BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312H16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 65,843,303 - 66,004,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVeph1, Tpi-rs2
Upstream geneKcnab1, Ssr3, EG433604, EG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866, Ccnl1, LOC625048
Downstream genePtx3, LOC625115, Shox2, Rsrc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312H16.bB6Ng01-312H16.g
ACCGA103937GA103938
length1,042931
definitionB6Ng01-312H16.b B6Ng01-312H16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,843,303 - 65,844,352)(66,003,465 - 66,004,386)
sequence
gaattctctgattagacctgtacctcatttttttagattgggttgtttcc
tcgagttctttatatattttggagattagccctctattggatgtgctctt
ttgagaccctcaggaccctgctgcagatagcttggaggctcctttctcca
cggcctatgtccactagtcaacgcacatttgtaacctacagtgcggtacc
ttgatttatgcacaatcacacatattttcttacattaatccccctcccct
agtgagctttttctctggtcttgggcaggtgggagtgtcttgggctggga
gaaagcaagtgacccgtgctcagttcagacactctcattatctacagctg
gactttcggagcccaagcaatgatctctctctcaaaacccttactcataa
atagccattttagtctttagtatgttatgatggttaagaatctatttgta
actcatggctaggagtgtgcttctttgtccttgctacatcagaagcatat
tagacacagagaagccctgggtcaaggatgtctgagaggaggctttttca
atccctcaaaaattatctggtttacaaggataagttggagccgagactaa
gggaacagccaaataatgatggccccaacttgagatccattccatgtgag
agagccaactcctgacactattaatgatcctctgctatgcttgcagacag
gaacctagcacaactgtctcctgagaggcttcatccagcagtggatggag
gcagatgcagagactcacagtcaaacatcagacggagtcttgtagaagag
tgggggatagaattgagcaagttggagggatcaaggacattacaagaaga
cccacagattcaactagcctggaccatgggggctcaccaagtaggccacc
aagcaggagcatgcaggaactggatctagatcccctatacatttgtagca
aatgtgcagcttggtcttcatgtaggtcctctaacaagtggaagcgggct
gtctggttctgatcctgacatggatccccttcctctacctgg
gaattcacttgtgaactaaagaatgaatgagtacccaagagtactattaa
ttaatgatttgaatgctggattcttatttgaacttttgtttgaaaacatc
atcctctaattcatatatgggatatagttataacaagagaggaaaataat
caaatcacattgttacatatatatgtaatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatttgagagagagagagaaagagaatcaatgaaaa
gtaaggtgaggtctggggctaatagtacaatgctatcaggtaaatagcat
tgtcctaggttcaatctctcttattatagtaattcaataaatggaggaat
catttaaaaatggagggtgatatgatattaacatggaggatggaaaaatt
cagaacttatacaatttatccctggtatctaacaagtgaaaagtgacaaa
gtgaggacacggaccaatatccagaaagcatgtgttaaagacatggccat
ctatgataccaaaggaccctgcatcctagatcggtaacccacatgaaaga
caattctgaatggaatataaaaatgtgtgactaagagtcccagactgaaa
aattctcaggatttatagctgcaagggatccattcatctctgtagacagt
gtgatggttcaccagcaaaggatgtctcacgaatgaacttgcatacgtac
tctgcagccatttgcactgtatcaggtgcagactgtgagatccgatgccc
acctacctcagtttcaattcctaactcagtcacttactggctatttggcc
ttggctaagttcataccactttttcttgactccctttcctcatcttcaaa
ctgtgaattggtgacattaggtcaggtcatacgtttggtgtgagagttaa
atgaagtaaccttgcaaatcagtggtctagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_65843303_65844352
seq2: B6Ng01-312H16.b_45_1086

seq1  GAATTCTCTGATTAGACCTGTACCTCATTTTTTTAGATTGGGTTGTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGATTAGACCTGTACCTCATTTTTTTAGATTGGGTTGTTTCC  50

seq1  TCGAGTTCTTTATATATTTTGGAGATTAGCCCTCTATTGGATGTGCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGTTCTTTATATATTTTGGAGATTAGCCCTCTATTGGATGTGCTCTT  100

seq1  TTGAGACCCTCAGGACCCTGCTGCAGATAGCTTGGAGGCTCCTTTCTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACCCTCAGGACCCTGCTGCAGATAGCTTGGAGGCTCCTTTCTCCA  150

seq1  CGGCCTATGTCCACTAGTCAACGCACATTTGTAACCTACAGTGCGGTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTATGTCCACTAGTCAACGCACATTTGTAACCTACAGTGCGGTACC  200

seq1  TTGATTTATGCACAATCACACATATTTTCTTACATTAATCCCCCTCCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTATGCACAATCACACATATTTTCTTACATTAATCCCCCTCCCCT  250

seq1  AGTGAGCTTTTTCTCTGGTCTTGGGCAGGTGGGAGTGTCTTGGGCTGGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCTTTTTCTCTGGTCTTGGGCAGGTGGGAGTGTCTTGGGCTGGGA  300

seq1  GAAAGCAAGTGACCCGTGCTCAGTTCAGACACTCTCATTATCTACAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAAGTGACCCGTGCTCAGTTCAGACACTCTCATTATCTACAGCTG  350

seq1  GACTTTCGGAGCCCAAGCAATGATCTCTCTCTCAAAACCCTTACTCATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTCGGAGCCCAAGCAATGATCTCTCTCTCAAAACCCTTACTCATAA  400

seq1  ATAGCCATTTTAGTCTTTAGTATGTTATGATGGTTAAGAATCTATTTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCATTTTAGTCTTTAGTATGTTATGATGGTTAAGAATCTATTTGTA  450

seq1  ACTCATGGCTAGGAGTGTGCTTCTTTGTCCTTGCTACATCAGAAGCATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGGCTAGGAGTGTGCTTCTTTGTCCTTGCTACATCAGAAGCATAT  500

seq1  TAGACACAGAGAAGCCCTGGGTCAAGGATGTCTGAGAGGAGGCTTTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACAGAGAAGCCCTGGGTCAAGGATGTCTGAGAGGAGGCTTTTTCA  550

seq1  ATCCCTCAAAAATTATCTGGTTTACAAGGATAAGTTGGAGCCGAGACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCAAAAATTATCTGGTTTACAAGGATAAGTTGGAGCCGAGACTAA  600

seq1  GGGAACAGCCAAATAATGATGGCCCCAACTTGAGATCCATTCCATGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACAGCCAAATAATGATGGCCCCAACTTGAGATCCATTCCATGTGAG  650

seq1  AGAGCCAACTCCTGACACTATTAATGATCCTCTGCTATGCTTGCAGACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAACTCCTGACACTATTAATGATCCTCTGCTATGCTTGCAGACAG  700

seq1  GAACCTAGCACAACTGTCTCCTGAGAGGCTTCATCCAGCAGTGGATGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTAGCACAACTGTCTCCTGAGAGGCTTCATCCAGCAGTGGATGGAG  750

seq1  GCAGATGCAGAGACTCACAGTCAAACATCAGACGGAGTCTTGTAGAAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATGCAGAGACTCACAGTCAAACATCAGACGGAGTCTTGTAGAAGAG  800

seq1  TGGGGGATAGAATTGAGCAAGTTGGAGGGATCAAGGACATTACAAGAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGATAGAATTGAGCAAGTTGGAGGGATCAAGGACATTACAAGAAGA  850

seq1  CCCACAGATTCAACTAGCCTGGGACCATGGGGGCTCACCAAGTAGGCCAC  900
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGATTCAACTAGCCT-GGACCATGGGGGCTCACCAAGTAGGCCAC  899

seq1  CAAGCAGGGAGCATGCAGGAACTGGATCTAGATCCCCTATACATTTGTAG  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCA-GGAGCATGCAGGAACTGGATCTAGATCCCCTATACATTTGTAG  948

seq1  CAAATGTGCAGCTTGGTCTTCATGTAGGTCCTCTAACAAGTGGAAGCGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAAATGTGCAGCTTGGTCTTCATGTAGGTCCTCTAACAAGTGGAAGC-GG  997

seq1  GCTGTCTTGGTTTCTGATCCTTGACATTGGATCCCCTTCCCTCTACCTGG  1050
      |||||||  | ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTGTCT--GGTTCTGATCC-TGACA-TGGATCCCCTT-CCTCTACCTGG  1042

seq1: chr3_66003465_66004386
seq2: B6Ng01-312H16.g_67_996 (reverse)

seq1  CTAGA-CACTGATTTGC-AGTTTACTTCATTAAACTCTCACAACAAACGT  48
      ||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  CTAGACCACTGATTTGCAAGGTTACTTCATTTAACTCTCACACCAAACGT  50

seq1  ATGACCTGA-CTAATGTCACCAATTCACAGTTTGAAGATGAGGAAAGGGA  97
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTGACCTAATGTCACCAATTCACAGTTTGAAGATGAGGAAAGGGA  100

seq1  GTCAAG-AAAAGTGGTATGAACTTAGCCAAGGCCAAATAGCCAGTAAGTG  146
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGAAAAAGTGGTATGAACTTAGCCAAGGCCAAATAGCCAGTAAGTG  150

seq1  ACTGAGTTAGG-ATTGAAACTGAGGTAGGTGGGCATCGGATCTCACAGTC  195
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTTAGGAATTGAAACTGAGGTAGGTGGGCATCGGATCTCACAGTC  200

seq1  TGCACCTGATACAGTGCAAATGGCTGCAGAGTACGTATGCAAGTTCATTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGATACAGTGCAAATGGCTGCAGAGTACGTATGCAAGTTCATTC  250

seq1  GTGAGACATCC-TTGCTGGTG-ACCATCACACTGTCTACAGAGATGAATG  293
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACATCCTTTGCTGGTGAACCATCACACTGTCTACAGAGATGAATG  300

seq1  GATCCCTTGCAGCTAT-AATCCTGAGAATTTTTCAGTCTGGGACTCTTAG  342
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTTGCAGCTATAAATCCTGAGAATTTTTCAGTCTGGGACTCTTAG  350

seq1  TCACACATTTTTATATTCCATTCAGAATTGTCTTTCATGTGGGTTACCGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATTTTTATATTCCATTCAGAATTGTCTTTCATGTGGGTTACCGA  400

seq1  TCTAGGATGCAGGGTCCTTTGGTATCATAGATGGCCATGTCTTTAACACA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGATGCAGGGTCCTTTGGTATCATAGATGGCCATGTCTTTAACACA  450

seq1  TGCTTTCTGGATATTGGTCCGTGTCCTCACTTTGTCACTTTTCACTTGTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTGGATATTGGTCCGTGTCCTCACTTTGTCACTTTTCACTTGTT  500

seq1  AGATACCAGGGATAAATTGTATAAGTTCTGAATTTTTCCATCCTCCATGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCAGGGATAAATTGTATAAGTTCTGAATTTTTCCATCCTCCATGT  550

seq1  TAATATCATATCACCCTCCATTTTTAAATGATTCCTCCATTTATTGAATT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCATATCACCCTCCATTTTTAAATGATTCCTCCATTTATTGAATT  600

seq1  ACTATAATAAGAGAGATTGAACCTAGGACAATGCTATTTACCTGATAGCA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAATAAGAGAGATTGAACCTAGGACAATGCTATTTACCTGATAGCA  650

seq1  TTGTACTATTAGCCCCAGACCTCACCTTACTTTTCATTGATTCTCTTTCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTATTAGCCCCAGACCTCACCTTACTTTTCATTGATTCTCTTTCT  700

seq1  CTCTCTCTCTCAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  750

seq1  TATTACATATATATGTAACAATGTGATTTGATTATTTTCCTCTCTTGTTA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACATATATATGTAACAATGTGATTTGATTATTTTCCTCTCTTGTTA  800

seq1  TAACTATATCCCATATATGAATTAGAGGATGATGTTTTCAAACAAAAGTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATATCCCATATATGAATTAGAGGATGATGTTTTCAAACAAAAGTT  850

seq1  CAAATAAGAATCCAGCATTCAAATCATTAATTAATAGTACTCTTGGGTAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAGAATCCAGCATTCAAATCATTAATTAATAGTACTCTTGGGTAC  900

seq1  TCATTCATTCTTTAGTTCACAAGTGAATTC  922
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCATTCTTTAGTTCACAAGTGAATTC  930