  AAATCCTCCAATGTTTAGAAAATCATCAATATATTTCTTCAAGAAAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTCCAATGTTTAGAAAATCATCAATATATTTCTTCAAGAAAAGAA  400

seq1  ATCTGAATTTAAAATTTTAAAAATTGAACTAAATTGCAATGAAAATACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAATTTAAAATTTTAAAAATTGAACTAAATTGCAATGAAAATACAT  450

seq1  CAGTTCAGAACTTAAAATGCTGTAGCAAAGCTATATGCTCAAGAGAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCAGAACTTAAAATGCTGTAGCAAAGCTATATGCTCAAGAGAGAAT  500

seq1  TCCTAGGCATGACCACAGATAAAAGAAAGGAAATAAAGCTGGGTGTGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGCATGACCACAGATAAAAGAAAGGAAATAAAGCTGGGTGTGGTA  550

seq1  AGCTTATCCACTGCTCATCCACAGCGAGCTGTTCTGAAGAAATGTGTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATCCACTGCTCATCCACAGCGAGCTGTTCTGAAGAAATGTGTTGT  600

seq1  TAACAACATCATGTGAACAGTAGTAGAGCAGCTTATTATTTCTCTCTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAACATCATGTGAACAGTAGTAGAGCAGCTTATTATTTCTCTCTTAA  650

seq1  ATCAGCCAAATCACACGATGCAAACCCTGATGGCATGTGTTAATCACTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCAAATCACACGATGCAAACCCTGATGGCATGTGTTAATCACTTG  700

seq1  GTGTGGCCTCCTGATGCAACTGAGACACACCATCTATAAGATGGCAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCCTCCTGATGCAACTGAGACACACCATCTATAAGATGGCAGCAG  750

seq1  CCACTGTCCAGGTCATAGAGCACACTACATTATGGCTGATTTTTTTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTCCAGGTCATAGAGCACACTACATTATGGCTGATTTTTTTCTTT  800

seq1  GTAAAGTAGAATGAGCACACATTAAAATAATGACCAACAGTAGCCTCATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTAGAATGAGCACACATTAAAATAATGACCAACAGTAGCCTCATA  850

seq1  TACAGAGCACTAAACCAGCAGCACCACCAC-TTGTGATCACCAAACATGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGCACTAAACCAGCAGCACCACCACTTTGTGATCACCAAACATGG  900

seq1  TGTGCTGTACACAGATGCCTGTGCTGTTGTCTCACTGGCTGCTCAGAGGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGTGCTGTACACAGATGCCTGTGCTGTTGTCTCACTGGCTGCTCAGA-GT  949

seq1  CTGTGTGCACTGACATGCAATGCTGTAGAAGTAAGTGTTCAGCCCCTCTG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGTGTGCACTGACATGCAATGCTGTAGAAGTAAGTGTTCAGTCCCTCTG  999

seq1  TGCT-CTTCTGG-CCTACTGCCCATGAGGTCCAAAGTTGTTTAAGGTGCT  1047
      |||| ||||||| | |||||| |||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TGCTGCTTCTGGACTTACTGCTCATGAGTTCCAAAGTTGTTAAAGGTGCT  1049

seq1  G-CTAAATAG-CACATGGATG-CACTTTGCATTCTT  1080
      | |||||||| ||||| |||| |||||  |||||||
seq2  GCCTAAATAGTCACAT-GATGCCACTTGCCATTCTT  1084

seq1: chr3_116889492_116890289
seq2: B6Ng01-309G15.g_286_1092

seq1  ACCTGTGGCAGCCTAAACTTGGGTGGGTGCTCCATGGCAGTGCAGGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGGCAGCCTAAACTTGGGTGGGTGCTCCATGGCAGTGCAGGGAAA  50

seq1  CCTTTCTCTACTTCAGTATTCAGCATCAGAACCTTGAGTGGGAGGAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCTACTTCAGTATTCAGCATCAGAACCTTGAGTGGGAGGAAGCA  100

seq1  GGATGAGGCTCGAAGAGAAAGGATCTTGGCACTGCCCAAATGGAAGTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGGCTCGAAGAGAAAGGATCTTGGCACTGCCCAAATGGAAGTGGC  150

seq1  TCATACTGCTACTGCTGTCACCTCCACTGCGCTGGATTGCCTTTTCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTGCTACTGCTGTCACCTCCACTGCGCTGGATTGCCTTTTCCTTG  200

seq1  GAATAGTGATAGGCTGGCATCATTGGCATCCTTTACCACCAGAGTCAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTGATAGGCTGGCATCATTGGCATCCTTTACCACCAGAGTCAGGG  250

seq1  ACCATCACAAAACCAAAACCAAAACCAAACCAAACCCAACCCAACCCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCACAAAACCAAAACCAAAACCAAACCAAACCCAACCCAACCCAAC  300

seq1  CCAACCCAACCCAACCCAACCCAACCCAAAACTGAGGATATAACCCTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCAACCCAACCCAACCCAACCCAAAACTGAGGATATAACCCTTAT  350

seq1  CCTAAATGTGAGCTGCATAAGTCCAGGATCTGTGATTCCAAAATAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATGTGAGCTGCATAAGTCCAGGATCTGTGATTCCAAAATAAAAAA  400

seq1  GGAAAACAAAAAAGAATCCACCTAATATGTCATTTGCCTCTTTCAGCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACAAAAAAGAATCCACCTAATATGTCATTTGCCTCTTTCAGCTTT  450

seq1  TGCCGACAGATATAATGTTACATTGTG-TTTATGCTGTC-TTTCCTTTCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCCGACAGATATAATGTTACATTGTGTTTTATGCTGTCTTTTCCTTTCC  500

seq1  CATCATGATGGA-TTGTATTCCCTTAGACTGTGAGCCAAAACAGACCTTC  547
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATCATGATGGATTTGTATTCCCTTAGACTGTGAGCCAAAACAGA-CTTC  549

seq1  CTCACTTGAGTTTTTTCCCAGATATTTTGTCACAGTAATGAGAAAAGCTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  CTCACTTGAGTTTTTTCCCAGATATTTTGTCACAGTATTGAG-AAAGCTA  598

seq1  TTAATATACCCAGTGAACACTCTATCTTAATGGCAGTTTTAAAAGTTTTA  647
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| 
seq2  TTAATATACCCAGTGAACACTCTATCTT-ATGGCTGTTTTAAAAGTTTTT  647

seq1  ATTCAG-AAAAAAAATGTCAAATTGATTGAACATAGATTCA-CTTTTGCA  695
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTCAGAAAAAAAAATGTCAAATTGATTGAACATAGATTCACCTTTTGCA  697

seq1  TATCTCCAAAGCTTGGTAAGTAGCACAGGGTGAG-AGAGAAATATC-TTG  743
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  TATCTCC-AAGCTTGGTAAGTAGCACAGGGTGAGAAGAGAAATATCTTTG  746

seq1  TAAAAACA-TGTAAG-ATGATA-TAAAAAGGGATTG-ACTG-ATGAAAAT  788
      ||||| || |||||| |||||| | ||| ||||||| |||| ||||||||
seq2  TAAAATCATTGTAAGAATGATATTCAAATGGGATTGAACTGAATGAAAAT  796

seq1  A-TAATGGGGA  798
      | |||||||||
seq2  ATTAATGGGGA  807