BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310M01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 141,490,030 - 141,610,545
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUnc5c, Bmpr1b
Upstream geneLOC621343, 4930590L14Rik, Pdha2, LOC100039923
Downstream geneGabarapl2-ps3, Pdlim5, Gbp5, Gbp6, Gbp3, Gbp1, Gbp2, EG621605, Ccbl2, Gtf2b, Pkn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310M01.bB6Ng01-310M01.g
ACCGA102645GA102646
length1,2221,074
definitionB6Ng01-310M01.b B6Ng01-310M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,490,030 - 141,491,239)(141,609,457 - 141,610,545)
sequence
gaattcccaaccataaatttatttatgttgttactttcatatctgtaatt
ttgatactgagaagtctctcagttcctgaggccagtaggagtttatgttt
tccagtggtcatgatccacaggttgagaactgcgatcttggagtgtctca
ttagggaagccattgtggaatcttactagagctttctgccctgcccagtc
ctgacctaggaactctgaacatgggctatacaaaactatctccctctacc
tctactaacccactacttccaggccaggaagagactgtccttcttgaaga
gaagagaacctgtactctttgtatccatctcaagttggatacagagaata
tccaactgagagtcaagtattatgctgactgaatcaacagcgattacact
tgccttctgaaaagaaagttgtgtcgttcctacaggaacctactggcatc
gacttacctctcctggaccctgctagtaccatcaccactgtcaccggacc
aagtgctttcagcattcctctccctatccggcagaagctatgcagcagcc
tggatgcccctcaaacaagaggccatgactggaggatgctggcccataaa
ctcaacctggacaggtgagtgtgtccaggcttctagacctactgttttca
tttagcagagattccaggactgaaaggaatgatatagaaagtggcacttt
tctcttcccactacacatctgtttatattttcattctgactgtgagcttc
caaacaattccaagagaattcctgggatatatgacatttatcagtgtcaa
gatttgtgatagactttacctagctcatgtgctaagagctcctaaatatg
atgtctattcactaaagtaattattgttcatccatcgccagttgaacaag
acgtaatgcatgatgaataatttacatgctcacacaagcacttgtattaa
gttataaagagaccctgagagcctctgcttcgtagaaaattatcttgtca
cctccaggagagatgtggttatgaccttgtccaaagaatcatcagagtcc
agactggacagaaaaacatataaggccttcttgatttcttgtttaggaca
aaacccacagaacacgttgtctcttaaattattcctatttcaagaggttg
aggtaacaagtaacagacacattgtctcttgtctggagctgatctattag
gaacgagcaatctttaattgga
gaattcattttggatatagcgctagtagatcttgatcccttagcttggtt
atgagaccagaggaaaataaatgtagtcaagaagccctaatagactcatg
agagaagaacatgacttgtttatgatattgattgagttctgagtaattac
tctatgactgtgtttcagcgctagtcaggagaaagagacaaagaatcttt
agagttaatatttatattttacactgattttcaaacacattactgtcttc
attaggtacaggtgtcactttttaaaaagtatttgtgatagagctttgat
caatcttagttcatggcaatgtgtttttaattacccatatatcataaaat
accttattaagataaagaacatggcttataattttgctttgattttcaaa
gatttgatgtggttttaataatgctaagatgtaagatatctaatttattt
caaatttgttcacttttccttttagttagcaaatgcttgcagtgcattta
tgtgatacaagcaaacttgtcatcctgccaggacgcttctgtaatccatg
tgcacaacatgcctttgttcattgtatagaacttggaaaaccattccaag
tgttttgtttggaagaatataatatcttaatatcttaatttatcatatta
agtcatatgtatgattcatatgatttaatcgtaaattacagcattcatat
taatcctccaattatagaatgctgaagcctcagaatttcatttgtaaatc
gcttcctctttcaaaacacctttgtatccttacggattgctcacattaaa
tatgagtcttactgcttcctaccatttggtgtcctatgttctcaatatta
ttactagtatgttttatttttctgaggaaacctttccctttatattaata
aatttttaaaaccaccagttttttcaccaagcttacattgttttggatca
aaattggtaatttaaaaaattatctctagtcaaatttgttaatatgtcaa
atgtgtatagttattttacatttatactttttttaatgaaatgatgcagc
tttcaactatgtatcatttctgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_141490030_141491239
seq2: B6Ng01-310M01.b_47_1268

seq1  GAATTCCCAACCATAAATTTATTTATGTTGTTACTTTCATATCTGTAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAACCATAAATTTATTTATGTTGTTACTTTCATATCTGTAATT  50

seq1  TTGATACTGAGAAGTCTCTCAGTTCCTGAGGCCAGTAGGAGTTTATGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACTGAGAAGTCTCTCAGTTCCTGAGGCCAGTAGGAGTTTATGTTT  100

seq1  TCCAGTGGTCATGATCCACAGGTTGAGAACTGCGATCTTGGAGTGTCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGGTCATGATCCACAGGTTGAGAACTGCGATCTTGGAGTGTCTCA  150

seq1  TTAGGGAAGCCATTGTGGAATCTTACTAGAGCTTTCTGCCCTGCCCAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGAAGCCATTGTGGAATCTTACTAGAGCTTTCTGCCCTGCCCAGTC  200

seq1  CTGACCTAGGAACTCTGAACATGGGCTATACAAAACTATCTCCCTCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTAGGAACTCTGAACATGGGCTATACAAAACTATCTCCCTCTACC  250

seq1  TCTACTAACCCACTACTTCCAGGCCAGGAAGAGACTGTCCTTCTTGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTAACCCACTACTTCCAGGCCAGGAAGAGACTGTCCTTCTTGAAGA  300

seq1  GAAGAGAACCTGTACTCTTTGTATCCATCTCAAGTTGGATACAGAGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAACCTGTACTCTTTGTATCCATCTCAAGTTGGATACAGAGAATA  350

seq1  TCCAACTGAGAGTCAAGTATTATGCTGACTGAATCAACAGCGATTACACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTGAGAGTCAAGTATTATGCTGACTGAATCAACAGCGATTACACT  400

seq1  TGCCTTCTGAAAAGAAAGTTGTGTCGTTCCTACAGGAACCTACTGGCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCTGAAAAGAAAGTTGTGTCGTTCCTACAGGAACCTACTGGCATC  450

seq1  GACTTACCTCTCCTGGACCCTGCTAGTACCATCACCACTGTCACCGGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTACCTCTCCTGGACCCTGCTAGTACCATCACCACTGTCACCGGACC  500

seq1  AAGTGCTTTCAGCATTCCTCTCCCTATCCGGCAGAAGCTATGCAGCAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTTCAGCATTCCTCTCCCTATCCGGCAGAAGCTATGCAGCAGCC  550

seq1  TGGATGCCCCTCAAACAAGAGGCCATGACTGGAGGATGCTGGCCCATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCCCCTCAAACAAGAGGCCATGACTGGAGGATGCTGGCCCATAAA  600

seq1  CTCAACCTGGACAGGTGAGTGTGTCCAGGCTTCTAGACCTACTGTTTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACCTGGACAGGTGAGTGTGTCCAGGCTTCTAGACCTACTGTTTTCA  650

seq1  TTTAGCAGAGATTCCAGGACTGAAAGGAATGATATAGAAAGTGGCACTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCAGAGATTCCAGGACTGAAAGGAATGATATAGAAAGTGGCACTTT  700

seq1  TCTCTTCCCACTACACATCTGTTTATATTTTCATTCTGACTGTGAGCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCCACTACACATCTGTTTATATTTTCATTCTGACTGTGAGCTTC  750

seq1  CAAACAATTCCAAGAGAATTCCTGGGATATATGACATTTATCAGTGTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATTCCAAGAGAATTCCTGGGATATATGACATTTATCAGTGTCAA  800

seq1  GATTTGTGATAGACTTTACCTAGCTCATGTGCTAAGAGCTCCTAAATATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTGATAGACTTTACCTAGCTCATGTGCTAAGAGCTCCTAAATATG  850

seq1  ATGTCTATTCACTAAAGTAATTATTGTTCATCCATCGCCAGTTGAACAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTATTCACTAAAGTAATTATTGTTCATCCATCGCCAGTTGAACAAG  900

seq1  ACGTAATGCATGATGAATAATTTACATGCTCACACAAGCACTTGTATTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAATGCATGATGAATAATTTACATGCTCACACAAGCACTTGTATTAA  950

seq1  GTTATAAAGAGACCCTGAGAGCCTCTGCTTCGTAGAAAA-TATC-TGTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  GTTATAAAGAGACCCTGAGAGCCTCTGCTTCGTAGAAAATTATCTTGTCA  1000

seq1  CCTCCAAGGAAGAGATGTGG-TATGACC-TGT-CAAAG-ATCATCAGAGT  1044
      ||||||  | |||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||
seq2  CCTCCA--GGAGAGATGTGGTTATGACCTTGTCCAAAGAATCATCAGAGT  1048

seq1  CCAGACTGGACAGAAA---ACATAAG--CCTCTTGATTTCCTGTTTAGGA  1089
      ||||||||||||||||   | |||||  | |||||||||| |||||||||
seq2  CCAGACTGGACAGAAAAACATATAAGGCCTTCTTGATTTCTTGTTTAGGA  1098

seq1  CAAAACCCACAG-ACACGTTGTCTCTTAAATTA-TCCTATT--CAGA-GT  1134
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||   ||| ||
seq2  CAAAACCCACAGAACACGTTGTCTCTTAAATTATTCCTATTTCAAGAGGT  1148

seq1  TGAGGTTAACAAAGTTAAACAG-CACA---TGTCCTGTCTGGAGCTGATC  1180
      ||||| |||| ||||  ||||| ||||   | || |||||||||||||||
seq2  TGAGG-TAAC-AAGT--AACAGACACATTGTCTCTTGTCTGGAGCTGATC  1194

seq1  TAATTAGGAACCGAGCAATCATTAAGTGGA  1210
      | |||||||| ||||||||| |||| ||||
seq2  T-ATTAGGAA-CGAGCAATCTTTAATTGGA  1222

seq1: chr3_141609457_141610545
seq2: B6Ng01-310M01.g_68_1141 (reverse)

seq1  AACAGAAATGATTAACATAGTTTGGAAAACCCTGCCATTCATTTCATTTA  50
      ||||||||||||  ||||||||  ||||   ||||   ||||||||||  
seq2  AACAGAAATGAT--ACATAGTT--GAAA--GCTGC--ATCATTTCATT--  40

seq1  AAAAAAAGTATAAATGTAAAAATAACTATAACACATTTGACAATATTAAA  100
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||
seq2  AAAAAAAGTATAAATGT-AAAATAACTAT-ACACATTTGAC-ATATT-AA  86

seq1  CAAATTTTGACTAGAGATAATTTTTTAAATTACCAATTTTGATCCAAAAC  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAA-TTTGACTAGAGATAATTTTTTAAATTACCAATTTTGATCCAAAAC  135

seq1  AATGTAAGCTTGGTGAAAAAACTGGTGGTTTTAAAAATTTATTAATATTA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATGTAAGCTTGGTGAAAAAACTGGTGGTTTTAAAAATTTATTAATATAA  185

seq1  AGGGAAAGGTTTCCTCAGAAAAATAAAACATACTAGTAATAATATTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAGGTTTCCTCAGAAAAATAAAACATACTAGTAATAATATTGAGA  235

seq1  ACATAGGACACCAAATGGTAGGAAGCAGTAAGACTCATATTTAATGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGGACACCAAATGGTAGGAAGCAGTAAGACTCATATTTAATGTGAG  285

seq1  CAATCCGTAAGGATACAAAGGTGTTTTGAAAGAGGAAGCGATTTACAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCGTAAGGATACAAAGGTGTTTTGAAAGAGGAAGCGATTTACAAAT  335

seq1  GAAATTCTGAGGCTTCAGCATTCTATAATTGGAGGATTAATATGAATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCTGAGGCTTCAGCATTCTATAATTGGAGGATTAATATGAATGCT  385

seq1  GTAATTTACGATTAAATCATATGAATCATACATATGACTTAATATGATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTACGATTAAATCATATGAATCATACATATGACTTAATATGATAA  435

seq1  ATTAAGATATTAAGATATTATATTCTTCCAAACAAAACACTTGGAATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGATATTAAGATATTATATTCTTCCAAACAAAACACTTGGAATGGT  485

seq1  TTTCCAAGTTCTATACAATGAACAAAGGCATGTTGTGCACATGGATTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAGTTCTATACAATGAACAAAGGCATGTTGTGCACATGGATTACA  535

seq1  GAAGCGTCCTGGCAGGATGACAAGTTTGCTTGTATCACATAAATGCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGTCCTGGCAGGATGACAAGTTTGCTTGTATCACATAAATGCACTG  585

seq1  CAAGCATTTGCTAACTAAAAGGAAAAGTGAACAAATTTGAAATAAATTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATTTGCTAACTAAAAGGAAAAGTGAACAAATTTGAAATAAATTAG  635

seq1  ATATCTTACATCTTAGCATTATTAAAACCACATCAAATCTTTGAAAATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTTACATCTTAGCATTATTAAAACCACATCAAATCTTTGAAAATCA  685

seq1  AAGCAAAATTATAAGCCATGTTCTTTATCTTAATAAGGTATTTTATGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAATTATAAGCCATGTTCTTTATCTTAATAAGGTATTTTATGATA  735

seq1  TATGGGTAATTAAAAACACATTGCCATGAACTAAGATTGATCAAAGCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTAATTAAAAACACATTGCCATGAACTAAGATTGATCAAAGCTCT  785

seq1  ATCACAAATACTTTTTAAAAAGTGACACCTGTACCTAATGAAGACAGTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAATACTTTTTAAAAAGTGACACCTGTACCTAATGAAGACAGTAA  835

seq1  TGTGTTTGAAAATCAGTGTAAAATATAAATATTAACTCTAAAGATTCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGAAAATCAGTGTAAAATATAAATATTAACTCTAAAGATTCTTT  885

seq1  GTCTCTTTCTCCTGACTAGCGCTGAAACACAGTCATAGAGTAATTACTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTTCTCCTGACTAGCGCTGAAACACAGTCATAGAGTAATTACTCA  935

seq1  GAACTCAATCAATATCATAAACAAGTCATGTTCTTCTCTCATGAGTCTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAATCAATATCATAAACAAGTCATGTTCTTCTCTCATGAGTCTAT  985

seq1  TAGGGCTTCTTGACTACATTTATTTTCCTCTGGTCTCATAACCAAGCTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTTCTTGACTACATTTATTTTCCTCTGGTCTCATAACCAAGCTAA  1035

seq1  GGGATCAAGATCTACTAGCGCTATATCCAAAATGAATTC  1089
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCAAGATCTACTAGCGCTATATCCAAAATGAATTC  1074